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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7641 | 2025-10-06 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics Explore Purine Metabolism-Related Prognostic Risk Model and Tumor Immune Microenvironment Modulation in Ovarian Cancer
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/5530325
PMID:40386292
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学探索嘌呤代谢相关预后风险模型及其在卵巢癌肿瘤免疫微环境调控中的作用 | 首次构建基于12个嘌呤代谢相关基因的预后风险模型,并发现NME6+上皮细胞作为卵巢癌保护性因子 | 使用公共数据集,样本来源可能受限;需要进一步实验验证 | 探索嘌呤代谢在卵巢癌预后评估和免疫微环境调控中的作用机制 | 卵巢癌患者样本和细胞系 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RT-qPCR | LASSO回归, 多元回归分析 | 单细胞测序数据, 空间转录组数据, 基因表达数据 | 来自不同公共数据集的卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
7642 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals substantial heterogeneity in triple-negative breast cancer with potential clinical implications
2024-11-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54145-w
PMID:39592577
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤异质性及其临床意义 | 首次系统性地描绘TNBC的空间组织结构,识别出9种空间原型,并发现与免疫治疗反应相关的基因特征 | 样本量相对有限(92例患者),需要在更大队列中进一步验证 | 探索三阴性乳腺癌的肿瘤空间结构和微环境特征 | 92例三阴性乳腺癌患者样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 逐步聚类分析 | 空间转录组数据、组织形态学数据 | 92例TNBC患者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7643 | 2025-10-06 |
Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure
2024-11-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54581-8
PMID:39580490
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研究论文 | 本研究开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,用于分析金黄色葡萄球菌生物膜生长过程中的转录异质性及免疫细胞暴露后的转录适应 | 开发了首个针对细菌的单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,能够在单细胞分辨率下探索生物膜动态和免疫压力响应 | 方法目前主要应用于金黄色葡萄球菌,在其他细菌物种中的适用性有待验证 | 研究细菌生物膜的转录异质性及其对免疫压力的差异响应 | 金黄色葡萄球菌生物膜 | 单细胞测序技术 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | BaSSSh-seq(细菌单细胞RNA测序方法) |
7644 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease
2024-11-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54579-2
PMID:39580485
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了朊病毒病小鼠模型中神经元易损性的分子特征及其与阿尔茨海默病的重叠 | 首次通过单细胞转录组学系统识别朊病毒易损神经元亚群,并发现与阿尔茨海默病共享的易损性相关转录本 | 研究仅使用雌性小鼠模型,未涉及其他性别或更广泛的神经退行性疾病模型 | 探究特定神经元对错误折叠蛋白所致功能障碍和死亡更敏感的分子机制 | 朊病毒感染雌性小鼠的活体神经元 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 朊病毒感染雌性小鼠的神经元样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7645 | 2025-10-06 |
Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer
2024-11-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54295-x
PMID:39578450
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析高级别浆液性卵巢癌中肿瘤浸润免疫细胞,发现可增强新辅助化疗反应的潜在靶点 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中通过单细胞RNA测序鉴定出STAB1和FOXP3作为化疗增敏的免疫治疗靶点,并开发了相应的靶向治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索提高高级别浆液性卵巢癌对新辅助化疗反应的免疫治疗策略 | 高级别浆液性卵巢癌患者和小鼠模型的肿瘤浸润免疫细胞 | 单细胞测序分析 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 体外抑制实验, 反义寡核苷酸技术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 患者样本64,097个细胞,小鼠模型69,781个细胞,使用三种不同的HGSOC同系小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7646 | 2025-10-06 |
Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes
2024-11-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54571-w
PMID:39578482
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研究论文 | 本研究揭示了来那度胺治疗多发性骨髓瘤时诱发纯红细胞再生障碍的机制 | 首次发现来那度胺通过上调红细胞MHC-I分子表达,激活CD8 T细胞导致红细胞生成障碍 | 研究基于单个病例,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探究来那度胺治疗诱发纯红细胞再生障碍的分子机制 | 多发性骨髓瘤患者骨髓样本 | 血液肿瘤学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组分析,体外功能实验 | NA | 单细胞RNA测序数据,体外实验数据 | 1例多发性骨髓瘤患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7647 | 2025-10-06 |
A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma
2024-11-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53802-4
PMID:39567523
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研究论文 | 本研究通过组织学引导和空间转录组学分析肝母细胞瘤,揭示了胚胎胆道谱系程序与Wnt激活协同促进肿瘤细胞增殖的机制 | 发现胚胎胆道转录因子SOX4和生长因子FGF19在肝母细胞瘤增殖异质性中的关键作用,揭示了非遗传性表观遗传机制在肿瘤进化中的功能 | 研究主要基于患者来源的肿瘤类器官模型,需要进一步在体内验证这些发现 | 探究肝母细胞瘤中组织学和增殖异质性的分子机制 | 肝母细胞瘤患者肿瘤样本和患者来源的肿瘤类器官 | 空间转录组学 | 肝母细胞瘤 | 组织学引导的空间转录组学 | NA | 空间转录组数据、组织学图像 | 肝母细胞瘤患者样本和肿瘤类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7648 | 2025-10-06 |
Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612328
PMID:39314454
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研究论文 | 介绍PHOTON方法实现亚细胞分辨率空间转录组分析 | 结合高分辨率成像与高通量测序,实现亚细胞水平空间转录组分析 | NA | 开发亚细胞分辨率空间转录组分析方法 | 卵巢颗粒细胞、核仁、应激颗粒中的RNA | 空间转录组学 | NA | 高分辨率成像、高通量测序 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | PHOTON | PHOTON(纳米尺度转录组光选法) |
7649 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016
PMID:38848718
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研究论文 | 本研究利用空间增强分辨率组学测序和单细胞RNA测序技术,绘制了水稻种子萌发过程中胚胎细胞的时空转录组图谱 | 开发了基于深度学习的自动细胞分割模型,发现了两种先前未报道的盾片细胞类型,并提供了探索胚胎细胞在种子萌发中作用的新方法 | NA | 阐明不同胚胎细胞在调控种子活力和幼苗建成中的复杂生物学功能 | 水稻胚胎细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间增强分辨率组学测序(Stereo-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 原位杂交 | 深度学习 | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | 吸水后6、24、36和48小时的水稻胚胎样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7650 | 2025-10-06 |
An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014
PMID:38843837
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学和高分辨率活体成像技术,揭示了小鼠胚胎前内脏内胚层迁移的分子机制 | 首次结合单细胞转录组、磷酸化蛋白质组和活体成像技术系统研究AVE迁移,发现转录状态与细胞位置的紧密关联及信号素信号的关键作用 | 研究仅针对小鼠胚胎模型,结果在其他物种中的普适性有待验证 | 阐明前内脏内胚层独特迁移行为和功能的分子基础 | 小鼠胚胎前内脏内胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白质组学, 活体成像, 晶格光片显微镜, 短期谱系标记 | NA | 基因表达数据, 蛋白质磷酸化数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7651 | 2025-10-06 |
Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601229
PMID:38979200
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研究论文 | 开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,用于研究生物膜生长过程中的转录异质性及免疫细胞暴露后的转录适应性 | 首次开发了适用于细菌的单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,能够捕获生物膜内广泛的转录异质性并分析不同免疫细胞群的特异性反应 | 方法验证主要集中于生物膜与浮游生长的比较,尚未在其他细菌系统或更复杂环境中广泛测试 | 研究细菌生物膜的转录异质性及其对免疫压力的差异反应 | 细菌生物膜中的亚群细胞 | 单细胞测序技术 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | BaSSSh-seq | 优化的细菌单细胞RNA测序平台 |
7652 | 2025-10-06 |
Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes
2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.16.594572
PMID:38826410
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术研究神经元特异性剪接模式 | 开发新算法识别细胞特异性表达模式,发现神经元特异性异构体和调控RNA结合蛋白,并建立用户友好的空间转录组可视化平台 | 单细胞RNA-Seq方法的捕获效率和灵敏度限制 | 研究神经系统神经元特异性剪接模式和调控机制 | 神经元 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | CeNGEN联盟生成的深度细胞特异性转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7653 | 2025-10-06 |
Single-cell profiling reveals a potent role of quercetin in promoting hair regeneration
2023-06-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac062
PMID:37285263
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了槲皮素通过激活HIF-1α促进毛囊再生和血管新生的分子机制 | 首次构建毛发再生过程中的动态单细胞转录组图谱,发现槲皮素通过激活内皮细胞HIF-1α促进毛囊分化和血管新生 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 探究槲皮素促进毛发再生的分子机制和治疗潜力 | 小鼠毛囊、毛囊角质形成细胞、真皮内皮细胞 | 单细胞生物学 | 脱发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7654 | 2025-10-06 |
Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts
2025-Jul-15, Water research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.watres.2025.123599
PMID:40209558
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研究论文 | 本研究采用空间多组学技术分析斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性 | 首次将空间多组学技术应用于环境污染物研究,整合代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学,揭示污染物在器官层面的空间分布特征 | 研究仅针对斑马鱼模型,结果向其他物种的推广需要进一步验证 | 探究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物对斑马鱼的生物效应和空间代谢异质性 | 斑马鱼 | 空间多组学 | 环境毒理学 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 代谢组学 | NA | 空间多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
7655 | 2025-10-06 |
HKDC1 promotes liver cancer stemness under hypoxia through stabilizing β-catenin
2025-Jun-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001085
PMID:39250463
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研究论文 | 本研究揭示HKDC1在缺氧条件下通过稳定β-连环蛋白促进肝癌干细胞特性 | 首次发现HKDC1在肝癌恶性细胞中特异性高表达,并阐明其通过结合GSK3β稳定β-连环蛋白促进肝癌转移的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在大型临床队列中验证 | 探究HKDC1在肝癌转移中的分子机制 | 肝癌细胞、肝癌小鼠模型、肝癌患者肿瘤样本 | 癌症生物学 | 肝癌 | RNA原位杂交、单细胞RNA-seq、代谢组学分析 | NA | 基因表达数据、代谢组数据、单细胞测序数据 | 2种肝癌小鼠模型及其来源的类器官,肝癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7656 | 2025-10-06 |
TREM2 macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH
2025-Jun-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001098
PMID:39292863
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研究论文 | 本研究揭示了TREM2+巨噬细胞介导减重手术改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎的修复机制 | 首次证明减重手术通过TREM2+巨噬细胞以体重非依赖方式改善MASH,并阐明其分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究减重手术改善MASH的免疫调节机制 | 小鼠模型及肝脏脂质相关巨噬细胞 | 免疫学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7657 | 2025-05-20 |
Integration of Bulk RNA and Single-Cell Analyses Reveal Distinct Expression Patterns of Anoikis-Related Genes and the Immunosuppressive Role of NQO1+ Macrophages in Hepatocellular Carcinoma
2025-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501310R
PMID:40386974
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA测序分析,探讨了anoikis相关基因(ARGs)在肝细胞癌(HCC)中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响 | 建立了一个包含11个ARGs的anoikis相关基因风险评分模型(ARGRS),并通过单细胞RNA测序评估了ARGs在HCC中的异质性,同时揭示了NQO1+巨噬细胞的免疫抑制作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验验证 | 探讨ARGs在HCC中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响 | 肝细胞癌(HCC)患者和NQO1+巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 批量RNA测序和单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7658 | 2025-10-06 |
Cutaneous granulomas: mechanisms, cellular interactions and therapeutic insights
2025-May-19, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf096
PMID:40080709
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综述 | 本文系统综述皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及治疗前景 | 重点关注TREM2+巨噬细胞在肉芽肿形成中的作用及单细胞RNA测序技术揭示的细胞异质性 | 肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确 | 探讨肉芽肿的本质及其在皮肤疾病中的形成机制 | 皮肤肉芽肿及相关疾病(结节病、环状肉芽肿、结核、麻风等) | NA | 皮肤肉芽肿性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7659 | 2025-05-20 |
Scar-associated macrophages and biliary epithelial cells interaction exacerbates hepatic fibrosis in biliary atresia
2025-May-18, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-025-04100-2
PMID:40383871
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间定位数据,揭示了胆道闭锁(BA)肝脏中疤痕相关巨噬细胞(SAMs)和胆道上皮细胞(BECs)的相互作用如何加剧肝纤维化 | 首次发现SAMs通过调节BECs的上皮-间质转化(EMT)促进肝纤维化进展,并识别出BA诊断的生物标志物 | 样本量较小(仅8例组织样本),且缺乏长期随访数据验证治疗效果 | 探究BA肝脏微环境变化及其在肝纤维化中的作用机制 | 胆道闭锁患者的肝脏组织 | 单细胞转录组学 | 胆道闭锁 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 8例肝脏组织(2例正常组织,2例胆总管囊肿组织,4例BA组织) | NA | NA | NA | NA |
7660 | 2025-10-06 |
New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data
2025-May-17, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaf027
PMID:40151001
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研究论文 | 通过单细胞转录组数据分析宫颈癌肿瘤微环境和HPV整合事件 | 开发了从单细胞RNA测序数据识别HPV整合事件的方法,发现了新的HPV重复整合基因 | 样本量相对有限,仅分析了特定疾病阶段的患者 | 研究宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联 | 正常患者和三个疾病阶段(HSIL、MIC、CSCC)的宫颈组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常患者和三个疾病阶段患者的宫颈组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |