单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-06-01	Tumor-infiltrating immune cell signature score reveals prognostic biomarkers and therapeutic targets for colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583327 PMID:40438100	research paper	该研究通过整合结直肠癌转录组数据，构建并验证了一个基于肿瘤浸润免疫细胞相关基因的预后模型，并探索了其在预测免疫治疗效果方面的潜力	利用多种机器学习技术（如RSF、LASSO和Cox回归）构建了一个基于五个关键TIIC-RNAs的预后模型，该模型在生存预测上优于现有的22种预后模型，并揭示了TIIC特征评分与肿瘤浸润免疫细胞、代谢特征及染色体不稳定性之间的显著相关性	需要进一步研究评估TIIC特征评分的临床实用性，并确认其在不同人群和治疗背景下的相关性	探索肿瘤浸润免疫细胞相关基因在结直肠癌中的预后价值，以发现新的生物标志物和治疗靶点	结直肠癌（CRC）患者	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, NGS, RNA-seq	Random Survival Forest (RSF), LASSO regression, Cox proportional hazards regression	transcriptome data, scRNA-seq data	TCGA-CRC数据集及外部验证数据集
762	2025-06-01	Construction of a stromal cell-related prognostic signature based on a 101-combination machine learning framework for predicting prognosis and immunotherapy response in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1544348 PMID:40438115	研究论文	本研究基于101种机器学习算法组合构建了一个与基质细胞相关的预后特征模型，用于预测三阴性乳腺癌（TNBC）的预后和免疫治疗反应	首次整合10种机器学习算法和101种模型组合构建基质细胞相关预后特征模型，并验证了FN1作为关键致癌基因的作用	研究结果需要进一步在更大样本和前瞻性研究中验证	识别基质细胞标记基因并开发预后特征模型，预测TNBC生存结果和免疫治疗反应	三阴性乳腺癌（TNBC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、qRT-PCR、免疫组化、RNA干扰、CCK-8检测、凋亡检测和伤口愈合实验	101种机器学习算法组合	转录组数据	来自GEO数据库的单细胞RNA测序数据集和独立队列（GSE91061）
763	2025-06-01	nf-core/marsseq: systematic preprocessing pipeline for MARS-seq experiments 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf089 PMID:40438146	research paper	本文介绍了一个名为nf-core/marsseq的系统化预处理流程，用于MARS-seq实验的数据分析	对原始MARS-seq2.0流程进行了修订，使其能够在nf-core框架下实现，简化了流程执行，提高了透明度和可扩展性，并增加了RNA速度估计的自定义工作流程	NA	标准化MARS-seq分析并提高其在RNA速度分析中的适用性	MARS-seq实验数据	生物信息学	NA	MARS-seq2.0, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
764	2025-06-01	Single-cell transcriptome conservation in a multispecies comparative analysis of fresh and cryopreserved insulinoma cell lines 2025, Veterinary oncology (London, England) DOI:10.1186/s44356-025-00025-4 PMID:40438246	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对多种胰岛素瘤细胞系进行了跨物种比较分析，并探讨了冷冻保存对胰腺β细胞单细胞转录组的影响	首次在跨物种胰岛素瘤细胞系中鉴定出保守的集群标记基因，并验证了冷冻保存样本在单细胞转录组研究中的可行性	研究仅针对细胞系进行，未涉及原代肿瘤组织样本	理解胰岛素瘤的单细胞转录组特征并评估冷冻保存对样本质量的影响	犬源(canINS, CM)和鼠源(INS-1, MIN6)胰岛素瘤细胞系	单细胞转录组学	胰岛素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat分析流程	单细胞转录组数据	4种胰岛素瘤细胞系(2种犬源和2种鼠源)的新鲜与冷冻保存样本
765	2025-06-01	Single-cell transcriptomic analysis of canine insulinoma reveals distinct sub-populations of insulin-expressing cancer cells 2025, Veterinary oncology (London, England) DOI:10.1186/s44356-025-00026-3 PMID:40438247	研究论文	首次对犬恶性胰岛素瘤进行单细胞转录组分析，揭示了胰岛素表达癌细胞的不同亚群	首次在犬胰岛素瘤中鉴定出两种转录特征不同的胰岛素表达肿瘤细胞亚群（INS和INSFOS），并发现了肿瘤细胞异质性和新的免疫微环境特征	样本规模较小（仅两只犬的三个样本）	探索犬恶性胰岛素瘤的单细胞转录组特征	犬恶性胰岛素瘤细胞	数字病理学	胰腺神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5,532个细胞（来自两只拳师犬的两个原发胰岛素瘤和一个转移灶）
766	2025-06-01	Biomarker identification associated with M2 tumor-associated macrophage infiltration in glioblastoma 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1545608 PMID:40438577	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润相关的生物标志物，以预测胶质母细胞瘤的预后	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞相关的预后基因，并构建预后特征	研究结果需要进一步的外部验证和功能实验验证	识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润相关的生物标志物，以预测胶质母细胞瘤的预后	胶质母细胞瘤（GBM）患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），WGCNA，LASSO回归分析	LASSO回归	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
767	2025-06-01	Dominant immune tolerance in the intestinal tract imposed by RelB-dependent migratory dendritic cells regulates protective type 2 immunity 2024-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53112-9 PMID:39443450	研究论文	本研究揭示了在小肠固有层中，NF-κB家族成员RelB对隐窝斑和孤立淋巴滤泡相关树突状细胞（CIA-DCs）分化的必要性，并发现RelB缺陷的常规树突状细胞（cDCs）通过释放趋化因子CCL22促进与调节性T细胞（Treg）的相互作用，从而调控肠道免疫耐受	首次发现RelB在小肠树突状细胞中的关键作用，及其通过CCL22调控DC-Treg细胞相互作用的机制	研究主要关注RelB在小肠免疫调控中的作用，未涉及其他组织或器官的免疫调节机制	探究RelB在树突状细胞中对肠道免疫耐受的调控作用	隐窝斑和孤立淋巴滤泡相关树突状细胞（CIA-DCs）及调节性T细胞（Treg）	免疫学	肠道感染	单细胞RNA测序	DC特异性RelB敲除动物模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
768	2025-06-01	Overloading And unpacKing (OAK) - droplet-based combinatorial indexing for ultra-high throughput single-cell multiomic profiling 2024-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53227-z PMID:39443484	research paper	本文介绍了一种名为OAK的高通量单细胞多组学分析方法，通过液滴条形码系统和组合索引技术提高效率	OAK方法结合了液滴条形码系统和组合索引技术，显著提高了单细胞多组学分析的效率和通量	NA	开发一种高效的单细胞多组学分析方法	单细胞RNA测序、单核RNA测序和可及染色质分析	单细胞测序技术	黑色素瘤	液滴条形码系统、组合索引技术	NA	单细胞多组学数据	超过40万个黑色素瘤细胞
769	2025-06-01	IL-1β-induced epithelial cell and fibroblast transdifferentiation promotes neutrophil recruitment in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53307-0 PMID:39438439	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了IL-1β诱导的上皮细胞和成纤维细胞转分化在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中促进中性粒细胞募集的机制	发现了两种IL-1信号诱导的细胞亚群（LY6D club细胞和IDO1成纤维细胞）通过释放特定趋化因子促进中性粒细胞募集的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制及潜在治疗靶点	人类鼻黏膜组织（下鼻甲、中鼻甲和鼻息肉）及LPS诱导的CRSwNP小鼠模型	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LPS诱导的小鼠CRSwNP模型	RNA测序数据	CRSwNP患者的多部位鼻黏膜组织
770	2025-06-01	Single-cell sequencing reveals immune features of treatment response to neoadjuvant immunochemotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52977-0 PMID:39438438	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了食管鳞状细胞癌新辅助免疫化疗治疗反应的免疫特征	揭示了CXCL13CD8 Tex细胞作为新辅助免疫化疗反应改善的预测因子，并发现CXCL13可增强体内抗PD-1疗效	未明确说明样本量是否足够大以支持广泛结论	探索影响食管鳞状细胞癌对新辅助免疫化疗反应的因素	接受新辅助免疫化疗治疗的食管鳞状细胞癌患者组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序与T细胞受体测序配对	NA	单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量
771	2025-06-01	Activation-Induced Marker Assay to Identify and Isolate HCV-Specific T Cells for Single-Cell RNA-Seq Analysis 2024-10-17, Viruses DOI:10.3390/v16101623 PMID:39459954	研究论文	开发了一种激活诱导标记（AIM）检测方法，用于检测、分选和单细胞RNA测序分析HCV特异性T细胞	利用AIM方法高灵敏度检测稀有抗原特异性T细胞，不受MHC多聚体可用性的限制	仅在一个受试者中进行了验证，样本量较小	开发一种新方法来识别和分离HCV特异性T细胞，用于单细胞RNA测序分析	HCV特异性T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据和T细胞受体（TCR）使用数据	1名受试者的HCV特异性T细胞
772	2025-06-01	Putting proteins in context 2024-Oct-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009 PMID:39418999	research paper	该论文介绍了一种名为PINNACLE的几何深度学习方法，用于生成蛋白质的上下文表示	通过结合蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学分析，生成具有生物或环境背景的蛋白质表示	NA	解决蛋白质表示缺乏生物或环境背景的问题	蛋白质	machine learning	NA	几何深度学习，单细胞转录组学	PINNACLE	蛋白质相互作用数据，单细胞转录组数据	NA
773	2025-06-01	Unraveling the Prefrontal Cortex-Basolateral Amygdala Pathway's Role on Schizophrenia's Cognitive Impairments: A Multimodal Study in Patients and Mouse Models 2024-07-27, Schizophrenia bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1093/schbul/sbae063 PMID:38811350	研究论文	本研究通过多模态方法探讨了内侧前额叶皮层-基底外侧杏仁核通路在精神分裂症相关认知障碍中的作用	揭示了mPFC-BLA通路在认知障碍中的关键作用，并提出了血液外泌体mRNA作为非侵入性生物标志物的新诊断方法	研究结果主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证	探究精神分裂症相关认知障碍的神经机制	精神分裂症患者和小鼠模型	神经科学	精神分裂症	临床量表、磁共振成像、单细胞RNA测序、光遗传学	甲基偶氮氧甲醇乙酸酯诱导的小鼠模型	影像数据、基因表达数据、行为数据	精神分裂症患者和健康对照者，以及6周大的小鼠模型
774	2025-06-01	Smooth muscle cells in atherosclerosis: clones but not carbon copies 2021, JVS-vascular science DOI:10.1016/j.jvssci.2021.02.002 PMID:34617064	综述	本文综述了血管平滑肌细胞（SMCs）在动脉粥样硬化中的作用及其表型多样性	总结了SMCs在动脉粥样硬化病变中的克隆扩张和表型多样性，以及调控SMC命运的分子机制	讨论了单细胞转录组学在确定SMC功能方面的可靠性问题，以及SMC克隆性和表型可塑性对转化研究的影响	探讨SMCs在动脉粥样硬化中的贡献及其表型转变的分子机制	血管平滑肌细胞（SMCs）	心血管疾病研究	动脉粥样硬化	命运图谱分析、单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
775	2025-05-31	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2025-Jun-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	research paper	该研究探讨了系统性硬化症（SSc）及其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型，揭示了FcγR表达增强的巨噬细胞在驱动吞噬作用和炎症反应中的作用	研究发现SSc患者的巨噬细胞，特别是皮肤中的FCGR3Ahi簇和肺中的FCN1hi巨噬细胞，表现出FcγR基因表达升高和促吞噬途径富集，这一表型在其他风湿性疾病如RA和PsA中也有体现	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，尚未在体内模型中验证这些发现	揭示系统性硬化症及其他风湿性疾病中巨噬细胞促吞噬表型的机制	健康对照者和SSc、RA、PsA及axSpA患者的皮肤和肺巨噬细胞	免疫学	系统性硬化症（SSc）、类风湿性关节炎（RA）、银屑病关节炎（PsA）和轴向脊柱关节炎（axSpA）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	来自健康对照者和SSc、RA、PsA及axSpA患者的CD14+单核细胞衍生的巨噬细胞（hMDMs）
776	2025-05-31	The influence of age on cellular senescence in injured versus healthy muscle and its implications on rotator cuff injuries 2025-Jun, Journal of shoulder and elbow surgery IF:2.9Q1 DOI:10.1016/j.jse.2025.02.008 PMID:40057173	研究论文	研究年龄对受伤与健康肌肉中细胞衰老的影响及其在肩袖损伤中的意义	首次在肩袖肌肉组织中识别出六种主要细胞群，并发现老年FAPs中衰老标志物和纤维化炎症相关基因表达增加	样本来源仅限于手术患者，可能无法完全代表一般人群	探究年龄对肩袖损伤中细胞衰老的影响机制	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本	生物医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本（具体数量未提及）
777	2025-05-31	Multi-omics analysis identified and confirmed TNF-α as a key initiator of the inflammatory response following spinal cord injury 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143866 PMID:40319972	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了锌离子如何通过调节TNF-α信号通路减轻脊髓损伤后的免疫炎症反应	首次整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术，阐明锌离子通过抑制TNF-α信号通路调控脊髓损伤后的免疫炎症反应	锌离子调控TNF-α信号通路的具体分子机制仍需进一步研究	探究锌离子在脊髓损伤后免疫炎症反应中的调控机制	脊髓损伤后的免疫炎症反应及锌离子的调控作用	生物医学	脊髓损伤	多组学分析（转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序）	NA	组学数据	人类和小鼠的免疫细胞图谱
778	2025-05-31	Lipopolysaccharide alters cell communication at the maternal-fetal interface revealed by single-cell RNA-sequencing 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143939 PMID:40328399	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了脂多糖（LPS）诱导的炎症对母胎界面细胞组成、细胞间相互作用及关键信号通路的影响	首次利用单细胞RNA测序技术揭示LPS如何改变母胎界面的细胞通讯及信号通路	研究仅关注了LPS诱导的炎症效应，未涉及其他类型感染或炎症的影响	探究LPS诱导的炎症对母胎界面细胞通讯的影响	母胎界面细胞（包括子宫内膜上皮细胞、基质细胞、成纤维细胞等）	生殖医学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及多种细胞类型（包括15种其他细胞类型）
779	2025-05-31	Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf063 PMID:40391086	研究论文	介绍了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞TCR测序(scTCR-seq)数据分析流程	提供了命令行工具和用户友好的网页界面，便于无编程经验的研究者使用，支持scRNA-seq和scTCR-seq数据的整合分析	未提及具体的数据处理速度或计算资源需求，也未说明是否支持其他类型的单细胞测序数据	增强对T细胞介导的免疫的理解，促进免疫治疗的发展	单细胞RNA测序和单细胞TCR测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	NA
780	2025-05-31	Immune signatures of megakaryocytes in persistent inflammation-immunosuppression and catabolism syndrome 2025-May-30, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025087 PMID:40443348	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了持续性炎症-免疫抑制和分解代谢综合征（PICS）患者中巨核细胞的免疫特征及其在免疫调节中的作用	首次揭示了PICS中巨核细胞的分子特征及其与免疫细胞的动态相互作用，并发现巨核细胞通过调节促炎细胞因子水平参与系统炎症调控和组织修复	样本量较小（11例患者），且需要进一步验证巨核细胞作为治疗靶点的潜力	探究巨核细胞在PICS中的免疫学作用及其分子机制	巨核细胞在PICS患者外周血单个核细胞中的特征	免疫学	脓毒症后综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	11例患者（6例PICS，5例脓毒症）和5例健康对照