单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7701	2024-10-04	Identification and validation of ferroptosis-related biomarkers in intervertebral disc degeneration 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1416345 PMID:39351146	研究论文	本研究通过分析公共数据集和FerrDb数据库，鉴定并验证了与椎间盘退变相关的铁死亡相关生物标志物	本研究首次系统地鉴定了与椎间盘退变相关的铁死亡相关基因，并验证了其在疾病进展中的表达模式和潜在的免疫调节功能	本研究的样本量较小，且仅限于特定的公共数据集和数据库，未来需要更大规模和多样化的样本进行验证	揭示椎间盘退变中铁死亡的关键基因及其分子机制，为疾病的诊断和治疗提供新的靶点	椎间盘退变中的铁死亡相关基因及其在疾病进展中的表达和功能	生物信息学	骨科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床样本和鼠模型
7702	2024-10-04	Differential modulation of mutant CALR and JAK2 V617F-driven oncogenesis by HLA genotype in myeloproliferative neoplasms 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1427810 PMID:39351227	研究论文	研究HLA基因型对CALR突变和JAK2 V617F驱动的骨髓增殖性肿瘤（MPN）中癌症发生的影响	首次探讨了HLA基因型在CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN中的潜在作用，并发现HLA基因型对这两种突变驱动的癌症发生有不同的限制作用	研究样本量相对较小，且仅限于特定类型的MPN患者	探讨HLA基因型在CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN中的潜在作用	CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN患者	NA	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因型数据	42名CALR突变阳性患者，158名JAK2 V617F阳性患者，1083名健康对照
7703	2024-10-04	From single-cell to spatial transcriptomics: decoding the glioma stem cell niche and its clinical implications 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1475235 PMID:39355251	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，解析了胶质瘤干细胞微环境及其临床意义	首次全面描述了胶质瘤干细胞及其与髓源抑制细胞的相互作用，并开发了一种新的预后标志物GSCS	NA	识别和表征胶质瘤干细胞，分析其与其他细胞类型的相互作用，并开发预后标志物	胶质瘤干细胞及其微环境中的细胞类型	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因调控网络分析、CellChat分析	机器学习算法	RNA测序数据	44个原发性胶质瘤样本
7704	2024-10-04	Machine learning-based identification of an immunotherapy-related signature to enhance outcomes and immunotherapy responses in melanoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1451103 PMID:39355255	研究论文	本文开发了一种基于机器学习的免疫治疗相关基因模型（ITRGM）签名，用于预测黑色素瘤患者的免疫治疗反应和预后	本文通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和多种机器学习算法，识别出66个共识免疫治疗预后基因（CITPGs），并构建了ITRGM签名，该签名在多个黑色素瘤队列中表现优于已发表的37个签名	NA	开发一种稳定的、强健的预测模型，用于将黑色素瘤患者分为'免疫热'和'免疫冷'肿瘤，以增强免疫治疗的效果和预后	黑色素瘤患者的免疫治疗反应和预后	机器学习	黑色素瘤	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、共识聚类、机器学习算法	机器学习模型	RNA测序数据、病理切片	包括两个黑色素瘤队列、三个额外黑色素瘤队列、TCGA-SKCM队列以及八个其他癌症队列
7705	2024-10-04	Analyses of single-cell and bulk RNA sequencing combined with machine learning reveal the expression patterns of disrupted mitophagy in schizophrenia 2024, Frontiers in psychiatry IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fpsyt.2024.1429437 PMID:39355378	研究论文	研究通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习，揭示了精神分裂症中受损线粒体自噬的表达模式	发现了与精神分裂症发病相关的线粒体自噬特征基因，并构建了诊断模型	NA	探讨线粒体自噬与精神分裂症之间的关系，并开发新的诊断和治疗方法	精神分裂症患者的外周血和脑类器官的单细胞RNA测序数据	机器学习	精神分裂症	RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据	精神分裂症患者和健康对照的外周血和脑类器官样本
7706	2024-10-04	Population-level single-cell genomics reveals conserved gene programs in systemic juvenile idiopathic arthritis 2023-11-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI166741 PMID:37733441	研究论文	研究通过单细胞基因组学揭示了系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序	引入了两个新的计算框架UDON和SATAY-UDON，用于定义患者亚型及其相关生物标志物或临床特征，并发现了新的补体和干扰素激活程序	NA	揭示系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序	系统性幼年特发性关节炎患者的外周血单核细胞	基因组学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过1,000名健康捐赠者和系统性幼年特发性关节炎患者的样本
7707	2024-10-04	IL-17 Signaling in Primary Sclerosing Cholangitis Patient-Derived Organoids 2023-Oct-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3406046/v1 PMID:37886596	研究论文	研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎患者来源的类器官中的作用	首次直接评估了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎胆管细胞中的作用	未发现IL-17通路相关基因的罕见变异，但发现了MAPK信号通路的罕见变异	探讨原发性硬化性胆管炎外周胆管细胞类器官对IL-17A刺激的反应	原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学、分泌组分析、基因组测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官
7708	2024-10-04	Single-Nucleus Transcriptome Profiling of Dorsolateral Prefrontal Cortex: Mechanistic Roles for Neuronal Gene Expression, Including the 17q21.31 Locus, in PTSD Stress Response 2023-10-01, The American journal of psychiatry DOI:10.1176/appi.ajp.20220478 PMID:37491937	研究论文	本研究首次使用单核RNA测序技术分析了创伤后应激障碍（PTSD）和重度抑郁症（MDD）患者背外侧前额叶皮质（DLPFC）的基因表达，揭示了细胞类型特异性的转录组病理机制	首次使用单核RNA测序技术在PTSD和MDD患者死后脑组织中进行研究，揭示了细胞类型特异性的基因表达差异	样本量相对较小，且仅限于死后脑组织样本	探讨PTSD和MDD患者背外侧前额叶皮质的细胞类型特异性基因表达机制	PTSD和MDD患者的背外侧前额叶皮质	数字病理学	精神疾病	单核RNA测序	NA	基因表达数据	32个DLPFC样本，包括11个PTSD患者、10个MDD患者和11个对照组，约415,000个细胞核
7709	2024-10-04	Molecular insights using spatial transcriptomics of the distal lung in congenital diaphragmatic hernia 2023-10-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00154.2023 PMID:37605849	研究论文	研究使用空间转录组学技术分析先天性膈疝（CDH）远端肺组织的转录组特征	首次在CDH患者中应用空间转录组学技术，识别不同肺细胞亚群在CDH病理生理中的作用，并强调性别特异性差异	NA	探讨先天性膈疝（CDH）远端肺组织与正常肺组织在转录组水平上的差异	先天性膈疝（CDH）和正常新生儿的远端肺组织	数字病理学	先天性疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	男性和女性CDH及正常新生儿的肺组织样本
7710	2024-10-04	Identification of de novo Mutations in the Chinese Autism Spectrum Disorder Cohort via Whole-Exome Sequencing Unveils Brain Regions Implicated in Autism 2023-Oct, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-023-01037-6 PMID:36881370	研究论文	通过全外显子测序在中国自闭症谱系障碍队列中识别新生突变，揭示与自闭症相关的大脑区域	结合全基因组筛查、单细胞测序和脑成像数据的综合分析，揭示了与自闭症病因相关的大脑区域	东亚自闭症队列在全基因组遗传研究中仍代表性不足	识别中国自闭症谱系障碍队列中的新生突变，并研究其与大脑区域的关系	369个中国自闭症三联体（包括患者及其未受影响的父母）	基因组学	自闭症谱系障碍	全外显子测序	NA	基因组数据、单细胞测序数据、脑成像数据	369个自闭症三联体
7711	2024-10-04	Transcriptomic Profiling Identifies Ferroptosis-Related Gene Signatures in Ischemic Muscle Satellite Cells Affected by Peripheral Artery Disease-Brief Report 2023-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319518 PMID:37675635	研究论文	研究通过转录组分析识别出外周动脉疾病影响下的缺血肌肉卫星细胞中与铁死亡相关的基因特征	首次发现铁死亡相关基因在外周动脉疾病影响的人类骨骼肌中差异表达	样本量较小，仅基于8个捐赠者的样本	探讨外周动脉疾病对肌肉卫星细胞转录组的影响，识别与肌肉病变相关的损伤途径	外周动脉疾病患者的肌肉卫星细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8个捐赠者的25000多个细胞
7712	2024-10-04	Transforming Growth Factor-β Blockade in Pancreatic Cancer Enhances Sensitivity to Combination Chemotherapy 2023-10, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2023.05.038 PMID:37263309	研究论文	研究探讨了在胰腺癌中阻断TGFβ与化疗联合使用的效果	首次证明了TGFβ阻断在胰腺癌模型中增强化疗敏感性的作用，并提供了在临床环境中评估NIS793与FOLFIRINOX或吉西他滨/纳米颗粒（白蛋白结合）紫杉醇联合化疗的理论基础	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究TGFβ阻断在胰腺癌中与化疗联合使用的效果	胰腺癌细胞及其微环境	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序和免疫荧光	NA	RNA序列和免疫荧光图像	使用了正位胰腺癌模型中的小鼠样本
7713	2024-10-04	Divergent Actions of Renal Tubular and Endothelial Type 1 IL-1 Receptor Signaling in Toxin-Induced AKI 2023-10-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000191 PMID:37545036	研究论文	研究IL-1受体1在肾小管和内皮细胞中的不同信号传导对毒素诱导的急性肾损伤的影响	发现IL-1R1在肾小管和内皮细胞中的激活对急性肾损伤有相反的影响，肾小管中的激活加剧损伤，而内皮细胞中的激活减轻损伤	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证结果	探讨IL-1R1在不同肾脏细胞类型中的信号传导对急性肾损伤的影响	IL-1R1在肾小管和内皮细胞中的信号传导	NA	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的肾脏组织样本
7714	2024-10-04	Single-cell analysis of dorsal root ganglia reveals metalloproteinase signaling in satellite glial cells and pain 2023-10, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.08.005 PMID:37557960	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析背根神经节中的卫星胶质细胞，揭示了金属蛋白酶信号在疼痛中的作用	首次揭示了卫星胶质细胞中金属蛋白酶信号通路在处理躯体感觉刺激中的作用，并发现了一种潜在的疼痛治疗方法	研究主要集中在体外实验和细胞水平，尚未在动物模型或人体中验证	探讨卫星胶质细胞在疼痛中的作用及其分子机制	背根神经节中的卫星胶质细胞和感觉神经元	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	多个卫星胶质细胞样本
7715	2024-10-04	Tumor-associated macrophages trigger MAIT cell dysfunction at the HCC invasive margin 2023-08-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.07.026 PMID:37595566	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和CODEX成像技术，研究了肝细胞癌（HCC）中黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的功能障碍及其与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的相互作用	首次揭示了肿瘤相关巨噬细胞通过CSF1RPD-L1信号通路诱导MAIT细胞功能障碍，并提出了通过aPD-1/aPD-L1疗法靶向治疗HCC患者中MAIT细胞的可能性	NA	探讨MAIT细胞在肝细胞癌中的功能及其与肿瘤微环境的关系	肝细胞癌（HCC）患者样本中的MAIT细胞及其与肿瘤相关巨噬细胞的相互作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、CODEX成像	机器学习	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、图像数据	配对的HCC患者样本及小鼠模型
7716	2024-10-04	A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breast 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06252-9 PMID:37380767	研究论文	构建了成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率的全面细胞图谱	首次构建了成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率的全面细胞图谱，揭示了丰富的血管周围、内皮和免疫细胞群以及高度多样的腔上皮细胞状态	NA	研究成人正常乳腺组织的细胞组成和空间分布，为乳腺生物学和疾病研究提供参考	成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率细胞图谱	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	714,331个细胞来自126名女性，117,346个细胞核来自20名女性
7717	2024-10-04	Transcriptional programming of CD4+ TRM differentiation in viral infection balances effector- and memory-associated gene expression 2023-05-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq7486 PMID:37172104	研究论文	研究了在病毒感染后，CD4+ T细胞在小肠中的表型、功能和转录特征，揭示了其与循环T1细胞的共同基因表达程序和染色质可及性特征	首次揭示了CD4+ T细胞在病毒感染后形成的早期T细胞与T1效应细胞之间的发育关系，并比较了CD4+ T细胞与CD8+ T细胞的差异	NA	探讨CD4+ T细胞在病毒感染后的分化和转录调控机制	CD4+ T细胞在小肠中的表型、功能和转录特征	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7718	2024-10-04	A human liver organoid screening platform for DILI risk prediction 2023-05, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.01.019 PMID:36738840	研究论文	本研究评估了人肝类器官（HLOs）在药物性肝损伤（DILI）风险预测中的应用，并将其应用于高吞吐量筛选和芯片系统	开发了基于人肝类器官的高吞吐量筛选平台和芯片系统，用于预测药物性肝损伤风险，并展示了其在临床前药物筛选中的潜力	NA	开发和评估用于药物性肝损伤风险预测的新型体外模型	人肝类器官（HLOs）及其在药物性肝损伤风险预测中的应用	数字病理学	药物性肝损伤	单细胞转录组学	NA	生物化学数据	三个独立的诱导多能干细胞（iPSC）系
7719	2024-10-04	An optimized approach for multiplexing single-nuclear ATAC-seq using oligonucleotide-conjugated antibodies 2023-04-28, Epigenetics & chromatin IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s13072-023-00486-7 PMID:37118773	研究论文	本文介绍了一种使用寡核苷酸偶联抗体进行单核ATAC-seq多重分析的优化方法	开发了一种简单的核哈希方法NuHash，使用寡核苷酸偶联抗体识别核孔复合体蛋白，用于snATAC-seq文库制备的多重分析	NA	研究单细胞分辨率下转录和染色质结构的分析技术	人类和鼠类细胞样本的snATAC-seq分析	基因组学	NA	单核ATAC-seq (snATAC-seq)	NA	基因组数据	9144个核（2-plex）和12,208个核（4-plex）
7720	2024-10-04	Resident macrophage subpopulations occupy distinct microenvironments in the kidney 2022-10-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.161078 PMID:36066976	研究论文	研究了肾脏中常驻巨噬细胞亚群在不同微环境中的分布及其在急性肾损伤后的变化	首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像技术，揭示了肾脏常驻巨噬细胞的7个不同亚群及其在急性肾损伤后的动态变化	研究仅限于急性肾损伤后的短期观察，未探讨长期影响及潜在机制	探讨肾脏常驻巨噬细胞在不同微环境中的功能异质性及其在急性肾损伤后的变化	肾脏常驻巨噬细胞及其在急性肾损伤后的动态变化	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫荧光成像	NA	基因表达数据	NA