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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7781 | 2025-10-06 |
Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis
2025-Apr-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.90596
PMID:40184163
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学与空间图像分析相结合,识别了14个沿肠道拓扑组织的肠嗜铬细胞亚群 | 首次整合单细胞转录组学和空间图像分析构建肠嗜铬细胞的分子图谱,识别了14个功能各异的亚群 | 肠嗜铬细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未完全阐明 | 解析肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道稳态中的作用 | 肠嗜铬细胞 | 单细胞生物学 | 肠道疾病 | 单细胞转录组学, 空间图像分析, 遗传学方法, 化学遗传学, 药理学方法 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7782 | 2025-10-06 |
Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics
2025-Apr-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adq1575
PMID:40184463
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研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞转录组学识别Atf3在女性线粒体心肌病转捩过程中的调控作用 | 首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术揭示线粒体心肌病中心肌细胞从代偿到功能不全的转捩机制,并发现Atf3在女性特异性心肌病进展中的关键作用 | 研究样本量有限,仅基于一名患者数据和动物模型,需要在更大人群中验证 | 探究代谢缺陷情况下从代偿到功能障碍转捩的分子机制 | 线粒体心肌病患者心脏组织和Ndufs6基因敲除小鼠模型 | 空间转录组学,单细胞转录组学 | 线粒体心肌病 | 空间转录组学,单核RNA测序(snRNA-seq),假时间轨迹分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | 一名患者心脏样本和基因敲除小鼠模型 | NA | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | NA |
7783 | 2025-10-06 |
RIPK2 promotes colorectal cancer metastasis by protecting YAP degradation from ITCH-mediated ubiquitination
2025-Apr-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07599-9
PMID:40185717
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研究论文 | 本研究揭示了RIPK2通过保护YAP免受ITCH介导的泛素化降解促进结直肠癌转移的机制 | 首次发现RIPK2通过调节ITCH介导的YAP泛素化平衡促进结直肠癌转移,并证实细菌入侵通过NOD2-RIPK2通路激活该过程 | NA | 探索结直肠癌转移机制并寻找治疗靶点 | 结直肠癌细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,蛋白质组学 | NA | 测序数据,蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
7784 | 2025-10-06 |
Partially characterized topology guides reliable anchor-free scRNA-integration
2025-Apr-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07988-y
PMID:40185996
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研究论文 | 提出scCRAFT自编码器模型,通过分离细胞类型相关信号与批次效应实现可靠的单细胞RNA测序批次整合 | 引入创新的双分辨率三元组损失机制,有效对抗领域适应损失在异质细胞分布中的过校正效应 | NA | 解决单细胞RNA测序批次整合中可靠批次校正与生物信号异质性保留的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7785 | 2025-10-06 |
CCR8 antagonist suppresses liver cancer progression via turning tumor-infiltrating Tregs into less immunosuppressive phenotype
2025-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03286-x
PMID:40186298
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研究论文 | 本研究通过CCR8拮抗剂IPG0521m将肿瘤浸润性Tregs转化为免疫抑制性较低的表型,从而抑制肝癌进展 | 首次揭示CCR8拮抗剂在肝癌中的作用机制,证明其能将肿瘤浸润性Tregs从高免疫抑制表型转化为低免疫抑制表型 | 研究主要基于小鼠肝癌模型,人类临床效果仍需进一步验证 | 探究CCR8拮抗剂在肝癌治疗中的作用及机制 | 人类肝癌组织、TCGA数据库、小鼠肝癌模型 | 肿瘤免疫学 | 肝癌 | 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、实时PCR | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 人类肝癌组织和小鼠肝癌模型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
7786 | 2025-10-06 |
Identification of biomarkers for endometriosis based on summary-data-based Mendelian randomization and machine learning
2025-Apr-04, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000041804
PMID:40193647
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研究论文 | 本研究通过整合基因组关联数据与机器学习方法,识别子宫内膜异位症的核心生物标志物 | 首次结合汇总数据孟德尔随机化与机器学习方法筛选子宫内膜异位症生物标志物,并通过单细胞RNA测序验证表达模式 | 样本量相对有限(77例子宫内膜异位症样本),仅使用FinnGen数据库数据 | 开发子宫内膜异位症的非侵入性早期诊断生物标志物 | 子宫内膜异位症患者基因组数据和基因表达数据 | 机器学习 | 子宫内膜异位症 | 全基因组关联研究,单细胞RNA测序,孟德尔随机化,机器学习 | 机器学习模型 | 基因组数据,基因表达数据 | 77例子宫内膜异位症样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7787 | 2025-10-06 |
Synaptic deregulation of cholinergic projection neurons causes olfactory dysfunction across five fly Parkinsonism models
2025-Apr-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98348
PMID:40178224
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研究论文 | 本研究通过五种果蝇帕金森病模型和人类样本的单细胞测序,揭示了胆碱能投射神经元突触功能障碍是导致嗅觉减退的早期病理机制 | 首次在五种家族性帕金森病模型中系统鉴定胆碱能投射神经元为最易感细胞类型,并发现突触功能相关基因是最显著失调的分子通路 | 研究主要基于果蝇模型,人类验证样本有限,且机制研究集中在胆碱能通路 | 探究帕金森病早期非运动症状(特别是嗅觉减退)的细胞和分子机制 | 五种家族性帕金森病果蝇模型和帕金森病患者脑组织样本 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五种果蝇帕金森病模型的年轻大脑样本和三名帕金森病患者三个特定脑区样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
7788 | 2025-10-06 |
Integrated proteogenomic characterization of localized prostate cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies
2025-Apr-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58569-w
PMID:40180929
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研究论文 | 通过整合蛋白质基因组学分析局限性前列腺癌,揭示其分子亚型并发现潜在治疗策略 | 首次对中国人群局限性前列腺癌进行基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组的全面整合分析,发现基于蛋白质组的三种分子亚型,并鉴定NANS蛋白作为预后生物标志物和治疗靶点 | 研究样本量相对有限(145例),且主要针对中国人群,需要在更大人群中验证 | 探索局限性前列腺癌的分子异质性并开发亚型特异性治疗策略 | 145例中国患者的局限性前列腺癌样本 | 蛋白质基因组学 | 前列腺癌 | 基因组测序,转录组测序,蛋白质组学,磷酸化蛋白质组学,单细胞RNA测序,免疫荧光分析 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据,磷酸化蛋白质组数据 | 145例局限性前列腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,多组学整合分析 | NA | NA |
7789 | 2025-10-06 |
Development and validation of basement membrane-related signatures for predicting postoperative recurrence, tumor microenvironment and drug candidates in chordomas
2025-Apr-03, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14006-1
PMID:40181316
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研究论文 | 本研究开发并验证了基于基底膜相关基因的签名,用于预测脊索瘤术后复发、评估肿瘤微环境和筛选候选药物 | 首次建立基底膜相关基因签名预测脊索瘤预后,并通过单细胞RNA测序揭示肿瘤细胞和成纤维细胞对基底膜特征的贡献 | 样本量相对较小(77例批量转录组测序,6例单细胞RNA测序),需要更大规模研究验证 | 探索基底膜相关基因在颅底脊索瘤预后评估和生物学行为中的作用 | 接受内镜鼻内手术的颅底脊索瘤患者 | 生物信息学 | 脊索瘤 | 批量转录组测序,单细胞RNA测序,LASSO Cox回归分析 | Cox回归模型,列线图 | 基因表达数据 | 77例患者进行批量转录组测序,6例患者进行单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
7790 | 2025-10-06 |
Microwave ablation of non-small cell lung cancer enhances local T-cell abundance and alters monocyte interactions
2025-Apr-03, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14002-5
PMID:40181307
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析微波消融后非小细胞肺癌微环境中免疫细胞群的变化 | 首次在单细胞水平揭示微波消融后肿瘤微环境中T细胞丰度增加及单核细胞相互作用改变 | 样本量较小,仅基于9例患者的活检样本 | 探究微波消融对非小细胞肺癌微环境中免疫细胞群和基因表达的影响 | 非小细胞肺癌患者肿瘤活检样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9例非小细胞肺癌患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序流程 |
7791 | 2025-10-06 |
FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation
2025-Apr-03, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02129-0
PMID:40181401
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研究论文 | 通过生物信息学分析揭示FOSB等关键基因在炎症性肠病与急性心肌梗死共病机制中的核心作用 | 首次系统识别IBD与AMI共病的5个关键枢纽基因,并构建高精度诊断模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索炎症性肠病与急性心肌梗死之间的遗传机制联系 | IBD和AMI相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病, 炎症性肠病 | 微阵列分析, WGCNA, 机器学习, qRT-PCR, Western blotting, 单细胞测序 | LASSO, 随机森林, Boruta | 基因表达数据 | 来自NCBI GEO数据库的多个微阵列数据集 | NA | 单细胞测序, 微阵列 | NA | NA |
7792 | 2025-10-06 |
Functional maturation of preterm intestinal epithelium through CFTR activation
2025-Apr-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07944-w
PMID:40169914
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析和人源早产肠道模型,探索了人源脐带间充质干细胞外泌体促进早产儿肠道上皮功能成熟的机制 | 首次发现EV39外泌体通过CFTR依赖机制促进人源早产肠道模型的功能成熟,这一效应在小鼠肠道类器官中未观察到 | 研究主要基于体外模型,缺乏体内实验验证 | 探索促进早产儿肠道上皮功能成熟的治疗方法 | 早产儿回肠组织来源的肠道模型和人源脐带间充质干细胞外泌体 | 单细胞组学 | 早产儿肠道发育不全 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析, 基因集富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 涵盖胎儿至成人阶段的单细胞RNA测序数据集和早产儿回肠组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7793 | 2025-10-06 |
Knockout of cyclin-dependent kinases 8 and 19 leads to depletion of cyclin C and suppresses spermatogenesis and male fertility in mice
2025-Apr-02, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96465
PMID:40172945
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研究论文 | 本研究通过构建CDK8和CDK19双敲除小鼠模型,揭示了这两个激酶通过稳定细胞周期蛋白C调控精子发生和雄性生育能力的机制 | 首次证明CDK8/CDK19双敲除而非单敲除或抑制剂处理会导致细胞周期蛋白C耗竭,并确定其通过激酶非依赖性功能影响精子发生 | 研究主要基于小鼠模型,在人体中的适用性需要进一步验证;抑制剂处理未能完全复制基因敲除表型,机制尚未完全阐明 | 探究CDK8和CDK19在雄性生殖系统发育和生育能力中的功能 | CDK8和CDK19双敲除小鼠模型及其生殖系统组织 | 生殖生物学 | 男性不育症 | 基因敲除技术,单细胞RNA测序,细胞培养,激素检测 | NA | 基因表达数据,激素水平数据,组织形态数据 | CDK8/CDK19双敲除小鼠及对照组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7794 | 2025-10-06 |
A donor PD-1+CD8+ TSCM-like regulatory subset mobilized by G-CSF alleviates recipient acute graft-versus-host-disease
2025-Apr-02, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02183-1
PMID:40175340
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研究论文 | 本研究首次鉴定出一种新型供体PD-1+CD8+ TSCM样调节性T细胞亚群,能够抑制急性移植物抗宿主病同时促进免疫重建 | 首次发现G-CSF动员后供体中存在具有双重功能(Treg和Teff)的PD-1+CD8+ TSCM样调节性T细胞亚群,并证实其通过BCL6依赖性方式上调PD-1表达 | 样本量相对有限(初始队列80例,验证队列30例),需要更大规模研究验证 | 优化allo-HSCT临床供体选择标准,鉴定与更好受者预后相关的供体淋巴细胞亚群 | 80例G-CSF动员的造血干细胞移植供体及其对应的80例单倍体相合和全相合移植受者 | 免疫学 | 急性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,临床数据 | 80例供体-受体对(初始队列)+30例验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7795 | 2025-10-06 |
A realistic FastQ-based framework FastQDesign for ScRNA-seq study design issues
2025-Apr-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07938-8
PMID:40175506
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研究论文 | 提出首个基于FastQ的单细胞RNA测序研究设计框架FastQDesign,可在固定预算内优化实验设计 | 首个基于原始FastQ文件而非UMI矩阵的单细胞RNA测序研究设计框架 | NA | 解决单细胞RNA测序研究中的实验设计问题,优化细胞数量和测序深度配置 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | FastQ测序数据 | 1个合成数据集和9个真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
7796 | 2025-10-06 |
Identification of potential shared gene signatures between periodontitis and breast cancer by integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data
2025-Apr-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95703-6
PMID:40175565
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,识别牙周炎与乳腺癌之间的共享基因特征 | 首次系统性地整合多种组学数据识别牙周炎与乳腺癌的共享基因特征,并验证ANKRD29和TDO2作为诊断标志物的潜力 | 机制研究仍需进一步深入,样本量可能有限 | 探究牙周炎与乳腺癌之间相互作用的基因、通路和免疫细胞 | 牙周炎和乳腺癌患者样本 | 生物信息学 | 牙周炎,乳腺癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 差异表达分析, WGCNA, 机器学习, ssGSEA, qRT-PCR, 免疫组织化学染色 | 机器学习方法 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的牙周炎和乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
7797 | 2025-10-06 |
Life-long microbiome rejuvenation improves intestinal barrier function and inflammaging in mice
2025-Apr-02, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02089-8
PMID:40176137
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研究论文 | 本研究通过终身粪便微生物移植验证年轻微生物群对改善小鼠肠道屏障功能和炎症衰老的积极作用 | 首次证明终身微生物群年轻化策略可通过调节微生物生态相互作用和宿主细胞表型延缓衰老进程 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 探究终身微生物群年轻化是否能够延缓或预防非反刍哺乳动物的衰老过程 | 小鼠模型 | 微生物组学 | 衰老相关疾病 | 16S rRNA基因分析、宏基因组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因测序数据、行为测试数据、生理指标数据 | 小鼠实验群体(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 16S rRNA基因分析, 宏基因组学 | NA | NA |
7798 | 2025-10-06 |
Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection
2025-Apr-02, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02078-x
PMID:40176190
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研究论文 | 本研究揭示了普拉梭菌及其外膜囊泡通过调节肠道菌群代谢缓解猪流行性腹泻病毒感染的作用机制 | 首次发现普拉梭菌外膜囊泡是主要功能成分,通过增加磷脂酰胆碱水平调节肠道细胞组成并抑制细胞坏死性凋亡 | 研究主要基于猪仔模型,人类临床应用价值需要进一步验证 | 探究普拉梭菌及其外膜囊泡对猪流行性腹泻病毒感染的缓解作用及机制 | 猪仔模型、IPEC-J2和Vero细胞系 | 微生物学 | 猪流行性腹泻 | 蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、宏基因组分析、单细胞测序 | NA | 蛋白质组数据、代谢组数据、基因组数据、单细胞数据 | 猪仔模型及细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,宏基因组测序 | NA | NA |
7799 | 2025-10-06 |
BRD4 as the key lactylation related gene in heart failure identified through bioinformatics analysis
2025-Apr-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-91506-x
PMID:40169651
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别出BRD4作为心力衰竭中关键的乳酸化相关基因 | 首次运用多种生物信息学分析方法确定BRD4是心力衰竭中的关键乳酸化相关基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 识别与心力衰竭相关的乳酸化修饰基因并探讨其作用机制 | 心力衰竭患者基因表达数据和体外细胞模型 | 生物信息学 | 心力衰竭 | 生物信息学分析,单细胞测序,体外细胞实验 | LASSO,WGCNA | 基因表达数据 | GSE5406和GSE161470数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
7800 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell RNA sequencing, WGCNA, and machine learning to identify key biomarkers in hepatocellular carcinoma
2025-Apr-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95493-x
PMID:40169794
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、WGCNA和机器学习方法,识别肝细胞癌的关键生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序、WGCNA和三种机器学习算法识别肝细胞癌诊断标志物,并进行分子对接验证药物结合能力 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证和前瞻性临床验证 | 识别肝细胞癌的诊断生物标志物并开发预测模型 | 肝细胞癌患者基因表达数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 微阵列, WGCNA, 机器学习, 分子对接 | 逻辑回归, 三种机器学习算法 | 基因表达数据 | 从GEO数据库下载的肝细胞癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |