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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 7801 - 7820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7801 | 2025-10-06 |
STopover captures spatial colocalization and interaction in the tumor microenvironment using topological analysis in spatial transcriptomics data
2025-Apr-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01457-1
PMID:40170080
|
研究论文 | 提出一种利用空间转录组学数据和拓扑分析研究肿瘤微环境空间共定位和相互作用的新方法STopover | 通过逐步降低特征阈值提取连通组件，基于空间距离和持久性量化空间重叠，并通过转录组谱置换评估统计显著性 | NA | 研究肿瘤微环境的空间配置以阐明肿瘤-免疫相互作用 | 肺癌和乳腺癌的空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肺癌, 乳腺癌 | 空间转录组学, 拓扑分析 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7802 | 2025-10-06 |
Landscape of T Cells in Tuberculous Pleural Effusion
2025-Apr, The clinical respiratory journal
DOI:10.1111/crj.70066
PMID:40170555
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结核性胸腔积液中T淋巴细胞亚群的分布特征和功能状态 | 首次在单细胞水平揭示结核性胸腔积液中T淋巴细胞亚群的特异性分布模式，发现CD4CD8双阳性T细胞在胸腔积液中的富集现象 | 样本量较小（仅4例患者），需要更大规模研究验证发现 | 探索结核性胸腔积液中T淋巴细胞亚群的表达模式、调控机制和功能特性 | 结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的CD3 T细胞 | 单细胞组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序，ELISA，T-SNE投影，基因集变异分析，伪时间分析 | NA | 单细胞转录组数据，细胞因子浓度数据 | 4例结核性胸腔积液患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7803 | 2025-10-06 |
scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904
PMID:40184563
|
研究论文 | 开发了一种基于稀疏注意力机制的Transformer模型scTrans，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 采用稀疏注意力机制利用所有非零基因，在降低输入数据维度的同时最小化信息损失 | 未明确说明模型在特定疾病或组织类型上的性能限制 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性 | 小鼠细胞图谱中的31种不同组织 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 接近百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7804 | 2025-10-06 |
CD4+CD25- T-Cell-Secreted IFN-γ Promotes Corneal Nerve Degeneration in Diabetic Mice
2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.4.15
PMID:40192636
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研究论文 | 本研究探讨了糖尿病小鼠角膜神经退化与CD4+CD25- T细胞分泌IFN-γ之间的关系 | 首次发现CD4+CD25- T细胞通过分泌IFN-γ介导糖尿病角膜神经退化，而非传统认为的树突状细胞或CD8+ T细胞 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探索糖尿病角膜病变中角膜神经退化与免疫细胞浸润的因果关系 | 糖尿病小鼠的角膜组织、三叉神经节神经元和免疫细胞 | 免疫学 | 糖尿病角膜病变 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 细胞共培养 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 糖尿病和健康对照小鼠的角膜样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7805 | 2025-10-06 |
Circadian Rhythm Disruption in Triple-Negative Breast Cancer: Molecular Insights and Treatment Strategies
2025-Apr, Journal of pineal research
IF:8.3Q1
DOI:10.1111/jpi.70042
PMID:40193174
|
研究论文 | 探讨昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌的影响及其分子机制 | 首次系统分析三阴性乳腺癌中昼夜节律紊乱的分子特征及其与免疫逃逸的关联 | 未明确说明样本量大小，主要依赖生物信息学分析缺乏实验验证 | 研究昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌发生发展的影响机制 | 三阴性乳腺癌患者样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA测序，代谢组学分析，生物信息学工具 | CYCLOPS（周期性结构循环排序） | RNA测序数据，代谢组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7806 | 2025-10-06 |
Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome
2025-Mar-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07959-3
PMID:40164749
|
研究论文 | 提出一种半监督少样本迁移学习方法SSDA4Drug，用于从批量转录组向单细胞转录组迁移药物敏感性知识，识别肿瘤中的耐药细胞 | 首次采用半监督对抗域适应方法从批量转录组向单细胞转录组迁移药物敏感性知识，仅需1-2个标记样本即可显著提升单细胞药物反应预测性能 | 未明确说明方法在更大规模数据集上的泛化能力及计算效率 | 开发单细胞水平药物反应预测方法，识别肿瘤中的耐药细胞亚群 | 肿瘤细胞（肺癌细胞、口腔鳞状细胞癌细胞、前列腺癌细胞） | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | 半监督对抗域适应，迁移学习 | 转录组数据 | 多个独立单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7807 | 2025-10-06 |
The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma
2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12891-024-08231-1
PMID:40165145
|
研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网相关基因FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能 | 首次构建了骨肉瘤中NET相关基因预后模型，并在单细胞分辨率验证了FPR1的抑癌作用和免疫调节功能 | 研究主要基于公共数据库分析，需要进一步实验验证 | 探究FPR1基因在骨肉瘤中的预后意义和生物学功能 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞系 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | LASSO算法, 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法, CCK-8检测, Transwell实验 | 预后模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TARGET和GEO数据库中的骨肉瘤数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7808 | 2025-10-06 |
Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations
2025-Mar-31, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04001-5
PMID:40165248
|
研究论文 | 本研究通过调控耗竭CD8+T细胞中线粒体动力学，增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果 | 首次发现富亮氨酸重复激酶2通过磷酸化动力相关蛋白1调控线粒体分裂，影响耗竭CD8+T细胞亚群间的相互转化 | 研究主要基于小鼠模型，人体验证样本有限 | 探索通过调控T细胞能量代谢增强糖尿病免疫治疗效果的机制 | NOD小鼠、NY8.3小鼠、HEK-293T细胞系、原代细胞及1型糖尿病患者外周血单个核细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序、T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 小鼠模型和1型糖尿病患者PBMCs | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 7809 | 2025-10-06 |
Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola
2025-Mar-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03542-5
PMID:40165295
|
研究论文 | 本研究通过染色体级别基因组组装和单细胞分析揭示了蛇尾类动物臂再生的分子机制 | 首次报道了Ophiura sarsii vadicola的染色体级别基因组，并结合单细胞RNA测序揭示了再生过程中的细胞动态变化 | NA | 探究蛇尾类动物臂再生的分子机制 | 蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7810 | 2025-10-06 |
Dynamic single-cell transcriptomic reveals the cellular heterogeneity and a novel fibroblast subpopulation in laryngotracheal stenosis
2025-Mar-31, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00639-6
PMID:40165307
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研究论文 | 本研究通过动态单细胞转录组测序揭示了喉气管狭窄发展过程中的细胞异质性，并发现了一种新型成纤维细胞亚群 | 首次对喉气管狭窄进行动态单细胞RNA测序，发现并鉴定了一个表达软骨生成标志物的新型成纤维细胞亚群CIRF | 研究基于大鼠模型，结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 探索喉气管狭窄发展过程中的细胞异质性及其分子机制 | 喉气管狭窄大鼠模型的喉气管组织 | 单细胞转录组学 | 喉气管狭窄 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 喉气管狭窄大鼠模型多个时间点的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7811 | 2025-10-06 |
Exploring the mechanisms of PANoptosis in osteoarthritis and the therapeutic potential of andrographolide through bioinformatics and single-cell analysis
2025-Mar-31, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00629-8
PMID:40165317
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研究论文 | 通过生物信息学和单细胞分析探索骨关节炎中PANoptosis机制及穿心莲内酯的治疗潜力 | 首次系统分析骨关节炎中PANoptosis相关基因，并发现穿心莲内酯作为潜在治疗药物 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步体内实验验证 | 探索骨关节炎中PANoptosis机制及寻找治疗药物 | 骨关节炎软骨组织和软骨细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,分子对接,Western blotting,qRT-PCR | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7812 | 2025-10-06 |
scRNA-seq of the intestine reveals the key role of mast cells in early gut dysfunction associated with acute pancreatitis
2025-Mar-28, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v31.i12.103094
PMID:40182603
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究急性胰腺炎早期肠道功能障碍中肥大细胞的关键作用 | 首次在单细胞水平揭示急性胰腺炎早期肠道屏障功能障碍中肥大细胞通过分泌CCL5促进中性粒细胞和巨噬细胞浸润的新机制 | 研究样本量相对有限，仅包含正常组和两个不同时间点的急性胰腺炎模型 | 探索急性胰腺炎相关肠道损伤的生物学过程和机制，寻找早期预防或治疗肠道屏障损伤的潜在靶点 | 小鼠小肠组织细胞 | 单细胞组学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 33232个细胞，包含正常组、AP1组(4次雨蛙素注射)和AP2组(8次雨蛙素注射) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7813 | 2025-10-06 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.25.609458
PMID:39229123
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中时空基因表达图谱 | 首次系统分析了颅神经板闭合过程中870个基因的空间调控表达模式，并揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种验证 | 研究早期哺乳动物大脑发育过程中的转录调控事件 | 小鼠胚胎颅神经板 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7814 | 2025-10-06 |
MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf086
PMID:40052440
