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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7761 | 2025-10-06 |
Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease
2025-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08852-z
PMID:40205047
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研究论文 | 本研究揭示了免疫检查点分子TIM-3通过TGFβ信号通路调控小胶质细胞稳态,并证明靶向小胶质细胞TIM-3对阿尔茨海默病具有治疗潜力 | 首次发现TIM-3通过其羧基末端尾部与SMAD2和TGFBR2相互作用,增强TGFβ信号通路,从而维持小胶质细胞稳态 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的验证尚需进一步研究 | 探究TIM-3在小胶质细胞中的具体功能及其在阿尔茨海默病中的作用机制 | 小鼠小胶质细胞和5×FAD转基因阿尔茨海默病小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单核RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
7762 | 2025-05-17 |
Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies
2025-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02157-7
PMID:40247051
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review | 本文综述了环状RNA(circRNA)的发现、表征和功能分析算法的最新突破,并探讨了整合大规模circRNA测序数据的挑战及人工智能驱动算法的未来发展潜力 | 结合长读长和单细胞RNA测序技术与深度学习算法,以前所未有的分辨率和规模研究circRNA | circRNA的低表达水平和高序列相似性给检测和表征带来挑战 | 探索circRNA在基因调控和疾病发病机制中的作用 | 环状RNA(circRNA) | 生物信息学 | NA | 长读长测序、单细胞RNA测序 | 深度学习 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7763 | 2025-05-17 |
Supplementation of Forskolin and Linoleic Acid During IVC Improved the Developmental and Vitrification Efficiency of Bovine Embryos
2025-Apr-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26094151
PMID:40362390
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研究论文 | 本研究评估了在体外培养(IVC)中添加福斯高林和亚油酸(FL)对牛胚胎冷冻存活、脂质含量和玻璃化过程中生存能力的影响 | 首次使用脂质代谢组学和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术揭示了FL通过调节脂质代谢降低胚胎脂滴含量,从而提高冷冻存活率的机制 | 研究仅针对牛胚胎,结果可能不适用于其他物种 | 提高体外培养牛胚胎的发育能力和玻璃化效率 | 牛胚胎 | 生殖生物学 | NA | 脂质代谢组学, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 脂质组学数据, 基因表达数据 | 726种已鉴定脂质(26种差异表达),1079个差异表达基因(DEGs) | NA | NA | NA | NA |
7764 | 2025-05-17 |
Deciphering Anticancer Mechanisms of Calycosin in Lung Adenocarcinoma Through Multi-Omics: Targeting SMAD3-Mediated NOTCH Signaling in the Tumor Microenvironment
2025-Apr-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17091455
PMID:40361382
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制,特别是通过靶向SMAD3介导的NOTCH信号通路在肿瘤微环境中的作用 | 首次揭示了毛蕊花素通过靶向SMAD3调控NOTCH信号通路在单核细胞/巨噬细胞中的作用,从而抑制肿瘤生长、侵袭和免疫逃逸 | 研究主要基于体外和计算分析,缺乏体内实验验证 | 探究毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制 | 肺腺癌(LUAD)及其肿瘤微环境 | 肿瘤学 | 肺癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接 | NA | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
7765 | 2025-05-17 |
New Insights and Implications of Cell-Cell Interactions in Developmental Biology
2025-Apr-23, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26093997
PMID:40362237
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综述 | 本文综述了2008年至2023年间与发育生物学相关的细胞间相互作用(CCIs)研究,系统收集和分类了93种分析工具和39个数据库,并通过案例研究展示了其实际应用 | 利用高通量技术如单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)系统解析细胞间调控网络,并构建了全面的数据库和分析框架 | 当前分析框架在空间定位和单细胞分辨率下跨膜状态验证方面存在解释性限制 | 推动发育生物学中细胞间相互作用(CCIs)研究的应用和临床转化 | 细胞间相互作用(CCIs)及其在胚胎发育中的调控网络 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, 空间转录组学(ST) | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7766 | 2025-05-17 |
Exploring the Role of Circadian Rhythm-Related Genes in the Identification of Sepsis Subtypes and the Construction of Diagnostic Models Based on RNA-seq and scRNA-seq
2025-Apr-23, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26093993
PMID:40362233
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研究论文 | 探讨昼夜节律相关基因在脓毒症亚型识别及基于RNA-seq和scRNA-seq的诊断模型构建中的作用 | 首次基于昼夜节律相关基因识别脓毒症亚型,并利用多种机器学习算法构建诊断模型 | 研究依赖于公共数据库数据,未进行独立队列验证 | 识别脓毒症亚型并构建诊断模型 | 脓毒症患者和对照组的基因表达数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR | 随机森林, 支持向量机, 广义线性模型, xgboost | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的脓毒症和对照组RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
7767 | 2025-05-17 |
Dual Disruption of EGFR/PI3K Signaling: IGF2BP2 Targeting Reverses Anti-EGFR Resistance in CAFs-Infiltrated Oral Squamous Cell Carcinoma
2025-Apr-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26093941
PMID:40362183
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研究论文 | 本研究探讨了RNA结合蛋白IGF2BP2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的致癌作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次发现IGF2BP2通过m6A依赖机制稳定EGFR和PIK3R1 mRNA,同时靶向EGFR/PI3K信号通路克服抗EGFR耐药性 | 研究主要基于体外和小鼠模型,尚未进行临床验证 | 探索OSCC中RNA结合蛋白的调控机制并开发新的治疗策略 | 口腔鳞状细胞癌细胞和癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 癌症生物学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、RIP-seq、RIP/MeRIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测 | 小鼠异种移植模型和基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据和蛋白质相互作用数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及组织微阵列、体外细胞实验和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
7768 | 2025-05-17 |
Spatial Omics in Clinical Research: A Comprehensive Review of Technologies and Guidelines for Applications
2025-Apr-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26093949
PMID:40362187
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review | 本文全面综述了空间组学技术在临床研究中的应用及其相关指南 | 整合分子分析与空间组织背景,提供高分辨率的基因表达、蛋白质相互作用和表观遗传修饰分析 | 数据复杂性和整合方面存在挑战 | 探讨空间组学技术在疾病机制和治疗反应中的应用 | 癌症、神经学和免疫学领域 | digital pathology | NA | spatial transcriptomics, proteomics, epigenomics | NA | molecular data, spatial data | NA | NA | NA | NA | NA |
7769 | 2025-05-17 |
Paeonol Relieves Chronic Neuropathic Pain by Reducing Communication Between Schwann Cells and Macrophages in the Dorsal Root Ganglia After Injury
2025-Apr-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26093964
PMID:40362205
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研究论文 | 本研究探讨了芍药醇通过减少损伤后背根神经节中雪旺细胞与巨噬细胞之间的通讯来缓解慢性神经性疼痛的机制 | 揭示了芍药醇通过抑制IL-34-CSF1R相互作用来减轻神经性疼痛的新机制 | 研究仅在大鼠模型中进行,未涉及人类临床试验 | 探究芍药醇治疗神经性疼痛的机制 | 雪旺细胞、巨噬细胞和SD大鼠 | 神经科学 | 神经性疼痛 | scRNA-seq、ELISA、PCR、western blot、免疫组织化学、免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、行为数据 | 32只SD大鼠 | NA | NA | NA | NA |
7770 | 2025-10-06 |
Single cell-resolved cellular, transcriptional, and epigenetic changes in mouse T cell populations linked to age-associated immune decline
2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2425992122
PMID:40163732
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术系统揭示小鼠脾脏T细胞随年龄增长发生的细胞组成、转录和表观遗传变化 | 首次在10个不同年龄组小鼠中进行多时间点单细胞RNA测序、ATAC测序和TCR测序的整合分析 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 阐明衰老过程中T细胞生物学特性的具体变化机制 | 小鼠脾脏T细胞 | 单细胞组学 | 衰老相关免疫衰退 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据, T细胞受体数据 | 10个不同年龄组的小鼠脾脏T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
7771 | 2025-10-06 |
Dual genetic tracing demonstrates the heterogeneous differentiation and function of neuromesodermal progenitors in vivo
2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2402305122
PMID:40178900
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研究论文 | 本研究开发了双重组酶介导的遗传系统,揭示了神经中胚层祖细胞在体内的异质性分化和功能 | 开发了首个能够特异性追踪和消融Brachyury+Sox2+神经中胚层祖细胞的双重组酶介导遗传系统 | 未明确说明样本规模和技术平台的详细参数 | 探究神经中胚层祖细胞在胚胎发育过程中的分化异质性和功能作用 | 小鼠胚胎中的神经中胚层祖细胞 | 发育生物学 | NA | 双重组酶介导的遗传追踪、单细胞RNA测序 | NA | 遗传追踪数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7772 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome integrated with genome-wide association study reveals heterogeneity of carotid and femoral plaques and its association with plaque stability
2025-Apr-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-96434-4
PMID:40189611
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研究论文 | 通过单细胞转录组与全基因组关联研究整合分析,揭示颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关联 | 首次结合单细胞RNA测序和全基因组关联研究分析不同位置动脉斑块的细胞和基因差异,发现NK细胞是斑块栓塞最相关的细胞类型 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 研究颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关系 | 颈动脉和股动脉斑块 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 机器学习 | 七种机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7773 | 2025-10-06 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Apr-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.102819
PMID:40192104
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中时空基因表达图谱 | 首次系统分析了颅神经板区域化和形态发生过程中的转录变化,揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同调控程序 | 研究仅限于小鼠胚胎模型,未验证其他物种的适用性 | 研究早期哺乳动物大脑发育过程中的基因表达调控机制 | 小鼠胚胎颅神经板细胞 | 单细胞组学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7774 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals liver developmental trajectory during lineage reprogramming of human induced hepatocyte-like cells
2025-Apr-06, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05677-x
PMID:40188417
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示人类诱导肝细胞样细胞在谱系重编程过程中的肝脏发育轨迹 | 首次在单细胞分辨率下揭示hiHeps诱导过程中肝细胞特异性基因调控网络的建立机制,并发现重编程晚期阶段模拟天然肝脏发育轨迹 | 研究主要关注转录组层面,缺乏对表观遗传调控机制的深入探索 | 研究肝细胞特异性基因调控网络在重编程过程中的建立机制 | 人类诱导肝细胞样细胞(hiHeps) | 单细胞生物学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 谱系重编程模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7775 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional responses of T cells during microsporidia infection
2025-Apr-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07990-4
PMID:40185986
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠脾脏T细胞在微孢子虫感染期间的转录反应 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示微孢子虫感染期间不同T细胞亚群的活化状态和功能特征 | 仅观察了脾脏T细胞反应,未涉及其他组织部位;研究局限于小鼠模型 | 阐明微孢子虫感染过程中T细胞各亚群的作用和功能 | 小鼠脾脏T细胞 | 单细胞转录组学 | 微孢子虫感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7776 | 2025-10-06 |
Machine learning-based in-silico analysis identifies signatures of lysyl oxidases for prognostic and therapeutic response prediction in cancer
2025-Apr-05, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02176-1
PMID:40186284
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研究论文 | 通过机器学习方法系统分析赖氨酰氧化酶家族在癌症中的表达特征及其预后和治疗预测价值 | 开发了基于LOX/LOXL表达及其共表达基因的新型胶质瘤预后模型,并首次发现复发性胶质瘤中LOXL2过表达的恶性细胞群体特征 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 评估LOX/LOXL家族在癌症中的转录调控、预后价值和治疗靶向潜力 | 33种癌症类型,特别关注胶质瘤、膀胱癌和肾癌 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 生物信息学分析 | 无监督共识聚类, 10种机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO、CGGA和TCGA的六个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
7777 | 2025-10-06 |
PRMT5 deficiency in myeloid cells reprograms macrophages to enhance antitumor immunity and synergizes with anti-PD-L1 therapy
2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011299
PMID:40187753
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研究论文 | 本研究揭示了PRMT5在髓系细胞中通过调控脂质代谢和巨噬细胞极化影响肿瘤免疫微环境的新机制 | 首次发现PRMT5缺失可通过STAT6-PPARγ通路重编程巨噬细胞向抗肿瘤表型转化,并与抗PD-L1疗法产生协同抗肿瘤效应 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究PRMT5在髓系细胞中对巨噬细胞极化和抗肿瘤免疫的调控作用 | 肿瘤浸润髓系细胞和巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞转录组分析,bulk转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7778 | 2025-10-06 |
Conformation-sensitive targeting of CD18 depletes M2-like tumor-associated macrophages resulting in inhibition of solid tumor progression
2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011422
PMID:40187756
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研究论文 | 本文发现活化CD18可作为M2样肿瘤相关巨噬细胞的特异性靶点,并验证了肽药物偶联物TB511通过靶向CD18清除M2-TAMs抑制实体瘤进展的疗效 | 首次阐明活化CD18在M2-TAMs中的特异性表达及其作为治疗靶点的潜力,揭示了TB511通过靶向CD18诱导M2-TAMs凋亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证;CD18靶向治疗可能存在的脱靶效应未充分评估 | 开发靶向M2样肿瘤相关巨噬细胞的癌症免疫治疗新策略 | 肿瘤相关巨噬细胞、结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺导管腺癌小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 结直肠癌, 非小细胞肺癌, 胰腺癌 | LC-MS/MS, 表面等离子共振, 肽-蛋白质相互作用3D建模, 空间转录组学 | NA | 蛋白质组学数据, 转录组学数据, 体内实验数据 | 多种实体瘤小鼠模型(结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺导管腺癌) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7779 | 2025-10-06 |
scRNA-seq uncovers the transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages
2025-Apr-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57837-z
PMID:40188181
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态 | 首次在单细胞水平同时揭示寄生虫和宿主巨噬细胞在感染过程中的转录变化 | 基于体外实验模型,未涉及体内感染环境 | 探究微孢子虫感染过程中寄生虫发育轨迹和宿主免疫反应 | 人类巨噬细胞和Encephalitozoon intestinalis寄生虫 | 单细胞组学 | 机会性感染疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7780 | 2025-10-06 |
Large-scale bulk and single-cell RNA sequencing combined with machine learning reveals glioblastoma-associated neutrophil heterogeneity and establishes a VEGFA+ neutrophil prognostic model
2025-Apr-05, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00640-z
PMID:40188324
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研究论文 | 本研究通过大规模单细胞RNA测序和机器学习方法揭示了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的异质性,并建立了VEGFA+中性粒细胞预后模型 | 首次系统性地鉴定了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的四个亚型,并开发了基于VEGFA+中性粒细胞的预后风险模型 | 研究主要基于IDH野生型胶质母细胞瘤样本,结果可能不适用于其他亚型 | 探索胶质母细胞瘤微环境中中性粒细胞的异质性及其临床意义 | 胶质母细胞瘤患者的中性粒细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 机器学习 | 机器学习组合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 127例IDH野生型胶质母细胞瘤样本,共498,747个细胞,其中5,032个中性粒细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |