单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 7761 - 7780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7761 | 2024-09-30 |
Microglial heterogeneity in the ischemic stroke mouse brain of both sexes
2024-Aug-02, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01368-7
PMID:39095897
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研究论文 | 研究探讨了永久性脑卒中对小鼠大脑中微胶质细胞的影响及其异质性 | 首次通过单细胞RNA测序分析了脑卒中后微胶质细胞的异质性，并发现了与脑卒中相关的七个潜在微胶质细胞簇 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在临床环境中验证 | 解析永久性脑卒中对微胶质细胞的影响，探索潜在的治疗靶点 | 小鼠大脑中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 年轻雄性和雌性小鼠 |
| 7762 | 2024-09-30 |
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02235-4
PMID:38528186
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研究论文 | 本文展示了大型语言模型GPT-4在单细胞RNA测序分析中利用标记基因信息准确注释细胞类型的能力 | GPT-4能够生成与手动注释高度一致的细胞类型注释，显著减少了细胞类型注释所需的努力和专业知识 | NA | 评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中进行细胞类型注释的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 文本 | 数百种组织和细胞类型 |
| 7763 | 2024-09-30 |
Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review
2024-Jul-08, ACS biomaterials science & engineering
IF:5.4Q2
DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303
PMID:38934720
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综述 | 本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用 | 介绍了新兴技术如bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、单核RNA-seq和空间转录组学在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用 | 存在成本高、细胞大小限制、样本差异和复杂分析过程等挑战 | 探讨转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用，以促进心脏健康和心脏疾病治疗 | 心肌细胞与生物材料的相互作用 | 再生医学 | 心血管疾病 | RNA-seq | 机器学习 | 转录组数据 | NA |
| 7764 | 2024-09-30 |
Cryopreservation of cerebrospinal fluid cells preserves the transcriptional landscape for single-cell analysis
2024-Mar-23, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03047-1
PMID:38521932
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研究论文 | 研究探讨了不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响 | 首次比较了三种不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响，发现冷冻保存方法对细胞类型比例、细胞应激标志物和整体基因表达的影响较小 | 研究样本量较小，仅涉及三种冷冻保存方法，且样本来自单一来源 | 评估不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响 | 脑脊液细胞的冷冻保存方法及其对单细胞RNA测序结果的影响 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 来自三种不同冷冻保存方法的脑脊液样本，每种方法各一份 |
| 7765 | 2024-09-30 |
Deep learning-based multimodal spatial transcriptomics analysis for cancer
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.08.001
PMID:39271260
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研究论文 | 本文探讨了深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的整合应用 | 本文创新性地将深度学习与多模态空间转录组学结合，用于癌症诊断、治疗规划和精准医学 | NA | 本文旨在探讨深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的应用 | 本文研究对象为癌症诊断、治疗规划和精准医学 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 卷积神经网络 | 多模态数据 | NA |
| 7766 | 2024-09-30 |
Single-nuclei transcriptome analysis of channel catfish spleen provides insight into the immunome of an aquaculture-relevant species
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0309397
PMID:39325796
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研究论文 | 本文通过单核RNA测序技术分析了养殖相关物种——通道鲶鱼脾脏的转录组，揭示了其免疫系统的细胞组成和基因表达特征 | 首次对通道鲶鱼脾脏进行单核RNA测序，识别了多种免疫细胞亚群及其基因表达特征 | 研究仅限于通道鲶鱼脾脏，未涉及其他组织或物种 | 深入研究通道鲶鱼的免疫系统，特别是脾脏的免疫细胞组成和基因表达 | 通道鲶鱼脾脏的免疫细胞及其基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从8,157个细胞中生成了278,717,872条reads，整合数据包括19,613个细胞和20,121个基因 |
| 7767 | 2024-09-30 |
Specific cell subclusters of dental pulp stem cells respond to distinct pathogens through the ROS pathway
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1452124
PMID:39328360
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研究论文 | 研究分析了牙髓干细胞在受到口腔真菌和细菌感染时的细胞和分子特性 | 发现了一个特定的牙髓干细胞亚群对不同病原体感染有特异性反应，并通过ROS途径激活MAPK和NF-κB通路引发免疫反应 | NA | 研究牙髓干细胞在不同病原体感染下的反应机制 | 牙髓干细胞及其在真菌和细菌感染下的反应 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | mRNA | 6名健康受试者的阻生第三磨牙中的牙髓干细胞 |
| 7768 | 2024-09-30 |
Monocytes as an early risk factor for acute graft-versus-host disease after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1433091
PMID:39328417
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了异基因造血干细胞移植后急性移植物抗宿主病（aGVHD）的早期风险因素 | 首次发现移植后第21天外周血单核细胞的显著增加和激活与aGVHD的发生密切相关 | 研究样本量较小，需要进一步验证和扩大样本以确认结果的普遍性 | 识别异基因造血干细胞移植后急性移植物抗宿主病的潜在生物标志物，以预防和治疗该疾病 | 异基因造血干细胞移植后发生或未发生急性移植物抗宿主病的患者 | NA | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及发生和未发生急性移植物抗宿主病的患者样本 |
| 7769 | 2024-09-30 |
CD28/PD1 co-expression: dual impact on CD8+ T cells in peripheral blood and tumor tissue, and its significance in NSCLC patients' survival and ICB response
2023-Oct-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02846-3
PMID:37898752
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研究论文 | 研究探讨了CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术分析了CD8+ T细胞在不同组织中的功能状态和转录特征，揭示了CD28在免疫检查点抑制剂反应中的关键作用 | 研究样本仅限于治疗前的非小细胞肺癌患者，可能无法完全代表所有患者的情况 | 探讨CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响 | CD8+ T细胞在周围血液、肿瘤组织和非肿瘤组织中的功能状态和转录特征 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、多参数流式细胞术 | NA | RNA | 治疗前的非小细胞肺癌患者 |
| 7770 | 2024-09-30 |
Mitochondrial dysfunction promotes the transition of precursor to terminally exhausted T cells through HIF-1α-mediated glycolytic reprogramming
2023-10-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42634-3
PMID:37891230
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研究论文 | 研究线粒体功能障碍如何通过HIF-1α介导的糖酵解重编程促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变 | 揭示了线粒体功能障碍是T细胞功能耗竭的细胞内在触发因素，并通过HIF-1α介导的代谢重编程机制促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变 | NA | 探讨线粒体功能障碍在T细胞耗竭中的作用及其分子机制 | 前体T细胞（Tpex）和终末耗竭T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 基因缺陷小鼠模型、单细胞转录组学和代谢组分析 | NA | 转录组数据、代谢数据 | 基因缺陷小鼠 |
| 7771 | 2024-09-30 |
stVAE deconvolves cell-type composition in large-scale cellular resolution spatial transcriptomics
2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad642
PMID:37862237
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研究论文 | 本文介绍了一种基于变分自编码器框架的方法stVAE，用于解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成 | stVAE能够准确识别细胞类型及其在空间转录组数据中的相对比例，有助于理解细胞群体的异质性及其在组织中的相互作用 | NA | 开发一种新的方法来解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成 | 细胞分辨率空间转录组数据中的细胞类型组成 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 变分自编码器 | 转录组数据 | 五个数据集，涵盖三种不同的生物组织 |
| 7772 | 2024-09-30 |
LPS-induced acute neuroinflammation, involving interleukin-1 beta signaling, leads to proteomic, cellular, and network-level changes in the prefrontal cortex of mice
2023-Mar, Brain, behavior, & immunity - health
DOI:10.1016/j.bbih.2023.100594
PMID:36713475
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研究论文 | 研究了外周感染诱导的神经炎症对小鼠前额叶皮层电生理和蛋白质组学的影响 | 首次比较了IL-1β对前额叶皮层锥体细胞和中间神经元的电生理效应，并发现了LPS处理后前额叶皮层电生理和分子水平的显著变化 | NA | 探讨外周感染诱导的急性系统性炎症对前额叶皮层认知功能的影响 | 小鼠前额叶皮层的电生理和蛋白质组学变化 | 神经科学 | NA | 电生理记录、2-D差异凝胶电泳、质谱分析 | NA | 电生理数据、蛋白质组数据 | 雄性小鼠 |
| 7773 | 2024-09-30 |
Reconstruction of the tumor spatial microenvironment along the malignant-boundary-nonmalignant axis
2023-02-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36560-7
PMID:36806082
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研究论文 | 开发了一种名为Cottrazm的工具，结合空间转录组学、苏木精和伊红染色图像以及单细胞转录组学，用于描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱 | 首次将空间转录组学与病理学图像和单细胞转录组学结合，以描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱 | NA | 揭示肿瘤空间微环境的结构和功能特征 | 肿瘤边界及其与恶性细胞和非恶性细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学、苏木精和伊红染色、单细胞转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | NA |
| 7774 | 2024-09-30 |
CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators
2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.09.527751
PMID:36798324
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研究论文 | 本文介绍了CPA-Perturb-seq方法，用于多重单细胞分析替代多聚腺苷酸化调控因子 | 开发了一种新的统计框架，用于识别扰动依赖的内含子和串联多聚腺苷酸化的变化，并训练了一个多任务深度神经网络来预测扰动响应 | NA | 更好地理解CPA调控机制如何影响多聚腺苷酸位点的选择 | 42个已知的CPA调控因子及其对多聚腺苷酸位点使用的影响 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 多任务深度神经网络 | RNA序列 | 42个已知的CPA调控因子 |
| 7775 | 2024-09-30 |
Intracellular Spatial Transcriptomic Analysis Toolkit (InSTAnT)
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2481749/v1
PMID:36747718
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研究论文 | 本文介绍了InSTAnT，一个用于从空间转录组数据中提取分子关系的计算工具包 | InSTAnT能够检测基因对和模块在细胞内和细胞间的有趣共定位模式，并使用专门的统计测试和图挖掘技术 | NA | 开发新的分析工具以实现空间转录组技术的全部潜力 | 人类癌细胞系和小鼠下丘脑前视区的空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术（如MERFISH） | NA | 空间转录组数据 | 人类癌细胞系和小鼠下丘脑前视区的数据 |
| 7776 | 2024-09-30 |
Overview of single-cell RNA sequencing analysis and its application to spermatogenesis research
2023 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12502
PMID:36726594
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序分析及其在精子发生研究中的应用 | 单细胞RNA测序识别出成鼠睾丸中的间充质细胞和II型先天淋巴细胞作为新的睾丸细胞类型，以及详细的生殖细胞亚型 | 单细胞RNA测序分析需要广泛的实验技术和生物信息学知识，对许多实验生物学家和临床医生来说难以使用 | 使单细胞RNA测序分析更加普及，并总结了使用该技术在人类和小鼠精子发生研究中获得的最新见解 | 人类和小鼠的精子发生过程 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7777 | 2024-09-30 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2022-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.12.13.520181
PMID:36561173
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研究论文 | 提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的基因共表达 | CS-CORE方法在表达测量模型中明确考虑了测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在高测序深度变化和测量误差下的问题 | 未提及 | 开发一种新的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断特定细胞类型的基因共表达 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的死后脑样本和血液样本 |
| 7778 | 2024-09-30 |
Deep learning explains the biology of branched glycans from single-cell sequencing data
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105163
PMID:36217547
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研究论文 | 本文利用单细胞测序数据和深度学习模型，预测了小鼠T淋巴细胞的糖链表型，并揭示了糖链的生物学功能和调控机制 | 首次使用深度学习模型从转录组数据中预测细胞的糖链表型，并通过SHAP解释模型识别出高度预测性的基因 | NA | 揭示糖链在细胞水平上的功能和调控机制 | 小鼠T淋巴细胞的糖链表型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度学习模型 | 转录组数据和糖链数据 | 小鼠T淋巴细胞 |
| 7779 | 2024-09-30 |
Normalization and de-noising of single-cell Hi-C data with BandNorm and scVI-3D
2022-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02774-z
PMID:36253828
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研究论文 | 本文开发了BandNorm归一化方法和scVI-3D深度生成模型，用于单细胞Hi-C数据的归一化和去噪 | 提出了BandNorm和scVI-3D两种新方法，分别用于处理单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差 | NA | 解决单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差问题 | 单细胞Hi-C数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C | 深度生成模型 | 基因组数据 | NA |
| 7780 | 2024-09-30 |
Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics
2022-09, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01273-7
PMID:35501392
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研究论文 | 本文介绍了一种基于条件自回归的解卷积方法（CARD），用于空间转录组学中的细胞类型解卷积 | CARD方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的细胞类型特异性表达信息与细胞类型组成在组织位置间的相关性，能够提高解卷积的准确性，并能在没有scRNA-seq参考数据的情况下进行解卷积 | NA | 开发一种新的解卷积方法，以提高空间转录组学数据中细胞类型组成的准确性 | 空间转录组学数据中的细胞类型组成和基因表达水平 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 条件自回归模型 | 基因表达数据 | 四个数据集，包括一个胰腺癌数据集 |