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研究论文 | 提出一种名为MAEST的图神经网络模型，用于空间转录组数据中的空间域检测 | 使用图掩码自编码器进行去噪和表示精炼，结合图对比学习防止特征崩溃，集成单跳和多跳表示捕获局部和全局空间关系 | 未在摘要中明确说明 | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和鲁棒性 | 人类大脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎等多种组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图神经网络(GNN)、图掩码自编码器、图对比学习 | 基因表达谱空间数据 | 多个数据集，包括人类大脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7815 | 2025-10-06 |
Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf089
PMID:40062616
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研究论文 | 提出一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 整合循环变分自编码器、格兰杰因果关系、稀疏诱导惩罚和基于负二项分布的损失函数，专门针对时间序列scRNA-seq数据的高噪声和稀疏性问题 | 未明确提及具体局限性 | 开发能够准确推断时间序列单细胞RNA测序数据中基因调控网络的新方法 | 小鼠全脑单细胞RNA测序数据和五个转录调控因子(E2f7, Gbx1, Sox10, Prox1, Onecut2) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 循环变分自编码器 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7816 | 2025-10-06 |
scMUG: deep clustering analysis of single-cell RNA-seq data on multiple gene functional modules
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf138
PMID:40188497
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研究论文 | 本文提出了一种整合基因功能模块信息的单细胞RNA测序数据深度聚类分析方法scMUG | 首次将基因功能关联信息整合到单细胞RNA测序聚类分析中，并提出了结合局部密度和全局分布的新型相似性度量方法 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题，提升细胞聚类分析性能 | 人类单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度聚类 | 基因表达数据 | 9个人类单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7817 | 2025-10-06 |
Exploring the regulatory role of CNPY3 as a prognostic biomarker on human glioma cell migration, invasion and immune infiltration
2025-Mar, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251328162
PMID:40171811
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研究论文 | 本研究探讨CNPY3作为预后生物标志物在胶质瘤细胞迁移、侵袭和免疫浸润中的调控作用 | 首次系统研究CNPY3在胶质瘤中的调控机制，揭示其与免疫微环境和肿瘤细胞迁移侵袭的关系 | 研究主要基于公共数据库分析和体外细胞实验，缺乏体内实验验证 | 探索CNPY3作为预后生物标志物在胶质瘤中的调控作用 | 人类胶质瘤细胞和公共数据库中的胶质瘤临床数据 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 生物信息学分析，细胞划痕实验，transwell实验，单细胞测序 | COX回归分析，GSVA分析 | 基因表达数据，临床数据，单细胞测序数据 | 公共数据库中的胶质瘤样本和U87MG细胞系 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 7818 | 2025-10-06 |
CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576317
PMID:38328105
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研究论文 | 介绍了一种名为CHOIR的聚类方法，通过随机森林和置换测试优化单细胞数据中的细胞类型识别 | 提出了一种基于随机森林分类器和置换测试的层次聚类优化框架，能够统计确定不同细胞群体 | NA | 解决单细胞数据聚类中过度聚类或不足聚类的问题，提高细胞类型识别的准确性 | 单细胞数据中的细胞类型和状态 | 生物信息学 | NA | 随机森林, 置换测试, 层次聚类 | 随机森林 | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 空间转录组, 多组学数据 | 100个模拟数据集和4个真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 7819 | 2025-10-06 |
Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis
2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554649
PMID:37662229
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研究论文 | 通过单细胞转录组学与空间图像分析整合，识别出14个沿肠道拓扑组织的肠嗜铬细胞亚群 | 首次系统性地识别出14个功能各异的肠嗜铬细胞亚群，并揭示其沿肠道的空间分布规律 | 肠嗜铬细胞功能多样性的分子和细胞基础仍需进一步明确 | 解析肠嗜铬细胞的功能多样性及其分子机制 | 肠嗜铬细胞 | 单细胞生物学 | 肠道疾病 | 单细胞转录组测序, 空间图像分析, 遗传学方法, 化学遗传学, 药理学方法 | NA | 单细胞转录组数据, 空间图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7820 | 2025-10-06 |
CENPF as a Potential Biomarker Associated with the Immune Microenvironment of Renal Cancer
2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/15330338251330791
PMID:40165474
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研究论文 | 本研究探讨CENPF作为肾癌潜在预后生物标志物的作用及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 首次系统揭示CENPF在肾癌中的表达特征及其与免疫细胞浸润的关联机制 | 研究主要基于公共数据库和回顾性样本，需要进一步实验验证 | 探索CENPF作为肾癌预后生物标志物的潜力及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 肾癌患者组织样本、血浆样本及公共数据库中的肾癌数据 | 生物信息学 | 肾癌 | qPCR, 单细胞测序, 生物信息学分析 | Cox回归分析, CIBERSORT算法 | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床数据 | TCGA数据库中的KICH、KIRP、KIRC样本及GSE159115单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |