单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-07-06	CircERC1 facilitates chemoresistance through inhibiting pyroptosis and remodeling extracellular matrix in pancreatic cancer 2025-Jul-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02385-9 PMID:40605033	研究论文	该研究揭示了circERC1在胰腺癌化疗耐药中的作用机制，通过抑制细胞焦亡和重塑细胞外基质来促进耐药性	首次发现circERC1作为PDAC分泌的EVs中的关键调节因子，通过抑制GEM-NabP诱导的细胞焦亡和重塑肿瘤微环境来促进化疗耐药	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证不足	探索胰腺导管腺癌(PDAC)对化疗药物耐药的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	circRNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、RNA pull-down、质谱分析、RNA免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	NA
762	2025-07-06	Investigating the potential role of EIF2S2 in OSCC progression through comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation 2025-Jul-02, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02830-x PMID:40605071	研究论文	通过综合生物信息学分析和实验验证，探讨EIF2S2在口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展中的潜在作用	首次全面分析EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与免疫微环境、突变负荷、药物敏感性和预后的关联	研究样本量未明确说明，且实验验证部分可能不够充分	探索EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与肿瘤进展和免疫逃逸的关联	口腔鳞状细胞癌（OSCC）组织和相关免疫细胞	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq、免疫评分、药物敏感性评估、分子对接	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	NA
763	2025-07-06	Identification of parthanatos-related molecular subtypes and development of prognostic risk models in ovarian cancer based on multi-omics analysis 2025-Jul-02, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01726-y PMID:40605104	研究论文	通过多组学分析识别卵巢癌中与parthanatos相关的分子亚型，并开发预后风险模型	首次基于parthanatos相关基因(PRG)构建卵巢癌预后风险模型，并验证TGFBI在卵巢癌细胞增殖、侵袭和克隆形成中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据集，需要更多独立队列验证模型的普适性	探索parthanatos在卵巢癌中的预后价值和生物学意义	卵巢癌患者和卵巢癌细胞系	生物信息学	卵巢癌	多组学分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting、集落形成实验、Transwell迁移实验	预后风险模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据集中的卵巢癌样本
764	2025-07-06	Iterative clustering algorithm G-DESC-E and pan-cancer key gene analysis based on single-cell sequencing data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf288 PMID:40608007	研究论文	提出了一种基于单细胞测序数据的迭代聚类算法G-DESC-E，并用于泛癌关键基因分析	首次将单细胞测序技术应用于泛癌分析中的关键基因研究，提出G-DESC-E算法，通过网格化方法有效区分降维数据，并结合标签熵和Kullback-Leibler散度公式构建目标函数，实现聚类结果的迭代优化	NA	提升单细胞测序数据在泛癌分析中的聚类准确性，并识别与不同癌症亚型相关的关键转录特征	单细胞测序数据	生物信息学	泛癌	单细胞测序	G-DESC-E算法	单细胞测序数据	NA
765	2025-07-06	Alternative splicing as a novel pathogenic mechanism in chronic kidney disease 2025-Jul-02, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111972 PMID:40614890	综述	本文综述了选择性剪接（AS）作为慢性肾脏病（CKD）新型致病机制的调控机制及其在CKD发病中的已知和新兴作用	提出选择性剪接（AS）作为CKD的新型致病机制，并探讨AS靶向治疗策略的潜力	未来研究需进一步探讨AS及其调控因子在CKD中的动态变化及其功能贡献	阐明AS与CKD之间的功能联系，探索AS靶向治疗策略	肾小管上皮细胞	病理学	慢性肾脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
766	2025-07-06	Dual nature of type I interferon responses and feedback regulations by SOCS1 dictate malaria mortality 2025-Jul, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.027 PMID:39181199	research paper	本研究探讨了I型干扰素（IFN-I）在疟疾感染中的双重作用及其通过SOCS1的反馈调节机制	首次采用两种疟原虫模型比较研究IFN-I反应的机制，并揭示了SOCS1通过负反馈和不连贯前馈环路调控IFN-α/β的动态	研究仅使用了两种疟原虫模型，可能无法涵盖所有疟原虫种类和宿主遗传背景的差异	阐明IFN-I在疟疾感染中的双重作用及其调控机制	疟原虫感染模型（P. yoelii 17XL和P. berghei ANKA）及宿主免疫反应	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、功能缺失实验、数学模型	数学模型	基因表达数据、细胞表型数据	NA
767	2025-07-06	Integrated ultrasensitive metabolomics and single-cell transcriptomics identify crucial regulators of sheep oocyte maturation and early embryo development in vitro 2025-Jul, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.040 PMID:39233000	研究论文	本研究通过超灵敏代谢组学和单细胞转录组学技术，识别并补充了绵羊卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育中的关键代谢物	整合超灵敏代谢组学和单细胞转录组学技术，识别并补充了体外培养系统中缺失的关键代谢物，显著提高了囊胚形成率	研究仅针对绵羊卵母细胞和早期胚胎，结果可能不适用于其他物种	提高绵羊卵母细胞的发育能力，优化体外培养系统	绵羊卵母细胞和早期胚胎	生殖生物学	NA	超灵敏代谢组学分析、单细胞RNA-seq	NA	代谢组数据、转录组数据	NA
768	2025-07-06	Calpain-2-Mediated Endothelial Focal Adhesion Disruption in Thoracic Aortic Dissection 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501112 PMID:40171827	研究论文	该研究探讨了Calpain-2在胸主动脉夹层（TAD）中通过调节内皮细胞黏着斑蛋白导致内皮屏障功能障碍的机制	首次揭示了Calpain-2通过调节内皮黏着斑蛋白（Itgav、vinculin和talin-1）导致TAD的分子机制，并发现内皮特异性Capns1敲除可减轻TAD	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明胸主动脉夹层（TAD）早期发病的分子机制并探索潜在治疗靶点	胸主动脉夹层患者样本和BAPN诱导的小鼠模型	心血管疾病分子机制	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序、基因敲除技术	小鼠疾病模型	基因表达数据、病理学数据	未明确说明患者样本量，使用小鼠模型进行研究
769	2025-07-06	scCompass: An Integrated Multi-Species scRNA-seq Database for AI-Ready 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500870 PMID:40317650	研究论文	介绍了一个名为scCompass的综合多物种单细胞RNA测序数据库，旨在为AI模型训练提供标准化和高质量的数据资源	提出了一个集成和标准化处理的多物种单细胞RNA测序数据库，支持AI模型训练和预训练检查点	未提及具体的技术验证或应用案例	构建一个大规模、多物种、模型友好的单细胞数据集合，以支持单细胞生物学研究	来自13个物种的近1.05亿个单细胞的转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	近1.05亿个单细胞
770	2025-07-06	Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417593 PMID:40433880	research paper	开发了一种名为TMEclassifier的机器学习工具，用于将肿瘤微环境（TME）分类为三种亚型，以指导个性化免疫治疗	首次提出TMEclassifier工具，能够将肿瘤微环境分为三种亚型，并通过单细胞RNA测序和体内实验验证其分类效果及免疫治疗反应差异	未明确说明样本的具体数量及多样性，可能影响分类器的普适性	开发一种高可及性、高通量的方法来定义肿瘤微环境的异质性，以指导个性化免疫治疗	肿瘤微环境（TME）及其在癌症免疫治疗中的作用	machine learning	cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	machine-learning tool (TMEclassifier)	RNA sequencing data	前瞻性胃癌队列（TIMES-001）及其他多样化队列，具体数量未明确
771	2025-07-06	Axon targeting of transcriptionally distinct pioneer neurons is regulated by retinoic acid signaling 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61044-1 PMID:40593691	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼后侧线感觉神经元中先驱神经元和跟随神经元在转录水平上的差异，并发现视黄酸信号在先驱神经元轴突正确靶向中的关键作用	首次证明先驱神经元和跟随神经元是转录不同的群体，并揭示视黄酸信号下调对先驱神经元轴突靶向的重要性	研究仅针对斑马鱼后侧线感觉神经元，结果在其他神经系统中的普适性需要进一步验证	探究神经系统发育过程中先驱神经元和跟随神经元的转录差异及其调控机制	斑马鱼后侧线感觉神经元	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	斑马鱼后侧线感觉神经元样本
772	2025-07-06	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61149-7 PMID:40593827	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别关注通路间的串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，首次系统地分析了细胞间通讯通路间的串扰，并通过超图学习方法编码了受体、转录因子和靶基因之间的高阶关系	方法主要依赖于scRNA-seq数据，可能忽略了其他层面的调控机制	分析细胞间通讯诱导的调控网络，特别关注通路间的串扰效应	细胞间通讯通路及其下游靶标	生物信息学	NA	scRNA-seq	超图学习	单细胞转录组数据	模拟数据和真实世界数据（具体数量未提及）
773	2025-07-06	Facilitate integrated analysis of single cell multiomic data by binarizing gene expression values 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60899-8 PMID:40595539	研究论文	本文提出了一种通过二值化基因表达值来促进单细胞多组学数据整合分析的方法	直接拼接二值化的scRNA-seq数据和标准scATAC-seq数据进行垂直整合聚类分析，避免了将scATAC-seq数据转换为基因活性评分的需求	需要配对多组学技术收集的两种数据模态	促进单细胞多组学数据的整合分析	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TF-IDF, LSI	NA	基因表达数据, 表观遗传数据	NA
774	2025-07-06	Modulating immune-stem cell crosstalk enables robust bone regeneration via tuning compositions of macroporous scaffolds 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00421-2 PMID:40595820	研究论文	通过调节大孔支架的组成，增强免疫干细胞间的相互作用，实现稳健的骨再生	开发了一种可调节明胶（Gel）和硫酸软骨素（CS）比例的大孔微带支架，无需外源生长因子或细胞即可促进内源性骨再生	研究仅在小鼠临界尺寸骨缺损模型中进行，尚未在人体中进行验证	探索通过调节免疫干细胞相互作用增强骨再生的方法	巨噬细胞（Mφ）和间充质干细胞（MSC）	生物材料	骨缺损	单细胞测序（scRNAseq）、CellChat分析	3D MSC/Mφ共培养模型	基因表达数据	小鼠临界尺寸骨缺损模型
775	2025-07-06	Distinct follicular T cell subsets regulate lymphoma progression and outcomes 2025-Jul-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.013 PMID:40614737	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了滤泡性淋巴瘤(FL)中滤泡T细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用	发现了转录和空间上独特的非T滤泡辅助T细胞亚群，这些亚群具有增强的抗肿瘤特性并形成独特的空间生态位	未明确说明样本量大小，且机制研究仍需进一步验证	探索滤泡性淋巴瘤中滤泡T细胞的异质性及其临床意义	滤泡性淋巴瘤患者的滤泡T细胞	肿瘤免疫学	淋巴瘤	单细胞多组学分析、空间分辨单细胞转录组学、多重蛋白分析	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	NA
776	2025-07-06	The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages 2025-Jun-27, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661 PMID:40582585	研究论文	本研究探讨了NF-κB/LY6E轴在口腔鳞状细胞癌（OSCC）干细胞特性中的作用及其与巨噬细胞相互作用的机制	揭示了NF-κB/LY6E轴作为巨噬细胞与OSCC细胞相互作用的关键信号枢纽，促进癌症干细胞特性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证不足	探索调控OSCC癌症干细胞特性的关键信号轴及其与免疫细胞的相互作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）细胞和巨噬细胞	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CytoTRACE分析	NA	基因表达数据	NA
777	2025-07-06	Developmental cues from epicardial cells simultaneously promote cardiomyocyte proliferation and electrochemical maturation 2025-Jun-25, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102572 PMID:40614731	研究论文	研究探讨心外膜细胞如何同时促进心肌细胞增殖和电化学成熟	通过共培养hiPSC-CM与EPCs及EPD-FBs，揭示了心肌细胞增殖与成熟之间的新关系	3D-EHTs中的增殖效果有限，且研究未涉及体内环境验证	探究心外膜细胞对心肌细胞增殖和成熟的影响	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(hiPSC-CMs)和心外膜细胞(EPCs)	细胞生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、2D共培养、3D工程心脏组织(EHTs)	NA	基因表达数据、电生理数据	NA
778	2025-07-06	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	该研究通过单细胞表达分析探讨了EB病毒（EBV）感染与多发性硬化症（MS）早期活动之间的关联	发现早期MS患者外周血中非典型B细胞（ABCs）显著富集，且这些细胞表现出与EBV相关的表达特征	未检测到ABCs直接感染EBV的证据	探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的潜在作用	早期多发性硬化症患者的外周B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和流式细胞术	NA	单细胞表达数据	来自免疫耐受网络STAyCIS试验的纵向收集的早期MS患者样本
779	2025-07-06	Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171364 PMID:40327401	研究论文	本研究探讨了肿瘤抑制基因Trp53和Pten在SOX2介导的非小细胞肺癌（NSCLC）中的协同作用及其对肿瘤微环境的影响	揭示了Trp53和Pten在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的协同作用，并发现CD38+肿瘤相关炎症单核细胞亚群在LN2A模型中显著富集	研究主要基于小鼠模型，结果在人类NSCLC中的适用性需要进一步验证	探究Trp53和Pten肿瘤抑制基因在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的作用	小鼠模型中的非小细胞肺癌（NSCLC）细胞	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠遗传模型	基因表达数据	多种遗传背景的小鼠模型（SNL、SNL-Trp53、SNL-Pten、LN2A）
780	2025-07-06	Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187381 PMID:40548376	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq分析，揭示了AP-1转录因子家族成员在组织驻留记忆T细胞（TRM）发育和功能中的关键作用	定义了跨皮肤和小肠上皮内淋巴细胞的TRM时间特征，并首次揭示了AP-1转录因子家族在成熟TRM中的重要作用	研究主要关注CD8+ TRM细胞，未涵盖其他类型的TRM细胞	阐明TRM细胞分化和效应功能启动的分子机制	皮肤和小肠上皮内淋巴细胞中的CD8+ TRM细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 循环免疫荧光(CyCIF)	线性模型	基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织成像数据	10个发育时间点的单细胞RNA测序数据