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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7841 | 2025-10-06 |
Endoluminal Biopsy for Vein of Galen Malformation
2024-Nov-01, Neurosurgery
IF:3.9Q1
DOI:10.1227/neu.0000000000002986
PMID:38747605
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研究论文 | 本研究通过血管内组织采样技术对Galen静脉畸形病变进行原位分析,探索其遗传学和发病机制 | 首次在常规血管内治疗过程中通过线圈获取VOGM原位内皮细胞进行单细胞RNA测序分析 | 样本量较小(6名患者),需要更大规模研究验证发现 | 开发VOGM分子遗传学分类系统并探索个性化治疗策略 | Galen静脉畸形患者的内皮细胞 | 单细胞基因组学 | 脑血管畸形 | 单细胞RNA测序,遗传分析 | NA | 单细胞转录组数据,DNA序列数据 | 6名患者(年龄12天至约6岁),10次ETS操作 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7842 | 2025-10-06 |
Integrated transcriptomics of human blood vessels defines a spatially controlled niche for early mesenchymal progenitor cells
2024-10-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.015
PMID:39025061
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研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组学定义了人类血管壁中早期间充质祖细胞的空间调控生态位 | 首次详细描绘了人类血管外膜干细胞生态位,发现CD201(PROCR)高表达细胞代表更原始的间充质祖细胞亚群 | NA | 表征人类血管周围祖细胞的表型、潜能和微解剖分布 | 人类血管壁组织,特别是血管外膜中的间充质祖细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7843 | 2025-10-06 |
A spatiotemporal molecular atlas of mouse spinal cord injury identifies a distinct astrocyte subpopulation and therapeutic potential of IGFBP2
2024-10-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.016
PMID:39029468
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研究论文 | 本研究构建了小鼠脊髓损伤的时空分子图谱,鉴定出表达Igfbp2的星形胶质细胞亚群并揭示其治疗潜力 | 首次在脊髓损伤中识别出从白质迁移至灰质的Astro-GMii星形胶质细胞亚群,并证明IGFBP2蛋白具有促进神经突生长和功能恢复的治疗潜力 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类临床中验证 | 解析脊髓损伤后的时空分子变化机制并探索治疗靶点 | 小鼠脊髓损伤模型 | 空间转录组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,空间转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
7844 | 2025-10-06 |
Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.19.558457
PMID:37786690
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研究论文 | 本文发现桥粒基因突变通过改变肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖 | 首次揭示桥粒基因突变在角质形成细胞中通过改变微环境促进邻近黑色素瘤细胞增殖的新机制 | 研究主要基于体外共培养实验,体内验证尚不充分 | 探究桥粒基因突变在黑色素瘤发生发展中的作用机制 | 人类黑色素瘤样本和角质形成细胞 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、蛋白免疫荧光、基因敲低、细胞共培养 | 细胞共培养模型 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确样本数量,但涉及>70%的皮肤黑色素瘤病例 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7845 | 2025-10-06 |
scRNA-seq reveals transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages
2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596468
PMID:38853846
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫感染的转录动态 | 首次在单细胞分辨率同时分析宿主和寄生虫在感染过程中的转录变化,揭示寄生虫通过避免宿主检测的潜行策略 | 研究仅关注人类巨噬细胞,未涉及其他细胞类型或体内环境 | 探究微孢子虫感染过程中宿主反应和寄生虫发育的转录调控机制 | 人类巨噬细胞和Encephalitozoon intestinalis寄生虫 | 单细胞生物学 | 机会性感染疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7846 | 2025-10-06 |
Inferring B Cell Phylogenies from Paired H and L Chain BCR Sequences with Dowser
2024-May-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300851
PMID:38557795
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研究论文 | 本研究开发了利用配对重链和轻链BCR序列推断B细胞系统发育树的方法 | 首次系统研究如何整合配对重链和轻链序列构建B细胞系统发育树,发现轻链整合显著提高树准确性和可重复性 | 当部分轻链数据缺失时(如混合单细胞和批量测序数据),许多系统发育方法会估计有偏的枝长 | 研究使用配对重链和轻链BCR序列构建B细胞系统发育树的策略 | B细胞受体(BCR)序列 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序,系统发育分析 | 最大似然法 | 基因序列数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
7847 | 2025-10-06 |
Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning
2024-May-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.04.006
PMID:38754367
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研究论文 | 提出Polaris分析流程,通过弱监督深度学习实现图像空间转录组学中的单分子点检测 | 结合深度学习细胞分割与点检测模型及概率基因解码器,为多种空间转录技术提供统一解决方案 | NA | 开发准确量化单细胞基因表达的空间转录组学分析流程 | 图像空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 弱监督深度学习 | 深度学习模型 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学,MERFISH,seqFISH,原位RNA测序 | NA | NA |
7848 | 2025-10-06 |
Targeting SCD triggers lipotoxicity of cancer cells and enhances anti-tumor immunity in breast cancer brain metastasis mouse models
2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.06.592766
PMID:38766019
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研究论文 | 本研究探讨SCD抑制剂通过诱导癌细胞脂毒性并增强抗肿瘤免疫来治疗乳腺癌脑转移的机制 | 首次揭示SCD抑制剂通过重塑肿瘤脂质组、增强树突细胞抗原呈递和改善T细胞功能来协同抑制乳腺癌脑转移 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发针对乳腺癌脑转移的新型治疗策略 | 乳腺癌细胞和乳腺癌脑转移小鼠模型 | 癌症研究 | 乳腺癌脑转移 | 脂质组学分析,qPCR,western blot,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7849 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805
PMID:38341849
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研究论文 | 本文开发了一种从前列腺癌患者临床样本中处理脊柱转移瘤单细胞RNA测序的实验室方案 | 建立了手术室到实验室的单细胞处理流程,专门针对脊柱转移瘤组织异质性高的挑战 | 仅基于单一前列腺癌患者样本,样本量有限 | 开发脊柱转移瘤单细胞测序分析方案,识别预后标志物和治疗靶点 | 前列腺癌脊柱转移患者的临床组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1例前列腺癌脊柱转移患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7850 | 2025-10-06 |
Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809
PMID:38180835
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研究论文 | 提出一种结合条形码衰减谱系追踪和单细胞转录组分析的实验方案 | 开发BdLT-Seq技术,能够在保持同源性的同时定向评估克隆演化,比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征 | NA | 研究非遗传编码状态的遗传和传播机制 | 细胞谱系 | 单细胞分析 | NA | 条形码衰减谱系追踪,单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
7851 | 2025-10-06 |
PINK1 link mitochondria-ER contacts controls deposition of intramuscular fat in pigs
2025-May-20, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151672
PMID:40138759
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研究论文 | 本研究探讨PINK1通过调控线粒体-内质网相互作用调节猪肌内脂肪沉积的分子机制 | 首次揭示PINK1在猪肌内脂肪沉积中通过调控线粒体-内质网接触发挥作用 | PINK1在猪肌内脂肪沉积中的具体调控网络仍需进一步研究 | 探究PINK1调控猪肌内脂肪沉积的分子机制 | 猪的纤维-脂肪祖细胞和脂肪细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个猪品种的纤维-脂肪祖细胞和脂肪细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7852 | 2025-10-06 |
Unraveling the Heterogeneity of CD8+ T-Cell Subsets in Liver Cirrhosis: Implications for Disease Progression
2025-May-15, Gut and liver
IF:3.4Q2
DOI:10.5009/gnl230345
PMID:38623058
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研究论文 | 本研究通过转录组和单细胞测序分析揭示了肝硬化中CD8+ T细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 首次在肝硬化中系统鉴定出8种CD8+ T细胞亚型,特别是发现CXCL13+ Tex细胞这一终末耗竭亚型与疾病严重程度相关 | 研究主要基于测序数据分析,需要进一步实验验证这些细胞亚型的具体功能机制 | 阐明肝硬化中CD8+ T细胞的异质性及其在疾病进展中的分子机制 | 肝硬化患者的CD8+ T细胞 | 单细胞生物学 | 肝硬化 | 转录组测序, 单细胞测序 | 加权基因共表达网络分析, 谱系追踪, 差异分析 | RNA-seq数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7853 | 2025-05-16 |
Pdgfrβ marks distinct mesenchymal and pericyte populations within the periosteum with overlapping cellular features
2025-May-15, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf020
PMID:40237625
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和转基因小鼠模型,探讨了骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性及其在骨修复中的作用 | 揭示了骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的不同亚群,包括间充质细胞和周细胞,并分析了它们的增殖、迁移和成骨能力 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证 | 探讨骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性及其在骨修复中的作用 | 小鼠长骨骨膜中的Pdgfrβ阳性细胞 | 细胞生物学 | 骨疾病 | 单细胞RNA测序,转基因小鼠模型 | Pdgfrβ-CreERT2-mT/mG报告小鼠 | 基因表达数据,组织学数据 | 转基因小鼠模型中的Pdgfrβ阳性细胞 | NA | NA | NA | NA |
7854 | 2025-10-06 |
IAP dependency of T-cell prolymphocytic leukemia identified by high-throughput drug screening
2025-May-15, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027171
PMID:39869826
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研究论文 | 通过高通量药物筛选识别T细胞幼淋巴细胞白血病对IAP抑制剂的依赖性 | 首次系统绘制T-PLL的药物敏感性图谱,发现其对IAP抑制剂、核输出抑制剂和自噬抑制剂的特异性脆弱性 | 研究基于体外实验,样本量相对有限(30例患者样本) | 发现T-PLL的新治疗靶点和治疗策略 | T细胞幼淋巴细胞白血病(T-PLL)患者原代细胞 | 肿瘤学研究 | 白血病 | 高通量药物筛选,RNA测序,单细胞RNA测序,光谱流式细胞术 | NA | 药物敏感性数据,基因表达数据,细胞表型数据 | 30例原代患者样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
7855 | 2025-05-16 |
Evidence of secondary Notch signaling within the rat small intestine
2025-May-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204277
PMID:40371707
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research paper | 该研究探讨了大鼠小肠中一种罕见的上皮细胞群体CFTR高表达细胞(CHEs)的特定形成机制 | 揭示了CHEs通过Notch信号通路的二次激活从其他分泌细胞中分化出来的新机制 | 研究主要基于大鼠模型,未在小鼠中发现CHEs,可能限制结果的普遍性 | 理解小肠分泌细胞谱系的多样性形成机制 | 大鼠小肠中的CFTR高表达细胞(CHEs) | 分子生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),假时间轨迹分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7856 | 2025-05-16 |
Cell-type deconvolution methods for spatial transcriptomics
2025-May-14, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00845-y
PMID:40369312
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review | 本文综述了空间转录组学中细胞类型解卷积方法的多样性,对比了它们的能力,并总结在一个基于网络的交互式表格中以促进更高效的方法选择 | 提供了一个基于网络的交互式表格,便于研究者选择和对比不同的细胞类型解卷积方法 | NA | 探讨空间转录组学中细胞类型解卷积方法的应用和发展 | 空间转录组学数据中的细胞类型解卷积方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7857 | 2025-10-06 |
Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation†
2025-May-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf036
PMID:39987557
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了牛胎盘发育过程中的染色质可及性景观和基因调控网络 | 首次在牛胎盘中应用10X Genomics多组学平台同时分析单细胞转录组和染色质可及性,揭示了滋养层细胞分化的调控机制 | 仅分析了妊娠第40天和第170天两个时间点,可能无法完全捕捉发育过程中的连续动态变化 | 探究牛胎盘发育过程中滋养层细胞分化的基因调控机制 | 牛胎盘组织 | 单细胞多组学 | 生殖疾病 | 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据,单细胞ATAC-seq数据 | 妊娠第40天和第170天的牛胎盘样本 | 10x Genomics | single-cell multi-omics, snRNA-seq, snATAC-seq | 10x Genomics multiome平台 | 10X Genomics多组学平台(同时进行单细胞核RNA-seq和单细胞核ATAC-seq) |
7858 | 2025-10-06 |
Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis
2025-May-13, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae374
PMID:40071389
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研究论文 | 本研究揭示了小白蛋白神经元在抗NMDAR脑炎神经症状中的关键作用机制 | 首次证明抗NMDAR IgG直接导致小白蛋白神经元功能障碍,并通过光遗传学技术成功逆转认知缺陷 | 动物模型可能无法完全模拟人类疾病复杂性,研究主要聚焦于mPFC和海马区 | 阐明抗NMDAR脑炎认知缺陷的神经病理机制 | 小鼠模型及其中前额叶皮层和海马区的小白蛋白神经元 | 神经科学 | 自身免疫性脑炎 | 免疫组织化学染色、电生理记录、光遗传学、化学遗传学、单细胞测序 | 动物疾病模型 | 电生理数据、基因表达数据、行为学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7859 | 2025-05-16 |
KLHL17 as a Prognostic Indicator and Therapeutic Target in Cervical Cancer: A Comprehensive Analysis
2025-May-13, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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research paper | 该研究通过生物信息学分析和实验验证,探讨了KLHL17在宫颈癌中的表达模式及其作为预后指标和治疗靶点的潜力 | 首次全面分析了KLHL17在宫颈癌中的表达模式、临床相关性及其与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和微卫星不稳定性的关联 | 研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验,缺乏大规模临床样本验证 | 阐明KLHL17在宫颈癌中的生物学功能和临床意义 | 宫颈癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | TCGA数据库中的宫颈癌样本和GSE145372数据集 | NA | NA | NA | NA |
7860 | 2025-05-16 |
snPATHO-seq: A Detailed Protocol for Single Nucleus RNA Sequencing From FFPE
2025-May-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5291
PMID:40364991
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research paper | 介绍了一种名为snPATHO-seq的稳健且适应性强的单核RNA测序方法,用于从FFPE组织中生成高质量的转录组数据 | snPATHO-seq通过优化的核分离和10× Genomics Flex检测,有效减少了组织碎片并保持了RNA完整性,优于现有的FFPE工作流程 | 未明确提及方法的局限性 | 开发一种能够从FFPE组织中生成高质量单核转录组数据的方法,以推动单细胞组学在转化和临床研究中的应用 | FFPE组织样本,包括乳腺癌等疾病组织 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单核RNA测序(snRNA-seq),10× Genomics Flex检测 | NA | 转录组数据 | 多样化的FFPE样本,包括疾病组织 | NA | NA | NA | NA |