单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7741	2024-09-30	Single-Cell Transcriptomics Reveals Longevity Immune Remodeling Features Shared by Centenarians and Their Offspring 2022-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204849 PMID:36354175	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代共享的长寿免疫重塑特征	首次通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代在免疫细胞群和功能上的共同特征	样本量较小，可能影响结果的普遍性	探究百岁老人及其后代共享的长寿相关免疫特征	百岁老人、百岁老人的后代及其配偶或邻居的外周血单核细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	共22个样本，包括7个百岁老人、6个百岁老人的后代和9个对照组
7742	2024-09-30	SOTIP is a versatile method for microenvironment modeling with spatial omics data 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34867-5 PMID:36443314	研究论文	本文介绍了一种名为SOTIP的多任务分析方法，用于整合空间组学数据中的微环境及其相互关系，并进行空间异质性量化、空间域识别等下游任务	SOTIP方法创新地将微环境及其相互关系整合到一个统一的图中，能够进行多种下游分析任务，并揭示了空间异质性模式	NA	开发一种能够整合空间组学数据中微环境及其相互关系的多任务分析方法	小鼠大脑皮层和人类三阴性乳腺癌的空间转录组和蛋白质组数据	空间组学	三阴性乳腺癌	空间组学	图模型	空间组学数据	两个独立的小鼠大脑皮层空间转录组数据集和人类三阴性乳腺癌空间蛋白质组数据集
7743	2024-09-30	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal the Immunological Microenvironment of Cervical Squamous Cell Carcinoma 2022-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202203040 PMID:35986392	研究论文	使用单核RNA测序和空间转录组学技术研究宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈鳞状细胞癌中免疫抑制基因的表达模式及特定细胞群的分布特征	研究样本量较小，且仅限于宫颈鳞状细胞癌，结果可能不适用于其他类型的癌症	探讨宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境，为晚期宫颈癌的治疗提供新思路	宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境及癌症相关成纤维细胞的功能	数字病理学	宫颈癌	单核RNA测序（snRNA-seq）和空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）	NA	基因表达数据	少量样本，具体数量未明确提及
7744	2024-09-30	Cell-type modeling in spatial transcriptomics data elucidates spatially variable colocalization and communication between cell-types in mouse brain 2022-01-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2021.09.004 PMID:34626538	研究论文	本文开发了一种神经网络模型STANN，用于空间转录组数据中的细胞类型建模，并揭示了小鼠大脑中细胞类型的空间变异共定位和通信机制	本文提出了STANN模型，解决了单细胞空间转录组数据与单细胞RNA测序数据整合的难题，揭示了小鼠嗅球中细胞类型的空间变异特征	NA	研究单细胞空间转录组数据中的细胞类型建模及其在复杂组织中的应用	小鼠嗅球中的细胞类型及其空间变异特征	生物信息学	NA	单细胞空间转录组技术	神经网络模型	转录组数据	小鼠嗅球样本
7745	2024-09-30	Transcriptional census of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer 2022-Jan-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abi7640 PMID:34985957	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据，研究了八种不同癌症类型中上皮-间质可塑性的转录特征	通过大规模单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内上皮-间质可塑性的表达模式及其多样性	NA	研究上皮-间质可塑性在癌症中的分子特征及其对治疗和免疫逃逸的影响	八种不同癌症类型的266个肿瘤样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	266个肿瘤样本
7746	2024-09-30	Probing transient memory of cellular states using single-cell lineages 2022, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2022.1050516 PMID:36824587	综述	本文综述了利用单细胞谱系研究细胞状态瞬时记忆的最新进展	提出了一种基于波动的方法，通过时间点测量揭示细胞状态转换，特别适用于导致细胞死亡或不可逆生理变化的测量	NA	探讨细胞状态瞬时遗传性的建模方法及其在不同生物系统中的应用	单细胞在不同状态间的动态转换	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7747	2024-09-30	Recent Technical Advances in Accelerating the Clinical Translation of Small Animal Brain Imaging: Hybrid Imaging, Deep Learning, and Transcriptomics 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.771982 PMID:35402436	综述	本文综述了加速小动物脑成像临床转化的最新技术进展，重点介绍了混合成像、深度学习和转录组学	本文介绍了单细胞转录组学和PET示踪剂细胞来源鉴定方法的发展，以及基于深度学习的图像分析技术，以增强成像协议的量化和优化	本文讨论了从小动物脑成像向临床转化过程中存在的几个主要障碍，包括生物物种间的内在差异和成像技术上的挑战	本文旨在总结小动物神经成像领域的最新进展，以提高其临床转化能力	本文主要研究小动物脑成像技术及其临床转化	计算机视觉	NA	混合成像、深度学习、转录组学	深度学习	图像	小动物（如啮齿动物）脑部样本
7748	2024-09-30	[Liuwei Buqi capsule modulates immune function by targeting multiple immune cell subsets in lung tissue of patients with COPD] 2021-Oct-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2021.10.07 PMID:34755664	研究论文	研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者肺组织中免疫细胞亚群的特征，并探讨了六味补气胶囊调节COPD免疫和炎症失衡的机制	首次构建了六味补气胶囊-免疫细胞亚群-靶基因网络，并通过KEGG富集分析确定了关键基因和信号通路	研究主要基于单细胞RNA测序数据和动物模型，缺乏人体临床试验数据	探讨COPD患者肺组织中免疫细胞亚群的特征及六味补气胶囊的免疫调节机制	COPD患者肺组织中的免疫细胞亚群及六味补气胶囊的作用机制	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	COPD患者和健康对照组的肺组织样本，以及COPD大鼠模型
7749	2024-09-30	Maximizing single cell dissociation protocol for individual zebrafish embryo 2024-Dec, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2024.102958 PMID:39329153	研究论文	本文介绍了一种优化的小鱼胚胎单细胞分离协议	提出了针对小鱼胚胎的高质量单细胞悬液分离方法	NA	优化单细胞分离技术，以研究细胞异质性和细胞状态	小鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞测序	NA	细胞	单个小鱼胚胎
7750	2024-09-30	Natural hydrogen gas and engineered microalgae prevent acute lung injury in sepsis 2024-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2024.101247 PMID:39328786	研究论文	研究探讨了天然氢气和工程微藻在预防脓毒症引起的急性肺损伤中的作用	提出了DQB@C作为一种新型生物纳米系统，具有治疗脓毒症相关急性肺损伤的巨大潜力	NA	整合氢气和生物纳米微藻，扩展脓毒症的治疗选择	研究氢气和微藻在预防脓毒症引起的急性肺损伤中的作用	生物医学工程	脓毒症	磷酸蛋白质组学、代谢组学和蛋白质组学分析	NA	蛋白质组学数据	小鼠样本
7751	2024-09-30	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis reveal immune-related biomarkers in postmenopausal osteoporosis 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38022 PMID:39328516	研究论文	研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了绝经后骨质疏松症中的免疫相关生物标志物	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出六个免疫相关差异表达基因（IR-DEGs），并构建了绝经后骨质疏松症的分子亚型和诊断模型	研究主要基于公共数据库中的数据，缺乏临床样本的验证	探讨绝经后骨质疏松症的免疫调节机制和早期诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症患者的外周血单核细胞	生物信息学	骨质疏松症	RNA测序	随机森林（RF）、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）和LASSO回归模型	RNA	训练组使用GSE56815数据集，验证组使用GSE2208数据集，涉及单细胞RNA测序数据分析11个不同的细胞簇
7752	2024-09-30	NOX2 mediates NLRP3/ROS facilitating nasal mucosal epithelial inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38029 PMID:39328569	研究论文	本研究探讨了NOX2在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中通过NLRP3/ROS途径促进鼻黏膜上皮炎症的机制	首次利用单细胞RNA测序数据揭示了NOX2在CRSwNP中通过ROS积累和NLRP3炎症小体激活的关键作用	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨氧化应激在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）鼻黏膜上皮细胞中的机制	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）的鼻黏膜上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	HRA000772数据集中的单细胞RNA测序数据
7753	2024-09-30	Non-thermal atmospheric pressure plasma induces selective cancer cell apoptosis by modulating redox homeostasis 2024-Sep-26, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01810-8 PMID:39327567	研究论文	研究非热等离子体通过调节氧化还原稳态诱导选择性癌细胞凋亡的机制	首次详细探讨了非热等离子体通过调节氧化还原稳态诱导选择性癌细胞凋亡的机制	研究仅限于HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞，未涵盖其他类型的癌细胞	探索非热等离子体诱导选择性细胞死亡的机制及其在癌症治疗中的应用	HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞	NA	NA	非热等离子体处理、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像	HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞
7754	2024-09-30	Beyond the bulk: overview and novel insights into the dynamics of muscle satellite cells during muscle regeneration 2024-Sep-26, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-024-00354-1 PMID:39327631	综述	本文综述了肌肉卫星细胞在肌肉再生过程中的动态变化，并介绍了单细胞技术在研究中的应用	利用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，揭示了肌肉再生过程中肌肉卫星细胞的动态异质性	NA	综述肌肉卫星细胞在肌肉再生中的作用，并探讨单细胞技术带来的新见解	肌肉卫星细胞及其在肌肉再生中的动态变化	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
7755	2024-09-30	Ketamine ameliorates post-traumatic social avoidance by erasing the traumatic memory encoded in VTA-innervated BLA engram cells 2024-Sep-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.06.026 PMID:39032491	研究论文	研究探讨了氯胺酮通过消除中脑腹侧被盖区（VTA）投射到基底外侧杏仁核（BLA）的记忆细胞中的创伤记忆，减轻创伤后社交回避的作用	首次揭示了氯胺酮在记忆再巩固窗口期内通过减少BLA记忆细胞的活性和数量，有效缓解创伤后社交回避，并发现多巴胺D2受体在这一过程中的关键作用	研究仅在急性社会挫败应激（SDS）小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨氯胺酮在创伤后应激障碍（PTSD）治疗中的作用机制	创伤后社交回避及相关的记忆细胞	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
7756	2024-09-30	Single-cell dissection of the human blood-brain barrier and glioma blood-tumor barrier 2024-Sep-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.07.026 PMID:39191260	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术分析了人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征	首次通过单细胞RNA测序构建了人脑血脑屏障的分子图谱，并揭示了胶质母细胞瘤中血脑屏障的异常特征	研究样本仅限于13例手术切除的胶质瘤样本及其邻近的正常脑组织	探究人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征，并研究其在胶质母细胞瘤中的异常变化	人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征	数字病理学	脑肿瘤	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	13例手术切除的胶质瘤样本及其邻近的正常脑组织，共103,230个细胞
7757	2024-09-30	The cell rejuvenation atlas: leveraging network biology to identify master regulators of rejuvenation strategies 2024-Sep-09, Aging DOI:10.18632/aging.206105 PMID:39264584	研究论文	开发了一个细胞再生图谱，利用网络生物学方法识别再生策略的主调控因子	提出了SINGULAR系统，通过单细胞RNA测序和网络生物学方法，系统分析多种再生策略在多个器官中的效果	目前仅限于分析已知的再生策略，未来需要验证和扩展到更多策略	解决当前再生策略效果有限且机制不明的问题，设计更全面的细胞再生策略	多种器官的细胞再生策略及其分子机制	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	网络生物学	基因表达数据	多个器官的单细胞样本
7758	2024-09-30	Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: A single-cell analysis in rhesus macaques 2024-Sep, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012168 PMID:39283947	研究论文	研究了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的单细胞RNA测序分析	首次在急性SIV感染的恒河猴中枢神经系统中进行了单细胞RNA测序，揭示了微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞的不同亚群及其在感染期间的动态变化	样本量较小，仅包括三只感染SIV的恒河猴和三只未感染的对照组	探讨急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的动态变化及其与神经退行性疾病的潜在关联	急性SIV感染的恒河猴中枢神经系统中的微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三只感染SIV的恒河猴和三只未感染的对照组
7759	2024-09-30	Single-cell resolution profiling of the immune microenvironment in primary and metastatic nasopharyngeal carcinoma 2024-Aug-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05900-5 PMID:39158776	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对原发性和转移性鼻咽癌的免疫微环境进行了高分辨率分析	首次在单细胞水平上详细描述了鼻咽癌转移的进化动态及其对肿瘤微环境的影响	NA	研究鼻咽癌转移的进化路径及其免疫微环境的动态变化	原发性和转移性鼻咽癌患者的肿瘤样本及外周血单个核细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	24例原发性鼻咽癌、7例外周血单个核细胞鼻咽癌和7例转移性鼻咽癌患者的样本，共292,298个细胞
7760	2024-09-30	Consensus clustering and development of a risk signature based on trajectory differential genes of cancer-associated fibroblast subpopulations in colorectal cancer 2024-Aug-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05906-z PMID:39120743	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的轨迹差异，并通过共识聚类和机器学习构建了风险特征	首次基于癌症相关成纤维细胞亚群的轨迹差异基因进行共识聚类，并开发了高风险特征签名	研究主要基于批量和单细胞测序数据，未涵盖所有可能的成纤维细胞亚群	探讨癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的作用，并开发新的预后标志物	结直肠癌患者的癌症相关成纤维细胞亚群及其轨迹差异基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	机器学习	基因数据	NA