本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7661 | 2025-11-16 |
Integrating multi-modal omics to identify therapeutic atherosclerosis pathways for coronary heart disease
2025-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105966
PMID:41101252
|
研究论文 | 通过整合尿液代谢产物、血浆蛋白、动脉粥样斑块组织和单细胞表达数据,识别冠状动脉心脏病的可靶向代谢通路 | 首次将多组学数据(尿液代谢产物、血浆蛋白、斑块组织、单细胞表达)整合用于识别冠状动脉心脏病的治疗靶点 | 研究主要基于欧洲人群数据,可能限制结果的普适性 | 识别冠状动脉心脏病的可靶向代谢通路和潜在治疗靶点 | 冠状动脉心脏病患者及相关生物样本 | 生物信息学 | 冠状动脉心脏病 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | 基因组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 单细胞表达数据 | 181,522例冠状动脉心脏病病例,954种尿液代谢产物,1,562种独特蛋白质 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7662 | 2025-11-16 |
Spatiotemporal dynamics of the cardioimmune niche during lesion repair
2025-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00739-6
PMID:41184578
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和高分辨率空间转录组学,重建小鼠心脏损伤后纤维化微环境的时空动态 | 首次揭示Trem2巨噬细胞通过沉默成纤维细胞增殖来防止过度纤维化的复杂多细胞网络,并发现损伤后罕见的祖细胞样心肌细胞群 | 研究仅限于小鼠模型,人类心脏组织的验证仍需进一步研究 | 理解心脏伤口愈合过程中的细胞和分子过程,以改善心肌组织损伤后的心脏功能 | 成年小鼠心脏组织、人类心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7663 | 2025-11-16 |
Determining a Stability Prognostic Panel for 636 Patients With Melanoma Using a Machine Learning Computational Framework
2025-Nov, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70174
PMID:41229385
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的14基因预后特征模型,用于黑色素瘤患者的精准预后评估 | 首次系统整合101种机器学习算法开发共识预后特征,并在多个独立队列中验证其优于现有19种预后模型 | 研究样本量相对有限,且主要基于公共数据库数据 | 建立黑色素瘤精准预后评估框架并识别关键生物标志物 | 636例黑色素瘤患者的基因表达数据 | 机器学习 | 黑色素瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | LASSO, RSF | 基因表达数据 | 636例黑色素瘤患者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7664 | 2025-11-16 |
Brain abundant membrane attached signal protein 1 regulates macrophage polarization through EGFR/PI3K/AKT signaling in renal cell carcinoma
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148268
PMID:41093214
|
研究论文 | 本研究揭示了BASP1通过激活EGFR/PI3K/AKT信号通路促进巨噬细胞向M2表型极化,从而推动肾细胞癌进展的机制 | 首次发现BASP1在肾癌巨噬细胞中的特异性表达及其通过EGFR/PI3K/AKT通路调控巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要基于数据库分析和动物模型,缺乏临床样本验证 | 探究BASP1在肾细胞癌免疫微环境中调控巨噬细胞极化的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)及其肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序,WB,qRT-PCR,流式细胞术,AAV基因沉默 | NA | 转录组数据,蛋白质表达数据,细胞表型数据 | TCGA数据库样本,小鼠颅内同种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7665 | 2025-11-16 |
Mixed Molecular Subtypes Coexist in Estrogen Receptor Heterogeneous Primary Breast Cancers
2025-Nov, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-25-00529
PMID:41237360
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析雌激素受体异质性乳腺癌,揭示不同分子亚型在肿瘤内共存的现象 | 首次在ER中等阳性乳腺癌中发现Luminal A和Luminal B分子亚型混合共存,并揭示ER阴性区域具有内分泌耐药但化疗敏感的表型特征 | 样本量较小(20例),仅针对ER中等阳性乳腺癌,未包含其他分子亚型 | 理解乳腺癌中雌激素受体表达的肿瘤内异质性,探索不同分子亚型在同一肿瘤中共存的可能性 | 20例原发性乳腺癌(10例ER异质性,10例ER高表达) | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 数字空间分析,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 20例原发性乳腺癌样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx平台 | NanoString GeoMx平台配合人类全转录组图谱探针组 |
| 7666 | 2025-11-16 |
Integrated bulk sequencing and single-cell transcriptomic profiling implicates neutrophil-driven hypoxia in atrial fibrillation development
2025-Oct-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2025-1066
PMID:41229788
|
研究论文 | 本研究通过整合批量测序和单细胞转录组分析揭示了中性粒细胞驱动的缺氧在房颤发病机制中的作用 | 首次结合批量测序和单细胞转录组数据系统分析房颤中的炎症细胞浸润特征,并建立了基于中性粒细胞相关基因的机器学习诊断模型 | 研究结果需要通过体内、体外实验和外部验证研究进一步确认 | 阐明炎症细胞在房颤发病机制中的具体作用,并建立基于机器学习的诊断模型 | 房颤患者和窦性心律患者的心脏组织样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序,机器学习 | 支持向量机(SVM) | 基因表达数据 | 46个房颤样本和18个窦性心律样本 | NA | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7667 | 2025-11-16 |
Integrating transcriptomics, single-cell omics, and deep learning-based histopathological features to identify OLFML3 in bladder cancer
2025-Oct-31, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-2025-365
PMID:41230137
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学、单细胞组学和深度学习技术,识别OLFML3作为膀胱癌1年内复发的关键基因,并构建预测模型 | 首次结合多组学数据与深度学习病理特征识别OLFML3在膀胱癌复发中的作用,并开发基于ResNet50的OLFML3表达预测模型 | 需要进一步研究阐明OLFML3在膀胱癌1年内复发的具体作用机制 | 提高膀胱癌复发预测准确性并改善临床管理 | 膀胱癌患者 | 数字病理 | 膀胱癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,深度学习 | ResNet50,随机森林,Cox回归 | 基因表达数据,临床信息,病理图像 | TCGA和GEO数据库中的膀胱癌患者数据,以及广东省第二人民医院的单细胞RNA测序数据 | NA | RNA-seq,scRNA-seq | NA | NA |
| 7668 | 2025-11-16 |
Single-cell multi-omics and spatial transcriptomics reveal the transcriptional regulatory landscape of clear cell renal cell carcinoma
2025-Oct-31, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-2025-328
PMID:41230160
|
研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学技术揭示透明细胞肾细胞癌的转录调控景观 | 首次整合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学全面解析ccRCC的细胞异质性、表观遗传调控和转录因子网络 | 研究样本量有限,功能验证仅针对YBX3基因 | 全面表征ccRCC的细胞异质性、表观遗传调控和转录因子网络,识别具有预后和治疗意义的关键基因 | 透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中的细胞群体 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 伪时间分析, 基因集富集分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7669 | 2025-11-15 |
Intratumoral SPP1+BCL2A1+ Tumor-Associated Macrophages Predict Poor Response to PD1 Blockade
2025-Oct-23, Diagnostics (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/diagnostics15212680
PMID:41225975
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现SPP1+BCL2A1+肿瘤相关巨噬细胞是预测肝细胞癌患者PD1阻断治疗反应不良的新型生物标志物 | 首次鉴定出SPP1和BCL2A1双阳性肿瘤相关巨噬细胞亚群,并证实其与免疫检查点抑制剂治疗反应不良相关 | 样本量相对较小,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探索肝细胞癌免疫治疗反应的预测生物标志物 | 肝细胞癌患者肿瘤组织中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 发现队列10例,ICB队列4例,验证队列18例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7670 | 2025-11-16 |
Visceral Peritoneum Hyperpigmentation in Chickens Is Associated with DCT Expression
2025-Oct-23, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani15213076
PMID:41227407
|
研究论文 | 本研究探讨了鸡内脏腹膜色素沉着过度(HVP)的遗传基础及其调控机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定HVP相关黑色素细胞群体,发现DCT基因在HVP中过度表达并确定其多态性可作为遗传选择标记 | 研究样本量有限,功能验证实验主要在细胞水平进行,需要进一步体内验证 | 阐明鸡内脏腹膜色素沉着异常的遗传原因和分子机制 | 鸡内脏腹膜组织和黑色素细胞 | 生物信息学 | 色素沉着异常 | HPLC, bulk RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, Western blotting, siRNA干扰 | NA | 基因表达数据, 组织切片图像 | 超过9700个高质量单细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 7671 | 2025-11-16 |
Identification of two distinct uveal melanoma subtypes based on the immune cell infiltration of the primary tumour
2025-Oct-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04198-7
PMID:41128887
|
研究论文 | 本研究基于原发性葡萄膜黑色素瘤的免疫细胞浸润特征,识别出两种不同的肿瘤亚型 | 首次在单细胞水平揭示葡萄膜黑色素瘤的免疫异质性,发现具有特定染色体变异和信号通路活性的侵袭性黑色素细胞亚群 | 样本量有限(8例肿瘤活检),仅使用二次数据分析 | 表征葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境的细胞组成和免疫特征 | 原发性葡萄膜黑色素瘤肿瘤样本 | 单细胞组学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | 8例原发性葡萄膜黑色素瘤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7672 | 2025-11-16 |
Mapping early human blood cell differentiation using single-cell proteomics and transcriptomics
2025-Oct-16, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr8785
PMID:40839704
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞蛋白质组学和转录组学技术,绘制了人类早期血细胞分化图谱 | 首次将单细胞质谱蛋白质组学与单细胞RNA测序整合,揭示了mRNA无法反映的干细胞功能相关蛋白质,并建立了推断细胞分化进程的翻译动态模型 | 研究仅针对CD34+造血干细胞和祖细胞,样本类型相对有限 | 解析人类早期血细胞分化过程中的分子机制 | 人类CD34+造血干细胞和祖细胞 | 单细胞多组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞质谱蛋白质组学 | 翻译动态模型 | 单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 超过2500个人类CD34+造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 7673 | 2025-11-16 |
Tumor-draining lymph nodes respond to immune checkpoint inhibition and orchestrate tumor immune remodeling
2025-Oct-06, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04187-w
PMID:41051631
|
研究论文 | 本研究揭示了肿瘤引流淋巴结在免疫检查点抑制剂治疗中对肿瘤免疫微环境的调控机制 | 首次通过单细胞测序技术系统阐明肿瘤引流淋巴结在免疫检查点抑制剂治疗中的具体作用机制,发现其作为肿瘤特异性T细胞的来源地 | 研究样本仅限于结直肠癌患者,需要进一步验证在其他癌症类型中的普适性 | 阐明肿瘤引流淋巴结在免疫检查点抑制剂治疗中的响应机制及其对肿瘤微环境的调控作用 | 结直肠癌患者的肿瘤引流淋巴结和肿瘤组织 | 单细胞生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 结直肠癌患者的肿瘤引流淋巴结和肿瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 7674 | 2025-11-16 |
Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation
2025-Jun-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148
PMID:39832892
|
研究论文 | 本研究通过分离肝细胞癌患者中对新抗原反应的T细胞及其T细胞受体,探索基于T细胞的免疫治疗新策略 | 首次系统分析肝细胞癌微环境中新抗原反应性T细胞的功能特征,并发现肝灌洗液和淋巴结是反应性T细胞的重要来源 | 研究样本量较小(7名患者),需要在更大队列中验证结果 | 评估晚期肝细胞癌患者的T细胞反应,识别可用于免疫治疗的T细胞群体 | 肝细胞癌患者的肿瘤组织、肝灌洗液和肝引流淋巴结 | 免疫肿瘤学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序,生物信息学分析 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,测序数据 | 7名肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7675 | 2025-11-16 |
Upregulated haptoglobin in classical monocytes serves as a diagnostic and immunological biomarker in myocardial infarction: a cross-sectional multi-omics study
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1707912
PMID:41229424
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现结合珠蛋白(HP)在心肌梗死中显著上调,特别是在经典单核细胞中高表达,具有诊断价值 | 首次发现HP在心肌梗死患者经典单核细胞中特异性高表达,并证实其作为诊断生物标志物的价值 | 横断面研究设计,无法确定因果关系;样本量有限 | 寻找心肌梗死的可靠诊断生物标志物并了解其在免疫微环境中的作用 | 心肌梗死患者 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,qPCR,蛋白质组学,生物信息学分析 | WGCNA,免疫细胞浸润分析 | 基因表达数据,蛋白质组数据,临床样本 | 多个GEO数据集(GSE141512,GSE95368,GSE269269)和TCGA数据,外加独立验证队列(GSE66360等) | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
| 7676 | 2025-11-16 |
Uterine NK Cell Polarization Associates with Chronic Endometritis and Predisposition to Recurrent Implantation Failure
2025, International journal of women's health
DOI:10.2147/IJWH.S554069
PMID:41230044
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据揭示了子宫自然杀伤细胞极化与慢性子宫内膜炎及复发性种植失败的关联机制 | 首次通过单细胞RNA测序识别出两种功能不同的uNK细胞亚型,并建立了基于uNK2/uNK3特征比值的诊断模型 | 需要在前瞻性临床队列和功能实验中进一步验证临床效用 | 探究子宫内膜免疫微环境中uNK细胞极化与生殖健康障碍的关联机制 | 子宫内膜免疫细胞,特别是子宫自然杀伤细胞亚型 | 单细胞基因组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 51例子宫内膜样本(18例CE患者和33例正常对照) | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 7677 | 2025-11-16 |
Single-cell transcriptomics reveals the brain evolution of web-building spiders
2023-12, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02238-y
PMID:37919396
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示结网蜘蛛大脑进化机制 | 首次构建结网蜘蛛大脑单细胞图谱,发现蘑菇体样神经元中正选择基因与学习记忆行为的关联 | 仅分析一种结网蜘蛛物种,未涵盖所有蜘蛛多样性 | 探究蜘蛛神经系统如何进化以适应结网捕食策略 | 结网蜘蛛(Hylyphantes graminicola)和两种原始穴居蜘蛛 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,基因组测序,基因富集分析,RNA干扰实验 | NA | 单细胞转录组数据,基因组数据 | 超过30,000个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq,全基因组测序 | NA | NA |
| 7678 | 2025-11-16 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas identified a novel fibroblast subpopulation activated to guide oral barrier immunity in periodontitis
2023-11-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88183
PMID:38015204
|
研究论文 | 通过小鼠牙龈单细胞转录组图谱发现新型成纤维细胞亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫 | 首次识别出AG成纤维细胞亚群及其与中性粒细胞、ILC3细胞形成的免疫轴机制 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明牙周炎中口腔屏障免疫异常启动机制 | 小鼠牙周炎模型的牙龈组织细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙周炎模型牙龈组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7679 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA sequencing unravels the transcriptional network underlying zebrafish retina regeneration
2023-11-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86507
PMID:37988404
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中穆勒胶质细胞的转录网络和命运决定机制 | 发现了损伤诱导的穆勒胶质细胞分化轨迹,识别出具有穆勒胶质细胞和祖细胞混合身份特征的细胞群体 | 研究仅限于斑马鱼模型,未直接验证在人类视网膜疾病中的适用性 | 研究穆勒胶质细胞反应性与祖细胞产生和神经元分化的分子机制 | 斑马鱼视网膜中的穆勒胶质细胞、祖细胞和再生后代细胞 | 单细胞基因组学 | 视网膜营养不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未损伤和光损伤视网膜样本中的穆勒胶质细胞、祖细胞及再生后代 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7680 | 2025-11-16 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas: An activated fibroblast subpopulation guides oral barrier immunity in periodontitis
2023-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.13.536751
PMID:37546811
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建小鼠牙龈细胞图谱,发现一种激活的成纤维细胞亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫反应 | 首次识别出AG成纤维细胞亚群,并揭示其通过AG成纤维细胞-中性粒细胞-ILC3轴启动牙龈炎症的新机制 | 研究基于小鼠模型,人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明牙周炎中异常口腔屏障免疫的启动机制 | 小鼠牙龈组织细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙周炎模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |