单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27747 篇文献，本页显示第 7681 - 7700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7681 | 2024-10-16 |
Acute ischemia induces spatially and transcriptionally distinct microglial subclusters
2023-12-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01257-5
PMID:38082331
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研究论文 | 研究急性缺血诱导的微胶质亚群及其转录特征 | 发现了与中风相关的微胶质亚群，并定义了它们的空间分布和功能特征 | NA | 探讨中风后微胶质细胞的异质性及其机制 | 中风后小鼠大脑中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、RNAscope、免疫荧光、基因集变异分析（GSVA）、上游调控分析（IPA）、RT-qPCR、shRNA介导的敲低、靶向代谢组学 | NA | 转录组数据 | MCAO小鼠的三个时间点样本 |
| 7682 | 2024-10-16 |
Dynamic profiling of immune microenvironment during anti-PD-1 immunotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: the IPRICE study
2023-Dec-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11672-x
PMID:38066522
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研究论文 | 研究旨在通过动态分析免疫微环境，识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 采用多学科方法，包括空间转录组学和单细胞RNA测序，以深入了解免疫疗法的抗性和反应机制 | 研究为单中心、前瞻性、非随机、开放标签的干预性临床试验，样本量有限 | 识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 54名接受PD-1免疫疗法的头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、医学影像 | 54名复发/转移性头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 7683 | 2024-10-16 |
Quartets enable statistically consistent estimation of cell lineage trees under an unbiased error and missingness model
2023-Dec-01, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-023-00248-w
PMID:38041123
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研究论文 | 研究了在肿瘤细胞进化历史重建中，基于四元组（quartets）的方法在面对无偏误差和缺失数据模型时的统计一致性 | 提出了基于四元组的方法，证明了其在高度未解析的模型树和定义为假阴性分支数量的误差情况下的统计一致性 | 文章主要集中在理论分析，未详细讨论实际应用中的具体实施和效果 | 研究肿瘤进化历史的重建方法，特别是在面对单细胞测序数据中的稀疏性和错误时的有效性 | 肿瘤细胞的进化树重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 四元组（quartets） | 分子序列 | 四细胞 |
| 7684 | 2024-10-16 |
Single-Cell Profiling of Premature Neonate Airways Reveals a Continuum of Myeloid Differentiation
2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0293OC
PMID:37643399
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术分析极早产新生儿气道中的细胞类型，揭示了髓系分化的连续性 | 首次在极早产新生儿气道中进行单细胞RNA测序，识别出髓系细胞的不同分化轨迹 | 研究样本量较小，仅限于极早产新生儿，且依赖于临床干预的采样方法 | 探索单细胞RNA测序在极早产新生儿气道细胞类型分析中的应用 | 极早产新生儿气道中的细胞类型及其髓系分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10名极早产新生儿 |
| 7685 | 2024-10-16 |
A SELECTIVE REVIEW OF RECENT DEVELOPMENTS IN SPATIALLY VARIABLE GENE DETECTION FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS
2023-Nov-23, ArXiv
PMID:38045476
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综述 | 本文综述了近年来在空间转录组学中检测空间变异基因（SVG）的最新进展 | 本文总结了多种新方法和创新概念，用于检测空间变异基因 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中空间变异基因检测的重要性 | 空间变异基因（SVG） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7686 | 2024-10-16 |
Latent feature extraction with a prior-based self-attention framework for spatial transcriptomics
2023-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277891.123
PMID:37903634
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研究论文 | 本文提出了一种基于先验的自注意力框架PAST，用于空间转录组学中的潜在特征提取 | PAST是首个集成参考数据分析空间转录组数据的方法，通过贝叶斯神经网络整合先验信息，自注意力机制捕捉空间模式，并采用涟漪行走采样策略实现可扩展应用 | NA | 开发一种有效的方法来表征空间转录组数据中的空间域，以促进下游分析和生物学解释 | 空间转录组数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 贝叶斯神经网络 | 变分图卷积自编码器 | 转录组数据 | 多个技术生成的数据集 |
| 7687 | 2024-10-16 |
Mapping oto-pharyngeal development in a human inner ear organoid model
2023-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201871
PMID:37796037
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研究论文 | 研究使用人类内耳类器官模型绘制耳咽发育的时间线 | 开发了一种使用多能干细胞的三维培养模型，用于研究人类内耳发育，并建立了内耳类器官发育图谱（IODA） | 研究中仍有许多细胞类型未被定义，且类器官模型与体内发育存在潜在差异 | 旨在绘制内耳类器官的体外发育时间线，以理解其发育机制 | 人类内耳类器官的发育过程及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在分化过程的前36天内，对10个阶段的样本进行了单细胞RNA测序 |
| 7688 | 2024-10-16 |
Transcript accumulation rates in the early Caenorhabditis elegans embryo
2023-08-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi1270
PMID:37611097
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研究论文 | 本文研究了早期秀丽隐杆线虫胚胎中转录积累速率 | 首次在全基因组范围内测量了早期胚胎中单细胞分辨率的转录积累速率，并识别了与高转录速率相关的核心启动子元件 | 研究仅限于早期胚胎阶段，且未涵盖所有发育基因 | 估计早期胚胎中合子mRNA的积累速率，并理解转录动力学如何驱动发育决策 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎中的转录积累速率 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序和单分子转录成像 | NA | RNA序列数据 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎的单细胞样本 |
| 7689 | 2024-10-16 |
Impaired PPARγ activation by cadmium exacerbates infection-induced lung injury
2023-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166608
PMID:36928191
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研究论文 | 研究揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ激活的抑制作用，加剧了感染诱导的肺损伤 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ基因表达的影响，并发现ERK激活介导的PPARγ降解加剧了肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨环境重金属暴露与肺部疾病之间的关系，特别是感染诱导的肺损伤 | 肺部巨噬细胞、PPARγ基因、ERK激活 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类样本 |
| 7690 | 2024-10-16 |
Bacterial droplet-based single-cell RNA-seq reveals antibiotic-associated heterogeneous cellular states
2023-02-16, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.01.002
PMID:36708705
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研究论文 | 介绍了一种名为BacDrop的高可扩展性细菌单细胞RNA测序技术，用于研究抗生素压力下的细胞异质性 | BacDrop技术克服了细菌单细胞RNA测序的许多挑战，能够处理数千到数百万个细胞，并揭示了抗生素压力下的细胞异质性 | NA | 研究细菌在抗生素压力下的细胞异质性 | 肺炎克雷伯菌临床分离株及其对抗生素压力的异质性反应 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千到数百万个细菌细胞 |
| 7691 | 2024-10-16 |
Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer's disease
2022-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35233-1
PMID:36463283
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研究论文 | 本文提出了一种基于图的自编码器框架，用于整合空间转录组数据与染色质图像数据，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 本文创新性地提出了STACI框架，能够整合多种空间数据模态，并实现对未见组织切片的空间转录组数据的预测 | NA | 研究目的是开发一种能够整合空间转录组数据与染色质图像数据的计算框架，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 研究对象是阿尔茨海默病的空间转录组数据和染色质图像数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组技术 | 图自编码器 | 图像和基因表达数据 | NA |
| 7692 | 2024-10-16 |
Spatially Resolved Transcriptomic Analysis of Acute Kidney Injury in a Female Murine Model
2022-02, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021081150
PMID:34853151
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研究论文 | 研究优化并验证了一种雌性小鼠双侧缺血-再灌注损伤模型，并使用10× Genomics Visium空间基因表达解决方案生成空间基因表达图谱，应用Giotto和SPOTlight工具分析细胞间相互作用动态 | 首次在雌性小鼠模型中进行空间分辨的转录组分析，揭示了急性肾损伤后的细胞间相互作用动态和区域特异性基因表达模式 | 研究仅限于雌性小鼠模型，未涵盖其他性别和物种 | 研究急性肾损伤后的空间基因表达模式和细胞间相互作用动态 | 雌性小鼠急性肾损伤模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 16,856个独特基因 |
| 7693 | 2024-10-16 |
Multi-domain translation between single-cell imaging and sequencing data using autoencoders
2021-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20249-2
PMID:33397893
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研究论文 | 本文提出了一种使用自编码器在单细胞成像和测序数据之间进行多领域翻译的方法 | 本文的创新点在于通过学习不同数据模态之间的概率耦合，使用自编码器将它们映射到一个共享的潜在空间，从而实现成像和测序数据的整合 | NA | 研究目的是整合不同数据模态，以研究细胞异质性及其功能 | 研究对象是单细胞RNA测序数据和染色质图像 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 自编码器 | 图像和文本 | 涉及人类初始CD4+ T细胞的多个亚群 |
| 7694 | 2024-10-16 |
Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution
2019-03-29, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaw1219
PMID:30923225
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Slide-seq的技术，用于在空间高分辨率下测量基因组范围内的基因表达 | Slide-seq技术通过将RNA从组织切片转移到覆盖有DNA条形码珠子的表面上，实现了高吞吐量、基因组范围的基因表达读取，并能推断RNA的位置 | NA | 开发一种能够在高空间分辨率下测量基因组范围内基因表达的技术 | 小鼠小脑和海马体的细胞类型及其在创伤性脑损伤模型中的细胞类型特异性反应 | 基因组学 | NA | Slide-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠小脑和海马体的组织切片 |
| 7695 | 2024-10-15 |
Hepatic stellate cells promote hepatocellular carcinoma development by regulating histone lactylation: Novel insights from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics analyses
2024-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217243
PMID:39260669
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研究论文 | 本研究评估了肝细胞癌（HCC）的细胞异质性和分子机制，通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析揭示了肝星状细胞（HSC）在HCC发展中的关键作用 | 首次揭示了肝星状细胞通过调节组蛋白乳酸化在肝细胞癌发展中的重要作用 | NA | 评估肝细胞癌的细胞异质性和分子机制 | 肝星状细胞和肝细胞癌细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学分析 | NA | RNA测序数据 | 从公共数据库收集的数据 |
| 7696 | 2024-10-15 |
Identification of SPP1+ macrophages in promoting cancer stemness via vitronectin and CCL15 signals crosstalk in liver cancer
2024-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217199
PMID:39216547
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研究论文 | 研究分析了肝癌患者的单细胞RNA测序数据，发现SPP1+巨噬细胞通过vitronectin和CCL15信号的交叉对话促进肝癌干细胞特性 | 首次揭示了SPP1+巨噬细胞通过vitronectin依赖的旁分泌机制上调肿瘤干细胞特性，并建立了巨噬细胞与肿瘤干细胞之间的正反馈回路 | 研究样本仅限于12名肝癌患者，可能影响结果的普适性 | 探讨巨噬细胞在肝癌进展中的作用机制，为肝癌治疗提供新思路 | 肝癌患者的单细胞RNA测序数据，SPP1+巨噬细胞及其与肝癌干细胞的关系 | NA | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 12名肝癌患者 |
| 7697 | 2024-10-15 |
Network Medicine Approach Unravels Endophenotype Signature in Alzheimer's Disease through Large-Scale Comparative Proteomics Analysis: Vascular Dysfunction as a Prime Example
2024-Oct-14, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.4c01344
PMID:39322987
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研究论文 | 研究通过大规模比较蛋白质组学分析，揭示了阿尔茨海默病中的内表型特征，特别是血管功能障碍 | 提出了基于网络的框架来识别阿尔茨海默病病理内表型的蛋白质特征，并发现了新的生物标志物候选者 | NA | 揭示阿尔茨海默病中的内表型特征 | 阿尔茨海默病患者的蛋白质特征 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 蛋白质组学分析 | NA | 蛋白质数据 | 23个蛋白质数据集，包括阿尔茨海默病患者和转基因小鼠模型 |
| 7698 | 2024-10-15 |
Investigating PPT2's role in ovarian cancer prognosis and immunotherapy outcomes
2024-Oct-11, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-024-01527-9
PMID:39394143
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研究论文 | 研究探讨了PPT2基因在卵巢癌预后和免疫治疗结果中的作用 | 首次系统研究了PPT2基因在卵巢癌中的表达与预后、免疫浸润及分子机制的关系 | 需要进一步研究PPT2与免疫治疗效果在卵巢癌患者中的关系 | 确定PPT2表达与卵巢癌预后、免疫浸润及潜在分子机制的关联 | PPT2基因在卵巢癌中的表达及其对预后和免疫治疗结果的影响 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用了来自TCGA、GTEx和GEO数据库的RNA-seq和临床数据，以及内部数据集 |
| 7699 | 2024-10-15 |
Immunometabolic changes and potential biomarkers in CFS peripheral immune cells revealed by single-cell RNA sequencing
2024-Oct-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05710-w
PMID:39394558
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了慢性疲劳综合征患者外周血单核细胞的免疫代谢变化，并发现了潜在的生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性疲劳综合征患者外周血单核细胞的免疫代谢变化，并识别出ESRRA-APP-CD74信号通路作为潜在的生物标志物 | 样本量较小且仅评估了外周血 | 探讨慢性疲劳综合征的病理机制及其潜在的生物标志物 | 慢性疲劳综合征患者和健康对照的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 慢性疲劳综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4名慢性疲劳综合征患者和4名健康对照 |
| 7700 | 2024-10-15 |
Single-cell RNA transcriptomic analyses of tumor microenvironment of ovarian metastasis in gastric cancer
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00974-2
PMID:39162990
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了胃癌卵巢转移的肿瘤微环境 | 首次综合分析了胃癌卵巢转移的免疫微环境，并识别了与转移相关的特定细胞类型和基因特征 | 样本量较小，仅分析了两对临床样本 | 揭示胃癌卵巢转移的免疫微环境，促进新治疗策略的发现 | 胃癌卵巢转移的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两对临床样本 |