单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-04-20	Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC 2025-Apr-18, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03412-1 PMID:40251391	研究论文	该研究揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中癌症干细胞（CSC）通过分泌富含TSPAN8的外泌体，激活Sonic Hedgehog信号通路，增强非干细胞癌细胞（NSCC）的干性，从而促进PDAC的恶性进展	首次发现CSC分泌的富含TSPAN8的外泌体通过Hh信号通路增强NSCC干性，揭示了PDAC恶性进展的新机制	未探讨TSPAN8外泌体在其他癌症类型中的作用，临床转化潜力需进一步验证	阐明PDAC中CSC通过外泌体介导的细胞间通讯机制及其在肿瘤进展中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症干细胞（CSC）和非干细胞癌细胞（NSCC）	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、外泌体分析	NA	RNA测序数据、外泌体蛋白数据	未明确说明样本量（PDAC患者组织样本及细胞系）
762	2025-04-20	Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial 2025-Apr-18, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00940-3 PMID:40251398	research paper	该研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性	首次在临床试验中展示了CD19-BBz CAR-NK细胞的治疗潜力，并揭示了与疗效相关的分子特征和免疫细胞互作网络	样本量较小（8例患者），且缺乏长期随访数据	评估CAR-NK细胞疗法在B细胞淋巴瘤中的安全性和疗效	难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序，慢病毒载体转导	CAR-NK细胞疗法	临床数据，单细胞转录组数据	8例患者
763	2025-04-20	Polarity-guided uneven mitotic divisions control brassinosteroid activity in proliferating plant root cells 2025-Apr-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.011 PMID:40068682	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和长期活细胞成像技术，揭示了拟南芥根细胞中油菜素内酯活性在细胞周期中的波动及其调控机制	发现油菜素内酯活性在细胞周期中的波动模式，以及母细胞极性引导的不均等有丝分裂对激素活性的调控作用	研究仅针对拟南芥根细胞，其他植物组织或物种中的情况尚不清楚	探究油菜素内酯在植物增殖组织中的功能及其调控机制	拟南芥根分生组织细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、长期活细胞成像	NA	基因表达数据、细胞成像数据	NA
764	2025-04-20	Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits 2025-Apr-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012 PMID:40081369	research paper	本文介绍了一种结合成像空间转录组学和并行光学检测引导RNA的方法Perturb-FISH，用于研究细胞内的分子通路	Perturb-FISH方法首次将高度多路复用的单细胞转录组读数与光学筛选结合，揭示了细胞内、细胞间以及功能转录回路	NA	研究细胞内、细胞间以及功能转录回路的遗传和分子关联	培养的单核细胞、三维异种移植模型、人类诱导多能干细胞(hIPSC)星形胶质细胞	分子生物学	自闭症谱系障碍	Perturb-FISH, 单细胞RNA测序(Perturb-seq)	NA	转录组数据	NA
765	2025-04-20	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-Apr-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	research paper	该研究揭示了成纤维细胞来源的C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在实验性牙周炎进展中的关键作用	首次明确了牙周炎中C3的主要来源及其通过C3a促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化的机制	研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据，临床转化应用仍需进一步验证	探究牙周炎中C3的来源、作用及其分子机制	小鼠模型和人类牙周炎患者的牙周组织	分子病理学	牙周炎	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类患者牙周组织样本
766	2025-04-20	Molecular features and diagnostic modeling of synovium- and IPFP-derived OA macrophages in the inflammatory microenvironment via scRNA-seq and machine learning 2025-Apr-17, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05793-1 PMID:40247403	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和机器学习，探讨了骨关节炎（OA）中巨噬细胞的功能及其临床意义	识别了OA患者中升高的巨噬细胞亚群，并开发了基于四个基因的OAMGS诊断评分	研究样本量有限，且需要进一步验证OAMGS评分的临床应用价值	研究OA中巨噬细胞的功能及其在炎症和纤维化中的作用	正常和OA患者的滑膜和IPFP组织	digital pathology	osteoarthritis	scRNA-seq, RT-qPCR, immunofluorescence staining, machine learning	machine learning algorithms	RNA-seq data, gene expression data	正常和OA患者的样本，具体数量未明确说明
767	2025-04-20	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data identifies BHLHE40 as a key gene in pancreatic cancer progression and gemcitabine resistance 2025-Apr-17, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152338 PMID:40250076	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析，鉴定出BHLHE40作为胰腺癌进展和吉西他滨耐药的关键基因	首次将BHLHE40与胰腺癌的恶性进展、吉西他滨耐药及免疫抑制性肿瘤微环境特征联系起来，并揭示了其通过SAT1调控的转录轴促进化疗耐药的机制	研究主要基于公共数据集分析，缺乏实验验证数据	探究胰腺导管腺癌(PDAC)进展和化疗耐药的分子机制，寻找新的治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq, 多组学分析	NA	基因表达数据	公共数据集(TCGA和GEO)中的PDAC样本
768	2025-04-20	Explainable modeling of single-cell perturbation data using attention and sparse dictionary learning 2025-Apr-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101245 PMID:40187352	研究论文	提出了一种名为CellCap的深度生成模型，用于单细胞扰动数据的端到端分析	结合稀疏字典学习和注意力机制，解析细胞状态特异性扰动响应，提高模型可解释性	未提及具体数据规模限制或计算资源需求	探索单细胞转录组学数据中细胞状态与扰动响应之间的关系	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	深度生成模型（结合稀疏字典学习和注意力机制）	单细胞转录组数据	两个真实单细胞扰动数据集及多个模拟场景
769	2025-04-20	Clinical significance and immune infiltration analyses of the coagulation factor V gene in brain lower grade glioma 2025-Apr-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02124-y PMID:40237931	研究论文	本研究探讨了凝血因子V（FV）在低级别胶质瘤（LGG）中的临床意义及其与肿瘤免疫浸润的关系	首次在泛癌分析中揭示了FV的表达与预后关系，并发现hsa-miR-665是LGG中最具潜力的FV上游miRNA	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	评估FV在LGG中的预后价值和治疗潜力	低级别胶质瘤（LGG）患者	数字病理学	脑胶质瘤	单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	RNA表达数据、DNA甲基化数据	TCGA和GTEx数据库中的泛癌数据及LGG组织样本
770	2025-04-20	Inflammatory conditions shape phenotypic and functional characteristics of lung-resident memory T cells in mice 2025-Apr-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58931-y PMID:40240341	research paper	本研究比较了腺病毒载体疫苗和H1N1感染在小鼠中诱导的肺组织驻留记忆T细胞（T）的表型和功能特征	通过单细胞RNA测序揭示了疫苗诱导和H1N1感染诱导的T细胞在转录组和细胞毒性潜力上的差异	研究仅限于BALB/c小鼠模型，未涉及其他动物或人类样本	探究炎症条件如何影响肺组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征，以优化黏膜疫苗	BALB/c小鼠的肺组织驻留记忆T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	BALB/c小鼠
771	2025-04-20	PDT-regulated immune gene prognostic model reveals tumor microenvironment in colorectal cancer liver metastases 2025-Apr-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97667-z PMID:40240471	研究论文	通过构建PDT调控的免疫基因预后模型，揭示结直肠癌肝转移的肿瘤微环境	构建了一个基于免疫调节的预后模型，能够预测结直肠癌肝转移患者的临床反应，并发现PDT对关键基因的调控作用	模型的应用范围和临床转化潜力需要进一步验证	揭示结直肠癌肝转移的关键基因并构建预后模型	结直肠癌肝转移患者	数字病理学	结直肠癌	WGCNA, 单细胞测序, 甲基化测序, 突变分析	基因预后模型	基因表达数据, 甲基化数据, 突变数据, 单细胞测序数据	NA
772	2025-04-20	Multiple machine learning algorithms identified SLC6A8 as a diagnostic biomarker of the late stage of Hepatocellular carcinoma 2025-Apr-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02351-3 PMID:40240560	研究论文	本研究通过整合多个数据集和机器学习算法，识别出SLC6A8作为肝细胞癌（HCC）晚期的诊断生物标志物，并探讨了其在免疫细胞浸润中的关联	使用多种机器学习算法（LASSO-LR/SVM-RFE/RF-Boruta）识别SLC6A8作为HCC晚期的诊断生物标志物，并通过单细胞转录组数据进一步验证其表达	研究基于已发表的数据集，可能受限于数据的质量和样本量	识别HCC早期诊断的关键基因，并研究早期和晚期HCC在免疫细胞浸润上的差异	肝细胞癌（HCC）患者	机器学习和生物信息学	肝细胞癌	机器学习算法（LASSO-LR/SVM-RFE/RF-Boruta）、GSEA、ImmuCellAI算法、单细胞转录组分析	LASSO-LR, SVM-RFE, RF-Boruta	基因表达数据、单细胞转录组数据	整合了两个已发表的数据集，具体样本量未明确说明
773	2025-04-20	Integrating bulk, single-cell, and spatial transcriptomics to identify and functionally validate novel targets to enhance immunotherapy in NSCLC 2025-Apr-16, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00893-x PMID:40240582	研究论文	通过整合大量、单细胞和空间转录组数据，识别并功能验证了增强非小细胞肺癌（NSCLC）免疫治疗的新靶点	提出了一个结合坏死性凋亡和自噬基因的多基因标志物CCDI，用于NSCLC患者的生存预后分层和免疫治疗反应预测	研究样本量相对较小，仅验证了12对NSCLC肿瘤和正常组织	识别和验证增强NSCLC免疫治疗的新靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	12对NSCLC肿瘤和正常组织，5个单细胞RNA测序数据集和2个空间转录组数据集
774	2025-04-20	Targeting LHPP in neoadjuvant chemotherapy resistance of gastric cancer: insights from single-cell and multi-omics data on tumor immune microenvironment and stemness characteristics 2025-Apr-16, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07614-z PMID:40240758	研究论文	本研究通过单细胞和多组学数据分析，揭示了LHPP在胃癌新辅助化疗耐药性中的关键作用及其对肿瘤免疫微环境和干细胞特性的调控机制	首次发现LHPP通过调节GSK-3β磷酸化抑制胃癌干细胞特性和化疗耐药性，并开发了新型干细胞-免疫风险评分系统	研究主要基于TCGA数据库和有限临床样本(141例)，需要更大规模临床验证	探究胃癌新辅助化疗耐药的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者肿瘤组织(TCGA 375例 + 临床样本141例)	肿瘤基因组学	胃癌	单细胞测序、多组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA数据库375例胃癌样本 + 141例临床样本
775	2025-04-20	Deciphering the heterogeneity of epithelial cells in pancreatic ductal adenocarcinoma: implications for metastasis and immune evasion 2025-Apr-16, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03793-3 PMID:40240899	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术解析胰腺导管腺癌(PDAC)中上皮细胞的异质性及其在肿瘤进展、转移和免疫抑制中的作用	首次在单细胞水平系统揭示了PDAC上皮细胞亚群的异质性特征，发现KLF6等关键基因与免疫调节和转移的关联	研究仅基于两个公开数据集，缺乏实验验证环节	探究PDAC上皮细胞异质性对肿瘤生物学行为的影响	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的上皮细胞	肿瘤基因组学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 拷贝数变异(CNV)分析, 轨迹分析	Harmony整合算法, CellChat细胞通讯分析平台	单细胞转录组数据	两个公共数据集(GSE154778和GSE158356)
776	2025-04-20	CAFs activated by YAP1 upregulate cancer matrix stiffness to mediate hepatocellular carcinoma progression 2025-Apr-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06325-5 PMID:40241143	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群的功能，特别是YAP1阳性CAF亚群通过上调基质硬度相关基因表达促进肿瘤进展	首次在单细胞水平上鉴定出YAP1阳性CAF亚群是肝癌基质硬度的主要贡献者，并揭示了其通过激活自噬和GTPase活性调控等信号通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，临床样本验证有限	探索特定CAF亚群与肝癌基质硬度的关系，寻找新的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	肝癌	单细胞测序、伪时间分析、细胞间通讯概率计算、转录因子活性分析	NA	单细胞转录组数据、TCGA肝癌数据集	未明确说明具体样本数量，使用了TCGA肝癌数据集和单细胞测序数据集
777	2025-04-20	Distribution of gut microbiota across intestinal segments and their impact on human physiological and pathological processes 2025-Apr-16, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01385-y PMID:40241220	综述	本文系统总结了肠道菌群在六个肠段的分布特征及其对人类生理和病理过程的影响	详细阐述了肠道菌群在不同肠段的分布特点及其与特定疾病进展的关系	未提及具体样本量或实验设计细节	阐明肠道菌群在特定解剖部位对疾病过程的精确调控作用	人类肠道菌群及其与宿主的相互作用	微生物组学	多种疾病	宏基因组学、代谢组学、单细胞测序	NA	微生物组数据	NA
778	2025-04-20	Multi-transcriptomics reveals niche-specific expression programs and endothelial cells in glioblastoma 2025-Apr-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06185-z PMID:40234880	研究论文	本研究通过多转录组学方法揭示了胶质母细胞瘤中特定微环境下的基因表达程序和内皮细胞的特征	发现了PAN和MVP区域中空间特异的转录特征和内皮细胞表型，揭示了胶质母细胞瘤干细胞向内皮细胞分化的轨迹	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有亚型变异	阐明胶质母细胞瘤特定组织病理学特征的分子和细胞空间组成	胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA测序、空间转录组学、scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
779	2025-04-20	Single-cell RNA sequencing indicates AP-1 as a potential therapeutic target for autoimmune uveitis 2025-Apr-12, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.116945 PMID:40228638	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究自身免疫性葡萄膜炎（AU）的发病机制，并发现AP-1作为潜在治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了AP-1在自身免疫性葡萄膜炎发病中的关键作用，并验证了AP-1抑制剂对症状的缓解效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证AP-1抑制剂的效果	探索自身免疫性葡萄膜炎的发病机制并寻找潜在治疗靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠的脾脏和颈引流淋巴结（CDLNs）	生物医学研究	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EAU小鼠模型	基因表达数据	正常和EAU小鼠的脾脏和颈引流淋巴结样本
780	2025-04-20	Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones 2025-Apr-11, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040 PMID:40250431	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了鸟类视网膜中光感受器的进化关系	首次系统地探索了鸟类光感受器与其他脊椎动物类群的进化关系，并提出了双锥细胞（DC-P和DC-A）分别起源于祖先红色和蓝色锥细胞的新假说	研究主要集中在新孵化的鸡视网膜，可能无法完全代表所有鸟类或脊椎动物的光感受器进化情况	探索鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系	鸟类视网膜中的光感受器（包括单锥细胞和双锥细胞）	进化生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR基因敲除	NA	RNA测序数据	新孵化鸡的视网膜细胞