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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7861 | 2025-05-16 |
scSDNE: A semi-supervised method for inferring cell-cell interactions based on graph embedding
2025-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013027
PMID:40333631
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scSDNE的半监督图嵌入模型,用于推断基于配体-受体(L-R)相互作用的细胞间通讯 | scSDNE模型利用深度学习将相互作用细胞中的基因映射到一个共享的潜在空间,并结合基因调控信息提高推断的准确性和生物学可解释性 | NA | 全面理解细胞间复杂的相互作用机制 | 细胞间通讯中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 半监督图嵌入模型(scSDNE) | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7862 | 2025-05-16 |
SCGB3A1-Epi and KLK10-Epi Crosstalk With Fibroblasts Promotes Liver Metastasis of Breast Cancer and Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-May, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70904
PMID:40357856
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的关键上皮细胞亚型及其与成纤维细胞的相互作用机制 | 首次鉴定出SCGB3A1-Epi和KLK10-Epi作为乳腺癌和PDAC肝转移的关键驱动亚型,并揭示了它们与成纤维细胞的特定配体-受体相互作用 | 研究主要基于单细胞测序数据,需要进一步的体内外实验验证这些发现 | 阐明乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的细胞亚型及其作用机制 | 乳腺癌和胰腺导管腺癌(PDAC)的肝转移样本 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌, 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
7863 | 2025-05-16 |
Identification and Validation of Potential Immune-Related Genes for Endometriosis
2025-May, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.70091
PMID:40367358
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研究论文 | 通过综合生物信息学分析和免疫组化验证,识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因 | 使用单细胞RNA测序和传统批量RNA测序数据结合机器学习技术,识别出与子宫内膜异位症相关的特征性免疫基因TGFBR1和GIMAP4 | 研究依赖于公共数据库的数据,可能受到样本量和数据质量的限制 | 识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因 | 子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的子宫内膜异位症患者样本 | NA | NA | NA | NA |
7864 | 2025-10-06 |
Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina
2025-04-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014
PMID:39753128
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序技术揭示了穆勒胶质细胞中存在的表观遗传可塑性程序及其在视网膜应激和疾病反应中的作用 | 首次在单细胞分辨率下发现穆勒胶质细胞中存在转录沉默但染色质可及的'可塑性基因',这些基因在视网膜发育过程中建立并在应激响应中发挥重要作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类视网膜中的验证仍需进一步研究 | 探索视网膜发育过程中细胞类型特异性的染色质结构变化及其功能意义 | 人类和小鼠视网膜组织,特别关注穆勒胶质细胞 | 表观遗传学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 批量测序 | NA | 基因组测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
7865 | 2025-10-06 |
Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations
2025-Apr, Stroke
IF:7.8Q1
DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935
PMID:40127145
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研究论文 | 本研究建立了Map3k3 I441M基因敲入小鼠模型,用于研究脑海绵状血管畸形的发病机制 | 首次成功构建了Map3k3 I441M基因敲入小鼠模型,更准确地模拟了临床患者单等位基因突变的情况 | 研究基于小鼠模型,与人类疾病存在物种差异 | 探究Map3k3 I441M突变在脑海绵状血管畸形发病机制中的作用 | 基因工程小鼠模型 | 分子病理学 | 脑海绵状血管畸形 | 基因敲入技术, 单细胞RNA测序, 免疫染色, 磁共振成像 | 基因敲入小鼠模型 | 基因表达数据, 影像数据, 组织染色数据 | 多种基因工程小鼠品系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7866 | 2025-10-06 |
Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights
2025-Mar-28, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685
PMID:40146803
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综述 | 回顾血流剪切应力对内皮细胞的生物物理特性和生化效应及其在心血管病理生理中的作用 | 整合生物物理与生化视角探讨剪切应力机制,涵盖单细胞测序、空间组学等新兴技术 | 未涉及具体实验数据,主要基于现有文献综合分析 | 阐明剪切应力在血管稳态维持和心血管疾病发展中的作用机制 | 内皮细胞及心血管系统 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 空间组学, 代谢组学, 多组学技术 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7867 | 2025-10-06 |
Dynamic cellular composition and immune landscape revealed by single-cell transcriptome profiling in a brain arteriovenous malformation
2025-Mar-27, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01590-5
PMID:40146346
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示脑动静脉畸形中的动态细胞组成和免疫景观变化 | 首次在脑动静脉畸形中应用单细胞RNA测序技术,发现单核细胞-内皮细胞相互作用的抑制和NK细胞相互作用的促进可能是疾病进展的新机制 | 仅分析了一个bAVM样本和三个健康对照样本,样本量较小 | 探索脑动静脉畸形的免疫机制和细胞组成变化 | 脑动静脉畸形组织和健康脑组织 | 单细胞测序 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 细胞聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 1个bAVM样本和3个健康对照样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7868 | 2025-10-06 |
Uncovering Hippo pathway-related biomarkers in acute myocardial infarction via scRNA-seq binding transcriptomics
2025-Mar-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-94820-6
PMID:40133574
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习算法鉴定出五个AMI特异性生物标志物,并预测了179种潜在治疗药物 | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证生物标志物的临床价值 | 探索急性心肌梗死的发病机制并寻找诊断生物标志物 | 急性心肌梗死患者和对照人群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7869 | 2025-10-06 |
Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells
2025-Mar-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03540-7
PMID:40134031
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研究论文 | 本研究通过计算建模和单细胞基因组学探讨了mtDNA变异作为细胞谱系追踪标记的有效性 | 揭示了克隆扩增程度决定线粒体谱系追踪效果的关键机制,并开发了谱系信息评分系统 | 研究主要基于计算模拟和特定生物场景,需要在更多实验条件下验证 | 评估mtDNA变异作为内源性条形码在单细胞水平追踪人类细胞谱系的有效性 | 线粒体DNA变异在不同生物环境中的克隆动态 | 计算生物学 | NA | 单细胞基因组学, 计算建模 | 计算模型 | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞基因组学 | NA | NA |
7870 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals potential therapeutic targets in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma
2025-Mar-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-93916-3
PMID:40140461
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肺鳞癌肿瘤微环境,识别恶性细胞表型及其临床意义 | 应用非负矩阵分解识别独特的恶性细胞表型(元程序),揭示其与预后的临床相关性 | 基于公共数据集分析,样本来源有限 | 探索肺鳞癌肿瘤微环境组成并识别潜在治疗靶点 | 肺鳞癌肿瘤微环境中的细胞组成 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 两个队列的公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7871 | 2025-10-06 |
Combined targeting of glioblastoma stem cells of different cellular states disrupts malignant progression
2025-Mar-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58366-5
PMID:40140646
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研究论文 | 本研究通过靶向胶质母细胞瘤干细胞的不同细胞状态,揭示了MEOX2和SRGN在恶性进展中的关键作用 | 首次发现MEOX2-NOTCH和SRGN-NFκB轴分别调控经典型和间充质型胶质母细胞瘤干细胞的增殖与干性维持,并鉴定出FDA批准的靶向药物 | 未明确MEOX2和SRGN在其他类型肿瘤干细胞中的普适性,且临床前模型需进一步验证 | 开发针对胶质母细胞瘤干细胞异质性的联合靶向治疗策略 | 胶质母细胞瘤干细胞(GSCs),特别是经典型(CL)和间充质型(MES)亚群 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7872 | 2025-10-06 |
Ectopic expression of Slc1a2 in the prefrontal cortex of sleep-deprived male mice counteracts the glutamate/GABA-glutamine dysfunction
2025-Mar-26, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02161-7
PMID:40140835
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研究论文 | 本研究探讨了前额叶皮层中Slc1a2异位表达对睡眠剥夺诱导的谷氨酸/GABA-谷氨酰胺功能紊乱的调节作用 | 首次揭示Slc1a2异位表达可通过星形胶质细胞-神经元通讯逆转睡眠剥夺引起的GABA功能障碍 | 研究仅使用雄性小鼠,未探讨性别差异;机制研究仍需进一步深入 | 阐明Slc1a2在前额叶皮层的异位表达对睡眠剥夺引起的神经代谢紊乱的调节机制 | 雄性小鼠的前额叶皮层、脑干、皮层和下丘脑区域 | 神经科学 | 睡眠障碍 | 单细胞RNA测序, 电生理记录, 免疫荧光染色, 核磁共振波谱, 行为学测试 | 小鼠睡眠剥夺模型 | 基因表达数据, 电生理数据, 代谢数据, 行为数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7873 | 2025-10-06 |
Combined analysis of single-cell and bulk transcriptome sequencing data identifies critical glycolysis genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension
2025-Mar-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06373-x
PMID:40140873
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组测序数据,识别特发性肺动脉高压中糖酵解关键基因 | 首次结合单细胞和批量转录组数据系统分析IPAH糖酵解机制,发现成纤维细胞是主要调控细胞类型 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仅限于大鼠模型 | 探究特发性肺动脉高压中糖酵解的关键调控机制 | 特发性肺动脉高压患者组织样本和大鼠肺动脉高压模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, scMetabolism, AUCcell, ssGSEA, WGCNA, PPI网络分析 | NA | 转录组测序数据 | 来自GEO数据库的IPAH患者样本和大鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
7874 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal profiling of adhesion G protein-coupled receptors in developing mouse and human pancreas reveals a role for GPR56 in islet development
2025-Mar-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05659-z
PMID:40137991
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学系统分析了黏附GPCRs在发育中小鼠和人类胰腺的表达模式,并揭示了GPR56在胰岛发育中的关键作用 | 首次系统描绘了黏附GPCRs在胰腺发育过程中的时空表达图谱,并发现GPR56是胰腺内分泌祖细胞中最丰富的黏附GPCR,通过基因敲除实验证实其调控胰岛细胞比例和β细胞增殖 | 研究主要基于动物模型和转录组数据,需要进一步验证在人类中的功能机制 | 探究黏附GPCRs在胰腺内分泌谱系决定和胰岛发育中的作用 | 发育中的小鼠和人类胰腺组织 | 发育生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qPCR, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠和人类胰腺组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
7875 | 2025-10-06 |
Identification and characterization of human retinal stem cells capable of retinal regeneration
2025-Mar-26, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adp6864
PMID:40138453
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研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学技术鉴定并表征了人类视网膜中具有再生潜能的神经视网膜干细胞样细胞 | 首次发现并表征了人类胎儿视网膜中不同于传统视网膜祖细胞的新型神经视网膜干细胞样细胞,并证明其在视网膜退行性疾病中的治疗潜力 | 研究主要基于胎儿视网膜和视网膜类器官,在成年人类视网膜中的存在和功能需要进一步验证 | 鉴定和表征人类视网膜干细胞及其在视网膜再生医学中的应用潜力 | 人类胎儿视网膜、视网膜类器官和rd10视网膜色素变性小鼠模型 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞多组学,空间转录组学,细胞移植 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 人类胎儿视网膜样本和视网膜类器官 | NA | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | NA |
7876 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals an IL1R2+Treg subset driving immunosuppressive microenvironment in HNSCC
2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04015-1
PMID:40131478
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现头颈鳞状细胞癌中IL1R2+Treg亚群驱动免疫抑制微环境 | 首次鉴定出IL1R2+Treg亚群在HNSCC中的促癌作用,并揭示联合靶向IL1R2和CTLA4的治疗潜力 | NA | 探究头颈鳞状细胞癌中Treg亚群对肿瘤微环境的影响及治疗策略 | 头颈鳞状细胞癌患者样本和荷瘤小鼠模型 | 单细胞测序分析 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,组织微阵列,酶联免疫吸附测定 | NA | 单细胞转录组数据,组织切片,血清蛋白数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7877 | 2025-10-06 |
DNA methylation-regulated HLA-C expression modulates immune responses and metabolic alterations to influence prognosis in mesothelioma
2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04012-4
PMID:40131544
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了DNA甲基化调控的HLA-C表达通过影响免疫反应和代谢过程来调节恶性间皮瘤预后的分子机制 | 首次系统阐明DNA甲基化调控HLA-C在恶性间皮瘤肿瘤微环境中的表达模式及其通过免疫细胞、炎症因子和代谢物影响预后的机制 | 研究主要基于TCGA队列数据,需要进一步实验验证和独立队列验证 | 探究HLA-C在恶性间皮瘤进展中的作用机制及其临床意义 | 恶性间皮瘤患者肿瘤微环境中的免疫细胞(巨噬细胞、T细胞、NK细胞) | 生物信息学 | 间皮瘤 | 单细胞RNA测序, eQTL分析, 孟德尔随机化分析, 基因集富集分析 | 孟德尔随机化模型, 中介分析模型 | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据, 临床数据 | TCGA间皮瘤队列 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
7878 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing combined with urinary multi-omics analysis reveals that the non-invasive biomarker PRDX5 regulates bladder cancer progression through ferroptosis signaling
2025-Mar-24, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13881-y
PMID:40122834
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和尿液多组学分析揭示了PRDX5作为膀胱癌非侵入性生物标志物通过调控铁死亡信号通路促进肿瘤进展的机制 | 首次结合单细胞测序和尿液多组学分析发现PRDX5在膀胱癌中的表达特征及其通过调控ROS水平和铁死亡通路促进肿瘤进展的新机制 | NA | 阐明过氧化物酶5(PRDX5)在膀胱癌中的表达谱和生物学意义,研究其通过调控活性氧水平和激活铁死亡通路对膀胱癌进展的影响 | 膀胱癌组织、膀胱癌细胞系、肿瘤微环境中的各种细胞类型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,尿液蛋白质组学,转录组分析 | NA | 蛋白质组数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,转录组学 | NA | NA |
7879 | 2025-10-06 |
Intranasal prime-boost RNA vaccination elicits potent T cell response for lung cancer therapy
2025-Mar-24, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02191-1
PMID:40122855
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研究论文 | 开发了一种基于环状RNA的鼻内RNA疫苗,通过诱导局部黏膜免疫反应治疗肺癌 | 首次将鼻内给药方式应用于RNA癌症疫苗,利用环状RNA在脂质纳米颗粒中的封装技术诱导局部黏膜免疫反应 | 目前仅在临床前肺癌模型中验证,尚未进行人体临床试验 | 开发针对黏膜恶性肿瘤的RNA疫苗新策略 | 肺癌临床前模型 | 免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7880 | 2025-10-06 |
Unveiling the role of PPIF and macrophage subtypes in LSCC progression via single-cell and exosome RNA sequencing
2025-Mar-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-93584-3
PMID:40128571
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研究论文 | 通过单细胞和外泌体RNA测序揭示PPIF和巨噬细胞亚型在喉鳞状细胞癌进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示LSCC中巨噬细胞-C1-C1QC亚群通过上调PPIF表达促进肿瘤进展的新机制 | 研究样本量有限,需要进一步验证PPIF在巨噬细胞亚型中的具体功能机制 | 探究喉鳞状细胞癌肿瘤微环境中细胞异质性及其在癌症进展中的作用 | 喉鳞状细胞癌组织和肿瘤微环境中的细胞 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 外泌体RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 外泌体RNA测序 | NA | NA |