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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7741 | 2025-05-17 |
Dual oxic-anoxic co-culture enables direct study of anaerobe-host interactions at the airway epithelial interface
2025-May-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01338-24
PMID:40366160
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research paper | 该研究介绍了一种双氧-缺氧共培养(DOAC)方法,用于研究厌氧菌与宿主细胞在气道上皮界面的相互作用 | 开发了一种新的双氧-缺氧共培养(DOAC)平台,能够在维持宿主细胞氧供的同时,研究厌氧菌与上皮细胞的相互作用 | 共培养时间限制在约48小时,可能无法完全模拟长期相互作用 | 研究厌氧菌与宿主细胞在气道疾病病理生理学中的相互作用机制 | 厌氧菌和气道上皮细胞 | 微生物学与细胞生物学 | 气道疾病 | 双氧-缺氧共培养(DOAC)、bulk RNAseq、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7742 | 2025-05-17 |
Potential mechanisms of epigenetic regulation in diabetic retinopathy from the perspectives of multi-omics
2025-May-14, Diabetology & metabolic syndrome
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s13098-025-01723-7
PMID:40369608
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research paper | 本研究通过多组学数据探索了糖尿病视网膜病变(DR)的表观遗传调控机制 | 构建了DR相关的全面表观遗传调控网络,并鉴定了关键调控基因 | 研究依赖于公共数据库数据,未进行实验验证 | 探索糖尿病视网膜病变的表观遗传调控机制 | 糖尿病视网膜病变(DR)相关的表观遗传修饰 | 生物信息学 | 糖尿病视网膜病变 | DNA甲基化分析、mRNA和miRNA表达分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因组学数据、转录组学数据 | 包括10,716个差异甲基化基因、1,181个差异表达mRNA和615个差异表达miRNA | NA | NA | NA | NA |
7743 | 2025-05-17 |
Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity
2025-May-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009
PMID:40328255
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综述 | 探讨小胶质细胞在不同环境下的转录状态多样性及其功能意义 | 综述了单细胞测序技术揭示的小胶质细胞转录状态多样性,并评估非稳态条件如何诱导特定环境下的转录特征 | 未提及具体实验数据或样本量,主要基于现有研究的总结 | 理解小胶质细胞转录状态与功能的关系,并推动针对小胶质细胞的治疗策略 | 小胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7744 | 2025-05-17 |
Combining spatial transcriptomics with tissue morphology
2025-May-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58989-8
PMID:40360467
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review | 本文介绍了一种将空间转录组学与组织形态学相结合的框架,重点讨论了将形态学特征转化为或整合到空间转录组学中的方法 | 提出了一个分类框架,用于结合空间转录组学和组织形态学,包括转化和整合两种方法 | NA | 探索空间转录组学与组织形态学相结合的方法及其应用 | 空间转录组学数据和组织形态学特征 | digital pathology | NA | spatial transcriptomics, imaging AI | NA | gene expression data, morphological features | NA | NA | NA | NA | NA |
7745 | 2025-05-17 |
TAT-CRE inhalation enables tumor induction corresponding to adenoviral Cre-recombinase in a lung cancer mouse model
2025-May-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08146-0
PMID:40360735
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research paper | 该研究比较了TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导小鼠肺癌模型中的效果,发现TAT-CRE是一种安全且有效的替代方法 | 提出TAT-CRE作为一种生物安全级别S1的替代方法,用于诱导肺癌,并可能应用于其他癌症模型 | 研究中发现的TAT-CRE诱导的肺肿瘤在微血管和巨噬细胞方面存在差异,可能影响某些研究结果 | 比较TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导肺癌模型中的效果,寻找更安全的基因工程方法 | 小鼠肺癌模型 | 癌症研究 | 肺癌 | 计算机断层扫描、单细胞RNA测序、免疫组织化学和流式细胞术 | NA | 图像、RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7746 | 2025-05-17 |
Arginine methylation modulates tumor fate and prognosis in clear cell renal cell carcinoma
2025-May-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02505-3
PMID:40360844
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research paper | 该研究探讨了精氨酸甲基化相关基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的预后价值,并开发了一个基于精氨酸甲基化的预后模型 | 首次系统地评估了精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后意义,并构建了一个具有临床指导价值的预后特征模型 | 需要进一步的临床验证来确认模型的预测准确性,并且未涉及实验验证 | 评估精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后价值并开发预后模型 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者 | digital pathology | 肾癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 转录组数据 | 来自TCGA、E-MTAB-1980和ICGC数据库的公共数据集 | NA | NA | NA | NA |
7747 | 2025-05-17 |
Profiling triple-negative breast cancer-specific super-enhancers identifies high-risk mesenchymal development subtype and BETi-Targetable vulnerabilities
2025-May-13, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02342-6
PMID:40361105
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研究论文 | 该研究通过分析三阴性乳腺癌(TNBC)中的超级增强子(SEs)异质性,识别出一个高风险间充质发育亚型,并发现其对BET抑制剂(BETi)具有更高的敏感性 | 发现了由SE-VAX2核心转录调控回路驱动的高风险间充质发育亚型,并验证了其对BETi的敏感性 | 临床样本和实验模型的多样性可能影响结果的广泛适用性 | 研究TNBC中SEs的异质性及其对BETi疗效的影响,以推进BETi的精准治疗策略 | 三阴性乳腺癌(TNBC)细胞系和临床样本 | 肿瘤生物学 | 三阴性乳腺癌 | H3K27ac ChIP-Seq, bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, stRNA-Seq, CERES评分 | NA | 测序数据 | TNBC细胞系和临床样本 | NA | NA | NA | NA |
7748 | 2025-05-17 |
The immunological age prediction of monocytes indicates that gestational diabetes mellitus accelerates the aging of monocytes in offspring
2025-May-13, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-025-00513-z
PMID:40361109
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research paper | 该研究通过单细胞测序技术探索了妊娠期糖尿病(GDM)对子代单核细胞衰老的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了GDM加速子代单核细胞衰老的转录组特征,并建立了预测单核细胞免疫年龄的随机森林模型 | 样本量相对有限,且部分数据来自公开数据库 | 探究GDM对子代免疫细胞衰老的影响 | 56名健康个体(0-100岁)的单核细胞,包括GDM母亲子代的单核细胞 | 生物医学 | 妊娠期糖尿病 | 单细胞测序,随机森林模型 | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 56个样本(6个自测样本+50个GEO公开数据) | NA | NA | NA | NA |
7749 | 2025-05-17 |
Recent advances in multimodal approaches for investigating placental development and related diseases
2025-May-09, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.05.004
PMID:40374418
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综述 | 本文总结了多模态方法在研究胎盘发育及相关疾病中的最新进展 | 整合了先进成像、单细胞和空间组学以及人工智能(AI)的多模态方法,提供了对胎盘发育和疾病的全面分析 | 数据标准化、AI模型的可解释性以及伦理问题 | 推进对胎盘相关疾病的科学理解和临床管理 | 胎盘发育及相关疾病 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 超声、MRI、单细胞转录组学、空间分析、AI预测模型 | AI | 图像、分子数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7750 | 2025-05-17 |
Transcriptomic Plasticity of Human Alveolar Macrophages Revealed by Single-Cell RNA Sequencing Following Drug Exposure: Implications for Therapeutic Development
2025-May-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26094439
PMID:40362676
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究药物暴露后人类肺泡巨噬细胞的转录组可塑性,为治疗开发提供新见解 | 揭示了肺泡巨噬细胞转录程序的可塑性,并证实药物可以重编程这些细胞的表型 | 研究仅基于体外实验,未在体内模型中验证 | 探讨肺泡巨噬细胞的转录可塑性及其在肺纤维化治疗中的潜在应用 | 人类肺泡巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 肺纤维化 | scRNA-seq, qPCR | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7751 | 2025-05-17 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Stem Cell-Derived Exosomes Attenuate Inflammatory Gene Expression in Pulmonary Oxygen Toxicity
2025-May-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26094462
PMID:40362698
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术揭示了干细胞来源的外泌体在减轻肺氧毒性炎症基因表达中的作用 | 首次报道了外泌体在肺氧毒性中的作用及机制,并整合了单细胞RNA测序和批量分析技术 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 | 探究干细胞外泌体保护肺组织的机制及潜在分子调控网络 | 小鼠肺氧毒性模型 | 单细胞转录组学 | 肺氧毒性 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
7752 | 2025-05-17 |
A Transfer Learning Framework for Predicting and Interpreting Drug Responses via Single-Cell RNA-Seq Data
2025-May-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26094365
PMID:40362602
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research paper | 提出一个基于迁移学习的框架,通过单细胞RNA测序数据预测和解释药物反应 | 设计了一个共享编码器将批量和单细胞测序数据投影到统一的潜在空间进行药物反应预测,并通过先验生物知识引导的稀疏解码器增强可解释性 | 临床样本获取有限,且单细胞RNA测序药物反应数据的系统收集和利用仍有限 | 提高药物反应预测的性能和可解释性,理解药物反应的分子机制 | 单细胞RNA测序药物反应数据集 | machine learning | cancer | scRNA-seq | transfer learning | RNA sequencing data | 五个精选的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
7753 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation
2025-May, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005
PMID:40118698
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析揭示颅外动静脉畸形中转录细胞谱系异质性 | 首次在单细胞分辨率下整合scRNA-seq和空间转录组数据,揭示eAVMs中内皮细胞、血管周围细胞和免疫细胞的异质性状态及细胞间相互作用 | 样本量有限(9个eAVMs样本和2个对照),空间转录组分析仅在一个eAVM样本中进行 | 在单细胞水平生成eAVMs分子信息概览,解析其转录异质性 | 颅外动静脉畸形组织样本 | 数字病理学 | 血管畸形 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 9个eAVMs样本和2个非病变组织对照样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术 |
7754 | 2025-10-06 |
Neuronal activity modulates the expression of secretagogin, a Ca2+ sensor protein, during mammalian forebrain development
2025-May, Acta physiologica (Oxford, England)
DOI:10.1111/apha.70031
PMID:40165367
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研究论文 | 本研究揭示了分泌抑制素在哺乳动物前脑发育过程中的表达受神经元活动调控 | 首次证明分泌抑制素表达具有神经元活动依赖性,并发现其在唐氏综合征胎儿中的表达延迟 | 研究主要集中于前脑区域,其他脑区的研究相对有限 | 探究分泌抑制素在神经系统中的表达调控机制及其作为神经元标志物的可靠性 | 人类胎儿前脑、小鼠皮层神经元、SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞 | 神经科学 | 唐氏综合征 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 细胞培养 | Scgn-iCre::Ai9转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 组织图像 | 人类胎儿样本(包括唐氏综合征和年龄匹配对照)、小鼠模型、细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7755 | 2025-10-06 |
Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV
2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000935
PMID:40178436
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综述 | 探讨急性HIV感染期间表观遗传机制如何驱动免疫失调并促进病毒持续存在 | 整合基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学和染色质可及性检测等前沿技术揭示HIV劫持宿主表观基因组的新机制 | NA | 阐明急性HIV感染中表观遗传重编程对免疫系统的调控机制 | HIV感染期间的宿主免疫系统和表观遗传变化 | 表观遗传学 | HIV/AIDS | 全基因组DNA甲基化分析, 单细胞转录组学, 染色质可及性检测 | NA | 表观遗传数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7756 | 2025-10-06 |
Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens
2025-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02155-9
PMID:40200121
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研究论文 | 本研究通过整合多种基因组数据构建了鸡多组织调控变异图谱 | 首次系统性地构建了鸡多组织调控变异图谱,揭示了数百万个调控变异对基因表达和转录后修饰的影响 | 作为初步图谱,可能尚未完全覆盖所有组织类型和调控机制 | 系统表征鸡基因组功能变异并构建调控变异图谱 | 鸡的28个不同组织 | 基因组学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组测序 | NA | 基因组序列数据, 基因表达数据 | 7,015个批量RNA-seq样本, 127,598个单细胞, 2,869个全基因组序列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 全基因组测序 | NA | NA |
7757 | 2025-10-06 |
Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease
2025-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08852-z
PMID:40205047
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研究论文 | 本研究揭示了免疫检查点分子TIM-3通过TGFβ信号通路调控小胶质细胞稳态,并证明靶向小胶质细胞TIM-3对阿尔茨海默病具有治疗潜力 | 首次发现TIM-3通过其羧基末端尾部与SMAD2和TGFBR2相互作用,增强TGFβ信号通路,从而维持小胶质细胞稳态 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的验证尚需进一步研究 | 探究TIM-3在小胶质细胞中的具体功能及其在阿尔茨海默病中的作用机制 | 小鼠小胶质细胞和5×FAD转基因阿尔茨海默病小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单核RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
7758 | 2025-05-17 |
Supplementation of Forskolin and Linoleic Acid During IVC Improved the Developmental and Vitrification Efficiency of Bovine Embryos
2025-Apr-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26094151
PMID:40362390
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研究论文 | 本研究评估了在体外培养(IVC)中添加福斯高林和亚油酸(FL)对牛胚胎冷冻存活、脂质含量和玻璃化过程中生存能力的影响 | 首次使用脂质代谢组学和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术揭示了FL通过调节脂质代谢降低胚胎脂滴含量,从而提高冷冻存活率的机制 | 研究仅针对牛胚胎,结果可能不适用于其他物种 | 提高体外培养牛胚胎的发育能力和玻璃化效率 | 牛胚胎 | 生殖生物学 | NA | 脂质代谢组学, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 脂质组学数据, 基因表达数据 | 726种已鉴定脂质(26种差异表达),1079个差异表达基因(DEGs) | NA | NA | NA | NA |
7759 | 2025-05-17 |
Deciphering Anticancer Mechanisms of Calycosin in Lung Adenocarcinoma Through Multi-Omics: Targeting SMAD3-Mediated NOTCH Signaling in the Tumor Microenvironment
2025-Apr-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17091455
PMID:40361382
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制,特别是通过靶向SMAD3介导的NOTCH信号通路在肿瘤微环境中的作用 | 首次揭示了毛蕊花素通过靶向SMAD3调控NOTCH信号通路在单核细胞/巨噬细胞中的作用,从而抑制肿瘤生长、侵袭和免疫逃逸 | 研究主要基于体外和计算分析,缺乏体内实验验证 | 探究毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制 | 肺腺癌(LUAD)及其肿瘤微环境 | 肿瘤学 | 肺癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接 | NA | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
7760 | 2025-05-17 |
New Insights and Implications of Cell-Cell Interactions in Developmental Biology
2025-Apr-23, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26093997
PMID:40362237
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综述 | 本文综述了2008年至2023年间与发育生物学相关的细胞间相互作用(CCIs)研究,系统收集和分类了93种分析工具和39个数据库,并通过案例研究展示了其实际应用 | 利用高通量技术如单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)系统解析细胞间调控网络,并构建了全面的数据库和分析框架 | 当前分析框架在空间定位和单细胞分辨率下跨膜状态验证方面存在解释性限制 | 推动发育生物学中细胞间相互作用(CCIs)研究的应用和临床转化 | 细胞间相互作用(CCIs)及其在胚胎发育中的调控网络 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, 空间转录组学(ST) | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |