单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7661	2024-10-16	Differential transcriptomic host responses in the early phase of viral and bacterial infections in human lung tissue explants ex vivo 2024-Oct-12, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02988-8 PMID:39395995	研究论文	研究了人类肺组织体外培养物在病毒和细菌感染早期阶段的转录组差异反应	首次使用RNA测序技术研究了人类肺组织体外培养物在流感病毒A、BCG和铜绿假单胞菌感染早期阶段的转录组变化	研究仅限于体外培养的肺组织，无法完全模拟自然感染环境	探讨人类肺组织在病毒和细菌感染早期阶段的转录组反应差异	人类肺组织体外培养物在流感病毒A、BCG和铜绿假单胞菌感染早期阶段的转录组变化	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	来自肺气肿患者的肺组织体外培养物
7662	2024-10-16	Best practices for differential accessibility analysis in single-cell epigenomics 2024-Oct-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53089-5 PMID:39394227	研究论文	本文系统评估了用于识别单细胞ATAC-seq数据中差异可及性区域的统计方法	本文通过系统评估多种统计方法，提出了单细胞ATAC-seq数据分析的最佳实践，并开发了相应的R包	本文主要关注单细胞ATAC-seq数据的差异可及性分析，未涵盖其他类型的单细胞数据	评估和确定单细胞ATAC-seq数据差异可及性分析的最佳统计方法	单细胞ATAC-seq数据及其匹配的bulk ATAC-seq或scRNA-seq数据	单细胞组学	NA	单细胞ATAC-seq	NA	单细胞数据	多个scATAC-seq实验及其匹配的bulk ATAC-seq或scRNA-seq数据
7663	2024-10-16	Resting natural killer cells promote the progress of colon cancer liver metastasis by elevating tumor-derived stem cell factor 2024-Oct-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97201 PMID:39387546	研究论文	研究了自然杀伤细胞在结直肠癌肝转移中的作用及其与肿瘤微环境的关系	首次揭示了GZMK+静息状态的自然杀伤细胞在肿瘤组织中的显著增加，并发现其在肿瘤区域中的富集与较差的预后相关	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨自然杀伤细胞在结直肠癌肝转移中的临床相关性和细胞作用	自然杀伤细胞在结直肠癌肝转移中的生物学特性和功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序	NA	RNA	涉及结直肠癌和肝转移癌的肿瘤组织样本
7664	2024-10-16	Detecting Rhythmic Gene Expression in Single-cell Transcriptomics 2024-Oct-08, Journal of biological rhythms IF:2.9Q2 DOI:10.1177/07487304241273182 PMID:39377613	研究论文	本文研究了在单细胞转录组数据中检测节律基因表达的方法	提出了结合子采样和谐波回归的高效策略来检测单细胞数据中的昼夜节律基因	尚未完全解决如何将现有的节律检测算法适应于单细胞RNA测序数据的问题	探讨如何将现有的节律检测方法适应于单细胞RNA测序数据，并提出新的检测策略	单细胞转录组数据中的昼夜节律基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	谐波回归	转录组数据	未明确提及具体样本数量
7665	2024-10-16	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2024-Oct-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52990-3 PMID:39379371	研究论文	本文通过多组学单细胞测序技术，研究了Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者的皮肤组织特异性反应	首次在单细胞水平上综合分析了SJS/TEN患者的转录组、表面蛋白质组和T细胞受体，揭示了细胞免疫发病机制中的关键细胞和分子	研究样本量较小，仅涉及15名患者，可能影响结果的普适性	探讨SJS/TEN的细胞免疫发病机制，并寻找潜在的治疗靶点	SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水肿液中的细胞	数字病理学	皮肤疾病	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体测序	NA	单细胞数据	15名SJS/TEN患者，共109,888个细胞
7666	2024-10-16	Visualizing scRNA-Seq data at population scale with GloScope 2024-Oct-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03398-1 PMID:39380041	研究论文	本文提出了一种名为GloScope的框架，用于在群体规模上可视化和分析scRNA-Seq数据	GloScope框架能够有效地处理样本间的变异，支持样本级别的可视化和质量控制评估	NA	开发一种新的生物信息学方法，用于在群体规模上分析scRNA-Seq数据	scRNA-Seq数据及其在不同样本中的变异	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	12到300个样本
7667	2024-10-16	CRIP1 regulates osteogenic differentiation of bone marrow stromal cells and pre-osteoblasts via the Wnt signaling pathway 2024-10-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150277 PMID:38936225	研究论文	研究CRIP1通过Wnt信号通路调控骨髓间充质干细胞和前成骨细胞的成骨分化	揭示了CRIP1在调控骨髓间充质干细胞成骨分化中的新作用，并通过Wnt信号通路增强成骨分化	NA	探索骨髓间充质干细胞分化调控机制，为骨质疏松症的治疗提供新思路	骨髓间充质干细胞和前成骨细胞	NA	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	RNA	从接受全髋关节置换术的患者中收集的股骨头骨髓细胞
7668	2024-10-16	Single-cell transcriptome atlas revealed bronchoalveolar immune features related to disease severity in pediatric Mycoplasma pneumoniae pneumonia 2024-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.748 PMID:39399649	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了支气管肺泡灌洗液样本中的免疫特征，揭示了轻度和重度肺炎患者之间的免疫差异	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了轻度和重度肺炎患者的支气管肺泡灌洗液免疫景观，揭示了不同疾病严重程度下的免疫特征	研究样本量有限，且仅限于儿童肺炎患者，可能影响结果的普适性	探讨轻度肺炎的保护性免疫机制和重度肺炎的病理机制	支气管肺泡灌洗液样本中的免疫细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	13名健康捐赠者和24名住院的儿童肺炎患者
7669	2024-10-16	Mouse Wound Models and Preparation of Single-Cell Suspensions 2024-Sep-27, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66499 PMID:39400188	研究论文	本文研究了优化小鼠伤口模型构建和单细胞悬液制备的方法	采用单细胞转录组测序技术来深入理解伤口愈合过程中的细胞功能和机制	小鼠伤口模型制备方法的差异可能引入干扰因素，影响实验结果	优化小鼠伤口模型的构建，以准确评估伤口闭合变化，并消除影响后续测序结果的变量	小鼠伤口模型和单细胞悬液的制备	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠皮肤组织样本
7670	2024-10-16	Screening of potential drugs for the treatment of diabetic kidney disease using single-cell transcriptome sequencing and connectivity map data 2024-09-17, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150263 PMID:38905995	研究论文	利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物	结合单细胞转录组测序和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物	需要进一步的临床试验验证筛选出的药物疗效	探索利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物的可行性	糖尿病肾病及其相关药物筛选	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	糖尿病肾病小鼠模型和细胞实验
7671	2024-10-16	Visualizing scRNA-Seq Data at Population Scale with GloScope 2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.29.542786 PMID:37398321	研究论文	提出了一种名为GloScope的框架，用于在群体规模上可视化和分析scRNA-Seq数据	开发了一种新的生物信息学方法GloScope，用于处理样本间变异，并支持样本级别的可视化和质量控制评估	NA	开发一种新的方法来处理和可视化群体规模的scRNA-Seq数据	scRNA-Seq数据及其在不同样本中的变异	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	12到超过300个样本
7672	2024-10-16	Efficient and accurate mixed model association tool for single-cell eQTL analysis 2024-May-16, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.05.15.24307317 PMID:38798318	研究论文	本文提出了一种高效且准确的混合模型关联工具SAIGE-QTL，用于单细胞eQTL分析	SAIGE-QTL可以直接使用单细胞数据进行eQTL映射，无需聚合到伪批量水平，并且支持通过基于集合的测试来检测稀有遗传变异的影响	NA	研究基因表达的遗传基础，以帮助理解人类性状和疾病的分子机制	单细胞eQTL映射	基因组学	NA	单细胞RNA测序	混合模型	单细胞数据	NA
7673	2024-10-16	Expression of SOX4 Significantly Predicts the Risk of Lymph Node Metastasis for Patients With Early-Stage Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2024-05, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102042 PMID:38431117	研究论文	研究探讨了SOX4基因表达与早期食管鳞状细胞癌患者淋巴结转移风险的关系	首次通过单细胞RNA测序发现SOX4基因与侵袭性转移高度相关，并进一步验证了其在预测淋巴结转移中的独立作用	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	研究SOX4基因在早期食管鳞状细胞癌患者淋巴结转移中的预测作用	SOX4基因表达与食管鳞状细胞癌患者的淋巴结转移风险	数字病理学	食管癌	免疫组化染色	NA	组织样本	124个组织样本，来自106名患者（106个肿瘤样本和18个淋巴结样本）
7674	2024-10-16	NSUN2-Mediated m5C Methylation Impairs Endometrial Receptivity 2024-04, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.100327 PMID:38237738	研究论文	研究NSUN2介导的m5C甲基化对子宫内膜容受性的影响	揭示了NSUN2介导的m5C甲基化与反复植入失败之间的复杂调控机制，并提出了潜在的治疗策略	NA	探讨NSUN2介导的m5C甲基化在反复植入失败中的作用机制	NSUN2在子宫内膜中的表达及其对细胞增殖、自噬和胚胎附着的影响	NA	NA	mC-BS-seq, dot blot assay, BrdU assay, western blotting, real-time reverse-transcription PCR, Cut&Tag, coimmunoprecipitation	NA	RNA, 蛋白质	15个人类子宫内膜样本
7675	2024-10-16	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson Syndrome and Toxic epidermal necrolysis 2024-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.26.568771 PMID:38405793	研究论文	本研究通过多组学单细胞测序技术，分析了Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者的皮肤和水肿液中的细胞反应	首次通过单细胞转录组、表面蛋白质组和TCR测序技术，全面分析了SJS/TEN患者的不同组织中的细胞反应	研究样本仅限于17名患者，可能影响结果的普适性	探讨SJS/TEN的细胞免疫发病机制	SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水肿液中的细胞	数字病理学	皮肤疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	17名SJS/TEN患者，共119,784个细胞
7676	2024-10-16	Multi-omics Data Integration Analysis Identified Therapeutic Targets and Potential Reuse Drugs for Osteoporosis 2024, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291526240322081017 PMID:38551048	研究论文	本研究通过多组学数据整合分析，识别了骨质疏松症的治疗靶点和潜在的再利用药物	本研究提供了一种新的基于网络的药物再利用框架，并首次识别了针对CD74的骨质疏松症治疗药物	NA	促进骨质疏松症治疗药物的发现和开发	骨髓间充质干细胞（BM-MSCs）在骨质疏松症和骨关节炎患者中的主要分子及其潜在再利用药物	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	GSE147287数据集中的BM-MSCs样本，GSE35959数据集中的骨质疏松症样本和对照样本，GSE13850数据集中的差异表达基因
7677	2024-10-16	Hepatocyte-specific Smad4 deficiency inhibits hepatocarcinogenesis by promoting CXCL10/CXCR3-dependent CD8+- T cell-mediated anti-tumor immunity 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.97276 PMID:39346534	研究论文	研究探讨了肝细胞特异性Smad4缺乏对肝细胞癌发生的影响及其机制	首次揭示了肝细胞特异性Smad4缺乏通过促进CXCL10/CXCR3依赖的CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫抑制肝细胞癌的发生	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探讨Smad4在肝细胞中的特异性作用及其对肝细胞癌发生的影响	肝细胞特异性Smad4缺乏的小鼠模型及肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型及肝细胞癌患者样本
7678	2024-10-16	A CD8+ T cell related immune score predicts survival and refines the risk assessment in acute myeloid leukemia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1408109 PMID:39346926	研究论文	研究开发了一种与CD8+ T细胞相关的免疫风险评分，用于预测急性髓系白血病患者的生存和细化风险评估	构建了一个包含15个基因的预测模型CTCG15，该模型在不同平台的数据集中得到了验证，并能独立于已有的预后标志物，提高预后预测的准确性	NA	开发一种新的免疫风险评分，以提高急性髓系白血病患者的预后预测和风险分层	急性髓系白血病患者及其骨髓中的CD8+ T细胞	数字病理学	血液系统疾病	RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	涉及六个不同平台的数据集
7679	2024-10-16	Construction and validation of immune-associated lncRNA model for predicting immune status and therapeutic reactions of triple-negative breast cancer 2024, American journal of translational research IF:1.7Q4 DOI:10.62347/VIXN9362 PMID:39398616	研究论文	构建并验证了一个与免疫相关的lncRNA模型，用于预测三阴性乳腺癌的免疫状态和治疗反应	首次构建了一个基于lncRNA的模型，用于区分三阴性乳腺癌的免疫沙漠和免疫炎症亚型，并评估其对肿瘤药物的敏感性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏临床试验验证	探索与三阴性乳腺癌免疫状态相关的关键lncRNA，并构建预测模型	三阴性乳腺癌患者的免疫状态和治疗反应	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序、基因集富集分析、非负矩阵分解、加权基因共表达网络分析	lncRNA模型	RNA测序数据、临床信息	来自TCGA和GEO数据库的三阴性乳腺癌样本
7680	2024-10-16	Marine Invertebrates One Cell at A Time: Insights from Single-Cell Analysis 2023-Dec-12, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icad034 PMID:37188638	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在海洋无脊椎动物研究中的应用和进展	本文总结了scRNA-seq在海洋无脊椎动物中的关键发现，包括细胞类型组成的描述性研究、细胞在动态过程中的反应以及新细胞类型的进化	本文讨论了在进行实验间或不同物种数据集间比较时的重要考虑因素，并指出了未来的挑战	本文旨在综合当前关于海洋无脊椎动物scRNA-seq的文献，并展望未来单细胞分析在该领域的应用	本文主要研究对象是海洋无脊椎动物的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及多种海洋无脊椎动物物种的单细胞样本