单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-05-04	The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation 2025-May, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) DOI:10.1016/j.tube.2025.102614 PMID:39999566	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证揭示了免疫特征与肺结核肉芽肿病理变化之间的相关性	首次结合单细胞转录组和微环境空间特征分析免疫细胞对肉芽肿扩展的贡献，并通过机器学习筛选出6种与肉芽肿大小相关的细胞因子	研究结果需要在更大规模的队列中进行进一步验证	探究免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用	肺结核肉芽肿和患者外周血免疫细胞	生物信息学	肺结核	单细胞转录组测序、免疫荧光、流式细胞术	机器学习	转录组数据、图像数据	已发表的Mtb感染患者和健康对照的外周血转录组数据，以及本地队列的验证数据
762	2025-05-04	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-May, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	research paper	该研究探讨了Prader-Willi综合征(PWS)患者下丘脑视交叉上核(SCN)中精氨酸加压素(AVP)神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元数量增加和星形胶质细胞减少的特定变化	研究样本来自尸检组织，可能存在死后变化影响结果	探究PWS患者昼夜节律紊乱的神经生物学基础	PWS患者和匹配对照的下丘脑视交叉上核组织	神经生物学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织图像数据	PWS患者和对照的尸检下丘脑组织样本(具体数量未明确说明)
763	2025-05-04	Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation 2025-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00397-1 PMID:40065099	研究论文	本文揭示了线粒体脂肪酸氧化（FAO）在卫星细胞完整性和功能中的作用	发现脂肪酸氧化通过调节代谢流和蛋白质乙酰化控制卫星细胞功能	未探讨其他能量来源对卫星细胞代谢的影响	研究卫星细胞代谢调控机制	成年肌肉干细胞（卫星细胞）	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
764	2025-05-04	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-May, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	研究论文	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ作为潜在治疗选项	发现了一种炎症性单核细胞样亚群infMono，并揭示了IFNβ在恢复I型干扰素反应和促炎细胞因子产生中的作用	研究主要基于LPS诱导的模型，虽然在细菌性败血症和COVID-19患者中也有所发现，但需要更多临床验证	探究系统性炎症条件下急性高炎症期和晚期免疫抑制期的分子机制	人类系统性炎症模型及患者队列（细菌性败血症和COVID-19患者）	免疫学	细菌性败血症, 冠状病毒病	单细胞RNA测序	LPS诱导的系统性炎症模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
765	2025-05-04	Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14089-w PMID:40307726	研究论文	开发了一个名为DOCexpress_fastqc的docker化工具包和mySORT网络应用，用于从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞的组成	提出了一个简化的两步工作流程，整合了hisat2-stringtie管道和定制脚本，并通过mySORT应用使用反卷积算法解析21种免疫细胞亚类	虽然验证了合成伪批量数据，但可能仍需进一步在真实临床数据中验证	提高从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞组成的准确性，以推进癌症免疫治疗策略	肿瘤浸润白细胞的组成	生物信息学	黑色素瘤,头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	反卷积算法	转录组数据	使用来自黑色素瘤和头颈癌患者的scRNA-seq数据集生成的合成伪批量数据进行验证
766	2025-05-04	Inborn errors of immunity underlie clonal T cell expansions in large granular lymphocyte leukemia 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184431 PMID:40309770	研究论文	本研究探讨了先天性免疫缺陷（IEI）在T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）中的作用，揭示了免疫缺陷特征如何导致克隆性T细胞扩增	首次在T-LGLL患者中发现先天性免疫缺陷（IEI）的遗传变异，并揭示了这些变异与克隆性T细胞扩增的关联	样本量相对较小（92例患者），且研究结果需要更大规模的队列验证	研究T-LGLL中克隆性T细胞扩增的潜在免疫缺陷机制	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）患者	血液肿瘤学	白血病	全外显子测序、单细胞RNA测序、TCR测序	NA	基因组数据、转录组数据	92例T-LGLL患者（来自271例的队列）
767	2025-05-04	CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182709 PMID:40309773	research paper	研究探讨了淋巴结中CXCL12高表达的纤维网状细胞（FRCs）在通过调节T细胞介导的同种免疫反应促进免疫耐受中的作用	首次揭示了CXCL12hi FRCs在淋巴结微环境中通过表达免疫调节基因促进心脏移植耐受的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类淋巴结数据有限，需要进一步验证	探究特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用及其机制	小鼠和人类淋巴结中的CXCL12hi FRCs	免疫学	器官移植	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类淋巴结样本
768	2025-05-04	Transcriptome associated with single-cell analysis reveal the role of S-palmitoylation in coronary artery disease 2025-Apr-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99648-8 PMID:40307438	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用，并鉴定了关键的棕榈酰化相关基因	首次通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的关键作用，并确定了三个核心基因CXCL12、KRTAP4-7和PPP2R2B	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用机制	冠状动脉疾病相关基因和细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT免疫浸润分析	机器学习算法	基因表达数据	GSE113079和GSE121893数据集
769	2025-05-04	Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response 2025-Apr-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14212-x PMID:40307786	研究论文	通过单细胞测序揭示了去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组学特征及其与预后和免疫治疗反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了CRPC-CAFs与PCa-CAFs的转录组差异，并发现TGF-β信号阻断可增强免疫治疗效果	研究样本量未明确说明，且体外模型可能无法完全模拟人体内复杂环境	探究去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的分子特征及其在肿瘤微环境中的作用	去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞(CRPC-CAFs)	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	皮下PCa模型	RNA测序数据	NA
770	2025-05-04	Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma 2025-Apr-30, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03816-z PMID:40307857	研究论文	通过多组学分析聚集自噬相关细胞模式并开发肝细胞癌的聚集自噬相关特征	首次系统地分析了聚集自噬相关基因（AGGRGs）在肝细胞癌（HCC）中的调控机制和临床意义，并构建了风险预测模型	研究主要基于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境中的细胞	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, 组织微阵列	LASSO回归, 单细胞转录组分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 组织微阵列数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
771	2025-05-04	Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 2025-Apr-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620 PMID:40315055	研究论文	本文证明了存在于所有组织中的通用成纤维细胞可以分化为造血干细胞（HSC）的特定生态位细胞	首次提供了直接证据，证明通用成纤维细胞可以在远距离位置分化为特定组织成纤维细胞，如CAR/LepR细胞	未明确说明通用成纤维细胞分化为特定生态位细胞的具体分子机制	研究通用成纤维细胞分化为造血干细胞生态位细胞的潜能	CD248通用成纤维细胞（来自肺、结肠和肌肉）和造血干细胞生态位细胞（CAR/LepR细胞）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
772	2025-05-04	A tumour necrosis factor-α responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其调控方式	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要关注肺腺癌，未广泛验证其他癌症类型中ERVK-7的调控机制	探究ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达调控	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传图谱分析	NA	RNA测序数据、表观遗传数据	肺腺癌患者样本和小气道上皮细胞(SAECs)
773	2025-05-04	DSG2 attenuates gemcitabine efficacy through PTX3 in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167881 PMID:40316058	研究论文	本研究探讨了DSG2在肺腺癌中对吉西他滨疗效的调节作用及其机制	首次揭示了DSG2通过PTX3/NFκB/STAT3信号轴调节吉西他滨耐药性的机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索DSG2在肺腺癌中对化疗药物疗效的影响及其分子机制	肺腺癌细胞和组织	肿瘤学	肺腺癌	单细胞测序、KEGG和GSEA多组学数据库分析、体外实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA数据库中的肺腺癌组织样本
774	2025-05-04	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets upon LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Apr-30, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了在LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中，不同多能祖细胞（MPPs）的转录变化及其对粒细胞生成的影响	揭示了LPS暴露如何影响淋巴偏向的MPP4的移植能力，并通过单细胞RNA测序发现非谱系定向的MPPs向髓系和红系偏向祖细胞的转录重编程	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究在细菌感染模拟条件下，不同多能祖细胞在紧急粒细胞生成中的贡献	野生型小鼠中的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	控制组和LPS挑战组小鼠的MPPs
775	2025-05-04	Unveiling the spatiotemporal strategies of plants in response to biotic and abiotic stresses:A comprehensive review 2025-Apr-29, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109967 PMID:40315636	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在植物应对生物和非生物胁迫研究中的应用与发展	首次全面探讨了scRNA-seq和ST技术在植物环境胁迫细胞水平研究中的应用	未具体说明这些技术在特定植物种类或胁迫类型中的应用限制	解析植物在生物和非生物胁迫下的细胞特异性反应及细胞间复杂互作机制	植物细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	NA
776	2025-05-04	Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire 2025-Apr-29, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102101 PMID:40315845	research paper	该研究探讨了膀胱癌患者T细胞受体（TCR）多样性与临床结果的关系	首次全面纵向分析了TCR库在膀胱癌中的临床意义，并发现低TCR多样性与不良预后相关	研究样本可能不足以代表所有膀胱癌患者亚群	评估TCR多样性作为膀胱癌预后生物标志物的潜力	膀胱癌患者的T细胞受体库	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因序列数据	未明确说明具体样本数量，但包含早期和晚期膀胱癌患者
777	2025-05-04	The janus face of astrocytes in multiple sclerosis: Balancing protection and pathology 2025-Apr-25, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111356 PMID:40288545	review	本文综述了星形胶质细胞在多发性硬化症（MS）中的双重作用，探讨了其在疾病进展中的保护性和病理性功能	揭示了人类星形胶质细胞状态的连续性，超越了传统的A1/A2二分法，并探讨了星形胶质细胞-小胶质细胞串扰和代谢重编程在MS病理中的关键作用	将小鼠A1/A2概念转化为人类MS研究存在挑战，人类星形胶质细胞表现出异质性和环境依赖性反应	探讨星形胶质细胞在MS中的双重作用及其治疗潜力	星形胶质细胞及其在多发性硬化症中的作用	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组学、空间转录组学、空间多组学	NA	转录组数据	NA
778	2025-05-04	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-Apr-25, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学对儿童高级别胶质瘤的免疫景观进行全面分析	揭示了儿童与成人胶质瘤免疫微环境的差异，以及癌症治疗后免疫抑制环境的显著变化	研究样本可能有限，未涉及所有类型的儿童高级别胶质瘤	理解儿童高级别胶质瘤的免疫微环境差异及其对治疗反应的影响	儿童弥漫性高级别胶质瘤（HGG）或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	数字病理学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	匹配的恶性、髓系和T细胞样本，具体数量未明确
779	2025-05-04	TransAnno-Net: A Deep Learning Framework for Accurate Cell Type Annotation of Mouse Lung Tissue Using Self-supervised Pretraining 2025-Apr-24, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108809 PMID:40315689	research paper	提出了一种基于自监督预训练的深度学习框架TransAnno-Net，用于小鼠肺组织单细胞RNA测序数据的准确细胞类型注释	结合自监督预训练和Transformer架构，显著减少标注成本并提高模型效率和可迁移性	仅在小鼠肺组织数据上验证，未在其他物种或组织类型上广泛测试	开发高效准确的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法	小鼠肺组织的单细胞RNA测序数据	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	Transformer	RNA测序数据	约100,000个细胞
780	2025-05-04	Identification and validation of biomarkers in Alzheimer's disease based on machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis 2025-Apr-23, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108475 PMID:40315768	研究论文	通过机器学习算法和单细胞测序分析，识别并验证了阿尔茨海默病的生物标志物	结合机器学习算法和单细胞测序技术，系统识别并验证了SCG3作为阿尔茨海默病早期诊断的生物标志物	样本量相对较小，且仅基于公开数据集和动物实验验证，未涉及大规模临床验证	识别和验证阿尔茨海默病的潜在诊断标志物	阿尔茨海默病患者和正常对照的基因表达数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、免疫荧光检测	LASSO、SVM-RFE、Random forest	基因表达数据	295个样本（153例AD患者和142例正常对照）