单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-09-11	Spatial transcriptomics uncovers immune-cell plasticity and dedifferentiation signatures in aggressive lung adenocarcinoma subtypes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620886 PMID:40918135	研究论文	本研究利用空间转录组学技术解析了肺腺癌亚型中的免疫细胞可塑性和去分化特征	首次在肺腺癌中通过空间转录组学揭示亚型转换的分子特征及去分化状态与肿瘤侵袭性的关联	样本仅来源于单一医疗中心，需更大规模验证	解析肺腺癌进展过程中亚型转换的分子特征并为治疗策略提供新见解	肺腺癌患者手术切除的肿瘤样本	空间转录组学	肺腺癌	空间转录组学测序（Illumina NovaSeq 6000）	NA	空间转录组数据	2022年河北医科大学第四医院肺腺癌手术样本（具体数量未明确）
762	2025-09-11	Exploring the biological functions and immune regulatory roles of IRAK3, TNFRSF1A, CX3CR1, and JUNB in T2DM combined with MAFLD: integrated bioinformatics and single-cell analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587225 PMID:40918148	研究论文	本研究通过整合生物信息学和单细胞分析，探索IRAK3、TNFRSF1A、CX3CR1和JUNB在2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病中的生物学功能及免疫调节作用	首次结合多组学数据识别并验证了四个自噬相关诊断生物标志物，并利用单细胞测序揭示肝组织细胞多样性及细胞通讯机制	研究主要基于公共数据库和动物模型，尚未进行大规模临床样本验证	识别和验证与T2DM相关MAFLD的自噬相关诊断生物标志物，探究疾病进展中的调控机制	2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病大鼠模型及人类基因表达数据	生物信息学	2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病	基因表达分析、WGCNA、PPI网络、机器学习、单细胞测序、实时荧光定量PCR、免疫组化	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据、单细胞转录组数据	四个GEO数据集（GSE15653、GSE89632、GSE24807、GSE23343）及动物实验样本
763	2025-09-11	Multiomics Integration and Machine Learning Reveal Colony Stimulating Factor 3 Receptor as a Key Gene and Therapeutic Target in Crohn's Disease 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/1619237 PMID:40918404	研究论文	通过多组学整合与机器学习识别CSF3R作为克罗恩病的关键基因和治疗靶点	首次整合多队列转录组数据并应用三种机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、LASSO）联合孟德尔随机化分析，系统性验证CSF3R在克罗恩病中的因果作用和治疗潜力	NA	识别克罗恩病的关键分子驱动因素以推动诊断和治疗方法发展	克罗恩病患者和健康对照者的肠道组织样本	生物医学信息学	克罗恩病	转录组测序、单细胞RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、免疫组化、免疫荧光、分子对接	随机森林, SVM-RFE, LASSO	基因表达数据、蛋白质数据	多队列人类肠道组织样本（具体数量未明确说明）
764	2025-09-11	Marker Gene-Guided Graph Neural Networks for Enhanced Spatial Transcriptomics Clustering 2025, AI medicine DOI:10.53941/aim.2025.100001 PMID:40918416	研究论文	提出一种基于标记基因引导图神经网络的空间转录组学聚类增强方法	首次将标记基因的领域知识融入图神经网络框架，通过对比学习和微调策略提升聚类效果	NA	提升空间转录组学数据的聚类分析性能	组织中的细胞空间分布与基因表达数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	图神经网络(GNN)	基因表达数据与空间位置信息	两个真实数据集（具体样本量未说明）
765	2025-09-11	Role of Meox1 in promoting lung tumor vascularization and impairing CD8+ T cell mediated immunity 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1645671 PMID:40919158	研究论文	本研究探讨转录因子Meox1在促进肺癌血管生成和抑制CD8+ T细胞免疫中的功能作用	首次系统性地通过scRNA-seq和SCENIC框架揭示Meox1在非小细胞肺癌中的细胞类型特异性调控网络，并证明其双重功能（促血管生成和免疫抑制）	初步研究结果，需进一步验证机制；动物模型数据尚未完全展开	阐明Meox1在肺癌血管生成和免疫调节中的分子机制，为靶向治疗提供新策略	非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤组织中的内皮细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	肺癌	scRNA-seq, SCENIC, siRNA敲低	NA	单细胞RNA测序数据	NA
766	2025-09-11	Organelle stresses and energetic metabolisms promote endothelial-to-mesenchymal transition and fibrosis via upregulating FOSB and MEOX1 in Alzheimer's disease 2025, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2025.1605012 PMID:40919531	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了阿尔茨海默病中细胞器应激和能量代谢重编程通过上调FOSB和MEOX1驱动内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的分子机制	首次发现细胞器应激（线粒体、内质网、核应激）和能量代谢重编程通过FOSB和MEOX1上调促进AD病理过程，并验证PERK/FOSB/MEOX1作为潜在治疗靶点	主要基于3xTg-AD小鼠模型，人类数据验证相对有限；机制研究仍需进一步实验验证	阐明阿尔茨海默病中内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的转录组机制	3xTg-AD小鼠模型脑组织及人类AD患者脑细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-Seq, 知识驱动的转录组分析	NA	基因表达数据	3xTg-AD小鼠模型脑组织及人类AD患者scRNA-Seq数据集
767	2025-09-11	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文综述了炎症和机械力诱导的骨重塑机制，重点关注牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞作用	整合单细胞RNA测序新发现，系统分析不同细胞类型在炎症与机械力协同作用下的骨重塑功能	NA	深入理解炎症和机械力驱动的骨重塑过程及其细胞机制	角质形成细胞、白细胞、基质细胞、骨细胞、成骨细胞和破骨细胞等关键细胞类型	骨生物学	牙周病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
768	2025-09-11	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.630532 PMID:39763898	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统绘制小鼠前列腺各叶的细胞图谱，鉴定出叶特异性管腔上皮细胞类型及其与人类前列腺癌亚型的对应关系	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞和分子机制	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌meta分析数据
769	2025-09-11	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	综述	本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，并基于单细胞和空间转录组学研究总结了主要发现	整合了最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术对神经退行性疾病模型的新见解	承认没有完美的动物模型存在	研究神经退行性疾病的病因和测试潜在治疗方法	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型	生物医学研究	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆	单细胞转录组学、多组学、空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
770	2025-09-11	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-09-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	利用SNCA基因三倍体iPSC来源的皮质类器官模拟路易体病并筛选潜在治疗药物	首次建立人源皮质类器官模型模拟路易体病α-突触核蛋白病理，并通过高通量药物筛选发现四种FDA批准药物可抑制α-突触核蛋白聚集	研究基于特定基因突变（SNCA三倍体）模型，可能无法完全代表所有路易体病亚型的病理机制	探究路易体病皮质神经元中α-突触核蛋白病理机制并筛选治疗药物	人诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	神经退行性疾病研究	路易体病	单细胞RNA测序、实时震动诱导转化检测（RT-QuIC）、高通量药物筛选	类器官模型	基因表达数据、分子功能验证数据	1280种FDA批准药物筛选，使用患者来源iPSC类器官和人脑组织样本
771	2025-09-11	A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029 PMID:39094572	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和CRISPR基因编辑技术，揭示了慈鲷鱼中信息素受体Or113a在介导雄性对雌性吸引行为及抑制雄性亲代抚育中的双重作用	发现信息素受体Or113a能够感知非PGF配体，并首次证明单个信息素受体在行为调控中获得新功能，驱动雄性避免亲代抚育	研究聚焦于特定慈鲷鱼谱系，结论在其他鱼类中的普适性尚未验证	探究脊椎动物信息素信号演化如何导致新生殖行为策略的产生	慈鲷鱼（特别是雌性繁殖信号感知及雄性行为调控）	NA	NA	单细胞转录组学, CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据, 行为观测数据	NA（未明确说明样本数量，但使用慈鲷鱼模型进行研究）
772	2025-09-11	Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of dendritic-like "hybrid" neutrophils from skull bone marrow 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.008 PMID:39255776	研究论文	本文揭示了胶质母细胞瘤通过招募和分化颅骨骨髓中的树突状“杂交”中性粒细胞来抑制肿瘤生长的机制	首次发现具有树突状特征的中性粒细胞亚群来源于颅骨骨髓而非循环系统，并证实其通过抗原呈递激活T细胞抗肿瘤免疫	NA	探究肿瘤相关中性粒细胞在胶质母细胞瘤中的生物学作用及来源机制	胶质母细胞瘤患者和小鼠模型中的中性粒细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、标记颅骨移植、靶向消融	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	患者和小鼠胶质母细胞瘤样本（具体数量未明确说明）
773	2025-09-11	Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell-specific gene in atherosclerosis 2024-07-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae028 PMID:38289873	研究论文	本研究利用翻译核糖体亲和纯化测序技术鉴定动脉粥样硬化中平滑肌细胞特异性基因表达，发现Itih4作为新型标志基因	首次建立SMC特异性TRAP小鼠模型（SMCTRAP-AS），并发现Itih4等多个既往未报道与动脉粥样硬化SMCs相关的基因	研究基于转基因小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性需进一步验证	解析动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞的基因表达特征	SMCTRAP和SMCTRAP-AS转基因小鼠的胸主动脉样本	分子生物学	心血管疾病	TRAP-seq（翻译核糖体亲和纯化测序）、免疫荧光染色、空间转录组学	NA	测序数据、图像数据	15月龄SMCTRAP和SMCTRAP-AS小鼠的主动脉样本
774	2025-09-11	Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction 2024-07-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae075 PMID:38666458	研究论文	本研究探讨丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的调控作用	首次揭示SerpinA3n通过调节基质功能和炎症反应影响心肌梗死后心脏修复的因果机制	研究基于小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证	理解Serpins在心肌梗死后瘢痕形成调控中的作用	心肌梗死小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	条件性基因敲除、单细胞转录组学、蛋白质组学、组织学分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据	使用SerpinA3n条件性敲除小鼠模型进行研究
775	2025-09-11	Small nucleolar RNA host gene 18 controls vascular smooth muscle cell contractile phenotype and neointimal hyperplasia 2024-05-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae055 PMID:38498586	研究论文	本研究揭示长链非编码RNA SNHG18通过调控miR-22-3p维持血管平滑肌细胞收缩表型并抑制损伤诱导的新内膜增生	首次发现SNHG18在血管疾病中的功能作用，并阐明其通过竞争性结合ADAR2调控miR-22生物合成的新机制	NA	探索SNHG18在血管平滑肌细胞表型调控和血管损伤修复中的作用	小鼠和人类血管平滑肌细胞及动脉组织	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能获得/缺失实验	NA	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠和人类动脉样本（具体数量未明确说明）
776	2025-09-11	Interleukin-1 receptor accessory protein blockade limits the development of atherosclerosis and reduces plaque inflammation 2024-05-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae046 PMID:38563353	研究论文	研究使用新型抗IL1RAP阻断抗体探究其在动脉粥样硬化中的作用，发现阻断IL1RAP可减小斑块大小并减轻炎症	首次使用非消耗性IL1RAP阻断抗体，并揭示其通过抑制趋化因子产生减少斑块炎症和负担的机制	研究基于小鼠模型，人类应用需进一步验证；样本量未明确说明	探究IL1RAP在动脉粥样硬化发展中的作用及治疗潜力	载脂蛋白E缺陷小鼠（Apoe-/-）和人类动脉粥样硬化斑块样本	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、组织学分析、体外细胞实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据、组织图像数据	NA（具体数量未在摘要中说明）
777	2025-09-11	Cardiac and perivascular myofibroblasts, matrifibrocytes, and immune fibrocytes in hypertension; commonalities and differences with other cardiovascular diseases 2024-05-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae044 PMID:38395029	综述	本文讨论了高血压中心脏和血管周围成纤维细胞亚群（包括肌成纤维细胞、基质纤维细胞和免疫纤维细胞）的更新定义、调控机制及其在心血管病理生理中的作用	强调了基质纤维细胞和免疫纤维细胞在心血管纤维化中的新作用，并整合了谱系追踪和单细胞RNA测序研究的新知识	分子机制导致成纤维细胞活化的具体途径仍大部分未知，且适应性与适应不良性纤维化的转化条件需进一步明确	探讨高血压及相关心血管疾病中成纤维细胞亚群的分类、调控机制及病理作用	心脏和血管周围的成纤维细胞亚群（肌成纤维细胞、基质纤维细胞、免疫纤维细胞）	心血管病理学	心血管疾病	谱系追踪，单细胞RNA测序	NA	NA	NA
778	2025-09-11	An update on periodontal inflammation and bone loss 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1385436 PMID:38919613	综述	本文更新了关于牙周炎症和骨丢失的最新研究进展，重点探讨了牙周病的免疫反应机制及其系统性影响	利用scRNA-seq和动物研究提供了对牙周病免疫反应的新见解，强调了菌群失调在疾病发生发展中的关键作用	NA	探讨牙周病的免疫机制及其与系统性疾病的关联，以开发新的治疗策略	牙周病及其相关的免疫细胞和口腔微生物组	NA	牙周病	scRNA-seq	NA	NA	NA
779	2025-09-11	Transcriptional changes in specific subsets of Drosophila neurons following inhibition of the serotonin transporter 2023-06-24, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-023-02521-3 PMID:37355701	研究论文	研究果蝇血清素转运体抑制后特定神经元亚型的转录组变化	利用果蝇模型和单细胞RNA测序技术，首次在特定Kenyon细胞亚型中解析SERT抑制的转录响应，并区分发育期与成年期的差异效应	转录组变化有限，且一种突变等位基因导致显著人为表达变化，需在其他神经回路中进一步验证	探究血清素转运体（SERT）抑制对特定神经元转录组的影响	果蝇蘑菇体中的Kenyon细胞	神经科学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	果蝇dSERT突变等位基因及SSRI西酞普兰喂食的成年果蝇样本
780	2025-09-11	RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Traumatic Spinal Cord Injury (Review) 2023, Sovremennye tekhnologii v meditsine DOI:10.17691/stm2023.15.6.08 PMID:39944372	综述	本文综述了基于单细胞和单核RNA测序及空间转录组学技术在创伤性脊髓损伤研究中识别细胞类型、揭示分子机制和治疗靶点方面的进展	整合单细胞/单核RNA测序与空间转录组学技术，实现细胞类型精确定位和分子病理分析，为神经连接重组和感觉运动功能恢复机制提供新视角	依赖实验模型数据，人类细胞群体特异性信息尚不完善，需进一步比较验证	通过转录组分析揭示创伤性脊髓损伤的细胞分子机制并探索治疗靶点	脊髓组织中的各类细胞（神经元、神经胶质细胞等）及其在创伤反应中的分子特征	数字病理	创伤性脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据, 空间信息数据	NA（综述文章未指定具体样本量）