单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 7721 - 7740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7721 | 2024-09-30 |
KNSTRN Is a Prognostic Biomarker That Is Correlated with Immune Infiltration in Breast Cancer and Promotes Cell Cycle and Proliferation
2024-Oct, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-023-10615-2
PMID:38198023
|
研究论文 | 本研究分析了KNSTRN在乳腺癌中的表达、预后、与免疫浸润的相关性及其调控细胞周期的作用 | 首次揭示了KNSTRN在乳腺癌中的生物学功能及其作为预后标志物的潜力 | 主要依赖于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨KNSTRN在乳腺癌中的表达及其生物学功能 | KNSTRN在乳腺癌中的表达、预后、免疫浸润相关性及细胞周期调控 | NA | 乳腺癌 | 基因集富集分析、单细胞转录组数据分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了The Cancer Genome Atlas、Gene Expression Omnibus、TIMER和The Human Protein Atlas数据库中的数据 |
| 7722 | 2024-09-30 |
Integrated multi-omics analyses reveal the pro-inflammatory and pro-fibrotic pulmonary macrophage subcluster in silicosis
2024-Oct-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116899
PMID:39181076
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了硅肺病中促进炎症和纤维化的肺巨噬细胞亚群 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了硅肺病中Mmp12hi巨噬细胞亚群的异质性和空间定位 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 探讨硅肺病中肺巨噬细胞的表型和功能异质性 | 硅肺病小鼠模型中的肺巨噬细胞 | 数字病理学 | 职业病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、定量聚合酶链反应 | NA | RNA | 硅肺病小鼠模型和患者样本 |
| 7723 | 2024-09-30 |
Single-cell RNA sequencing of estrual mice reveals PM2.5-induced uterine cell heterogeneity and reproductive toxicity
2024-Oct-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116968
PMID:39236655
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了PM2.5暴露对小鼠子宫细胞群和基因表达的影响 | 首次揭示了PM2.5暴露导致子宫细胞异质性和生殖毒性的细胞机制，特别是NK细胞中IL-17信号通路的抑制 | 研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探讨PM2.5暴露对小鼠子宫细胞群和基因表达的影响及其生殖毒性的机制 | 小鼠子宫细胞群和基因表达 | 数字病理学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本，具体数量未在摘要中提及 |
| 7724 | 2024-09-30 |
SpaTopic: A statistical learning framework for exploring tumor spatial architecture from spatially resolved transcriptomic data
2024-Sep-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adp4942
PMID:39331720
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研究论文 | 介绍了一种名为SpaTopic的统计学习框架，用于整合单细胞转录组学和空间转录组学数据，以探索肿瘤微环境的空间结构 | SpaTopic通过主题建模将肿瘤微环境划分为具有一致细胞组织的空间域，提高了空间结构注释的性能，并能准确预测三级淋巴结构和肿瘤边界 | NA | 开发一种新的分析框架，用于探索、比较和解释肿瘤空间转录组学数据 | 肿瘤微环境的空间结构 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 主题建模 | 转录组数据 | 涉及多种肿瘤类型 |
| 7725 | 2024-09-30 |
Single-cell sequencing suggests a conserved function of Hedgehog-signalling in spider eye development
2024-Sep-26, EvoDevo
IF:4.1Q1
DOI:10.1186/s13227-024-00230-6
PMID:39327634
|
研究论文 | 本文通过单细胞测序数据重新分析，揭示了Hedgehog信号通路在蜘蛛眼睛发育中的保守功能 | 本文首次发现Hedgehog信号通路在蜘蛛眼睛发育中的作用，并展示了其在蜘蛛中的保守性 | 本文主要基于已发表的单细胞测序数据进行分析，未进行新的实验验证 | 探讨Hedgehog信号通路在蜘蛛眼睛发育中的作用及其保守性 | 蜘蛛眼睛发育过程中的基因表达调控网络 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个蜘蛛物种的胚胎样本 |
| 7726 | 2024-09-30 |
POU4F3 is a Sensitive and Specific Marker of Merkel Cell Carcinoma
2024-Sep-26, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100627
PMID:39341281
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研究论文 | 研究确定了POU4F3作为Merkel细胞癌的敏感和特异性标记物 | 首次发现POU4F3作为Merkel细胞癌的特异性标记物，并验证了其在区分Merkel细胞癌与其他类似肿瘤中的应用 | 研究样本主要集中在TCGA数据集和其他公开数据集，可能存在数据偏倚 | 寻找和验证Merkel细胞癌的敏感和特异性标记物 | Merkel细胞癌及其类似肿瘤 | 数字病理学 | 皮肤癌 | RNA测序 | NA | RNA | 9264个实体肿瘤和超过600,000个单细胞转录组数据 |
| 7727 | 2024-09-30 |
Single-cell RNA sequencing revealed the roles of macromolecule epidermal growth factor receptor (EGFR) in the hybrid sterility of hermaphroditic Argopecten scallops
2024-Sep-26, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.136062
PMID:39341320
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了巨分子表皮生长因子受体（EGFR）在雌雄同体扇贝杂交不育中的作用 | 首次在杂交扇贝的性腺中进行全面的单细胞RNA测序，揭示了EGFR在杂交不育中的关键作用 | NA | 探讨EGFR在雌雄同体扇贝杂交不育中的遗传机制 | 雌雄同体扇贝的杂交不育性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 雌雄同体扇贝的杂交不育性腺样本 |
| 7728 | 2024-09-30 |
nsDCC: dual-level contrastive clustering with nonuniform sampling for scRNA-seq data analysis
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae477
PMID:39327063
|
研究论文 | 提出了一种名为nsDCC的双层对比聚类方法，结合非均匀采样技术用于单细胞RNA测序数据分析 | 引入双层对比聚类方法，结合实例级和聚类级对比，同时优化降维和聚类任务，并通过非均匀采样和注意力机制增强模型性能 | NA | 开发一种新的方法来优化单细胞RNA测序数据的降维和聚类任务 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 对比学习 | 对比聚类模型 | RNA测序数据 | 涉及真实和模拟的单细胞RNA测序数据集 |
| 7729 | 2024-09-30 |
Identification of Hypoxia-ALCAMhigh Macrophage- Exhausted T Cell Axis in Tumor Microenvironment Remodeling for Immunotherapy Resistance
2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309885
PMID:38956900
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研究论文 | 研究通过整合bulk、单细胞和空间转录组学数据，揭示了肿瘤微环境中缺氧与免疫逃逸的关系，并发现了一个由恶性细胞、ALCAM巨噬细胞和耗竭的CD8 T细胞组成的缺氧相关细胞间通讯枢纽 | 首次揭示了缺氧通过ALCAM巨噬细胞-耗竭T细胞轴影响免疫治疗抵抗的机制，并提出了通过抑制HIF-1ɑ来增强免疫治疗效果的新策略 | 研究主要基于预临床数据，需要在临床试验中进一步验证 | 揭示肿瘤微环境中缺氧与免疫逃逸的关系，并探索克服缺氧引起的免疫治疗抵抗的新策略 | 肿瘤微环境中的缺氧、ALCAM巨噬细胞和耗竭的CD8 T细胞 | 数字病理学 | 癌症 | bulk、单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7730 | 2024-09-30 |
Innate immune responses against mRNA vaccine promote cellular immunity through IFN-β at the injection site
2024-Aug-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51411-9
PMID:39191748
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研究论文 | 研究了mRNA疫苗注射部位的免疫反应，特别是通过IFN-β促进细胞免疫的过程 | 首次详细描述了mRNA疫苗注射部位的免疫反应机制，特别是注射部位成纤维细胞对mRNA的响应以及IFN-β信号在增强抗原特异性细胞免疫反应中的作用 | 研究仅限于BALB/c雌性小鼠模型，可能无法完全代表所有人群的免疫反应 | 探讨mRNA疫苗注射部位的免疫反应机制，特别是IFN-β在促进细胞免疫中的作用 | mRNA疫苗注射部位的免疫反应，特别是成纤维细胞和树突状细胞的响应 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | BALB/c雌性小鼠 |
| 7731 | 2024-09-30 |
Hormonal gatekeeping via the blood-brain barrier governs caste-specific behavior in ants
2023-09-28, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.08.002
PMID:37683635
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研究论文 | 揭示血脑屏障在调节蚂蚁复杂社会行为中的新作用 | 发现血脑屏障中的关键激素降解酶——保幼激素酯酶（Jhe）在调节蚂蚁社会行为中的作用 | 研究主要集中在蚂蚁和果蝇，未涉及其他物种 | 探讨血脑屏障在调节蚂蚁社会行为中的作用 | 蚂蚁和果蝇的血脑屏障及保幼激素酯酶 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 蚂蚁和果蝇的样本 |
| 7732 | 2024-09-30 |
Reliable Identification and Interpretation of Single-Cell Molecular Heterogeneity and Transcriptional Regulation using Dynamic Ensemble Pruning
2023-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205442
PMID:37290050
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研究论文 | 提出了一种动态集成剪枝框架（DEPF）用于识别和解释单细胞分子异质性和转录调控 | 开发了基于轮廓系数的指示器来确定双目标函数的优化方向，并设计了双目标果蝇优化算法来动态剪枝低质量的基本聚类 | NA | 解决无监督聚类模型中目标函数优化方向与最终聚类标签不一致的问题 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 自编码器 | 基因表达数据 | 28个真实scRNA-seq数据集和一个大型真实scRNA-seq数据集 |
| 7733 | 2024-09-30 |
MAPK inhibitor sensitivity scores predict sensitivity driven by the immune infiltration in pediatric low-grade gliomas
2023-07-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40235-8
PMID:37500667
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研究论文 | 本文研究了MAPK抑制剂敏感性评分在预测儿童低级别胶质瘤免疫浸润驱动敏感性中的作用 | 通过单样本基因集富集分析计算MAPKi敏感性评分，并发现其与免疫细胞浸润和治疗反应相关 | 需要在前瞻性临床试验中验证这些评分 | 开发更复杂的生物标志物以识别可能从MAPK抑制剂治疗中受益的儿童低级别胶质瘤患者 | 儿童低级别胶质瘤及其对MAPK抑制剂的反应 | NA | 儿童低级别胶质瘤 | 单样本基因集富集分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了GDSC数据集和独立的PDX数据集 |
| 7734 | 2024-09-30 |
Liver in infections: a single-cell and spatial transcriptomics perspective
2023-Jul-10, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-023-00945-z
PMID:37430371
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综述 | 本文综述了高吞吐量单细胞技术的发展及其在理解肝脏在感染中的功能方面的应用 | 本文重新定义了我们对肝脏在感染中的功能的理解，并揭示了以前未知的致病途径和疾病机制 | NA | 总结新兴高吞吐量单细胞技术的发展，并重新定义我们对肝脏在感染中的功能的理解 | 肝脏在感染中的功能，包括乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、疟原虫、血吸虫病、内毒素血症和新冠病毒病2019 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7735 | 2024-09-30 |
Spatial Transcriptomics: Technical Aspects of Recent Developments and Their Applications in Neuroscience and Cancer Research
2023-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202206939
PMID:37026425
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综述 | 本文综述了空间转录组学的最新进展及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 空间转录组学从传统生物学研究转向“原位”生物学，提供了转录组规模的空间信息 | NA | 探讨空间转录组学的技术进展及其在生物医学领域的应用 | 空间转录组学技术及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7736 | 2024-09-30 |
Identification of potential resistance mechanisms and therapeutic targets for the relapse of BCMA CAR-T therapy in relapsed/refractory multiple myeloma through single-cell sequencing
2023-May-08, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00402-5
PMID:37158921
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了BCMA CAR-T治疗后复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境，识别潜在的耐药机制和治疗靶点 | 本研究首次通过单细胞RNA测序深入分析了BCMA CAR-T治疗后复发的耐药机制，并探索了新的治疗靶点 | 研究结果需要进一步的实验验证 | 深入分析BCMA CAR-T治疗后复发的耐药机制，并探索新的治疗靶点 | 复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA数据 | 复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓CD45+细胞 |
| 7737 | 2024-09-30 |
Novel Human Meningioma Organoids Recapitulate the Aggressiveness of the Initiating Cell Subpopulations Identified by ScRNA-Seq
2023-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205525
PMID:36994665
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术识别出高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群，并通过建立患者来源的脑膜瘤类器官模型，验证了该亚群的侵袭性，并发现了一种潜在的治疗药物 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群，并建立了患者来源的脑膜瘤类器官模型来验证其侵袭性 | NA | 揭示高级别脑膜瘤恶性进展和复发的机制，并寻找新的治疗靶点 | 高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群及其在肿瘤进展和复发中的作用 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 7738 | 2024-09-30 |
Enabling Single-Cell Drug Response Annotations from Bulk RNA-Seq Using SCAD
2023-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204113
PMID:36762572
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研究论文 | 本文提出了一种转移学习模型，利用批量RNA测序数据推断单细胞水平的药物敏感性 | 本文首次提出了一种转移学习模型，通过学习大量公共数据集中的细胞系群体转录组谱和药物基因组信息，推断单细胞水平的药物疗效 | 本文的局限性在于依赖于预临床细胞系数据，可能无法完全反映临床实际情况 | 研究目的是通过单细胞水平的药物敏感性推断，理解抗癌反应异质性和药物抗性的机制 | 研究对象是单细胞和批量RNA测序数据中的药物敏感性 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | 转移学习模型 | 基因表达数据 | 大量公共数据集中的细胞系群体 |
| 7739 | 2024-09-30 |
Complex Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Data
2023-Feb, Biochemistry. Biokhimiia
DOI:10.1134/S0006297923020074
PMID:37072324
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的不同方法，讨论了生物信息学工具的优缺点，并提供了成功应用的示例和改进建议 | 强调了创建新的多组学协议以更全面地理解单个细胞的必要性 | 讨论了现有生物信息学工具的优缺点 | 探讨单细胞RNA测序数据分析的方法及其在临床和研究中的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在疾病分子机制分析中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7740 | 2024-09-30 |
A marker gene-based method for identifying the cell-type of origin from single-cell RNA sequencing data
2023, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2023.102196
PMID:37424758
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研究论文 | 本文介绍了一种基于标记基因的单细胞RNA测序数据细胞类型识别方法Sargent | Sargent是一种无需转换和聚类的单细胞注释算法，能够快速准确地识别细胞类型起源，并保留了基于聚类的手动注释的灵活性和生物可解释性 | NA | 开发一种能够快速准确识别单细胞RNA测序数据中细胞类型起源的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据和来自人体器官（如PBMC、心脏、肾脏和肺）的单细胞RNA测序数据 |