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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7821 | 2025-10-06 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals SH3D21 promotes hepatocellular carcinoma progression by activating the PI3K/AKT/mTOR pathway
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0302766
PMID:40179068
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据,揭示SH3D21通过激活PI3K/AKT/mTOR通路促进肝细胞癌进展 | 首次发现SH3D21作为新型遗传生物标志物在肝细胞癌中的促癌作用机制 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内实验验证 | 探究SH3D21在肝细胞癌中的表达、功能及其分子机制 | 肝细胞癌患者样本和肝细胞癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, CCK-8检测, 集落形成实验, Western blot分析 | NA | 基因表达数据, 实验数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
7822 | 2025-10-06 |
Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations
2025, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012878
PMID:40179341
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研究论文 | 开发了scTSS计算流程,用于在单细胞水平预测和比较转录起始位点 | 首个同时支持双端和单端5'单细胞RNA测序数据的TSS分析工具,能够进行多样本联合分析和差异TSS使用检测 | 未明确说明样本数量和技术验证的局限性 | 开发单细胞水平转录起始位点的预测和比较分析方法 | 转录起始位点在单细胞群体中的使用模式 | 生物信息学 | NA | 5'单细胞RNA测序 | 二项广义线性混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及两种不同疾病的单细胞数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | 5' scRNA-seq |
7823 | 2025-10-06 |
Unraveling the spatial and signaling dynamics and splicing kinetics of immune infiltration in osteoarthritis synovium
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1521038
PMID:40181977
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,揭示了骨关节炎滑膜中免疫细胞浸润的空间动态和信号通路 | 首次构建骨关节炎滑膜的空间转录图谱,识别了OA特异性空间吸引子,发现OLR1和CD69基因的异常剪接动力学驱动炎症通路 | 样本量相对有限(8个OA和4个健康样本),需要更大规模验证 | 解析骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态和信号通路机制 | 骨关节炎患者和健康人的滑膜组织 | 空间转录组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 剪接动力学分析 | 空间转移张量分析, 非负矩阵分解 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 8个骨关节炎滑膜样本和4个健康滑膜样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
7824 | 2025-10-06 |
Temporal and spatial distribution of histone acetylation in mouse molar development
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19215
PMID:40183048
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研究论文 | 本研究通过绘制小鼠磨牙发育过程中组蛋白H3和H4及其乙酰化位点的分布模式,揭示组蛋白乙酰化在牙齿发育中的作用机制 | 首次系统揭示小鼠磨牙发育过程中组蛋白乙酰化的时空分布特征及其调控机制 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究组蛋白乙酰化修饰与牙齿发育的关联机制 | 小鼠磨牙发育过程中的上皮细胞和间充质细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织切片图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7825 | 2025-10-06 |
Characterizing macrophage diversity in colorectal malignancies through single-cell genomics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1526668
PMID:40191203
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综述 | 通过单细胞基因组学方法表征结直肠恶性肿瘤中巨噬细胞的多样性 | 从单细胞组学角度探索近年定义的独特巨噬细胞亚型,并基于其潜在功能进行分类 | 缺乏对巨噬细胞多样性命名和分子特征的统一阐述 | 评估传统巨噬细胞极化亚型在结直肠恶性肿瘤中的应用 | 结直肠癌肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞基因组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7826 | 2025-10-06 |
Successful cryopreservation of marine invertebrates immune cells enables long-term studies of common octopus, Octopus vulgaris Cuvier 1797, hemocyte immune functions
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1543587
PMID:40191212
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研究论文 | 本研究建立了普通章鱼血细胞冷冻保存方法,实现了长期保存后细胞仍保持高活性和免疫功能 | 首次报道了海洋无脊椎动物免疫细胞成功冷冻保存的方法,并验证了冷冻保存后细胞的功能活性 | 仅针对普通章鱼血细胞进行研究,方法在其他软体动物中的适用性需要进一步验证 | 开发软体动物免疫细胞的长期保存方法,为免疫机制研究提供可靠细胞来源 | 普通章鱼(Octopus vulgaris)的血细胞(免疫细胞) | 细胞生物学 | NA | 细胞冷冻保存技术、基因表达分析、吞噬功能检测 | NA | 细胞功能数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
7827 | 2025-10-06 |
Molecular biology of the deadliest cancer - glioblastoma: what do we know?
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1530305
PMID:40191211
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综述 | 本文整合了当前关于胶质母细胞瘤细胞及其微环境的生物学特性和分子通讯模式的知识 | 强调单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤的新见解,并提出个性化多免疫疗法的重要性 | NA | 总结胶质母细胞瘤的分子生物学特征并探讨潜在治疗策略 | 胶质母细胞瘤细胞及其肿瘤微环境 | 分子生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7828 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals immunosuppressive microenvironment and highlights tumor-promoting macrophage cells in Glioblastoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0312764
PMID:40193323
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示胶质母细胞瘤免疫抑制微环境特征及肿瘤促进性巨噬细胞亚型 | 首次在单细胞水平系统鉴定胶质母细胞瘤中五种肿瘤相关巨噬细胞亚型,并发现具有M2极化特征的TAM_MRC1亚型和耗竭表型的CD56dim_DNAJB1自然杀伤细胞亚群 | 样本量相对有限(24名患者),未进行功能性验证实验 | 解析胶质母细胞瘤微环境的细胞异质性和免疫抑制机制 | 胶质母细胞瘤患者肿瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 24名胶质母细胞瘤患者的48个肿瘤片段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7829 | 2025-05-17 |
Single-cell analysis reveals potential therapeutic markers of peripheral blood mononuclear cells from bladder cancer patients
2025, Brazilian journal of medical and biological research = Revista brasileira de pesquisas medicas e biologicas
DOI:10.1590/1414-431X2025e14002
PMID:40367012
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析膀胱癌患者外周血单个核细胞,揭示潜在的治疗标志物 | 首次在膀胱癌患者外周血单个核细胞中鉴定出LAG-3和TIM-3等新型潜在免疫检查点抑制剂靶点,并发现多个与肿瘤进展相关的细胞亚群及其特征基因 | 样本量相对较小(仅包括患者和一名健康供体),且未进行功能验证实验 | 探索膀胱癌免疫治疗的潜在新靶点和生物标志物 | 膀胱癌患者和健康供体的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 44,022个细胞(来自膀胱癌患者和一名健康供体的外周血单个核细胞样本) | NA | NA | NA | NA |
7830 | 2025-05-17 |
The CD38+HLA-DR+ T cells with activation and exhaustion characteristics as predictors of severity and mortality in COVID-19 patients
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1577803
PMID:40370439
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研究论文 | 该研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术,分析了COVID-19患者外周免疫细胞的特征,发现CD38+HLA-DR+ T细胞的扩增与疾病严重程度和死亡率相关 | 首次将CD38+HLA-DR+ T细胞确定为COVID-19预后的新型生物标志物,并揭示了其独特的激活-耗竭表型及对NAD+代谢的影响 | 样本来源仅限于外周血,未评估组织中的免疫细胞特征;研究人群的多样性可能有限 | 寻找COVID-19的新型治疗靶点和早期预测生物标志物 | 健康人、细菌性肺炎患者和COVID-19患者的外周免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞表型数据、基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量,但包括健康人、细菌性肺炎患者和COVID-19患者三类人群 | NA | NA | NA | NA |
7831 | 2025-05-17 |
Single-cell transcriptome reveals potential mechanisms for gout in children
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1577109
PMID:40370447
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探索了儿童痛风的分子机制 | 揭示了CD14+单核细胞和DN T细胞在儿童痛风中的关键作用,以及与成人痛风的异同 | 样本来源仅限于外周血,未涉及痛风关节组织 | 探索儿童痛风的分子机制 | 儿童痛风患者和健康对照的外周血样本 | 生物医学 | 痛风 | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 儿童痛风患者和健康对照的外周血样本(具体数量未说明) | NA | NA | NA | NA |
7832 | 2025-05-17 |
Exploration the role of pro-inflammatory fibroblasts and related markers in periodontitis: combing with scRNA-seq and bulk-seq data
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1537046
PMID:40370461
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组数据分析,探索了促炎性牙龈成纤维细胞(PIGFs)在牙周炎中的作用及其相关分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出与牙周炎发展密切相关的促炎性牙龈成纤维细胞亚群,并发现MME和TSPAN11两个基因作为潜在治疗靶点 | 研究样本量有限,且未在更大人群中验证MME和TSPAN11的临床效果 | 探索促炎性牙龈成纤维细胞在牙周炎发病机制中的作用及其分子机制 | 牙龈成纤维细胞(GFs)及其亚群促炎性牙龈成纤维细胞(PIGFs) | 数字病理学 | 牙周炎 | scRNA-seq, bulk-seq, qPCR, 免疫荧光染色 | 多种机器学习算法 | RNA测序数据 | 来自正常和牙周炎患者的scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
7833 | 2025-05-17 |
Unraveling the role of histone acetylation in sepsis biomarker discovery
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1582181
PMID:40370519
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研究论文 | 本研究通过转录组和单细胞RNA测序数据,结合机器学习算法,发现了与组蛋白乙酰化相关的脓毒症生物标志物 | 首次将组蛋白乙酰化与脓毒症生物标志物发现联系起来,并利用多种机器学习算法和孟德尔随机化方法进行验证 | 研究样本量未明确说明,且需要进一步临床验证 | 发现脓毒症早期诊断和预后的有效生物标志物 | 脓毒症患者(具体样本信息未提供) | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 孟德尔随机化 | LASSO, SVM-RFE, Boruta | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7834 | 2025-05-17 |
Resveratrol targeting MDM2/P53/PUMA axis to inhibit colonocyte apoptosis in DSS-induced ulcerative colitis mice
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1572906
PMID:40371345
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research paper | 该研究探讨了白藜芦醇通过调节MDM2/P53/PUMA轴抑制结肠细胞凋亡,从而治疗DSS诱导的溃疡性结肠炎的潜力 | 揭示了白藜芦醇通过MDM2/P53/PUMA轴抑制结肠细胞凋亡的新机制,并验证了MDM2作为溃疡性结肠炎治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人体中进行验证 | 研究白藜芦醇在溃疡性结肠炎治疗中的作用机制和疗效 | DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型和体外培养的结肠细胞 | 生物医学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞测序、免疫荧光染色、腺相关病毒系统 | 小鼠溃疡性结肠炎模型 | 实验数据 | 未明确说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
7835 | 2025-10-06 |
Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat
2024-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54821-x
PMID:39627184
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研究论文 | 开发CrossChat计算框架用于检测细胞间通讯的全局和局部层次结构 | 提出首个能够同时推断细胞间通讯全局和局部层次结构的计算方法,突破了现有方法仅能在预定义细胞群间分析通讯的局限 | 方法验证仅限于文中提到的四个数据集,需要更多数据验证通用性 | 开发计算框架以揭示细胞间通讯的层次结构 | 细胞间通讯系统 | 生物信息学 | COVID-19, 皮肤发育 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 多分辨率聚类, 树检测方法 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 两个非空间scRNA-seq数据集(COVID-19患者和小鼠胚胎皮肤), 两个空间转录组数据集(小鼠胚胎和小鼠创伤皮肤) | 10x Genomics, BGI | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium空间转录组技术, BGI Stereo-seq空间转录组技术 |
7836 | 2025-10-06 |
Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis
2024-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54445-1
PMID:39627185
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现肺内皮细胞在黑色素瘤转移过程中的转录重编程,揭示了Pim3激酶在保护血管屏障功能中的关键作用 | 首次发现反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)及其标志物Pim3激酶在肺转移微环境中保护血管屏障功能的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证有限;观察时间点较早(6小时),长期效应尚不明确 | 探究肺转移微环境中内皮细胞的分子调控机制及其在癌症转移中的作用 | 小鼠肺内皮细胞和黑色素瘤细胞 | 单细胞生物学 | 肺癌转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7837 | 2025-10-06 |
Granzyme K+CD8+ T cells interact with fibroblasts to promote neutrophilic inflammation in nasal polyps
2024-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54685-1
PMID:39614076
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析发现GZMK+CD8+ T细胞通过与成纤维细胞相互作用促进鼻息肉中的中性粒细胞炎症 | 首次发现GZMK+CD8+ T细胞通过表达CXCR4与分泌CXCL12的成纤维细胞相互作用,独特地通过GZMK而非其他颗粒酶诱导中性粒细胞趋化因子产生 | NA | 阐明慢性鼻窦炎伴鼻息肉中中性粒细胞炎症的潜在机制 | 鼻息肉组织中的免疫细胞和基质细胞 | 单细胞生物学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞分析,空间转录组学,T细胞受体测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,T细胞受体序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
7838 | 2025-10-06 |
COVID-19 progression and convalescence in common variable immunodeficiency patients show dysregulated adaptive immune responses and persistent type I interferon and inflammasome activation
2024-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54732-x
PMID:39609471
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析普通变异型免疫缺陷病(CVID)患者在COVID-19感染前后的免疫反应特征 | 首次揭示CVID患者在COVID-19康复期仍持续存在I型干扰素特征和炎症小体激活,并发现适应性免疫反应失调的详细机制 | 样本量有限,未明确完整体液免疫在这些过程中的具体调控机制 | 研究CVID患者对SARS-CoV-2感染的免疫反应特征和长期影响 | 普通变异型免疫缺陷病(CVID)患者 | 免疫学 | 免疫缺陷病 | 单细胞RNA测序,光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | CVID患者外周血样本(感染前、感染期间和康复期) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7839 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptomic census of mammalian olfactory epithelium aging
2024-11-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.020
PMID:39173624
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析年轻与年老小鼠嗅觉上皮,揭示衰老过程中的细胞和分子变化 | 首次在单细胞分辨率下系统绘制哺乳动物嗅觉上皮衰老的转录组图谱,识别了21种细胞类型中的衰老相关差异表达基因 | 研究仅限于小鼠模型,人类嗅觉上皮衰老可能存在物种特异性差异 | 探究哺乳动物嗅觉上皮衰老的细胞和分子机制 | 年轻和年老小鼠的嗅觉上皮组织 | 单细胞组学 | 衰老相关嗅觉功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老小鼠嗅觉上皮样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7840 | 2025-10-06 |
Long-Term Follow-up of Levonorgestrel Intrauterine Device for Atypical Hyperplasia and Early Endometrial Cancer Reveals Relapse Characterized by Immune Exhaustion
2024-Nov-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0362
PMID:38922360
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研究论文 | 评估左炔诺孕酮宫内节育器治疗子宫内膜非典型增生和早期子宫内膜癌的长期随访结果及复发机制 | 首次使用空间转录组学分析LIUD治疗过程中免疫微环境变化,揭示复发与免疫耗竭相关 | 样本量较小(仅5例患者的纵向活检),需更大规模研究验证 | 探索LIUD治疗AH/G1EEC的长期疗效及复发机制 | 子宫内膜非典型增生和早期子宫内膜癌患者 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 空间转录组学, 数字空间分析, 细胞类型反卷积分析 | MCP-counter分析 | 组织活检样本 | 43例初始响应患者(其中41例有随访数据),5例患者纵向活检 | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMX数字空间分析系统 | Nanostring GeoMX数字空间分析 |