单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-05-29	Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08466-x PMID:39843748	research paper	该研究探讨了小肠组织中组织驻留记忆CD8 T细胞（T细胞）的多样性及其空间时间印记机制	揭示了小肠不同组织微环境如何驱动T细胞的表型异质性，并开发了新的计算方法和基因扰动策略来研究T细胞的分化	研究主要基于小鼠模型和人类样本的空间转录组学，可能不完全反映人体内的全部复杂性	探究组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的起源及其在小肠中的空间分布	组织驻留记忆CD8 T细胞	免疫学	NA	空间转录组学、光学编码基因扰动策略	NA	转录组数据、空间分布数据	人类样本和小鼠模型
762	2025-05-29	A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08504-8 PMID:39910307	research paper	该研究通过单核测序和空间转录组学技术，构建了一个全面的人类下丘脑空间细胞转录图谱'HYPOMAP'	首次结合单核测序和空间转录组学技术，对人类下丘脑进行全面的转录组分析，并发现了一些与BMI相关的基因	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有细胞类型和功能的复杂性	构建人类下丘脑的空间细胞转录图谱，并探索其与代谢等疾病的关系	人类下丘脑细胞	生物信息学	代谢疾病	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	433,369个人类下丘脑细胞
763	2025-05-29	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-Feb-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	research paper	该研究通过整合多组学数据和单细胞测序分析，全面评估了ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达模式和功能影响，特别关注胶质母细胞瘤	研究发现ANXA2和ANXA4主要由GBM中的M2巨噬细胞表达，并揭示了它们与胶质瘤中巨噬细胞和CD4+静止记忆T细胞存在的强相关性	研究中使用的分析工具之间存在差异，强调了使用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	研究ANXA家族在癌症中的预后意义，特别是在胶质瘤免疫细胞中的作用	ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达和功能，特别关注胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤	生物信息学	胶质瘤	多组学数据整合、单细胞测序分析	NA	基因组数据、单细胞测序数据	来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)的数据集
764	2025-05-29	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	research paper	该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达（DGE）分析的能力	结合ST和snRNA-seq数据，利用深度学习工具CelEry推断细胞的空间位置，并进行皮层层特异性（CLS）和细胞类型特异性（CTS）DGE分析，发现了传统CTS DGE分析无法检测到的AD相关基因和通路	研究依赖于推断的空间位置信息，可能存在一定的误差，且样本量虽大但仍局限于特定脑区（DLPFC）	增强AD相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关的β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退表型	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）、深度学习	线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑的DLPFC组织样本，约150万细胞
765	2025-05-29	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	提出了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够精确地反映每个细胞的扰动状态，解决了传统方法在受影响细胞子集较小或扰动强度较弱时无法准确识别的问题	论文未明确提及具体局限性	开发一种计算方法，用于在单细胞RNA-seq研究中准确识别受疾病影响的细胞子集及其标记物	病例对照单细胞转录组数据	机器学习	多发性骨髓瘤前体条件、脱髓鞘疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集、人类多发性骨髓瘤前体条件数据集、小鼠脱髓鞘模型数据集
766	2025-05-29	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF框架首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到一个框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确说明方法在超大规模数据集上的计算效率问题	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确说明具体样本量，仅提到在真实数据集上进行了广泛验证
767	2025-05-29	Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells 2024-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53706-3 PMID:39487111	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了前列腺素E2（PGE2）通过EP2/EP4信号通路在人类肿瘤微环境中诱导免疫抑制的机制	揭示了PGE2-EP2/EP4信号通过下调c-Myc和PGC-1，进而影响氧化磷酸化、糖酵解和核糖体蛋白合成，从而损害免疫细胞的功能和抗肿瘤活性的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的直接证据有限	探究前列腺素E2在肿瘤微环境中的免疫抑制作用及其分子机制	肿瘤浸润的免疫细胞（包括CD8 T细胞和巨噬细胞）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类癌症样本和雌性小鼠的同基因肿瘤模型
768	2025-05-29	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播	NA	更好地分析高维度、高稀疏性的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
769	2025-05-28	Synergistic effects of mTOR inhibitors with VEGFR3 inhibitors on the interaction between TSC2-mutated cells and lymphatic endothelial cells 2025-Jun, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2760-4 PMID:39862344	research paper	本研究探讨了mTOR抑制剂与VEGFR3抑制剂对TSC2突变细胞与淋巴管内皮细胞之间相互作用的协同效应	发现雷帕霉素与VEGFR3抑制剂的联合使用不仅增强了雷帕霉素的效果，还抑制了淋巴管相关表现，为LAM及其他TSC2突变疾病的治疗提供了新策略	研究仅通过体外实验和小鼠异种移植模型验证，尚未进行临床试验	探索LAM细胞与淋巴管内皮细胞的相互作用及雷帕霉素对此的影响，以寻找LAM治疗的新靶点	TSC2缺失细胞与淋巴管内皮细胞（LECs）	肿瘤学	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）	单细胞测序、异种移植模型	NA	细胞培养数据、测序数据	NA
770	2025-05-28	Mechanistic insights into Hippo-YAP pathway activation for enhanced DFU healing 2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.01067.2024 PMID:40261295	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，全面探讨了TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调节巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的关键作用	揭示了TFAP2A在DFU中的新型免疫调节作用，并提供了治疗慢性糖尿病伤口的有前景的靶点	NA	探讨TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在糖尿病足溃疡愈合中的作用机制	巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的作用	生物医学研究	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
771	2025-05-28	Pathway Enrichment-Based Unsupervised Learning Identifies Novel Subtypes of Cancer-Associated Fibroblasts in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00705-7 PMID:40272703	研究论文	提出了一种基于通路富集的无监督学习方法scPathClus，用于识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型	开发了scPathClus方法，通过通路富集矩阵和潜在特征矩阵克服单细胞RNA测序数据中基因表达丢失的问题，并发现了两种新的CAF亚型	方法的应用仅限于胰腺导管腺癌的scRNA-seq数据，未在其他癌症类型中验证	开发一种新的单细胞聚类方法，以更准确地识别癌症相关成纤维细胞的亚型	胰腺导管腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组分析, 伪时间分析	无监督学习, 社区检测	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了多个PDAC scRNA-seq数据集
772	2025-05-28	Single-cell transcriptomic analysis reveals alterations to cellular dynamics and paracrine signaling in radiation-induced muscle pathology 2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00115.2025 PMID:40316295	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了辐射诱导肌肉病理中的细胞动态变化和旁分泌信号改变	首次使用scRNA-seq技术描述了辐射暴露后骨骼肌微环境中的转录变化，揭示了FAPs的纤维化和衰老转录组特征	研究仅基于小鼠模型，未在人体中进行验证	探究辐射治疗引起的骨骼肌萎缩和纤维化的潜在机制	小鼠辐射模型中的肌肉干细胞和纤维脂肪祖细胞	单细胞转录组学	肌肉萎缩和纤维化	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	辐射后24小时和56天的小鼠肌肉组织样本
773	2025-05-28	Stromal heterogeneity in the adult lung delineated by single-cell genomics 2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00285.2025 PMID:40353369	review	本文综述了通过单细胞RNA测序研究揭示的肺基质细胞异质性，并强调了各细胞群的功能特性和位置	利用单细胞RNA测序技术揭示了肺基质细胞的异质性及其在空间分布上的独特性	NA	探讨肺基质细胞的异质性及其功能特性	肺基质细胞	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
774	2025-05-28	Super-resolution imaging informed scRNA sequencing analysis reveals the critical role of GDF15 in rejuvenating aged hematopoietic stem cells 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000236 PMID:40416726	研究论文	本文通过超分辨率成像和单细胞RNA测序分析，揭示了GDF15在衰老造血干细胞再生中的关键作用	结合超分辨率显微镜和单细胞RNA测序技术，首次揭示了GDF15在调节线粒体信号和形态以影响造血干细胞命运中的新作用	研究样本量相对较小，仅涉及约200个年轻和年老小鼠的造血干细胞	探索造血干细胞衰老过程中线粒体形态变化的分子和细胞机制	年轻和年老小鼠的造血干细胞	数字病理学	老年病	超分辨率显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列数据	约200个年轻和年老小鼠的造血干细胞
775	2025-05-28	Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions 2025-May-26, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00964-9 PMID:40419763	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多重空间成像技术，分析了11例ETMR患者的样本，揭示了ETMR的细胞层次结构和致癌机制	揭示了C19MC在干细胞样细胞中的主要表达及其对干细胞性和谱系承诺的转录网络的控制，同时发现了成纤维细胞生长因子受体和Notch信号作为致癌通路的新靶点	样本量较小（11例ETMR患者样本），可能影响结果的普遍性	研究ETMR的细胞层次结构和致癌机制，为更有效的靶向治疗提供理论基础	ETMR（多层玫瑰花结胚胎性肿瘤）患者的肿瘤样本	数字病理学	儿科脑肿瘤	单细胞转录组学、多重空间成像	NA	转录组数据、图像数据	11例ETMR患者样本
776	2025-05-28	Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy 2025-May-26, The British journal of radiology DOI:10.1093/bjr/tqaf114 PMID:40419861	review	本文探讨了内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	提出通过靶向内皮细胞来调节免疫反应，以提高放疗的治疗增益	需要更多体内实验数据来验证内皮细胞在放疗中的具体作用机制	研究内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	内皮细胞、免疫细胞、肿瘤组织和正常组织	肿瘤学	肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	动物模型和人类患者样本
777	2025-05-28	An inducible mouse model of osteogenesis imperfecta type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C>T mutation 2025-May-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf022 PMID:39908237	research paper	该研究开发了一种可诱导的小鼠模型，用于探索由IFITM5基因c.-14C>T突变引起的V型成骨不全症的致病机制	开发了一种可诱导的小鼠模型，克服了以往模型胚胎致死的问题，并利用单细胞RNA测序技术揭示了SOX9异常表达和骨生成、软骨生成及脂肪生成平衡失调的致病机制	研究主要基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化需要进一步验证	探究V型成骨不全症的分子机制	携带Ifitm5 c.-14C>T突变的小鼠模型	遗传疾病研究	成骨不全症	单细胞RNA测序	可诱导小鼠模型(Ifitm5flox c.-14C>T)	基因表达数据	多种Cre重组酶诱导的突变小鼠模型(Prx1-Cre, Col1a1-Cre, Ocn-Cre)
778	2025-05-28	Analyses of single-cell RNA sequencing uncover the role of intratumoral Helicobacter pylori in shaping tumor progression and immunity in gastric cancer 2025-May-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04048-6 PMID:40411560	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤内幽门螺杆菌在胃癌进展和免疫中的作用	使用SAHMI流程系统性地恢复和去噪人类临床组织中的微生物信号，并在单细胞转录组水平上研究肿瘤-微生物相互作用	NA	探究肿瘤内微生物群在胃癌发生和进展中的作用	胃癌组织中的细胞群和幽门螺杆菌	digital pathology	gastric cancer	single-cell RNA sequencing, fluorescence in situ hybridization, immunohistochemistry	NA	RNA sequencing data, image data	一个大型胃癌队列中的多个肿瘤和正常样本
779	2025-05-28	Unraveling the significance of cuproptosis in hepatocellular carcinoma heterogeneity and tumor microenvironment through integrated single-cell sequencing and machine learning approaches 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02696-9 PMID:40411678	研究论文	通过整合单细胞测序和机器学习方法，揭示铜死亡在肝细胞癌异质性和肿瘤微环境中的重要性	首次将铜死亡与肝细胞癌的异质性和肿瘤微环境联系起来，并构建了基于铜死亡相关基因的风险评分模型和预后列线图	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏实验验证	提高肝细胞癌的预后预测和个性化治疗策略	肝细胞癌（HCC）细胞亚群	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，机器学习	LASSO回归，多变量Cox回归	RNA测序数据	来自GEO、TCGA和ICGC数据库的数据
780	2025-05-28	Prognostic model identification of ribosome biogenesis-related genes in pancreatic cancer based on multiple machine learning analyses 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02733-7 PMID:40411705	研究论文	本研究通过多机器学习分析识别了胰腺癌中与核糖体生物合成相关的基因，构建了一个预后风险模型	首次结合机器学习算法和单细胞RNA测序分析，筛选出9个关键生物标志物，揭示了核糖体生物合成在胰腺癌进展和治疗抵抗中的关键作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证	探索胰腺癌中核糖体生物合成的分子机制，寻找新的生物标志物和治疗靶点	胰腺癌患者和相关的基因表达数据	机器学习	胰腺癌	单细胞RNA测序，机器学习算法	Cox回归和多种机器学习算法	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本，以及GSE155698单细胞RNA测序数据集