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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7861 | 2025-10-06 |
CALB1 and RPL23 Are Essential for Maintaining Oocyte Quality and Function During Aging
2025-May, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.14466
PMID:39748132
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序发现CALB1和RPL23是维持衰老过程中卵母细胞质量的关键基因 | 首次在单细胞分辨率下揭示钙离子稳态失调是卵母细胞衰老的核心特征,并鉴定出CALB1和RPL23两个关键调控基因 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类卵母细胞中验证 | 探究卵母细胞衰老的分子机制 | 年轻和年老雌性小鼠的卵母细胞 | 生殖生物学 | 生殖衰老 | 单细胞转录组测序, 蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据 | 年轻和年老小鼠的卵母细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7862 | 2025-10-06 |
CTHRC1 expresses in cancer-associated fibroblasts and is associated with resistance to anti-androgen therapy in prostate cancer
2025-May, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01624-z
PMID:40009323
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研究论文 | 本研究探讨CTHRC1在前列腺癌中的表达及其与抗雄激素治疗耐药性的关联 | 首次发现CTHRC1在肌成纤维细胞样癌症相关成纤维细胞中表达,并通过CCN2/CAV1/AR通路调控雄激素受体信号传导 | 研究数据均来自公开数据库,缺乏实验验证 | 探索CTHRC1在前列腺癌中的表达、基因功能及其预后价值 | 前列腺癌组织和正常前列腺组织 | 生物信息学 | 前列腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | CIBERSORT算法 | RNA测序数据,单细胞RNA测序数据 | 1999例前列腺癌病例和531例正常对照,来自7个前列腺原发肿瘤的62,995个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
7863 | 2025-05-16 |
scSDNE: A semi-supervised method for inferring cell-cell interactions based on graph embedding
2025-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013027
PMID:40333631
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scSDNE的半监督图嵌入模型,用于推断基于配体-受体(L-R)相互作用的细胞间通讯 | scSDNE模型利用深度学习将相互作用细胞中的基因映射到一个共享的潜在空间,并结合基因调控信息提高推断的准确性和生物学可解释性 | NA | 全面理解细胞间复杂的相互作用机制 | 细胞间通讯中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 半监督图嵌入模型(scSDNE) | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7864 | 2025-05-16 |
SCGB3A1-Epi and KLK10-Epi Crosstalk With Fibroblasts Promotes Liver Metastasis of Breast Cancer and Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-May, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70904
PMID:40357856
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的关键上皮细胞亚型及其与成纤维细胞的相互作用机制 | 首次鉴定出SCGB3A1-Epi和KLK10-Epi作为乳腺癌和PDAC肝转移的关键驱动亚型,并揭示了它们与成纤维细胞的特定配体-受体相互作用 | 研究主要基于单细胞测序数据,需要进一步的体内外实验验证这些发现 | 阐明乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的细胞亚型及其作用机制 | 乳腺癌和胰腺导管腺癌(PDAC)的肝转移样本 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌, 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
7865 | 2025-05-16 |
Identification and Validation of Potential Immune-Related Genes for Endometriosis
2025-May, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.70091
PMID:40367358
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研究论文 | 通过综合生物信息学分析和免疫组化验证,识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因 | 使用单细胞RNA测序和传统批量RNA测序数据结合机器学习技术,识别出与子宫内膜异位症相关的特征性免疫基因TGFBR1和GIMAP4 | 研究依赖于公共数据库的数据,可能受到样本量和数据质量的限制 | 识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因 | 子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的子宫内膜异位症患者样本 | NA | NA | NA | NA |
7866 | 2025-10-06 |
Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina
2025-04-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014
PMID:39753128
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序技术揭示了穆勒胶质细胞中存在的表观遗传可塑性程序及其在视网膜应激和疾病反应中的作用 | 首次在单细胞分辨率下发现穆勒胶质细胞中存在转录沉默但染色质可及的'可塑性基因',这些基因在视网膜发育过程中建立并在应激响应中发挥重要作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类视网膜中的验证仍需进一步研究 | 探索视网膜发育过程中细胞类型特异性的染色质结构变化及其功能意义 | 人类和小鼠视网膜组织,特别关注穆勒胶质细胞 | 表观遗传学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 批量测序 | NA | 基因组测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
7867 | 2025-10-06 |
Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations
2025-Apr, Stroke
IF:7.8Q1
DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935
PMID:40127145
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研究论文 | 本研究建立了Map3k3 I441M基因敲入小鼠模型,用于研究脑海绵状血管畸形的发病机制 | 首次成功构建了Map3k3 I441M基因敲入小鼠模型,更准确地模拟了临床患者单等位基因突变的情况 | 研究基于小鼠模型,与人类疾病存在物种差异 | 探究Map3k3 I441M突变在脑海绵状血管畸形发病机制中的作用 | 基因工程小鼠模型 | 分子病理学 | 脑海绵状血管畸形 | 基因敲入技术, 单细胞RNA测序, 免疫染色, 磁共振成像 | 基因敲入小鼠模型 | 基因表达数据, 影像数据, 组织染色数据 | 多种基因工程小鼠品系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7868 | 2025-05-16 |
Machine Learning Unveils Sphingolipid Metabolism's Role in Tumour Microenvironment and Immunotherapy in Lung Cancer
2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70435
PMID:40159631
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研究论文 | 本研究通过机器学习揭示了鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境(TME)和免疫治疗中的作用 | 首次使用机器学习算法(Lasso回归和生存SVM)结合转录组分析和单细胞RNA测序数据,识别了与肺癌TME中免疫异质性相关的鞘脂代谢基因,并发现ASAH1和SMPD1作为强预后标志物 | 研究主要依赖于TCGA和GTEx数据库的临床样本,可能受到样本来源和数据质量的限制 | 探究鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响 | 肺癌(LUAD和LUSC)肿瘤微环境中的鞘脂代谢相关基因和免疫细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 转录组分析、scRNA-seq、Lasso回归、生存SVM | Lasso回归、生存SVM | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据 | TCGA和GTEx数据库中的临床样本 | NA | NA | NA | NA |
7869 | 2025-05-16 |
Transitional CXCL14+ cancer-associated fibroblasts enhance tumour metastasis and confer resistance to EGFR-TKIs, revealing therapeutic vulnerability to filgotinib in lung adenocarcinoma
2025-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70281
PMID:40162549
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,识别出一种独特的CXCL14+肌成纤维性癌症相关成纤维细胞(myCAFs)亚群,该亚群在肺腺癌(LUAD)中促进肿瘤转移并导致对EGFR-TKIs的耐药性,同时发现Filgotinib可逆转这种耐药性 | 首次识别出CXCL14+ myCAFs亚群在LUAD中的关键作用,并发现Filgotinib作为逆转EGFR-TKIs耐药性的潜在治疗药物 | 研究主要基于体外和动物实验,临床验证仍需进一步扩大样本量 | 探究癌症相关成纤维细胞(CAFs)在肺腺癌转移和EGFR-TKIs耐药性中的作用 | 肺腺癌(LUAD)患者和模型 | 癌症生物学 | 肺腺癌 | scRNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学, ELISA | NA | 单细胞RNA测序数据, 临床样本数据 | 多个独立LUAD队列的临床组织样本和患者血浆样本 | NA | NA | NA | NA |
7870 | 2025-05-16 |
Integrated multi-omics analyses provide new insights into genomic variation landscape and regulatory network candidate genes associated with walnut endocarp
2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70113
PMID:40162720
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研究论文 | 该研究通过整合多组学分析,揭示了核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络 | 构建了核桃品种'湘灵'的高质量基因组组装和八个核桃物种的图形结构泛基因组,通过GWAS鉴定了与核桃驯化和改良相关的位点,并通过多组学分析发现了与次生细胞生物合成和木质素积累相关的候选基因 | 研究仅针对核桃品种'湘灵'和八个核桃物种,可能无法完全代表所有核桃品种的遗传多样性 | 系统阐明核桃壳发育的基因组景观和基因调控网络 | 波斯核桃(Juglans regia)及其内果皮/壳 | 基因组学 | NA | 多组学分析(转录组学、代谢组学、DNA甲基化、空间转录组学)、GWAS | NA | 基因组数据、转录组数据、代谢组数据、DNA甲基化数据、空间转录组数据 | 285个核桃种质资源 | NA | NA | NA | NA |
7871 | 2025-05-16 |
Programmed Cell Death 10 (PDCD10) Is a Candidate Tumor-associated Gene in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Apr, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.17527
PMID:40155014
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研究论文 | 本研究通过分析染色体扩增区域,识别了食管鳞状细胞癌(ESCC)中新的候选肿瘤相关基因PDCD10,并评估了其与临床病理因素及预后的关联 | 首次将PDCD10识别为ESCC中的候选肿瘤相关基因,并发现其高表达与不良预后相关,同时鉴定了两种潜在的治疗药物 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验验证 | 识别ESCC中新的肿瘤相关基因并探索其治疗潜力 | 食管鳞状细胞癌(ESCC) | 肿瘤基因组学 | 食管癌 | DNA拷贝数变异分析、单细胞RNA测序、免疫组化 | NA | 基因组数据、表达数据 | 来自TCGA和CCLE的ESCC病例数据及细胞系数据 | NA | NA | NA | NA |
7872 | 2025-05-16 |
Reference-informed evaluation of batch correction for single-cell omics data with overcorrection awareness
2025-Mar-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07947-7
PMID:40158033
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research paper | 提出了一种名为RBET的参考信息统计框架,用于评估单细胞组学数据批次效应校正(BEC)的成功与否,特别关注数据过度校正的问题 | RBET是首个能够敏感检测数据过度校正的统计框架,提供了生物学上有意义的评估标准 | 虽然RBET在多种数据集上进行了验证,但其在其他单细胞组学模态上的普适性仍需进一步验证 | 开发一个能够公平评估批次效应校正方法性能的统计框架,避免过度校正导致的生物学变异丢失 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 统计框架(RBET) | 单细胞组学数据 | 六组真实数据示例及大量模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
7873 | 2025-05-16 |
Single-cell sequencing uncovers a high ESM1-expression endothelial cell subpopulation associated with bladder cancer progression and the immunosuppressive microenvironment
2025-Mar-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95731-2
PMID:40159545
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研究论文 | 通过单细胞测序技术发现与膀胱癌进展和免疫抑制微环境相关的高表达ESM1的内皮细胞亚群 | 首次识别出高表达ESM1的内皮细胞亚群,并揭示其在膀胱癌进展和免疫抑制微环境中的作用 | 样本量相对较小(7,519个单细胞),且仅针对膀胱癌进行研究 | 探究膀胱癌中肿瘤内皮细胞的异质性和生物学功能 | 膀胱癌组织中的CD45阴性单细胞 | 数字病理 | 膀胱癌 | scRNA-seq, AUCell分析, pySCENIC算法, EdU和Transwell实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 7,519个CD45阴性单细胞 | NA | NA | NA | NA |
7874 | 2025-05-16 |
SERPINA3 predicts long-term neurological outcomes and mortality in patients with intracerebral hemorrhage
2025-Mar-29, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07551-x
PMID:40157917
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析慢性脑出血患者的分子特征,发现SERPINA3作为潜在的预后生物标志物,与脑出血患者的长期神经功能结果和死亡率相关 | 首次发现SERPINA3在脑出血患者中显著上调,并与出血严重程度、神经功能评分及长期功能结果相关 | 需要更大规模的前瞻性队列研究进行验证 | 探索脑出血患者长期神经功能结果的预测生物标志物 | 脑出血患者和健康对照 | 神经科学 | 脑出血 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据、血浆样本 | 250名脑出血患者和250名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
7875 | 2025-10-06 |
Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights
2025-Mar-28, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685
PMID:40146803
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综述 | 回顾血流剪切应力对内皮细胞的生物物理特性和生化效应及其在心血管病理生理中的作用 | 整合生物物理与生化视角探讨剪切应力机制,涵盖单细胞测序、空间组学等新兴技术 | 未涉及具体实验数据,主要基于现有文献综合分析 | 阐明剪切应力在血管稳态维持和心血管疾病发展中的作用机制 | 内皮细胞及心血管系统 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 空间组学, 代谢组学, 多组学技术 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7876 | 2025-05-16 |
Cardiac Fibrosis in the Multi-Omics Era: Implications for Heart Failure
2025-Mar-28, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325402
PMID:40146800
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综述 | 本文全面分析了多组学技术如何增进对心脏纤维化的理解,并探讨了这些技术在心衰治疗中的潜在应用 | 整合基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据,揭示了心脏纤维化的新分子机制和治疗靶点 | 未提及具体实验样本量或临床转化面临的具体挑战 | 探讨多组学技术对心脏纤维化机制研究的贡献及其在心衰精准治疗中的应用前景 | 心脏纤维化的分子机制与治疗靶点 | 生物医学 | 心血管疾病 | 基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7877 | 2025-05-16 |
Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma
2025-Mar-28, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02471-0
PMID:40148957
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研究论文 | 通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,揭示了TNFSF9在微卫星不稳定胃腺癌中的潜在调控作用 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,发现TNFSF9在微卫星不稳定胃腺癌肿瘤微环境中的关键调控作用 | 样本量相对较小,特别是单细胞RNA测序样本较少(MSI=7, Non-MSI=19) | 阐明微卫星不稳定胃腺癌与非微卫星不稳定胃腺癌在肿瘤微环境中的差异及其潜在机制 | 胃腺癌患者的肿瘤组织和细胞系(SNU-1和AGS) | 数字病理学 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组化(IHC), 定量PCR(qPCR), Western blot(WB) | NA | RNA测序数据, 免疫组化图像, 蛋白质印迹数据 | 单细胞RNA测序样本26例(MSI=7, Non-MSI=19), 批量RNA测序样本237例(MSI=39, Non-MSI=198), 免疫组化样本23例(MSI=13, Non-MSI=10) | NA | NA | NA | NA |
7878 | 2025-05-16 |
C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer
2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03370-2
PMID:40148973
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research paper | 本研究揭示了c-FOS在促进中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)形成和中性粒细胞招募中的作用,及其在三阴性乳腺癌(TNBC)肺转移中的分子机制 | 首次发现c-FOS通过结合PAD4启动子区域促进NETs形成,并揭示了ROS-p38-cFOS-PAD4轴在TNBC肺转移中的作用 | 研究主要基于体外和体内实验,临床样本验证有待进一步开展 | 探索NETs介导的TNBC肺转移的分子机制,并寻找潜在治疗靶点 | 三阴性乳腺癌(TNBC)及其肺转移过程 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞测序生物信息学分析、体外和体内实验 | NA | 基因表达数据、临床样本数据 | 乳腺癌标本和血清样本(数量未明确说明) | NA | NA | NA | NA |
7879 | 2025-05-16 |
Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface
2025-Mar-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.100002
PMID:40152904
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research paper | 本研究揭示了先兆子痫(PE)特有的免疫微环境及促炎巨噬细胞在母胎界面的作用 | 首次全面描述了PE胎盘中的免疫微环境,并发现促炎巨噬细胞通过调节记忆样Th17细胞和CD8 T细胞促进PE的发展 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证仍需进一步研究 | 探究PE的免疫微环境及其与GDM的区别 | 先兆子痫(PE)和妊娠期糖尿病(GDM)患者的胎盘组织 | 免疫学 | 先兆子痫 | 飞行时间细胞术(CyTOF)和单细胞RNA测序 | NA | 细胞和基因表达数据 | PE、GDM和正常妊娠(NP)患者的胎盘组织 | NA | NA | NA | NA |
7880 | 2025-05-16 |
Different fibroblast subtypes propel spatially defined ileal inflammation through TNFR1 signalling in murine ileitis
2025-Mar-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57570-7
PMID:40155385
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠TNF依赖性回肠炎的细胞特征及成纤维细胞亚型在炎症空间调控中的关键作用 | 首次发现成纤维细胞亚型通过TNFR1信号传导在空间上调控回肠炎症,并明确了不同亚型在炎症起始和进展中的特异性作用 | 研究基于小鼠模型,人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究克罗恩病样回肠炎的发病机制及成纤维细胞亚型的作用 | Tnf转基因小鼠模型中的回肠组织 | 单细胞生物学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | Tnf转基因小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本量(使用Tnf转基因小鼠和野生型小鼠进行对比) | NA | NA | NA | NA |