单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7821	2024-09-30	[Liuwei Buqi capsule modulates immune function by targeting multiple immune cell subsets in lung tissue of patients with COPD] 2021-Oct-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2021.10.07 PMID:34755664	研究论文	研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者肺组织中免疫细胞亚群的特征，并探讨了六味补气胶囊调节COPD免疫和炎症失衡的机制	首次构建了六味补气胶囊-免疫细胞亚群-靶基因网络，并通过KEGG富集分析确定了关键基因和信号通路	研究主要基于单细胞RNA测序数据和动物模型，缺乏人体临床试验数据	探讨COPD患者肺组织中免疫细胞亚群的特征及六味补气胶囊的免疫调节机制	COPD患者肺组织中的免疫细胞亚群及六味补气胶囊的作用机制	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	COPD患者和健康对照组的肺组织样本，以及COPD大鼠模型
7822	2024-09-30	Maximizing single cell dissociation protocol for individual zebrafish embryo 2024-Dec, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2024.102958 PMID:39329153	研究论文	本文介绍了一种优化的小鱼胚胎单细胞分离协议	提出了针对小鱼胚胎的高质量单细胞悬液分离方法	NA	优化单细胞分离技术，以研究细胞异质性和细胞状态	小鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞测序	NA	细胞	单个小鱼胚胎
7823	2024-09-30	Natural hydrogen gas and engineered microalgae prevent acute lung injury in sepsis 2024-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2024.101247 PMID:39328786	研究论文	研究探讨了天然氢气和工程微藻在预防脓毒症引起的急性肺损伤中的作用	提出了DQB@C作为一种新型生物纳米系统，具有治疗脓毒症相关急性肺损伤的巨大潜力	NA	整合氢气和生物纳米微藻，扩展脓毒症的治疗选择	研究氢气和微藻在预防脓毒症引起的急性肺损伤中的作用	生物医学工程	脓毒症	磷酸蛋白质组学、代谢组学和蛋白质组学分析	NA	蛋白质组学数据	小鼠样本
7824	2024-09-30	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis reveal immune-related biomarkers in postmenopausal osteoporosis 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38022 PMID:39328516	研究论文	研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了绝经后骨质疏松症中的免疫相关生物标志物	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出六个免疫相关差异表达基因（IR-DEGs），并构建了绝经后骨质疏松症的分子亚型和诊断模型	研究主要基于公共数据库中的数据，缺乏临床样本的验证	探讨绝经后骨质疏松症的免疫调节机制和早期诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症患者的外周血单核细胞	生物信息学	骨质疏松症	RNA测序	随机森林（RF）、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）和LASSO回归模型	RNA	训练组使用GSE56815数据集，验证组使用GSE2208数据集，涉及单细胞RNA测序数据分析11个不同的细胞簇
7825	2024-09-30	NOX2 mediates NLRP3/ROS facilitating nasal mucosal epithelial inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38029 PMID:39328569	研究论文	本研究探讨了NOX2在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中通过NLRP3/ROS途径促进鼻黏膜上皮炎症的机制	首次利用单细胞RNA测序数据揭示了NOX2在CRSwNP中通过ROS积累和NLRP3炎症小体激活的关键作用	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨氧化应激在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）鼻黏膜上皮细胞中的机制	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）的鼻黏膜上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	HRA000772数据集中的单细胞RNA测序数据
7826	2024-09-30	Non-thermal atmospheric pressure plasma induces selective cancer cell apoptosis by modulating redox homeostasis 2024-Sep-26, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01810-8 PMID:39327567	研究论文	研究非热等离子体通过调节氧化还原稳态诱导选择性癌细胞凋亡的机制	首次详细探讨了非热等离子体通过调节氧化还原稳态诱导选择性癌细胞凋亡的机制	研究仅限于HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞，未涵盖其他类型的癌细胞	探索非热等离子体诱导选择性细胞死亡的机制及其在癌症治疗中的应用	HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞	NA	NA	非热等离子体处理、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像	HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞
7827	2024-09-30	Beyond the bulk: overview and novel insights into the dynamics of muscle satellite cells during muscle regeneration 2024-Sep-26, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-024-00354-1 PMID:39327631	综述	本文综述了肌肉卫星细胞在肌肉再生过程中的动态变化，并介绍了单细胞技术在研究中的应用	利用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，揭示了肌肉再生过程中肌肉卫星细胞的动态异质性	NA	综述肌肉卫星细胞在肌肉再生中的作用，并探讨单细胞技术带来的新见解	肌肉卫星细胞及其在肌肉再生中的动态变化	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
7828	2024-09-30	Ketamine ameliorates post-traumatic social avoidance by erasing the traumatic memory encoded in VTA-innervated BLA engram cells 2024-Sep-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.06.026 PMID:39032491	研究论文	研究探讨了氯胺酮通过消除中脑腹侧被盖区（VTA）投射到基底外侧杏仁核（BLA）的记忆细胞中的创伤记忆，减轻创伤后社交回避的作用	首次揭示了氯胺酮在记忆再巩固窗口期内通过减少BLA记忆细胞的活性和数量，有效缓解创伤后社交回避，并发现多巴胺D2受体在这一过程中的关键作用	研究仅在急性社会挫败应激（SDS）小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨氯胺酮在创伤后应激障碍（PTSD）治疗中的作用机制	创伤后社交回避及相关的记忆细胞	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
7829	2024-09-30	Single-cell dissection of the human blood-brain barrier and glioma blood-tumor barrier 2024-Sep-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.07.026 PMID:39191260	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术分析了人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征	首次通过单细胞RNA测序构建了人脑血脑屏障的分子图谱，并揭示了胶质母细胞瘤中血脑屏障的异常特征	研究样本仅限于13例手术切除的胶质瘤样本及其邻近的正常脑组织	探究人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征，并研究其在胶质母细胞瘤中的异常变化	人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征	数字病理学	脑肿瘤	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	13例手术切除的胶质瘤样本及其邻近的正常脑组织，共103,230个细胞
7830	2024-09-30	The cell rejuvenation atlas: leveraging network biology to identify master regulators of rejuvenation strategies 2024-Sep-09, Aging DOI:10.18632/aging.206105 PMID:39264584	研究论文	开发了一个细胞再生图谱，利用网络生物学方法识别再生策略的主调控因子	提出了SINGULAR系统，通过单细胞RNA测序和网络生物学方法，系统分析多种再生策略在多个器官中的效果	目前仅限于分析已知的再生策略，未来需要验证和扩展到更多策略	解决当前再生策略效果有限且机制不明的问题，设计更全面的细胞再生策略	多种器官的细胞再生策略及其分子机制	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	网络生物学	基因表达数据	多个器官的单细胞样本
7831	2024-09-30	Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: A single-cell analysis in rhesus macaques 2024-Sep, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012168 PMID:39283947	研究论文	研究了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的单细胞RNA测序分析	首次在急性SIV感染的恒河猴中枢神经系统中进行了单细胞RNA测序，揭示了微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞的不同亚群及其在感染期间的动态变化	样本量较小，仅包括三只感染SIV的恒河猴和三只未感染的对照组	探讨急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的动态变化及其与神经退行性疾病的潜在关联	急性SIV感染的恒河猴中枢神经系统中的微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三只感染SIV的恒河猴和三只未感染的对照组
7832	2024-09-30	Single-cell resolution profiling of the immune microenvironment in primary and metastatic nasopharyngeal carcinoma 2024-Aug-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05900-5 PMID:39158776	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对原发性和转移性鼻咽癌的免疫微环境进行了高分辨率分析	首次在单细胞水平上详细描述了鼻咽癌转移的进化动态及其对肿瘤微环境的影响	NA	研究鼻咽癌转移的进化路径及其免疫微环境的动态变化	原发性和转移性鼻咽癌患者的肿瘤样本及外周血单个核细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	24例原发性鼻咽癌、7例外周血单个核细胞鼻咽癌和7例转移性鼻咽癌患者的样本，共292,298个细胞
7833	2024-09-30	Consensus clustering and development of a risk signature based on trajectory differential genes of cancer-associated fibroblast subpopulations in colorectal cancer 2024-Aug-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05906-z PMID:39120743	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的轨迹差异，并通过共识聚类和机器学习构建了风险特征	首次基于癌症相关成纤维细胞亚群的轨迹差异基因进行共识聚类，并开发了高风险特征签名	研究主要基于批量和单细胞测序数据，未涵盖所有可能的成纤维细胞亚群	探讨癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的作用，并开发新的预后标志物	结直肠癌患者的癌症相关成纤维细胞亚群及其轨迹差异基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	机器学习	基因数据	NA
7834	2024-09-30	Microglial heterogeneity in the ischemic stroke mouse brain of both sexes 2024-Aug-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01368-7 PMID:39095897	研究论文	研究探讨了永久性脑卒中对小鼠大脑中微胶质细胞的影响及其异质性	首次通过单细胞RNA测序分析了脑卒中后微胶质细胞的异质性，并发现了与脑卒中相关的七个潜在微胶质细胞簇	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床环境中验证	解析永久性脑卒中对微胶质细胞的影响，探索潜在的治疗靶点	小鼠大脑中的微胶质细胞	数字病理学	脑卒中	单细胞RNA测序	NA	RNA	年轻雄性和雌性小鼠
7835	2024-09-30	Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02235-4 PMID:38528186	研究论文	本文展示了大型语言模型GPT-4在单细胞RNA测序分析中利用标记基因信息准确注释细胞类型的能力	GPT-4能够生成与手动注释高度一致的细胞类型注释，显著减少了细胞类型注释所需的努力和专业知识	NA	评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中进行细胞类型注释的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	机器学习	NA	单细胞RNA测序	GPT-4	文本	数百种组织和细胞类型
7836	2024-09-30	Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review 2024-Jul-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303 PMID:38934720	综述	本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用	介绍了新兴技术如bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、单核RNA-seq和空间转录组学在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用	存在成本高、细胞大小限制、样本差异和复杂分析过程等挑战	探讨转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用，以促进心脏健康和心脏疾病治疗	心肌细胞与生物材料的相互作用	再生医学	心血管疾病	RNA-seq	机器学习	转录组数据	NA
7837	2024-09-30	Cryopreservation of cerebrospinal fluid cells preserves the transcriptional landscape for single-cell analysis 2024-Mar-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03047-1 PMID:38521932	研究论文	研究探讨了不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响	首次比较了三种不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响，发现冷冻保存方法对细胞类型比例、细胞应激标志物和整体基因表达的影响较小	研究样本量较小，仅涉及三种冷冻保存方法，且样本来自单一来源	评估不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响	脑脊液细胞的冷冻保存方法及其对单细胞RNA测序结果的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	来自三种不同冷冻保存方法的脑脊液样本，每种方法各一份
7838	2024-09-30	Deep learning-based multimodal spatial transcriptomics analysis for cancer 2024, Advances in cancer research DOI:10.1016/bs.acr.2024.08.001 PMID:39271260	研究论文	本文探讨了深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的整合应用	本文创新性地将深度学习与多模态空间转录组学结合，用于癌症诊断、治疗规划和精准医学	NA	本文旨在探讨深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的应用	本文研究对象为癌症诊断、治疗规划和精准医学	机器学习	NA	深度学习	卷积神经网络	多模态数据	NA
7839	2024-09-30	Single-nuclei transcriptome analysis of channel catfish spleen provides insight into the immunome of an aquaculture-relevant species 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309397 PMID:39325796	研究论文	本文通过单核RNA测序技术分析了养殖相关物种——通道鲶鱼脾脏的转录组，揭示了其免疫系统的细胞组成和基因表达特征	首次对通道鲶鱼脾脏进行单核RNA测序，识别了多种免疫细胞亚群及其基因表达特征	研究仅限于通道鲶鱼脾脏，未涉及其他组织或物种	深入研究通道鲶鱼的免疫系统，特别是脾脏的免疫细胞组成和基因表达	通道鲶鱼脾脏的免疫细胞及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从8,157个细胞中生成了278,717,872条reads，整合数据包括19,613个细胞和20,121个基因
7840	2024-09-30	Specific cell subclusters of dental pulp stem cells respond to distinct pathogens through the ROS pathway 2024, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2024.1452124 PMID:39328360	研究论文	研究分析了牙髓干细胞在受到口腔真菌和细菌感染时的细胞和分子特性	发现了一个特定的牙髓干细胞亚群对不同病原体感染有特异性反应，并通过ROS途径激活MAPK和NF-κB通路引发免疫反应	NA	研究牙髓干细胞在不同病原体感染下的反应机制	牙髓干细胞及其在真菌和细菌感染下的反应	NA	NA	单细胞mRNA测序	NA	mRNA	6名健康受试者的阻生第三磨牙中的牙髓干细胞