单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 7801 - 7820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7801 | 2024-09-30 |
nsDCC: dual-level contrastive clustering with nonuniform sampling for scRNA-seq data analysis
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae477
PMID:39327063
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研究论文 | 提出了一种名为nsDCC的双层对比聚类方法，结合非均匀采样技术用于单细胞RNA测序数据分析 | 引入双层对比聚类方法，结合实例级和聚类级对比，同时优化降维和聚类任务，并通过非均匀采样和注意力机制增强模型性能 | NA | 开发一种新的方法来优化单细胞RNA测序数据的降维和聚类任务 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 对比学习 | 对比聚类模型 | RNA测序数据 | 涉及真实和模拟的单细胞RNA测序数据集 |
| 7802 | 2024-09-30 |
Identification of Hypoxia-ALCAMhigh Macrophage- Exhausted T Cell Axis in Tumor Microenvironment Remodeling for Immunotherapy Resistance
2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309885
PMID:38956900
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研究论文 | 研究通过整合bulk、单细胞和空间转录组学数据，揭示了肿瘤微环境中缺氧与免疫逃逸的关系，并发现了一个由恶性细胞、ALCAM巨噬细胞和耗竭的CD8 T细胞组成的缺氧相关细胞间通讯枢纽 | 首次揭示了缺氧通过ALCAM巨噬细胞-耗竭T细胞轴影响免疫治疗抵抗的机制，并提出了通过抑制HIF-1ɑ来增强免疫治疗效果的新策略 | 研究主要基于预临床数据，需要在临床试验中进一步验证 | 揭示肿瘤微环境中缺氧与免疫逃逸的关系，并探索克服缺氧引起的免疫治疗抵抗的新策略 | 肿瘤微环境中的缺氧、ALCAM巨噬细胞和耗竭的CD8 T细胞 | 数字病理学 | 癌症 | bulk、单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7803 | 2024-09-30 |
Innate immune responses against mRNA vaccine promote cellular immunity through IFN-β at the injection site
2024-Aug-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51411-9
PMID:39191748
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研究论文 | 研究了mRNA疫苗注射部位的免疫反应，特别是通过IFN-β促进细胞免疫的过程 | 首次详细描述了mRNA疫苗注射部位的免疫反应机制，特别是注射部位成纤维细胞对mRNA的响应以及IFN-β信号在增强抗原特异性细胞免疫反应中的作用 | 研究仅限于BALB/c雌性小鼠模型，可能无法完全代表所有人群的免疫反应 | 探讨mRNA疫苗注射部位的免疫反应机制，特别是IFN-β在促进细胞免疫中的作用 | mRNA疫苗注射部位的免疫反应，特别是成纤维细胞和树突状细胞的响应 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | BALB/c雌性小鼠 |
| 7804 | 2024-09-30 |
Hormonal gatekeeping via the blood-brain barrier governs caste-specific behavior in ants
2023-09-28, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.08.002
PMID:37683635
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研究论文 | 揭示血脑屏障在调节蚂蚁复杂社会行为中的新作用 | 发现血脑屏障中的关键激素降解酶——保幼激素酯酶（Jhe）在调节蚂蚁社会行为中的作用 | 研究主要集中在蚂蚁和果蝇，未涉及其他物种 | 探讨血脑屏障在调节蚂蚁社会行为中的作用 | 蚂蚁和果蝇的血脑屏障及保幼激素酯酶 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 蚂蚁和果蝇的样本 |
| 7805 | 2024-09-30 |
Reliable Identification and Interpretation of Single-Cell Molecular Heterogeneity and Transcriptional Regulation using Dynamic Ensemble Pruning
2023-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205442
PMID:37290050
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研究论文 | 提出了一种动态集成剪枝框架（DEPF）用于识别和解释单细胞分子异质性和转录调控 | 开发了基于轮廓系数的指示器来确定双目标函数的优化方向，并设计了双目标果蝇优化算法来动态剪枝低质量的基本聚类 | NA | 解决无监督聚类模型中目标函数优化方向与最终聚类标签不一致的问题 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 自编码器 | 基因表达数据 | 28个真实scRNA-seq数据集和一个大型真实scRNA-seq数据集 |
| 7806 | 2024-09-30 |
MAPK inhibitor sensitivity scores predict sensitivity driven by the immune infiltration in pediatric low-grade gliomas
2023-07-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40235-8
PMID:37500667
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研究论文 | 本文研究了MAPK抑制剂敏感性评分在预测儿童低级别胶质瘤免疫浸润驱动敏感性中的作用 | 通过单样本基因集富集分析计算MAPKi敏感性评分，并发现其与免疫细胞浸润和治疗反应相关 | 需要在前瞻性临床试验中验证这些评分 | 开发更复杂的生物标志物以识别可能从MAPK抑制剂治疗中受益的儿童低级别胶质瘤患者 | 儿童低级别胶质瘤及其对MAPK抑制剂的反应 | NA | 儿童低级别胶质瘤 | 单样本基因集富集分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了GDSC数据集和独立的PDX数据集 |
| 7807 | 2024-09-30 |
Liver in infections: a single-cell and spatial transcriptomics perspective
2023-Jul-10, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-023-00945-z
PMID:37430371
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综述 | 本文综述了高吞吐量单细胞技术的发展及其在理解肝脏在感染中的功能方面的应用 | 本文重新定义了我们对肝脏在感染中的功能的理解，并揭示了以前未知的致病途径和疾病机制 | NA | 总结新兴高吞吐量单细胞技术的发展，并重新定义我们对肝脏在感染中的功能的理解 | 肝脏在感染中的功能，包括乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、疟原虫、血吸虫病、内毒素血症和新冠病毒病2019 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7808 | 2024-09-30 |
Spatial Transcriptomics: Technical Aspects of Recent Developments and Their Applications in Neuroscience and Cancer Research
2023-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202206939
PMID:37026425
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综述 | 本文综述了空间转录组学的最新进展及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 空间转录组学从传统生物学研究转向“原位”生物学，提供了转录组规模的空间信息 | NA | 探讨空间转录组学的技术进展及其在生物医学领域的应用 | 空间转录组学技术及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7809 | 2024-09-30 |
Identification of potential resistance mechanisms and therapeutic targets for the relapse of BCMA CAR-T therapy in relapsed/refractory multiple myeloma through single-cell sequencing
2023-May-08, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00402-5
PMID:37158921
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了BCMA CAR-T治疗后复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境，识别潜在的耐药机制和治疗靶点 | 本研究首次通过单细胞RNA测序深入分析了BCMA CAR-T治疗后复发的耐药机制，并探索了新的治疗靶点 | 研究结果需要进一步的实验验证 | 深入分析BCMA CAR-T治疗后复发的耐药机制，并探索新的治疗靶点 | 复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA数据 | 复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓CD45+细胞 |
| 7810 | 2024-09-30 |
Novel Human Meningioma Organoids Recapitulate the Aggressiveness of the Initiating Cell Subpopulations Identified by ScRNA-Seq
2023-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205525
PMID:36994665
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术识别出高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群，并通过建立患者来源的脑膜瘤类器官模型，验证了该亚群的侵袭性，并发现了一种潜在的治疗药物 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群，并建立了患者来源的脑膜瘤类器官模型来验证其侵袭性 | NA | 揭示高级别脑膜瘤恶性进展和复发的机制，并寻找新的治疗靶点 | 高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群及其在肿瘤进展和复发中的作用 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 7811 | 2024-09-30 |
Enabling Single-Cell Drug Response Annotations from Bulk RNA-Seq Using SCAD
2023-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204113
PMID:36762572
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研究论文 | 本文提出了一种转移学习模型，利用批量RNA测序数据推断单细胞水平的药物敏感性 | 本文首次提出了一种转移学习模型，通过学习大量公共数据集中的细胞系群体转录组谱和药物基因组信息，推断单细胞水平的药物疗效 | 本文的局限性在于依赖于预临床细胞系数据，可能无法完全反映临床实际情况 | 研究目的是通过单细胞水平的药物敏感性推断，理解抗癌反应异质性和药物抗性的机制 | 研究对象是单细胞和批量RNA测序数据中的药物敏感性 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | 转移学习模型 | 基因表达数据 | 大量公共数据集中的细胞系群体 |
| 7812 | 2024-09-30 |
Complex Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Data
2023-Feb, Biochemistry. Biokhimiia
DOI:10.1134/S0006297923020074
PMID:37072324
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的不同方法，讨论了生物信息学工具的优缺点，并提供了成功应用的示例和改进建议 | 强调了创建新的多组学协议以更全面地理解单个细胞的必要性 | 讨论了现有生物信息学工具的优缺点 | 探讨单细胞RNA测序数据分析的方法及其在临床和研究中的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在疾病分子机制分析中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7813 | 2024-09-30 |
A marker gene-based method for identifying the cell-type of origin from single-cell RNA sequencing data
2023, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2023.102196
PMID:37424758
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研究论文 | 本文介绍了一种基于标记基因的单细胞RNA测序数据细胞类型识别方法Sargent | Sargent是一种无需转换和聚类的单细胞注释算法，能够快速准确地识别细胞类型起源，并保留了基于聚类的手动注释的灵活性和生物可解释性 | NA | 开发一种能够快速准确识别单细胞RNA测序数据中细胞类型起源的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据和来自人体器官（如PBMC、心脏、肾脏和肺）的单细胞RNA测序数据 |
| 7814 | 2024-09-30 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Longevity Immune Remodeling Features Shared by Centenarians and Their Offspring
2022-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204849
PMID:36354175
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代共享的长寿免疫重塑特征 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代在免疫细胞群和功能上的共同特征 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探究百岁老人及其后代共享的长寿相关免疫特征 | 百岁老人、百岁老人的后代及其配偶或邻居的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 共22个样本，包括7个百岁老人、6个百岁老人的后代和9个对照组 |
| 7815 | 2024-09-30 |
SOTIP is a versatile method for microenvironment modeling with spatial omics data
2022-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34867-5
PMID:36443314
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SOTIP的多任务分析方法，用于整合空间组学数据中的微环境及其相互关系，并进行空间异质性量化、空间域识别等下游任务 | SOTIP方法创新地将微环境及其相互关系整合到一个统一的图中，能够进行多种下游分析任务，并揭示了空间异质性模式 | NA | 开发一种能够整合空间组学数据中微环境及其相互关系的多任务分析方法 | 小鼠大脑皮层和人类三阴性乳腺癌的空间转录组和蛋白质组数据 | 空间组学 | 三阴性乳腺癌 | 空间组学 | 图模型 | 空间组学数据 | 两个独立的小鼠大脑皮层空间转录组数据集和人类三阴性乳腺癌空间蛋白质组数据集 |
| 7816 | 2024-09-30 |
Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal the Immunological Microenvironment of Cervical Squamous Cell Carcinoma
2022-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202203040
PMID:35986392
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研究论文 | 使用单核RNA测序和空间转录组学技术研究宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈鳞状细胞癌中免疫抑制基因的表达模式及特定细胞群的分布特征 | 研究样本量较小，且仅限于宫颈鳞状细胞癌，结果可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境，为晚期宫颈癌的治疗提供新思路 | 宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境及癌症相关成纤维细胞的功能 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单核RNA测序（snRNA-seq）和空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq） | NA | 基因表达数据 | 少量样本，具体数量未明确提及 |
| 7817 | 2024-09-30 |
Cell-type modeling in spatial transcriptomics data elucidates spatially variable colocalization and communication between cell-types in mouse brain
2022-01-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2021.09.004
PMID:34626538
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研究论文 | 本文开发了一种神经网络模型STANN，用于空间转录组数据中的细胞类型建模，并揭示了小鼠大脑中细胞类型的空间变异共定位和通信机制 | 本文提出了STANN模型，解决了单细胞空间转录组数据与单细胞RNA测序数据整合的难题，揭示了小鼠嗅球中细胞类型的空间变异特征 | NA | 研究单细胞空间转录组数据中的细胞类型建模及其在复杂组织中的应用 | 小鼠嗅球中的细胞类型及其空间变异特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞空间转录组技术 | 神经网络模型 | 转录组数据 | 小鼠嗅球样本 |
| 7818 | 2024-09-30 |
Transcriptional census of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer
2022-Jan-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abi7640
PMID:34985957
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据，研究了八种不同癌症类型中上皮-间质可塑性的转录特征 | 通过大规模单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内上皮-间质可塑性的表达模式及其多样性 | NA | 研究上皮-间质可塑性在癌症中的分子特征及其对治疗和免疫逃逸的影响 | 八种不同癌症类型的266个肿瘤样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 266个肿瘤样本 |
| 7819 | 2024-09-30 |
Probing transient memory of cellular states using single-cell lineages
2022, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2022.1050516
PMID:36824587
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综述 | 本文综述了利用单细胞谱系研究细胞状态瞬时记忆的最新进展 | 提出了一种基于波动的方法，通过时间点测量揭示细胞状态转换，特别适用于导致细胞死亡或不可逆生理变化的测量 | NA | 探讨细胞状态瞬时遗传性的建模方法及其在不同生物系统中的应用 | 单细胞在不同状态间的动态转换 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7820 | 2024-09-30 |
Recent Technical Advances in Accelerating the Clinical Translation of Small Animal Brain Imaging: Hybrid Imaging, Deep Learning, and Transcriptomics
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.771982
PMID:35402436
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综述 | 本文综述了加速小动物脑成像临床转化的最新技术进展，重点介绍了混合成像、深度学习和转录组学 | 本文介绍了单细胞转录组学和PET示踪剂细胞来源鉴定方法的发展，以及基于深度学习的图像分析技术，以增强成像协议的量化和优化 | 本文讨论了从小动物脑成像向临床转化过程中存在的几个主要障碍，包括生物物种间的内在差异和成像技术上的挑战 | 本文旨在总结小动物神经成像领域的最新进展，以提高其临床转化能力 | 本文主要研究小动物脑成像技术及其临床转化 | 计算机视觉 | NA | 混合成像、深度学习、转录组学 | 深度学习 | 图像 | 小动物（如啮齿动物）脑部样本 |