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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
761 2025-12-24
A defined bacterial consortium and spatial transcriptomics highlight the complex interaction between Campylobacter jejuni and the murine intestine
2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1
研究论文 本研究通过建立明确的细菌联合体并结合空间转录组学技术,揭示了空肠弯曲菌与小鼠肠道之间复杂的相互作用 首次使用包含13种细菌的明确联合体来解析空肠弯曲菌感染诱导的宿主反应,并整合FISH、RNAscope和空间转录组学提供高分辨率基因表达图谱 研究仅使用小鼠模型,结果可能无法完全适用于人类;细菌联合体仅代表小鼠肠道中最主要的四个门,可能未涵盖所有相关微生物 阐明特定肠道细菌与空肠弯曲菌介导的宿主反应之间的相互作用机制 无菌小鼠、空肠弯曲菌81-176菌株、由13种细菌组成的明确联合体 空间转录组学 肠道感染 16S rRNA基因测序、荧光原位杂交(FISH)、RNAscope、空间转录组学 NA 基因表达数据、空间转录组数据、微生物组成数据 三组无菌小鼠:C13组、C13+空肠弯曲菌组、无菌对照组 NA 空间转录组学 NA NA
762 2025-12-24
Single-cell transcriptomics reveals an abnormal immune microenvironment in plasma cell mastitis
2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序技术,揭示了浆细胞性乳腺炎中异常的免疫微环境 首次应用CITE-seq技术对浆细胞性乳腺炎进行全面的单细胞转录组分析,构建了详细的转录组图谱 样本量相对较小,仅基于10,185个细胞进行分析,且未涉及长期随访或治疗干预数据 探究浆细胞性乳腺炎的免疫微环境特征及细胞分子机制 浆细胞性乳腺炎患者的组织样本 数字病理学 乳腺炎 CITE-seq(转录组和表位测序) NA 单细胞转录组数据 10,185个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
763 2025-12-24
Molecular signatures and lineage diversification of neurogenic and gliogenic radial glia in the gyrencephalic ferret cortex
2025-Nov-28, Research square
研究论文 本研究利用具有脑回结构的雪貂模型,系统表征了皮质放射状胶质细胞的分子特征和谱系动态,揭示了ERK、PKA、YAP/TAZ和SHH信号通路在调控哺乳动物皮质神经发生、胶质发生和进化扩张中的整合网络机制 首次在雪貂模型中系统揭示了皮质放射状胶质细胞的分子特征和谱系动态,并发现ERK与PKA信号通过相互增强机制促进外层放射状胶质细胞自我更新和神经发生,同时抑制胶质发生和延长神经发生期 研究主要基于雪貂模型,虽然与人类皮质具有相似性,但直接推论至人类仍需进一步验证 探究哺乳动物皮质神经发生和胶质发生的分子调控机制及进化适应性 雪貂和人类皮质的放射状胶质细胞 发育神经生物学 NA 单细胞RNA测序, BrdU标记, 免疫组织化学 NA 单细胞转录组数据, 标记数据, 图像数据 雪貂和人类皮质组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
764 2025-12-24
Airway Delivery of Encapsulated Cytokine-Secreting Cells for Local Immunomodulation in Inflammatory Lung Diseases
2025-Nov-27, Research square
研究论文 本研究开发了一种基于细胞的模块化微胶囊平台,可通过气道给药,在肺部实现局部、持久且可调控的免疫调节蛋白递送,用于治疗炎症性肺病 开发了一种新型的、可经气道给药的细胞微胶囊平台,实现了肺部局部、持久且可调控的免疫调节蛋白递送,避免了全身给药带来的脱靶效应 研究主要在动物模型中进行,其临床转化效果和长期安全性仍需进一步验证 开发一种局部免疫调节疗法,以治疗由免疫失调驱动的炎症性肺病,如急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化 炎症性肺病(特别是急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化)的动物模型 生物医学工程/细胞治疗 炎症性肺病(急性呼吸窘迫综合征,肺纤维化) 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
765 2025-12-24
High-resolution single-cell analyses reveal evolutionary constraints and evolvability of sexual circuits in Drosophila
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究利用高分辨率单细胞转录组学分析果蝇性行为神经回路,揭示了其进化保守性和可进化性 首次在果蝇性行为神经回路中应用高分辨率单细胞转录组学,识别出84种分子上不同的细胞类型,并揭示了神经肽信号通路的细胞类型特异性进化更替 研究仅针对果蝇属的四个物种,可能无法完全代表其他物种或更广泛的进化背景 探究神经回路如何进化以编码物种特异性行为,特别是果蝇雄性性行为的多样性 果蝇(Drosophila)物种的性行为神经回路,特别是由性别决定基因标记的神经元 神经科学 NA 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA-seq数据 四个果蝇物种的性行为神经回路细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
766 2025-12-24
Deciphering HTLV-1-associated Lung Pathology through Integrated in vitro and Multi-cohort Multi-omics Analysis: Inflammation, Monocyte Recruitment and Differentiation Triggered by HTLV-1-exposed Alveolar Epithelial Cells
2025-Nov-24, Research square
研究论文 本研究通过整合体外共培养模型和多队列多组学分析,揭示了HTLV-1感染如何通过肺泡上皮细胞触发炎症、单核细胞募集和分化,从而解析HTLV-1相关肺部病理机制 开发了一种体外共培养模型,模拟HTLV-1触发的肺部炎症,并结合多队列多组学分析(包括单细胞转录组学、病毒互作组学和多祖先GWAS)验证了模型的体内相关性 研究主要基于体外细胞模型,虽然通过多组学数据进行了验证,但体内复杂微环境的完全模拟仍存在局限 解析HTLV-1感染如何导致肺部炎症和并发症(如支气管扩张)的分子机制 A549肺泡上皮细胞、HTLV-1感染的MT-2细胞、THP-1细胞、原代单核细胞以及多队列人类样本数据 多组学分析 HTLV-1相关肺部疾病 RNA-seq、RT-qPCR、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞转录组学、病毒互作组学、多祖先GWAS 体外共培养模型、系统生物学分析 转录组数据、单细胞数据、基因组数据 涉及多队列人类样本,具体数量未在摘要中明确 NA 单细胞转录组学、bulk RNA-seq NA NA
767 2025-12-24
Lymphotoxin-driven cancer cell eradication by tumoricidal CD8+ TIL
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过患者来源的TIL-黑色素瘤共培养模型,鉴定并表征了一种新型CD8 TIL亚群,能够独立于I类HLA介导癌细胞裂解,并揭示了淋巴毒素β受体和干扰素感应通路在TIL介导的癌细胞杀伤中的关键作用 发现了一种新型CD8 TIL亚群,具有I类HLA非依赖性的癌细胞裂解能力,并通过全基因组CRISPR筛选确定了LTβR和IFN感应通路为关键决定因素 研究主要基于患者来源的共培养模型和临床数据关联分析,缺乏体内验证实验,且样本量可能有限 探究肿瘤浸润淋巴细胞疗法中关键TIL亚群及其介导癌细胞杀伤的分子机制 患者来源的TIL-黑色素瘤共培养模型、CD8 TIL亚群、淋巴毒素β受体和干扰素感应通路 免疫肿瘤学 黑色素瘤 全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 NA 单细胞测序数据、CRISPR筛选数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq NA NA
768 2025-12-24
Peptide-driven identification of TCRs reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-Nov-16, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法,用于从人类血液中识别抗原特异性T细胞受体,并应用于结核病研究 开发了PDI-TCR检测方法,结合体外细胞扩增、批量TCR测序和统计分析,能区分抗原特异性TCR克隆型与非特异性旁观者激活相关的TCR 研究中使用的PDI-TCR参数特定于结核分枝杆菌,但方法可适应其他抗原系统 研究抗原特异性T细胞受体识别及其在结核病中的动态和表型 结核病患者和结核分枝杆菌致敏的健康个体的CD4 T细胞 免疫学 结核病 体外细胞扩增、批量TCR测序、单细胞RNA测序、统计分析 NA 序列数据 结核病患者和结核分枝杆菌致敏的健康个体血液样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
769 2025-12-24
Infusible Extracellular Matrix Biomaterial Enhances Cell-Specific Pro-Repair Responses Following Acute Myocardial Infarction
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一种可注射的细胞外基质生物材料(iECM),用于增强急性心肌梗死后的细胞特异性修复反应 首次利用单核RNA测序(snRNAseq)和空间转录组学技术,揭示了iECM通过促进巨噬细胞激活、成纤维细胞重塑、血管发育、淋巴管生成、心脏保护和神经发生等多种细胞类型的修复机制 研究仅关注了急性时间点(1、3和7天),未评估长期效果;且依赖于单核测序,可能无法完全反映所有细胞类型的动态变化 探究可注射细胞外基质生物材料(iECM)在急性心肌梗死后的细胞和分子修复机制 心肌梗死模型中的各种心脏细胞类型 数字病理学 心血管疾病 单核RNA测序(snRNAseq)、空间转录组学 NA RNA测序数据、空间转录组数据 NA NA 单核RNA测序, 空间转录组学 NA NA
770 2025-12-24
Advances in artificial intelligence for spatial transcriptomics in cancer: Special focus on Yin Yang 1 (YY1) and Raf kinase inhibitor protein (RKIP)
2025-Nov, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
综述 本文综述了人工智能在癌症空间转录组学中的应用,特别聚焦于YY1和RKIP蛋白,探讨了机器学习、人工智能和统计方法在解析空间转录组数据、推动癌症分类、临床结果预测及个性化医疗方面的作用 通过整合机器学习、人工智能和统计方法,为空间转录组数据提供新的解析视角,特别以YY1和RKIP为例,展示了这些技术在揭示癌基因驱动因子、癌症异质性和个性化治疗途径中的创新应用 作为一篇综述文章,主要基于现有研究进行总结和讨论,未涉及原始数据或实验验证,可能无法覆盖所有最新技术进展 探讨人工智能和机器学习方法在癌症空间转录组学研究中的应用,以提升对癌症微环境、基因表达及个性化治疗的理解 空间转录组学数据,特别关注YY1和RKIP蛋白在癌症中的表达和作用 空间转录组学 癌症 空间转录组学技术 支持向量机(SVM), 随机森林(RF), 聚类, 降维方法(PCA, t-SNE, UMAP) 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
771 2025-12-24
An integrative analysis of transcriptome, methylome and single-cell RNA sequencing data identifies UBE2H as a marker of oxaliplatin resistance in colorectal cancer
2025-Oct-31, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 通过整合转录组、甲基化组和单细胞RNA测序数据,识别出UBE2H作为结直肠癌奥沙利铂耐药性的标志物 首次结合转录组、甲基化组和单细胞RNA测序数据,系统分析奥沙利铂耐药性,并识别UBE2H作为新型耐药标志物,关联甲基化、增殖性细胞和免疫耗竭 研究主要基于细胞系和公共数据集,缺乏临床样本的直接验证,且耐药机制的具体分子通路需进一步探索 识别结直肠癌中奥沙利铂耐药性的生物标志物和潜在机制 结直肠癌细胞系、TCGA和GEO数据集中的结直肠癌样本、正常结肠组织 数字病理学 结直肠癌 转录组测序、DNA甲基化测序、单细胞RNA测序 Cox比例风险模型 转录组数据、甲基化数据、单细胞RNA测序数据 多个结直肠癌细胞系、TCGA数据集、五个GEO数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
772 2025-12-24
Single-cell sequencing uncovers sensory neuron-mediated CGRP signaling as a driver of sarcoma progression
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞测序揭示感觉神经元介导的CGRP信号在肉瘤进展中的驱动作用 首次发现肿瘤相关感觉神经元在骨癌中除痛觉外还具有调节功能,并验证了通过抑制神经支配或CGRP信号可显著减缓肉瘤生长 研究主要基于小鼠模型,人类样本分析虽支持结论但需进一步验证 探索感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控机制及潜在治疗靶点 小鼠骨肉瘤模型及人类骨肉瘤样本 单细胞测序 骨肉瘤 单细胞转录组学、多模态多组学分析 NA 单细胞转录组数据、多组学数据 小鼠模型及人类骨肉瘤样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
773 2025-12-24
A defined bacterial consortium and spatial transcriptomics highlight the complex interaction between Campylobacter jejuni and the murine intestine
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过建立定义的细菌联合体并结合空间转录组学技术,揭示了空肠弯曲菌与小鼠肠道之间复杂的相互作用 首次使用定义的13种细菌联合体(C13)和空间转录组学技术,高分辨率地解析了感染诱导的基因表达空间分布和宿主-微生物-病原体互作 研究基于无菌小鼠模型,可能无法完全反映自然状态下复杂微生物群落的影响,且样本量有限 阐明特定肠道细菌与空肠弯曲菌介导的宿主反应之间的相互作用机制 无菌C57BL/6小鼠、定义的13种细菌联合体(C13)、空肠弯曲菌81-176菌株 空间转录组学 肠道感染 16S rRNA基因测序、荧光原位杂交(FISH)、RNAscope、空间转录组学 NA 基因表达数据、空间转录组数据、微生物组成数据 三组无菌小鼠(C13组、C13+空肠弯曲菌组、无菌对照组),具体数量未明确 NA 空间转录组学 NA NA
774 2025-12-24
Multi-step genomics on single cells and live cultures in sub-nanoliter capsules
2025-Sep-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了一种名为CAGEs的胶囊技术,用于在单细胞水平上进行高通量多步基因组学分析,包括活细胞培养与全基因组读出的结合 创新点在于利用具有两亲性凝胶外壳的胶囊,选择性保留细胞和大分析物,同时允许培养基、酶和试剂自由进入,从而实现了高通量多步活细胞分析 未明确提及具体限制,但可能涉及胶囊技术的优化、应用范围的扩展或与其他单细胞技术的兼容性 研究目的是开发一种新方法,以支持高通量多步基因组学分析,特别是结合活细胞培养与全基因组读出的功能基因组学方法 研究对象为单细胞和活细胞培养物,通过胶囊技术进行捕获和分析 基因组学 NA 单细胞测序、全基因组读出、活细胞培养 NA 转录组数据 数万个扩展克隆的转录组 NA 单细胞RNA-seq NA NA
775 2025-09-07
Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology"
2025-Sep-06, Urolithiasis IF:2.0Q2
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
776 2025-12-24
ASPEN: Robust detection of allelic dynamics in single cell RNA-seq
2025-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为ASPEN的统计方法,用于在F1杂交单细胞转录组数据中建模等位基因均值和方差,以提高等位基因动态检测的鲁棒性 ASPEN采用敏感映射流程和自适应收缩技术,能有效区分单细胞中的等位基因失衡和方差,相比现有方法在稀疏液滴单细胞数据中表现出更高的敏感性和更低的假发现率 方法主要基于模拟数据进行验证,实际生物样本应用范围有限,且依赖于F1杂交模型,可能不适用于其他遗传背景 开发一种统计方法以改进单细胞RNA-seq数据中等位基因动态的检测精度 F1杂交小鼠脑类器官和T细胞的单细胞转录组数据 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA-seq 统计建模方法(自适应收缩) 单细胞转录组数据 模拟数据及小鼠脑类器官和T细胞样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA 稀疏液滴单细胞数据(droplet-based)
777 2025-12-24
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了前庭毛细胞中动纤毛的分子特征,结合免疫染色和活体成像,证明了动纤毛兼具初级纤毛和运动纤毛的分子特性,并具有主动运动能力 首次通过单细胞RNA测序揭示前庭毛细胞动纤毛的分子双重身份,并证实其具有主动运动能力,填补了结构、分子组成和功能上的知识空白 NA 阐明前庭毛细胞动纤毛的结构、分子组成和功能特性 成年小鼠、斑马鱼、人类的前庭毛细胞以及牛蛙和小鼠的壶腹嵴毛细胞 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像 NA RNA测序数据、图像数据 成年小鼠、斑马鱼、人类的前庭毛细胞以及牛蛙和小鼠的壶腹嵴毛细胞样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
778 2025-12-24
EnrichSci: Transcript-guided Targeted Cell Enrichment for Scalable Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一种名为EnrichSci的可扩展单细胞RNA测序平台,用于靶向富集和解析复杂组织中稀有细胞类型的转录组动态 结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引技术,实现了无需微流控的靶向细胞富集,并首次在单细胞水平揭示了衰老过程中少突胶质细胞亚型的转录后调控特征 研究目前仅在小鼠脑衰老模型中验证,尚未在人类样本或其他疾病模型中广泛应用 开发可扩展的靶向单细胞转录组测序技术,以解析复杂组织中稀有细胞类型的分子动态 衰老小鼠脑组织中的少突胶质细胞及其亚型 单细胞组学 衰老相关疾病 单细胞RNA测序,杂交链式反应RNA FISH,组合索引 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq EnrichSci 结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引的微流控-free单核转录组测序平台
779 2025-12-24
Integrative analysis of taurine metabolism-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of ABCB1 and GORASP1 as key genes in nasopharyngeal carcinoma
2025-Apr-24, Amino acids IF:3.0Q3
研究论文 本研究通过整合多数据库数据,构建了与牛磺酸代谢相关基因的预后特征模型,并验证了其在鼻咽癌中的预后价值及与免疫治疗和药物敏感性的关联 首次报道了牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的作用,并构建了一个基于三个关键基因的预后模型,同时通过分子对接和单细胞测序验证了其可靠性 研究主要基于数据库分析和实验验证,样本量可能有限,且模型在临床广泛应用前需进一步验证 探究牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后价值及其与免疫治疗和药物敏感性的关系 鼻咽癌患者 生物信息学 鼻咽癌 基因表达分析、Cox回归、LASSO回归、免疫组化、分子对接、单细胞测序 预后特征模型 基因表达数据、临床数据 NA NA 单细胞测序 NA NA
780 2025-12-24
High-throughput single cell -omics using semi-permeable capsules
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种基于半透性胶囊(SPCs)的通用技术,用于多种高通量单细胞组学分析,包括数字PCR、基因组测序、单细胞RNA测序以及基于核酸标记的FACS分选 开发了基于半透性胶囊(SPCs)的通用技术,克服了液滴微流控系统在长期单细胞培养和克隆扩增方面的根本限制,并展示了其在单细胞RNA测序(CapSeq)中具有优异的转录本捕获能力 未在摘要中明确说明 开发一种通用、可定制、高灵敏度且广泛适用的高通量单细胞组学技术平台 造血系统疾病患者的白细胞,特别是急性髓系白血病(AML)样本中的成熟粒细胞和单核细胞 单细胞组学 急性髓系白血病 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),数字PCR,基因组测序,FACS NA 核酸序列数据,转录组数据 未在摘要中明确说明具体数量,但涉及患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA 基于半透性胶囊(SPCs)的胶囊测序方法(CapSeq)
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