单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7641	2024-10-04	Single-cell analysis of dorsal root ganglia reveals metalloproteinase signaling in satellite glial cells and pain 2023-10, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.08.005 PMID:37557960	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析背根神经节中的卫星胶质细胞，揭示了金属蛋白酶信号在疼痛中的作用	首次揭示了卫星胶质细胞中金属蛋白酶信号通路在处理躯体感觉刺激中的作用，并发现了一种潜在的疼痛治疗方法	研究主要集中在体外实验和细胞水平，尚未在动物模型或人体中验证	探讨卫星胶质细胞在疼痛中的作用及其分子机制	背根神经节中的卫星胶质细胞和感觉神经元	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	多个卫星胶质细胞样本
7642	2024-10-04	Tumor-associated macrophages trigger MAIT cell dysfunction at the HCC invasive margin 2023-08-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.07.026 PMID:37595566	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和CODEX成像技术，研究了肝细胞癌（HCC）中黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的功能障碍及其与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的相互作用	首次揭示了肿瘤相关巨噬细胞通过CSF1RPD-L1信号通路诱导MAIT细胞功能障碍，并提出了通过aPD-1/aPD-L1疗法靶向治疗HCC患者中MAIT细胞的可能性	NA	探讨MAIT细胞在肝细胞癌中的功能及其与肿瘤微环境的关系	肝细胞癌（HCC）患者样本中的MAIT细胞及其与肿瘤相关巨噬细胞的相互作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、CODEX成像	机器学习	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、图像数据	配对的HCC患者样本及小鼠模型
7643	2024-10-04	A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breast 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06252-9 PMID:37380767	研究论文	构建了成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率的全面细胞图谱	首次构建了成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率的全面细胞图谱，揭示了丰富的血管周围、内皮和免疫细胞群以及高度多样的腔上皮细胞状态	NA	研究成人正常乳腺组织的细胞组成和空间分布，为乳腺生物学和疾病研究提供参考	成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率细胞图谱	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	714,331个细胞来自126名女性，117,346个细胞核来自20名女性
7644	2024-10-04	Transcriptional programming of CD4+ TRM differentiation in viral infection balances effector- and memory-associated gene expression 2023-05-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq7486 PMID:37172104	研究论文	研究了在病毒感染后，CD4+ T细胞在小肠中的表型、功能和转录特征，揭示了其与循环T1细胞的共同基因表达程序和染色质可及性特征	首次揭示了CD4+ T细胞在病毒感染后形成的早期T细胞与T1效应细胞之间的发育关系，并比较了CD4+ T细胞与CD8+ T细胞的差异	NA	探讨CD4+ T细胞在病毒感染后的分化和转录调控机制	CD4+ T细胞在小肠中的表型、功能和转录特征	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7645	2024-10-04	A human liver organoid screening platform for DILI risk prediction 2023-05, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.01.019 PMID:36738840	研究论文	本研究评估了人肝类器官（HLOs）在药物性肝损伤（DILI）风险预测中的应用，并将其应用于高吞吐量筛选和芯片系统	开发了基于人肝类器官的高吞吐量筛选平台和芯片系统，用于预测药物性肝损伤风险，并展示了其在临床前药物筛选中的潜力	NA	开发和评估用于药物性肝损伤风险预测的新型体外模型	人肝类器官（HLOs）及其在药物性肝损伤风险预测中的应用	数字病理学	药物性肝损伤	单细胞转录组学	NA	生物化学数据	三个独立的诱导多能干细胞（iPSC）系
7646	2024-10-04	An optimized approach for multiplexing single-nuclear ATAC-seq using oligonucleotide-conjugated antibodies 2023-04-28, Epigenetics & chromatin IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s13072-023-00486-7 PMID:37118773	研究论文	本文介绍了一种使用寡核苷酸偶联抗体进行单核ATAC-seq多重分析的优化方法	开发了一种简单的核哈希方法NuHash，使用寡核苷酸偶联抗体识别核孔复合体蛋白，用于snATAC-seq文库制备的多重分析	NA	研究单细胞分辨率下转录和染色质结构的分析技术	人类和鼠类细胞样本的snATAC-seq分析	基因组学	NA	单核ATAC-seq (snATAC-seq)	NA	基因组数据	9144个核（2-plex）和12,208个核（4-plex）
7647	2024-10-04	Resident macrophage subpopulations occupy distinct microenvironments in the kidney 2022-10-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.161078 PMID:36066976	研究论文	研究了肾脏中常驻巨噬细胞亚群在不同微环境中的分布及其在急性肾损伤后的变化	首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像技术，揭示了肾脏常驻巨噬细胞的7个不同亚群及其在急性肾损伤后的动态变化	研究仅限于急性肾损伤后的短期观察，未探讨长期影响及潜在机制	探讨肾脏常驻巨噬细胞在不同微环境中的功能异质性及其在急性肾损伤后的变化	肾脏常驻巨噬细胞及其在急性肾损伤后的动态变化	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫荧光成像	NA	基因表达数据	NA
7648	2024-10-04	Epigenetic and Transcriptomic Programming of HSC Quiescence Signaling in Large for Gestational Age Neonates 2022-Jun-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23137323 PMID:35806330	研究论文	本文研究了过度胎儿生长对人类造血干细胞（HSC）静止信号的表观遗传和转录调控的影响	首次通过综合分析单细胞表观基因组学和单细胞转录组学，揭示了DNA甲基化变化与HSC功能改变之间的功能联系	NA	探讨过度胎儿生长对HSC静止信号的表观遗传和转录调控的影响	人类造血干细胞（HSC）及其在过度胎儿生长中的表观遗传和转录调控	表观遗传学	NA	单细胞表观基因组学、单细胞转录组学	NA	单细胞数据	来自过度胎儿生长新生儿的造血干细胞（HSC）
7649	2024-10-04	Common clonal origin of conventional T cells and induced regulatory T cells in breast cancer patients 2021-02-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21297-y PMID:33602930	研究论文	研究分析了乳腺癌患者中常规T细胞和诱导调节T细胞的克隆起源	首次揭示了乳腺癌患者中调节T细胞可能源自抗原经验丰富的常规T细胞通过肿瘤内激活转化为次级诱导调节T细胞	NA	探讨乳腺癌患者中调节T细胞的克隆起源及其形成机制	乳腺癌患者中的常规T细胞和诱导调节T细胞	免疫学	乳腺癌	T细胞受体和单细胞转录组测序	NA	转录组	NA
7650	2024-10-04	Atlas of Musculoskeletal Stem Cells with the Soft and Hard Tissue Differentiation Architecture 2020-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202000938 PMID:33304744	研究论文	研究通过高吞吐量单细胞RNA测序分析了E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞，揭示了肌肉骨骼干细胞（MSSC）及其在软硬组织分化中的架构	首次通过单细胞转录组分析揭示了肌肉骨骼干细胞的身份及其在软硬组织分化中的架构，并验证了Scx基因在MSSC自我更新和增殖潜力中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证结果	揭示肌肉骨骼干细胞在肢体发育中的分子机制和细胞程序	E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的肌肉骨骼干细胞及其分化架构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞样本
7651	2024-10-04	Delineation of a molecularly distinct terminally differentiated memory CD8 T cell population 2020-10-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2008571117 PMID:32978300	研究论文	本文描述了一种分子上独特的终末分化记忆CD8 T细胞群体的特征	本文首次识别并描述了一种终末分化效应记忆CD8 T细胞群体（terminal-Tem），该群体在功能和转录上与传统的效应记忆细胞（Tem）不同	本文主要基于小鼠和健康人类个体的研究，未来需要在更多样本和不同疾病状态下验证terminal-Tem的存在和功能	研究目的是识别和描述一种新的终末分化记忆CD8 T细胞群体，并探讨其对免疫记忆和免疫治疗的影响	研究对象是终末分化效应记忆CD8 T细胞（terminal-Tem）及其与传统效应记忆细胞（Tem）的区别	免疫学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）和质谱流式细胞术	NA	细胞	小鼠和健康人类个体的血液样本
7652	2024-10-04	Data denoising with transfer learning in single-cell transcriptomics 2019-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0537-1 PMID:31471617	研究论文	本文展示了在单细胞转录组学数据中使用迁移学习进行数据去噪的方法	通过结合深度自编码器和贝叶斯模型，SAVER-X能够跨不同实验室、不同条件和不同物种的数据提取可迁移的基因间关系，从而提高新目标数据集的质量	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度自编码器	基因表达数据	NA
7653	2024-10-02	Bulk and single-cell transcriptomics identify gene signatures of stem cell-derived NK cell donors with superior cytolytic activity 2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200870 PMID:39346765	研究论文	研究通过批量和单细胞转录组学分析，识别出具有优越细胞毒性活性的干细胞衍生NK细胞供体的基因特征	首次通过批量和单细胞RNA测序，揭示了不同NK细胞供体在分化过程中的转录组特征差异，并定义了能够预测供体细胞毒性潜力的多因素基因表达特征	研究仅限于脐带血干细胞衍生的NK细胞，未涵盖其他来源的NK细胞	识别具有优越抗肿瘤活性的NK细胞供体，以支持有效的NK细胞疗法开发	脐带血干细胞衍生的NK细胞	数字病理学	癌症	RNA测序	NA	基因表达数据	10个脐带血干细胞衍生的NK细胞批次
7654	2024-10-02	Gene Regulatory Network Analysis of Decidual Stromal Cells and Natural Killer Cells 2024-Oct, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-024-01653-1 PMID:39090334	研究论文	本文分析了蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞的基因调控网络，揭示了这些细胞在妊娠早期分化过程中的关键转录因子	首次对蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞亚群进行了基因调控网络分析，并发现了新的蜕膜化驱动转录因子	研究基于第一孕期终止妊娠的单细胞转录组数据，可能无法完全代表正常妊娠过程	探讨蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞在妊娠早期的分化机制及其与妊娠障碍的关系	蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞	NA	妊娠障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	第一孕期终止妊娠的样本
7655	2024-10-02	Intraocular Immune Response in Human Uveitis: Time to Look Beyond Animal Models 2024-Oct, American journal of ophthalmology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.ajo.2024.04.026 PMID:38703799	综述	本文综述了当前和未来研究人类葡萄膜炎眼内免疫反应的方法	单细胞RNA测序（scRNAseq）提供了单细胞分辨率，允许无偏差的免疫谱分析，发现新的细胞亚群	当前技术成本高且劳动密集，且受限于眼内液体中细胞产量低	探讨人类葡萄膜炎眼内免疫反应的研究方法	人类葡萄膜炎患者的眼部组织和液体	NA	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术	NA	组织、液体	NA
7656	2024-10-02	Single-cell transcriptome analysis reveals the regulatory functions of islet exocrine cells after short-time obesogenic diet 2024-Oct, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-024-03883-4 PMID:38806892	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了高脂饮食诱导的早期肥胖中胰岛外分泌细胞亚型的调控功能	首次揭示了高脂饮食诱导的早期肥胖中胰岛外分泌细胞亚型的功能变化及其对胰岛素抵抗的影响	研究仅基于已发表的单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探讨高脂饮食诱导的早期肥胖中胰岛外分泌细胞亚型的功能及其调控机制	高脂饮食诱导的早期肥胖中的胰岛外分泌细胞亚型	数字病理学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26个细胞簇
7657	2024-10-02	Potential different immune phenotypes of macrophages in oral lichen planus by integrating immunofluorescence double staining and single-cell RNA sequencing 2024-Oct, Journal of dental sciences IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.jds.2024.03.002 PMID:39347036	研究论文	本研究通过免疫荧光双染色和单细胞RNA测序技术，探讨了口腔扁平苔藓中巨噬细胞的不同免疫表型及其基因特征	结合免疫荧光双染色和单细胞RNA测序技术，首次全面揭示了口腔扁平苔藓中巨噬细胞的基因特征及其在炎症微环境中的作用	样本量较小，可能影响结果的普适性	研究口腔扁平苔藓中巨噬细胞的表型及其基因特征	口腔扁平苔藓中的巨噬细胞	NA	口腔扁平苔藓	免疫荧光双染色、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11例口腔扁平苔藓组织样本和5例健康对照
7658	2024-10-02	Apigenin ameliorates lupus nephritis by inhibiting SAT3 signaling in CD8+ T cells 2024-Sep-30, Food & function IF:5.1Q1 DOI:10.1039/d4fo02773f PMID:39283308	研究论文	研究了芹菜素通过抑制CD8+ T细胞中的SAT3信号通路改善狼疮性肾炎的效果	首次揭示了芹菜素通过抑制STAT3/IL-17信号通路减少CD8 T细胞招募巨噬细胞，从而改善狼疮性肾炎	研究仅在MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据上进行，需要进一步在人体临床试验中验证	探讨芹菜素对狼疮性肾炎的治疗效果及其潜在机制	芹菜素对MRL/lpr小鼠和LN患者CD8+ T细胞的影响	NA	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	血液样本	MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据
7659	2024-10-02	Exploring tumor microenvironment in molecular subtyping and prognostic signatures in ovarian cancer and identification of SH2D1A as a key regulator of ovarian cancer carcinogenesis 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38014 PMID:39347397	研究论文	研究探讨了卵巢癌中的肿瘤微环境（TME）在分子分型和预后标志物中的作用，并识别出SH2D1A作为卵巢癌致癌的关键调节因子	首次通过共识聚类和机器学习技术构建了基于TME的卵巢癌预后模型，并发现SH2D1A在卵巢癌中的重要作用	研究主要基于体外实验和公共数据库数据，缺乏临床验证	探讨肿瘤微环境在卵巢癌分子分型和预后中的作用，并识别关键调节因子	卵巢癌肿瘤微环境、SH2D1A基因	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	机器学习模型	RNA序列数据	使用了来自TCGA-OV、GSE26712、GSE102073、ICGC、EMTAB8107、GSE118828、GSE130000和GSE154600等多个数据集的样本
7660	2024-10-02	Full-length single-cell BCR sequencing paired with RNA sequencing reveals convergent responses to pneumococcal vaccination 2024-Sep-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06823-0 PMID:39341987	研究论文	本文介绍了一种从3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长B细胞受体（BCR）可变区序列的方法，并应用于研究肺炎链球菌疫苗接种后的B细胞反应	开发了一种新的方法（B3E-seq），可以从广泛使用的3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长BCR可变区序列	NA	研究肺炎链球菌疫苗接种后B细胞的反应	B细胞受体（BCR）和单细胞RNA测序	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	五只婴儿恒河猴