单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-06-03	Knocking down of Xkr8 enhances chemotherapy efficacy through modulating tumor immune microenvironment 2024-Jun, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2024.04.041 PMID:38685385	研究论文	研究通过敲除Xkr8基因增强化疗效果，并调节肿瘤免疫微环境	揭示了Xkr8敲除通过阻碍凋亡细胞的正常清除导致免疫原性细胞死亡（ICD），并结合化疗药物展示了显著的抗肿瘤效果	研究主要基于临床相关原位模型，尚未进行广泛的人体临床试验	探索Xkr8敲除与化疗联合治疗对肿瘤免疫微环境的影响及其抗肿瘤效果	Xkr8基因、肿瘤免疫微环境、化疗药物（5-氟尿嘧啶和奥沙利铂前药复合物）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、siRNA敲除技术	原位胰腺肿瘤模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
762	2025-06-03	Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease 2024-Jun, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01158-6 PMID:38720063	研究论文	本研究揭示了PAD4通过CKMT1的瓜氨酸化在炎症性肠病(IBD)中加剧黏膜炎症的机制	首次发现中性粒细胞来源的PAD4通过胞外囊泡进入肠上皮细胞，导致CKMT1瓜氨酸化并破坏线粒体稳态	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	阐明PAD4在IBD发病机制中的具体作用	中性粒细胞、肠上皮细胞、CKMT1蛋白	分子病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、底物瓜氨酸化定位	DSS诱导的结肠炎小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本量(包含小鼠模型和IBD患者临床样本)
763	2025-06-03	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023 PMID:38601985	研究论文	研究Esm-1在糖尿病肾病(DKD)中的转录极化作用及其在肾内皮细胞中的表达特征	首次利用单细胞RNA测序数据揭示Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化现象及其与血管发育基因的关联	研究样本量相对有限，且主要依赖公开数据库数据	探究Esm-1在糖尿病肾病中的表达特征及其功能意义	小鼠和人类的肾内皮细胞	分子生物学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、RNAscope	NA	RNA测序数据	27,786个肾内皮细胞(来自3个小鼠和4个人类数据库)，20名健康受试者和41名DKD患者的批量转录组数据
764	2025-06-03	Syngeneic murine models with distinct immune microenvironments represent subsets of human intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.008 PMID:38458319	研究论文	本研究开发并表征了具有不同遗传驱动因素的免疫活性胆管癌（CCA）小鼠模型，以探索肿瘤免疫微环境（TIME）并测试新型免疫治疗策略	开发了模拟人类肝内胆管癌（iCCA）的Fbxw7ΔF/Akt驱动的小鼠模型，并比较了不同遗传驱动模型在肿瘤基因组学、免疫生物学和治疗反应上的差异	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索胆管癌的肿瘤免疫微环境及免疫治疗反应	小鼠模型和人类胆管癌患者队列	肿瘤免疫学	胆管癌	scRNA-seq, CITE-seq, 全外显子测序, 批量RNA测序	小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	多个小鼠模型及人类胆管癌患者队列
765	2025-06-03	Inter- and trans-generational impacts of environmental exposures on the germline resolved at the single-cell level 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100465 PMID:38586548	review	本文讨论了单细胞技术在生殖毒理学研究中的应用及其对理解环境暴露对生殖细胞功能影响的潜力	利用单细胞RNA测序、ATAC测序和多组学技术，深入分析环境暴露对生殖细胞功能的影响及其在组织和细胞类型中的差异分布	讨论主要集中在两种模式生物（果蝇和小鼠）上，可能无法完全反映人类生殖系统的复杂性	探讨单细胞技术如何促进生殖毒理学研究，以理解环境暴露对生殖细胞功能的影响	生殖细胞及其在不同环境暴露（如酒精和电子烟）下的反应	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序, ATAC测序, 多组学	NA	单细胞数据, 核转录组数据	两种模式生物（果蝇和小鼠）
766	2025-06-03	TCL1A-expressing B cells are critical for tertiary lymphoid structure formation and the prognosis of oral squamous cell carcinoma 2024-05-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05292-7 PMID:38764038	research paper	该研究探讨了TCL1A表达B细胞在口腔鳞状细胞癌(OSCC)三级淋巴结构形成及预后中的作用	揭示了TCL1A通过调控B细胞的增殖和trogocytosis促进三级淋巴结构形成，从而改善OSCC预后的新机制	样本量相对有限，且机制研究主要在细胞系中进行	阐明B细胞在OSCC免疫治疗中的作用机制	口腔鳞状细胞癌患者组织和B淋巴细胞	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、慢病毒转导	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据	13例OSCC组织+8例癌旁组织(单细胞测序)，146例临床样本(组织芯片)，359例TCGA样本
767	2025-06-03	Single-cell approaches define two groups of mammalian oligodendrocyte precursor cells and their evolution over developmental time 2024-05-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.03.002 PMID:38579710	研究论文	利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和单细胞空间转录组学技术，研究小鼠皮质少突胶质前体细胞在出生后的发育过程中的特征	识别出两种转录和表观遗传不同的PDGFRα OPCs群体，并揭示了它们在发育和成年期的功能差异	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探究哺乳动物少突胶质前体细胞在发育过程中的异质性和功能差异	小鼠皮质少突胶质前体细胞(OPCs)	单细胞组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 单细胞空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	NA
768	2025-06-03	Direct programming of human pluripotent stem cells into endothelial progenitors with SOX17 and FGF2 2024-04-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.006 PMID:38518781	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，发现SOX17在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的关键作用，并证明SOX17过表达结合FGF2处理可高效生成内皮祖细胞	揭示了SOX17在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的新作用，并开发了一种高效生成内皮祖细胞的方法	未探讨SOX17过表达对其他细胞类型分化的潜在影响	研究转录因子在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的作用	人类多能干细胞(hPSCs)和内皮祖细胞(EPs)	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas13d	NA	RNA测序数据	NA
769	2025-06-03	MSX1+PDGFRAlow limb mesenchyme-like cells as an efficient stem cell source for human cartilage regeneration 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.001 PMID:38428414	research paper	该研究识别并表征了具有显著骨软骨再生和微环境适应能力的MSX1间充质祖细胞，并开发了一种从人多能干细胞生成MSX1+PDGFRAlow肢体间充质样细胞（LML）的策略，用于人类软骨再生	发现了MSX1间充质祖细胞中的PDGFRA亚群具有最强的骨软骨能力，并成功从人多能干细胞生成LML细胞用于软骨再生	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的有效性和安全性尚需进一步验证	寻找更有效的干细胞来源用于人类软骨再生	MSX1间充质祖细胞和从人多能干细胞生成的LML细胞	再生医学	骨退行性疾病	单细胞测序	小鼠损伤模型	基因表达数据	NA
770	2025-06-03	Activated mesenchymal stem/stromal cells promote myeloid cell differentiation via CCL2/CCR2 signaling 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.002 PMID:38428413	研究论文	本研究探讨了间充质干细胞/基质细胞（MSCs）通过CCL2/CCR2信号通路对造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及其祖细胞分化的影响	揭示了MSCs分泌的CCL2在髓系细胞分化早期阶段的重要作用，并通过单细胞RNA测序分析在人类骨髓细胞中验证了这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究MSCs通过CCL2/CCR2信号通路对HSPCs及其祖细胞分化的调控机制	小鼠和人类的造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及间充质干细胞/基质细胞（MSCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
771	2025-06-03	ER stress and lipid imbalance drive diabetic embryonic cardiomyopathy in an organoid model of human heart development 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.01.003 PMID:38335962	研究论文	使用人类心脏类器官系统模拟胚胎心脏发育，研究糖尿病对先天性心脏缺陷的影响	首次使用人类心脏类器官系统模拟糖尿病条件下的胚胎心脏发育，揭示了内质网应激和脂质代谢失衡在糖尿病胚胎心肌病中的作用	研究结果仍需在更复杂的体内模型中验证	探究糖尿病对胚胎心脏发育的影响机制	人类心脏类器官	发育生物学	先天性心脏病	scRNA-seq, 脂质组学	人类心脏类器官系统	基因表达数据, 脂质组数据	NA
772	2025-06-03	SinCMat: A single-cell-based method for predicting functional maturation transcription factors 2024-02-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.12.006 PMID:38215756	research paper	本文提出了一种基于单细胞RNA测序的计算方法SinCMat，用于预测功能成熟转录因子	SinCMat是首个专门考虑功能性细胞成熟过程的计算方法，能够识别身份转录因子和信号依赖性转录因子对，共同驱动功能成熟的基因	NA	旨在生成组织特异性成熟和功能性细胞，推动再生医学的发展	功能成熟转录因子	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing (RNA-seq)	NA	RNA-seq data	大规模应用于Mouse Cell Atlas和Tabula Sapiens数据集
773	2025-06-03	Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture 2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.28.550873 PMID:37546772	research paper	该研究通过跨站点实验评估了人类皮质类器官（hCO）在细胞类型组成和结构上的可重复性	首次评估了使用统一协议在不同研究站点生成的hCO在细胞类型比例和组织结构上的一致性	研究中仍存在非目标分化、坏死核心和细胞应激等hCO模型的已知局限性	评估人类皮质类器官模型在神经发育障碍研究中的可重复性	人类诱导多能干细胞（iPSC）来源的皮质类器官	神经科学	神经发育障碍	scRNA-seq, 3D荧光成像, 相差成像, qPCR, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 图像数据	多个研究站点使用同一iPSC细胞系生成的hCO样本
774	2025-06-02	Endogenous Retroelement Activation is Implicated in Interferon-α Production and Anti-Cyclic Citrullinated Peptide Autoantibody Generation in Early Rheumatoid Arthritis 2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43083 PMID:39681508	研究论文	本研究探讨了内源性逆转录元件(EREs)在早期类风湿性关节炎(eRA)中的表达及其与干扰素-α(IFN-α)产生和抗环瓜氨酸肽(anti-CCP)自身抗体生成的关系	首次在eRA中研究了外周血和滑膜组织中ERE的表达，揭示了ERE与IFN-I产生之间的潜在因果关系以及与anti-CCP自身抗体的有趣关联	样本量相对较小(eRA滑膜组织n=22，全血样本n=56)，且未进行机制验证实验	探究EREs作为类风湿性关节炎(RA)中干扰素源性触发因素的潜在作用	早期类风湿性关节炎(eRA)患者和早期银屑病关节炎(ePsA)患者的血液和滑膜组织样本	风湿病学	类风湿性关节炎	逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、NanoString技术、流式细胞分选、单细胞测序数据分析	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据、单细胞测序数据	eRA滑膜组织样本22例，全血样本56例，以及ePsA患者样本
775	2025-06-02	Association of Synovial Innate Immune Exhaustion With Worse Pain in Knee Osteoarthritis 2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43089 PMID:39690716	research paper	该研究探讨了膝关节骨关节炎（OA）患者滑膜先天免疫细胞耗竭与更严重疼痛之间的关联	首次发现滑膜免疫调节性巨噬细胞的耗竭和功能障碍与OA患者更严重的疼痛相关，并可能成为重要治疗靶点	样本量相对有限（n=122），且未探讨因果关系	识别与膝关节OA患者更严重疼痛相关的滑膜先天免疫细胞亚群和病理生理机制	122名轻度至重度膝关节OA疼痛患者	免疫病理学	骨关节炎	空间转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	组织活检样本、转录组数据、蛋白质组数据	122例膝关节OA患者的滑膜组织活检（其中32例进行空间组学分析，8例进行单细胞测序）
776	2025-06-02	Novel PAP-targeted CAR-T therapy enhances antitumor efficacy through CoupledCAR approach 2025-May-31, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011238 PMID:40449956	研究论文	本文提出了一种新型的PAP靶向CAR-T疗法，通过CoupledCAR方法增强抗肿瘤效果	首次证明PAP是前列腺癌CAR-T治疗的特定靶点，并开发了CoupledCAR平台技术，无需肿瘤抗原即可扩增肿瘤靶向CAR-T细胞	NA	克服前列腺癌CAR-T治疗中靶点缺乏和CAR-T细胞扩增及功能受限的问题	前列腺癌细胞	肿瘤免疫治疗	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	CAR-T	基因表达数据、免疫组化数据	NA
777	2025-06-02	Targeting BATF2-RGS2 axis reduces T-cell exhaustion and restores anti-tumor immunity 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02351-5 PMID:40442751	研究论文	本研究探讨了RGS2在肺癌免疫调节中的作用，并揭示了BATF2-RGS2轴在调节T细胞耗竭和肿瘤免疫逃逸中的关键机制	首次揭示了BATF2通过转录调控RGS2促进T细胞耗竭的分子机制，并证明靶向该轴可增强免疫治疗效果	研究样本量较小（仅6例LC患者），且主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究RGS2在肺癌免疫调节中的作用及BATF2-RGS2轴的调控机制	肺癌患者CD8+ T细胞、小鼠3LL细胞、鼠类肿瘤类器官模型	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组分析、荧光素酶报告基因检测	基因敲除小鼠模型	转录组数据、体内外功能实验数据	6例LC患者样本+多组小鼠实验
778	2025-06-02	Co-targeting of epigenetic regulators and BCL-XL improves efficacy of immune checkpoint blockade therapy in multiple solid tumors 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02352-4 PMID:40442785	research paper	该研究探讨了表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在多种实体瘤中的治疗效果	发现表观遗传药物与BCL-XL抑制剂联合使用在实体瘤中产生显著的协同效应，与血液恶性肿瘤不同，实体瘤对BCL-XL抑制具有独特依赖性	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在实体瘤中的治疗效果	实体瘤细胞系（包括肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤和胶质母细胞瘤）及小鼠模型	肿瘤学	多种实体瘤（肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤、胶质母细胞瘤）	流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠同种移植和原位模型	体外实验数据、动物模型数据	大量实体瘤细胞系（来源患者和小鼠模型）及多种小鼠肿瘤模型
779	2025-06-02	Mendelian randomization reveals limited causal effects of genetic variants on cervical cancer risk: insights from immune cell populations 2025-May-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02819-2 PMID:40439950	research paper	该研究利用孟德尔随机化方法探讨了免疫细胞相关遗传变异与宫颈癌风险之间的潜在因果关系	首次综合应用多种孟德尔随机化方法评估免疫细胞亚群遗传变异对宫颈癌风险的因果效应	仅能检测遗传变异的中等及以上效应，无法捕捉微小效应	探究免疫细胞相关遗传因素在宫颈癌发病机制中的作用	与T细胞和B细胞亚群相关的遗传变异	遗传流行病学	宫颈癌	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序	逆方差加权、MR-Egger、简单中位数、加权中位数	遗传数据、基因表达数据	NA
780	2025-06-02	Identification of novel therapeutic targets in hepatitis-B virus-associated membranous nephropathy using scRNA-seq and machine learning 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03625-0 PMID:40442195	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习技术，揭示了miR-223-3p和CRIM1在乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）中的关键作用	首次结合scRNA-seq和机器学习技术，识别了HBV-MN中与疾病进展相关的特定足细胞亚群，并验证了miR-223-3p对CRIM1表达的调控机制	研究样本可能来自高HBV流行区，结果在其他人群中的普适性有待验证	阐明HBV-MN的分子机制并寻找潜在治疗靶点	乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）的分子机制	数字病理学	乙型肝炎相关肾病	scRNA-seq, 双荧光素酶报告基因检测, 机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	单细胞RNA测序数据	NA