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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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761 | 2025-10-05 |
Multimodal single-cell transcriptomics with patient-specific iPSC-derived airway organoids as a drug screening approach for cystic fibrosis with nonsense mutations
2025-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118476
PMID:40829314
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研究论文 | 本研究利用患者特异性iPSC来源的气道类器官和单细胞转录组学技术,开发了一种囊性纤维化无义突变的药物筛选方法 | 首次建立携带CFTR-S308X无义突变的患者特异性iPSC来源3D气道类器官模型,并应用多模态单细胞转录组学分析药物作用机制 | 研究仅针对特定CFTR-S308X无义突变,模型为体外系统可能无法完全模拟体内复杂环境 | 开发针对囊性纤维化无义突变的药物筛选平台并探索相关分子发病机制 | 携带CFTR-S308X无义突变的患者特异性iPSC来源气道类器官 | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序,多模态单细胞转录组学分析 | ASGARD框架,CellChat,RNA velocity | 单细胞转录组数据,bulk RNA测序数据 | 患者特异性iPSC来源气道类器官 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
762 | 2025-10-05 |
Biomarkers of immune dysregulation and posttreatment inflammation in spinal muscular atrophy
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2506976122
PMID:40986347
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析脊髓性肌萎缩症(SMA)患者的免疫失调特征 | 首次在SMA中识别出6-7个月免疫激活转变点,发现基因治疗后NF-κB相关炎症基因显著上调,并揭示CD4+ T细胞早期功能障碍和G1期阻滞 | 样本量较小(共17名婴儿),仅包含25个月以下患者 | 阐明脊髓性肌萎缩症中的免疫失调机制及其对治疗反应的影响 | 脊髓性肌萎缩症婴儿患者和健康对照婴儿的外周血样本 | 生物信息学 | 脊髓性肌萎缩症 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | SMA患者11例(7例bulk RNA-seq, 4例scRNA-seq),健康对照10例(4例bulk RNA-seq, 6例scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
763 | 2025-10-05 |
ALKBH5 demethylates the m6A modification of SOCS3 in microglia/macrophages and alleviates neuroinflammation after brain injury
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504697122
PMID:40986354
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研究论文 | 本研究揭示了ALKBH5通过去甲基化SOCS3的m6A修饰缓解脑损伤后神经炎症的分子机制 | 首次发现ALKBH5-m6A-SOCS3调控轴在脑损伤后小胶质细胞/巨噬细胞驱动的神经炎症中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在人体中验证 | 探究m6A RNA修饰在创伤性脑损伤后神经炎症中的作用机制 | 小胶质细胞/巨噬细胞 | 分子生物学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序, m6A RNA免疫沉淀测序, MeRIP-qPCR, RNA pull-down | NA | RNA测序数据 | 多个时间点的脑损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序, m6A测序 | NA | NA |
764 | 2025-10-05 |
Prolonged immune activation in post-acute sequelae of SARS-CoV-2: neutrophil dynamics and therapeutic insights
2025-Sep-24, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01539-5
PMID:40987794
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研究论文 | 本研究通过仓鼠模型揭示了SARS-CoV-2感染后长期症状中中性粒细胞持续激活的机制,并验证了靶向中性粒细胞炎症的治疗策略 | 首次在小仓鼠模型中系统揭示PASC的免疫机制,发现中性粒细胞持续激活是驱动长期炎症的关键因素,并验证了Sivelestat等小分子抑制剂的治疗效果 | 研究基于动物模型,结果需要进一步在人类临床试验中验证;样本量相对有限 | 探究SARS-CoV-2感染后长期症状的免疫机制并寻找有效治疗策略 | 小仓鼠模型及感染后30天的组织样本 | 免疫学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,组织病理图像 | SARS-CoV-2感染组46.25-47.50%存活率,其中13.75%发展为PASC表型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
765 | 2025-10-05 |
Homocysteine Exacerbates Pulmonary Fibrosis via Orchestrating Syntaxin 17 Homocysteinylation of Alveolar Type II Cells
2025-Sep-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507803
PMID:40990430
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研究论文 | 本研究揭示了高同型半胱氨酸血症通过诱导STX17同型半胱氨酸化修饰加剧肺纤维化的分子机制 | 首次发现同型半胱氨酸通过STX17同型半胱氨酸化-泛素化级联反应破坏自噬流的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步开展 | 探究同型半胱氨酸在特发性肺纤维化发病机制中的作用 | 特发性肺纤维化患者和小鼠模型的肺泡II型上皮细胞 | 分子病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学分析 | 小鼠遗传扰动模型 | 基因表达数据,蛋白质修饰数据 | 特发性肺纤维化患者与健康对照的样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
766 | 2025-10-05 |
A novel ZIKV-targeted scRNA-seq method for precise quantification of ZIKV RNA
2025-Sep-24, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01114-25
PMID:40990513
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研究论文 | 开发了一种新型寨卡病毒靶向单细胞RNA测序方法,用于精确量化单个细胞中的寨卡病毒RNA | 开发了专门针对缺乏poly(A)尾的寨卡病毒RNA的靶向scRNA-seq方法,解决了传统方法检测寨卡病毒RNA的难题 | 研究仅使用免疫健全乳鼠模型,样本采集时间点有限(感染后10天) | 建立精确量化寨卡病毒RNA的单细胞测序方法并鉴定易感细胞类型 | 寨卡病毒感染的免疫健全乳鼠脑组织 | 单细胞测序 | 寨卡病毒感染 | 单细胞RNA测序,免疫荧光分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像 | 寨卡病毒感染和对照乳鼠脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
767 | 2025-10-05 |
DisConST: Distribution-aware Contrastive Learning for Spatial Domain Identification
2025-Sep-24, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf085
PMID:40990806
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研究论文 | 提出一种基于分布感知对比学习的空间转录组学空间域识别新方法 | 首次将零膨胀负二项分布与图对比学习结合,有效整合空间位置、转录组谱和细胞类型比例信息 | NA | 提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性 | 来自不同测序平台的组织、器官和胚胎空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | 对比学习, 图神经网络 | 空间基因表达数据 | 多种组织和胚胎样本(具体数量未明确说明) | 多种测序平台(具体公司未明确说明) | 空间转录组学 | NA | NA |
768 | 2025-10-05 |
Airway Epithelial Heterogeneity and Mucus Plugging in Asthmatic Bronchioles
2025-Sep-23, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202409-1849OC
PMID:40986379
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研究论文 | 本研究通过分析哮喘患者外周肺组织,揭示了细支气管上皮异质性与MUC5AC主导的黏液栓形成机制 | 首次发现哮喘细支气管中存在MUC5AC高表达杯状细胞生态位,并证明其与免疫细胞定位无关的异质性分布特征 | 样本来源为切除组织,无法动态观察疾病进程;免疫细胞分布与黏液栓形成相关性未明确 | 探究哮喘细支气管上皮生物学紊乱与黏液栓形成的分子病理机制 | 重度哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织 | 空间转录组学 | 哮喘 | 组织学分析、RNA原位杂交、免疫组织化学、空间转录组学、多重免疫表型分析 | NA | 组织切片图像、基因表达数据、蛋白质表达数据 | 重度哮喘患者、致命性哮喘患者和对照组的外周肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
769 | 2025-10-05 |
PASSpedia: A Polyadenylation Site Database Across Different Species at Single Cell Resolution
2025-Sep-23, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf089
PMID:40986375
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研究论文 | 开发了一个跨物种单细胞分辨率的多聚腺苷酸化位点数据库PASSpedia | 升级了深度学习分析流程SCAPTURE v2,首次在单细胞水平构建了跨七个物种的全面PAS图谱 | NA | 研究多聚腺苷酸化位点在不同物种中的使用模式和特征 | 七个物种的1330个已发表的3'标签scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 3'标签测序, 单细胞RNA测序, 长读长测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | 1330个scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | 3'标签scRNA-seq |
770 | 2025-10-05 |
Shear stress-induced endothelial HEG1 signalling regulates vascular tone and blood pressure
2025-Sep-23, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehaf742
PMID:40986512
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞HEG1蛋白通过剪切应力信号通路调控血管张力和血压的新机制 | 首次发现HEG1通过促进CUL3介导的PHACTR1降解来调节eNOS转录和NO产生,从而调控血压 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩大 | 阐明内皮HEG1在血压调控中的作用及分子机制 | 内皮细胞、小鼠模型、人类动脉和血浆样本 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、计算流体动力学分析、蛋白质组学、转录组学、泛素化分析 | 内皮特异性Heg1敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、血流动力学数据 | 多个独立队列的动脉和血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
771 | 2025-10-05 |
Cholesterol metabolic reprogramming mediates microglia-induced chronic neuroinflammation and hinders neurorestoration following stroke
2025-Sep-23, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-025-01379-7
PMID:40987840
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研究论文 | 本研究揭示了胆固醇代谢重编程介导小胶质细胞诱导的慢性神经炎症并阻碍脑卒中后神经恢复的机制 | 首次发现缺血损伤通过胆固醇代谢重编程诱导小胶质细胞持续活化,并证明通过CYP46A1激活减轻胆固醇负荷可促进白质修复和功能恢复 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未验证在雌性动物中的效果 | 探究脑卒中后慢性神经炎症的机制及胆固醇代谢在其中的作用 | 小胶质细胞、雄性小鼠模型 | 神经科学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序、基因编辑、药理学干预 | 动物模型 | 基因表达数据、行为学数据 | 雄性小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
772 | 2025-10-05 |
A Systematic Review on the Role of the Stria Vascularis in Menière's Disease Pathogenesis
2025-Sep-23, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO
DOI:10.1007/s10162-025-01006-y
PMID:40987969
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系统综述 | 本文系统综述了血管纹在梅尼埃病发病机制中的作用,识别了血管纹细胞类型中表达的基因及其与梅尼埃病的病理生理联系 | 首次系统性地识别了血管纹三种细胞类型中与梅尼埃病相关的特定基因,并揭示了免疫相关基因在散发性梅尼埃病中的重要作用 | 纳入研究数量有限(130项),且人类研究相对较少(26项),可能影响结果的普适性 | 评估血管纹基因在梅尼埃病发病机制中的病理生理作用 | 血管纹细胞类型(边缘细胞、中间细胞、基底细胞)和缝隙连接蛋白 | 系统综述 | 梅尼埃病 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 多组学研究 | NA | 文献数据, 基因表达数据 | 1293篇文章经筛选后纳入130项研究(26项人类研究,101项动物研究,3项人-动物研究) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
773 | 2025-10-05 |
Impaired early type I interferon responses to influenza virus infection in aged mice are associated with subsequent increased pulmonary inflammation
2025-Sep-23, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01892-3
PMID:40987991
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研究论文 | 本研究通过比较年轻和老年小鼠对甲型流感病毒感染的先天免疫反应,揭示衰老导致早期I型干扰素反应受损并增强后期肺部炎症的机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示老年小鼠在流感病毒感染后不同免疫细胞中持续炎症反应的分子特征 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型,结果可能需要人类研究验证 | 探究衰老对流感病毒感染先天免疫反应的影响机制 | 年轻(12周)和老年(70周)C57BL/6J小鼠 | 免疫学 | 流感病毒感染 | qRT-PCR, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 年轻和老年C57BL/6J小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
774 | 2025-10-05 |
Fibroblast Dysregulation in Multiple Idiopathic External Cervical Resorption: Laboratory Investigation From a Rare Case of 13 Affected Teeth
2025-Sep-23, International endodontic journal
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/iej.70037
PMID:40988149
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研究论文 | 通过实验室研究探讨多发性特发性颈部外吸收中成纤维细胞的异常调控机制 | 首次在MIECR中通过单细胞RNA测序揭示成纤维细胞的异常活性特征及其在疾病进展中的关键作用 | 基于单个罕见病例研究,样本量有限 | 阐明多发性特发性颈部外吸收的发病机制 | 来自MIECR患者的肉芽组织和健康牙龈组织 | 数字病理学 | 牙科疾病 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 组织病理学分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 组织图像 | 1例患者(13颗受影响牙齿) | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
775 | 2025-10-05 |
Neuroprotective role of DNTαβ Cell transplantation on modulating immune microenvironment in spinal cord injured mice
2025-Sep-22, Neurotherapeutics : the journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.neurot.2025.e00743
PMID:40987706
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研究论文 | 本研究探讨了DNTαβ细胞移植通过调节免疫微环境对脊髓损伤小鼠的神经保护作用 | 首次发现DNTαβ细胞移植可通过Gzmb和IFN通路调节免疫反应,促进脊髓损伤后的早期修复和神经保护 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中进行验证 | 探究DNTαβ细胞移植对脊髓损伤免疫微环境的调节作用及神经保护机制 | 脊髓损伤小鼠模型 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 流式细胞术,单细胞测序,免疫组化分析,转录组测序 | NA | 流式细胞数据,单细胞测序数据,行为评估数据,免疫组化数据,转录组数据 | 小鼠实验模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
776 | 2025-10-05 |
Leveraging single-cell transcriptomics of developing rat ocular outflow tissues to prioritize congenital glaucoma candidate genes
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672439
PMID:40909638
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析发育期大鼠眼房水流出通路的基因表达,为先天性青光眼候选基因的优先排序提供资源 | 首次生成了发育期房水流出通路的单细胞RNA测序数据集,揭示了395个在发育TM/SC亚型中特异性上调的基因 | 研究基于大鼠模型,与人类疾病存在物种差异;仅分析了三个关键发育阶段 | 识别先天性青光眼的候选致病基因并理解房水流出通路的发育机制 | 发育期大鼠眼房水流出通路组织,特别是小梁网和Schlemm管 | 单细胞转录组学 | 先天性青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 86,653个细胞,包含超过10,000个TM/SC相关细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
777 | 2025-10-05 |
Decoding functional and developmental trajectories of tissue-resident uterine dendritic cells through integrative omics
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113351
PMID:40949104
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研究论文 | 通过整合多组学方法解析子宫组织驻留树突状细胞的功能和发育轨迹 | 首次系统识别子宫树突状细胞亚型并揭示其发育轨迹和功能特化 | 样本来源仅限于人类子宫内膜,未涉及其他物种验证 | 探究子宫树突状细胞的起源和功能作用机制 | 人类子宫内膜组织中的树突状细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据,表面蛋白表达数据 | 不同月经周期和早孕期子宫组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | NA |
778 | 2025-10-05 |
Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673874
PMID:40950147
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研究论文 | 通过单血管空间转录组分析揭示毛细血管畸形中NR2F2介导的平滑肌细胞表型获得机制 | 首次在单血管水平构建毛细血管畸形的空间转录组图谱,发现NR2F2在促进平滑肌细胞表型获得中的核心调控作用 | 研究样本量有限,主要基于体外iPSC模型验证,需要更多临床样本验证 | 探究毛细血管畸形的血管发病机制和病理重塑过程 | 毛细血管畸形病变组织及iPSC分化的血管细胞 | 空间转录组学 | 血管畸形 | 空间全转录组分析, 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白质组学, 免疫荧光染色, 计算机基因扰动模拟 | iPSC分化模型, Tet-on系统 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 磷酸化蛋白质组数据, 免疫荧光图像 | 未明确样本数量 | NanoString | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白质组学 | GeoMx | GeoMx空间全转录组分析平台 |
779 | 2025-10-05 |
A 30-gene classifier distinguishes low-risk MDS HSPCs from healthy HSPCs
2025-Sep-17, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.105252
PMID:40972808
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学开发了一个30基因分类器,用于区分低风险骨髓增生异常综合征的造血干细胞与健康造血干细胞 | 首次开发了能够区分低风险MDS HSPCs与健康HSPCs的30基因分类器,并揭示了囊泡运输通路在MDS病理生理中的重要作用 | 研究样本量相对有限,需要更大规模的验证研究来确认分类器的普适性 | 识别低风险骨髓增生异常综合征的分子特征和潜在治疗靶点 | 低风险骨髓增生异常综合征患者的造血干细胞和祖细胞 | 单细胞转录组学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序 | 基因分类器 | 单细胞转录组数据 | 患者骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
780 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome combined with genetic tracing reveals a roadmap of fibrosis formation during proliferative vitreoretinopathy
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2424487122
PMID:40920930
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研究论文 | 本研究结合单细胞转录组和遗传谱系追踪技术,揭示了增殖性玻璃体视网膜病变中纤维化形成的细胞路线图 | 首次结合单细胞转录组学和遗传谱系追踪技术系统描绘了PVR纤维化形成过程中不同细胞类型的贡献 | NA | 解析增殖性玻璃体视网膜病变中纤维化形成的细胞机制 | 视网膜色素上皮细胞、免疫细胞和Müller细胞 | 单细胞组学 | 增殖性玻璃体视网膜病变 | 单细胞转录组测序, 遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |