单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-05-31	An organotypic atlas of human vascular cells 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03376-x PMID:39566559	研究论文	该研究整合了19个人体器官和组织的单细胞转录组数据，定义了42种血管细胞状态，并揭示了血管细胞的组织特异性和分子特征	首次整合多器官单细胞转录组数据，系统性地定义了血管细胞状态，并揭示了血管细胞的组织特异性和分子通讯机制	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能验证	探索人类血管系统的分子特征和组织特异性	人类血管系统中的内皮细胞和周细胞	单细胞组学	血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	约67,000个细胞（来自62名捐赠者）
762	2025-05-31	Spatially resolved single-cell atlas unveils a distinct cellular signature of fatal lung COVID-19 in a Malawian population 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03354-3 PMID:39567718	研究论文	通过尸检单细胞研究揭示了马拉维人群中致命性肺部COVID-19的独特细胞特征	首次在非洲人群中揭示了COVID-19的细胞机制，并比较了不同人群间的免疫和炎症机制差异	样本量较小（n=16），且仅针对马拉维人群，可能限制结果的普遍性	研究COVID-19在非洲人群中的细胞病理学特征及其与HIV、疟疾等环境因素的相互作用	马拉维成年人的肺部、血液和鼻腔细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学、高维成像	NA	单细胞转录组数据、影像数据	16例（9例COVID-19阳性，7例阴性）
763	2025-05-31	Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624469 PMID:39605457	研究论文	本文研究了磷脂爬行酶1（PLSCR1）在甲型流感病毒（IAV）感染中如何调控干扰素-λ受体1（IFN-λR1）及干扰素-λ信号通路	揭示了PLSCR1通过调节IFN-λ信号通路保护宿主免受IAV感染的新机制，并发现PLSCR1与IFN-λR1在病毒感染后的上皮细胞中存在蛋白-蛋白相互作用	目前仅研究了有限的动物模型，尚未完全探索PLSCR1在不同组织水平的作用及其酶活性的具体机制	阐明PLSCR1在IAV感染中的抗病毒机制及其与IFN-λ信号通路的关系	甲型流感病毒（IAV）感染的小鼠模型及上皮细胞	病毒学	流感	单细胞RNA测序、转录组分析	基因敲除小鼠模型、上皮细胞特异性过表达模型	RNA测序数据、转录组数据	基因敲除小鼠及上皮细胞特异性过表达小鼠
764	2025-05-31	Single-cell transcriptional analysis of murine norovirus infection in a human intestinal cell line 2024-Nov-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01617-24 PMID:39475272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了鼠诺如病毒在人肠道细胞系中的感染过程及其宿主反应	首次建立了表达鼠诺如病毒受体的人肠道细胞系，并通过单细胞分辨率揭示了病毒感染过程中的宿主基因表达变化	研究使用的是鼠诺如病毒而非人诺如病毒，结果可能不完全适用于人类疾病	探索诺如病毒感染的宿主细胞要求和复制机制	表达鼠CD300lf受体的人肠道细胞系(mCD300lf-hCaco2)和鼠诺如病毒(MNV)	病毒学	急性胃肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
765	2025-05-31	PTEN Loss Shapes Macrophage Dynamics in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3890 PMID:39186679	研究论文	该研究探讨了PTEN缺失如何影响高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中巨噬细胞的动态变化，并提出了针对HMOX1hi巨噬细胞的潜在治疗策略	研究发现PTEN缺失导致HGSC中特定巨噬细胞亚群（HMOX1hi）的出现，这些巨噬细胞促进肿瘤生长，并可作为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类HGSC样本的验证仍需进一步扩大	探索PTEN缺失对HGSC免疫微环境的影响，并寻找新的治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类HGSC肿瘤样本
766	2025-05-31	SpottedPy quantifies relationships between spatial transcriptomic hotspots and uncovers environmental cues of epithelial-mesenchymal plasticity in breast cancer 2024-Nov-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03428-y PMID:39529126	研究论文	介绍了一个名为SpottedPy的Python包，用于识别肿瘤热点并映射癌症生态系统中的空间相互作用	开发了SpottedPy工具，能够量化空间转录组热点之间的关系，并揭示乳腺癌中上皮-间质可塑性的环境线索	未提及具体的技术或数据限制	探索癌症组织内的空间异质性，特别是上皮-间质可塑性在乳腺癌中的作用	乳腺癌组织中的空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
767	2025-05-31	Safety and reactogenicity of a controlled human infection model of sand fly-transmitted cutaneous leishmaniasis 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03146-9 PMID:39095597	研究论文	该研究建立了一个由沙蝇传播的皮肤利什曼病的受控人类感染模型（CHIM），以促进疫苗开发	首次提供了人类皮肤利什曼病病变中免疫细胞分布和细胞因子/趋化因子表达的综合图谱，揭示了离散的免疫生态位	由于CL和活检程序的结合，疤痕明显	促进疫苗开发，建立皮肤利什曼病的受控人类感染模型	14名参与者暴露于感染利什曼原虫的沙蝇	传染病学	皮肤利什曼病	免疫组织化学和空间转录组学	受控人类感染模型（CHIM）	临床数据和免疫学数据	14名参与者
768	2025-05-31	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-Nov, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	research paper	该研究探讨了生理剪切应力在健康与动脉粥样硬化动脉中对内皮细胞的保护作用差异，并发现KLK10在动脉粥样硬化斑块中与生理剪切应力的解耦现象	揭示了动脉粥样硬化条件下生理剪切应力与保护性分子KLK10的解耦机制，为理解心血管高风险个体中动脉粥样硬化的进展提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究生理剪切应力在健康与动脉粥样硬化动脉中对内皮细胞保护作用的差异	健康小鼠、轻度病变小鼠和高度病变小鼠的内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、图像数据	健康（C57BL/6）小鼠、轻度病变（Apoe-/-正常饮食）小鼠和高度病变（Apoe-/-高脂饮食）小鼠的内皮细胞
769	2024-10-25	Spatial Transcriptomics: A New Frontier in Atherosclerosis Research? 2024-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321652 PMID:39441914	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
770	2025-05-31	Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris 2024-Nov, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012699 PMID:39536069	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体耳念珠菌的特异性抗真菌免疫反应及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略	首次使用单细胞转录组学技术全面分析了耳念珠菌皮肤感染期间的免疫和非免疫细胞的转录组特征，并揭示了耳念珠菌通过上调IL-1RN基因表达和利用细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤组织中得到验证	探究耳念珠菌皮肤感染的宿主免疫反应和病原体免疫逃逸机制	耳念珠菌感染的鼠皮肤组织	免疫学	真菌感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
771	2025-05-31	Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07571-1 PMID:39567783	research paper	该研究通过整合25个单细胞RNA测序数据集，构建了一个包含约110万细胞和136种精细细胞状态的健康胃肠道参考图谱，并锚定了12种胃肠道疾病数据集，揭示了炎症性肠道疾病中上皮细胞的化生现象	开发了新的自动化质量控制方法（scAutoQC），构建了迄今为止最大的健康胃肠道单细胞参考图谱，并发现了炎症性肠道疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏蛋白质水平和功能验证数据	研究健康与疾病状态下胃肠道的细胞组成及其变化	健康对照和胃肠道疾病患者的胃肠道组织细胞	基因组学	胃肠道疾病（包括胃肠道癌症、乳糜泻、溃疡性结肠炎和克罗恩病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	385个样本（来自189名健康对照）和12种胃肠道疾病数据集，总计约160万个细胞
772	2025-05-31	A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07944-6 PMID:39567784	research paper	该研究通过建立胸腺的定量形态学框架，结合多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，绘制了人类胸腺细胞的空间图谱，揭示了T细胞发育过程中的微解剖学基础	建立了胸腺的定量形态学框架（Cortico-Medullary Axis），并应用该框架揭示了胎儿发育早期胸腺细胞的空间分布和发育轨迹	研究主要关注胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺，未涉及成人胸腺或胸腺退化后的情况	理解T淋巴细胞发育的微解剖学基础	人类胸腺细胞，特别是T细胞和胸腺上皮细胞	digital pathology	NA	空间转录组学，高分辨率多重成像，单细胞图谱	NA	空间转录组数据，成像数据，单细胞数据	胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺样本
773	2025-05-31	A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08189-z PMID:39567793	研究论文	该研究通过多组学方法构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱，揭示了骨骼和关节形成的细胞状态、表观遗传过程及关键调控因子	结合转录组和表观遗传数据建模，揭示了肢体和颅骨成骨祖细胞的区域特异性轨迹，并开发了新工具ISS-Patcher和SNP2Cell	研究仅覆盖了受孕后5至11周的胚胎发育阶段	探索人类胚胎骨骼发育的细胞命运决定机制	人类胚胎骨骼和关节发育	发育生物学	骨关节炎、颅缝早闭	空间转录组学、多组学分析	NA	转录组数据、表观遗传数据	约336,000个核液滴
774	2025-05-31	Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes 2024-Nov, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.70063 PMID:39579041	研究论文	本文描述了超声引导下细针穿刺（FNA）技术在采集人类淋巴结样本中的应用	提出了一种微创技术，用于采集与神经免疫疾病和基本淋巴功能相关的免疫细胞和无细胞材料	NA	研究人类淋巴结中的免疫细胞和无细胞材料，以了解其在免疫反应中的作用	人类头颈部颈部淋巴结	医学研究	神经免疫疾病	超声引导下细针穿刺（FNA）、流式细胞术、单细胞转录组测序（RNA-seq）、蛋白质组学	NA	细胞样本、无细胞上清液	NA
775	2025-05-31	Mouse enteric neurons control intestinal plasmacytoid dendritic cell function via serotonin-HTR7 signaling 2024-10-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53545-2 PMID:39455564	研究论文	研究揭示了小鼠肠道神经元通过血清素-HTR7信号通路调控肠道浆细胞样树突状细胞功能，从而增强黏膜防御	首次发现肠道5-羟色胺能神经元通过HTR7信号轴调控pDC介导的IgA B细胞分化，揭示了神经-免疫互作新机制	研究仅限于小鼠模型，未验证人类肠道中是否存在相同机制	探究肠道5-羟色胺能神经元在免疫稳态调控中的作用	小鼠肠道5-羟色胺能神经元和浆细胞样树突状细胞(pDC)	免疫神经生物学	肠道感染	小鼠遗传学模型、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
776	2025-05-31	Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619653 PMID:39463935	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体Candida auris的特异性抗真菌免疫反应以及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略	首次使用单细胞转录组学技术全面解析了Candida auris皮肤感染期间的免疫和非免疫细胞的转录组特征，并揭示了该病原体通过上调IL-1RN基因表达和独特细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明宿主免疫因素如何调控Candida auris在皮肤组织的定植和持久性	Candida auris感染的鼠皮肤组织	免疫学	真菌感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
777	2025-05-31	Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.07.611010 PMID:39282370	研究论文	通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，研究多发性硬化症(MS)患者脑脊液和血液中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性	首次全面分析了MS患者中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性，并识别出识别EB病毒抗原和多个新模拟表位的CD8+ T细胞克隆型	样本量相对较小，且仅包括未接受治疗的MS患者	探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的抗原特异性及其在疾病中的作用	多发性硬化症患者和对照参与者的脑脊液和血液中的CD8+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序(TCR-seq)	NA	单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据	一组未接受治疗的多发性硬化症患者和对照参与者
778	2025-05-31	Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06214-4 PMID:38967666	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究人类胰岛细胞在24小时内对葡萄糖暴露的基因表达变化	首次在单细胞分辨率下全面描述人类胰岛细胞对葡萄糖暴露的24小时转录组响应，并结合遗传关联研究数据鉴定出与2型糖尿病相关的候选效应基因	仅使用两名捐赠者的胰岛细胞样本，样本量较小	探索高血糖条件下人类胰岛细胞基因表达的变化及其与2型糖尿病发病机制的关系	人类胰岛细胞（α细胞、β细胞、γ细胞、δ细胞、导管细胞和腺泡细胞）	单细胞转录组学	2型糖尿病	scRNA-seq, CRISPR干扰	离散时间和连续时间模型	单细胞RNA测序数据	两名捐赠者的胰岛细胞
779	2025-05-31	OrganogenesisDB: A Comprehensive Database Exploring the Cell-Type Identities and Gene Expression Dynamics during Organogenesis 2024-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301758 PMID:38967205	研究论文	介绍了一个名为OrganogenesisDB的综合性数据库，用于探索器官发生过程中的细胞类型识别和基因表达动态	开发了一个包含超过140万个细胞的单细胞RNA测序数据的数据库，并手动整理了3324个细胞标记物，覆盖1120种细胞类型	NA	为解密细胞谱系确定和揭示器官发生机制提供关键资源和有用工具	人类和小鼠的器官发生过程中的细胞类型和基因表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过140万个细胞，来自49个已发表的数据集
780	2025-05-31	Single Nucleus Total RNA Sequencing of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Gliomas 2024-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301801 PMID:38958078	研究论文	开发了一种名为snRandom-seq的高通量单核总RNA测序平台，用于分析福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本，以探索其分子多样性和肿瘤进化	开发了自动化snRandom-seq平台，优化用于FFPE样本的单核RNA测序，能够处理多种样本类型，并识别了丰富的非编码RNA和复发相关靶点	当前的单细胞RNA测序平台在大规模临床应用方面存在不足	探索胶质瘤的分子多样性和进化过程，以促进新治疗方法的开发	福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本	数字病理学	胶质瘤	单核总RNA测序（snRandom-seq）	NA	RNA测序数据	17个FFPE样本中的116,492个单核