单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7621	2024-10-04	Circadian control of tumor immunosuppression affects efficacy of immune checkpoint blockade 2024-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01859-0 PMID:38806707	研究论文	研究昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响	首次揭示了昼夜节律对免疫抑制细胞丰度的调控作用，并展示了时间依赖的免疫检查点阻断疗法效果	NA	探讨昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响	结直肠癌模型中的免疫抑制细胞和细胞毒性CD8 T细胞	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
7622	2024-10-04	Antitumor efficacy and potential mechanism of FAP-targeted radioligand therapy combined with immune checkpoint blockade 2024-Jun-03, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01853-w PMID:38825657	研究论文	研究了FAP靶向放射配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及其潜在机制	首次展示了Lu-LNC1004与抗PD-L1免疫疗法联合使用在MC38/NIH3T3-FAP肿瘤小鼠模型中的完全肿瘤消除效果，并通过单细胞RNA测序和TCR测序揭示了联合疗法对肿瘤微环境的重新编程	初步临床研究样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨FAP靶向放射配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及其机制	MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植小鼠模型及难治性癌症患者	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), TCR测序	NA	单细胞RNA, T细胞受体	MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植小鼠模型，以及难治性癌症患者
7623	2024-10-04	Large-scale neurophysiology and single-cell profiling in human neuroscience 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07405-0 PMID:38898291	研究论文	本文探讨了大规模单单位人类神经生理学、单细胞RNA测序、空间转录组学和长期体外组织培养等技术在人类神经科学中的应用	介绍了Neuropixels和近期脑细胞图谱工作的发展，并讨论了这些技术的融合如何进一步研究人类大脑网络级活动的细胞基础	NA	旨在为人类神经科学领域提供一个统一的框架，以理解人类大脑的功能细胞结构	人类大脑的细胞基础和网络级活动	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、Neuropixels	NA	单细胞RNA数据、空间转录组数据	NA
7624	2024-10-04	Integrated analyses reveal the diagnostic and predictive values of COL5A2 and association with immune environment in Crohn's disease 2024-06, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00276-5 PMID:38789829	研究论文	研究通过综合分析揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值及其与免疫环境的关联	首次揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值，并探讨了其与免疫环境的关联	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探讨克罗恩病中免疫细胞异常及其与COL5A2的关联，以寻找潜在的诊断和预测标志物	克罗恩病患者的单细胞和批量RNA测序数据，以及COL5A2的表达和功能	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），免疫组化（IHC）	NA	RNA	克罗恩病患者和对照组的RNA测序数据，具体样本数量未明确提及
7625	2024-10-04	Identification of Colorectal Cancer Cell Stemness from Single-Cell RNA Sequencing 2024-04-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0468 PMID:38156967	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别结直肠癌中的癌症干细胞	提出了一个单细胞干细胞特征（SCS_sig），能够稳健地识别表达所有标记基因的结直肠癌干细胞	SCS_sig评分在不同肿瘤间差异较大，反映了结直肠癌转录组的异质性	研究结直肠癌中的癌症干细胞及其与复发的关系	结直肠癌中的癌症干细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6个原发性结肠肿瘤、9个肝转移肿瘤和11个正常对照样本
7626	2024-10-04	APP-CD74 axis mediates endothelial cell-macrophage communication to promote kidney injury and fibrosis 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1437113 PMID:39351084	研究论文	研究揭示了APP-CD74轴在肾损伤和纤维化过程中介导内皮细胞与巨噬细胞之间的通信机制	首次揭示了APP-CD74轴在肾损伤修复过程中内皮细胞与巨噬细胞之间的重要通信作用	研究主要基于体外细胞共培养和小鼠模型，需要进一步的临床验证	探讨肾损伤修复过程中内皮细胞与巨噬细胞之间的复杂动态和多样性	肾损伤和纤维化过程中的内皮细胞与巨噬细胞	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序、Western blot分析、流式细胞术、免疫组化、免疫荧光染色	NA	RNA	使用了单侧输尿管梗阻（UUO）模型和肾缺血再灌注损伤（IRI）模型的数据，以及体外细胞共培养系统
7627	2024-10-04	Integrated analyses reveal IDO1 as a prognostic biomarker coexpressed with PD-1 on tumor-associated macrophages in esophageal squamous cell carcinoma 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1466779 PMID:39351094	研究论文	研究探讨了IDO1在食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境中的表达模式及其对患者预后和治疗反应的影响	首次揭示了IDO1与PD-1在肿瘤相关巨噬细胞中的共表达，并探讨了其对化疗药物敏感性和免疫检查点阻断抵抗性的影响	研究样本量较小，且仅基于TCGA数据库和临床中心的数据，可能存在数据偏倚	研究IDO1在食管鳞状细胞癌中的表达及其对患者预后和治疗反应的影响	食管鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境中的IDO1表达	数字病理学	食管癌	RNA测序、数字免疫组化、多重免疫荧光	NA	RNA序列数据、图像	95名食管鳞状细胞癌患者
7628	2024-10-04	Identification and validation of ferroptosis-related biomarkers in intervertebral disc degeneration 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1416345 PMID:39351146	研究论文	本研究通过分析公共数据集和FerrDb数据库，鉴定并验证了与椎间盘退变相关的铁死亡相关生物标志物	本研究首次系统地鉴定了与椎间盘退变相关的铁死亡相关基因，并验证了其在疾病进展中的表达模式和潜在的免疫调节功能	本研究的样本量较小，且仅限于特定的公共数据集和数据库，未来需要更大规模和多样化的样本进行验证	揭示椎间盘退变中铁死亡的关键基因及其分子机制，为疾病的诊断和治疗提供新的靶点	椎间盘退变中的铁死亡相关基因及其在疾病进展中的表达和功能	生物信息学	骨科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床样本和鼠模型
7629	2024-10-04	Differential modulation of mutant CALR and JAK2 V617F-driven oncogenesis by HLA genotype in myeloproliferative neoplasms 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1427810 PMID:39351227	研究论文	研究HLA基因型对CALR突变和JAK2 V617F驱动的骨髓增殖性肿瘤（MPN）中癌症发生的影响	首次探讨了HLA基因型在CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN中的潜在作用，并发现HLA基因型对这两种突变驱动的癌症发生有不同的限制作用	研究样本量相对较小，且仅限于特定类型的MPN患者	探讨HLA基因型在CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN中的潜在作用	CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN患者	NA	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因型数据	42名CALR突变阳性患者，158名JAK2 V617F阳性患者，1083名健康对照
7630	2024-10-04	From single-cell to spatial transcriptomics: decoding the glioma stem cell niche and its clinical implications 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1475235 PMID:39355251	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，解析了胶质瘤干细胞微环境及其临床意义	首次全面描述了胶质瘤干细胞及其与髓源抑制细胞的相互作用，并开发了一种新的预后标志物GSCS	NA	识别和表征胶质瘤干细胞，分析其与其他细胞类型的相互作用，并开发预后标志物	胶质瘤干细胞及其微环境中的细胞类型	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因调控网络分析、CellChat分析	机器学习算法	RNA测序数据	44个原发性胶质瘤样本
7631	2024-10-04	Machine learning-based identification of an immunotherapy-related signature to enhance outcomes and immunotherapy responses in melanoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1451103 PMID:39355255	研究论文	本文开发了一种基于机器学习的免疫治疗相关基因模型（ITRGM）签名，用于预测黑色素瘤患者的免疫治疗反应和预后	本文通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和多种机器学习算法，识别出66个共识免疫治疗预后基因（CITPGs），并构建了ITRGM签名，该签名在多个黑色素瘤队列中表现优于已发表的37个签名	NA	开发一种稳定的、强健的预测模型，用于将黑色素瘤患者分为'免疫热'和'免疫冷'肿瘤，以增强免疫治疗的效果和预后	黑色素瘤患者的免疫治疗反应和预后	机器学习	黑色素瘤	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、共识聚类、机器学习算法	机器学习模型	RNA测序数据、病理切片	包括两个黑色素瘤队列、三个额外黑色素瘤队列、TCGA-SKCM队列以及八个其他癌症队列
7632	2024-10-04	Analyses of single-cell and bulk RNA sequencing combined with machine learning reveal the expression patterns of disrupted mitophagy in schizophrenia 2024, Frontiers in psychiatry IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fpsyt.2024.1429437 PMID:39355378	研究论文	研究通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习，揭示了精神分裂症中受损线粒体自噬的表达模式	发现了与精神分裂症发病相关的线粒体自噬特征基因，并构建了诊断模型	NA	探讨线粒体自噬与精神分裂症之间的关系，并开发新的诊断和治疗方法	精神分裂症患者的外周血和脑类器官的单细胞RNA测序数据	机器学习	精神分裂症	RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据	精神分裂症患者和健康对照的外周血和脑类器官样本
7633	2024-10-04	Population-level single-cell genomics reveals conserved gene programs in systemic juvenile idiopathic arthritis 2023-11-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI166741 PMID:37733441	研究论文	研究通过单细胞基因组学揭示了系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序	引入了两个新的计算框架UDON和SATAY-UDON，用于定义患者亚型及其相关生物标志物或临床特征，并发现了新的补体和干扰素激活程序	NA	揭示系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序	系统性幼年特发性关节炎患者的外周血单核细胞	基因组学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过1,000名健康捐赠者和系统性幼年特发性关节炎患者的样本
7634	2024-10-04	IL-17 Signaling in Primary Sclerosing Cholangitis Patient-Derived Organoids 2023-Oct-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3406046/v1 PMID:37886596	研究论文	研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎患者来源的类器官中的作用	首次直接评估了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎胆管细胞中的作用	未发现IL-17通路相关基因的罕见变异，但发现了MAPK信号通路的罕见变异	探讨原发性硬化性胆管炎外周胆管细胞类器官对IL-17A刺激的反应	原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学、分泌组分析、基因组测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官
7635	2024-10-04	Single-Nucleus Transcriptome Profiling of Dorsolateral Prefrontal Cortex: Mechanistic Roles for Neuronal Gene Expression, Including the 17q21.31 Locus, in PTSD Stress Response 2023-10-01, The American journal of psychiatry DOI:10.1176/appi.ajp.20220478 PMID:37491937	研究论文	本研究首次使用单核RNA测序技术分析了创伤后应激障碍（PTSD）和重度抑郁症（MDD）患者背外侧前额叶皮质（DLPFC）的基因表达，揭示了细胞类型特异性的转录组病理机制	首次使用单核RNA测序技术在PTSD和MDD患者死后脑组织中进行研究，揭示了细胞类型特异性的基因表达差异	样本量相对较小，且仅限于死后脑组织样本	探讨PTSD和MDD患者背外侧前额叶皮质的细胞类型特异性基因表达机制	PTSD和MDD患者的背外侧前额叶皮质	数字病理学	精神疾病	单核RNA测序	NA	基因表达数据	32个DLPFC样本，包括11个PTSD患者、10个MDD患者和11个对照组，约415,000个细胞核
7636	2024-10-04	Molecular insights using spatial transcriptomics of the distal lung in congenital diaphragmatic hernia 2023-10-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00154.2023 PMID:37605849	研究论文	研究使用空间转录组学技术分析先天性膈疝（CDH）远端肺组织的转录组特征	首次在CDH患者中应用空间转录组学技术，识别不同肺细胞亚群在CDH病理生理中的作用，并强调性别特异性差异	NA	探讨先天性膈疝（CDH）远端肺组织与正常肺组织在转录组水平上的差异	先天性膈疝（CDH）和正常新生儿的远端肺组织	数字病理学	先天性疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	男性和女性CDH及正常新生儿的肺组织样本
7637	2024-10-04	Identification of de novo Mutations in the Chinese Autism Spectrum Disorder Cohort via Whole-Exome Sequencing Unveils Brain Regions Implicated in Autism 2023-Oct, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-023-01037-6 PMID:36881370	研究论文	通过全外显子测序在中国自闭症谱系障碍队列中识别新生突变，揭示与自闭症相关的大脑区域	结合全基因组筛查、单细胞测序和脑成像数据的综合分析，揭示了与自闭症病因相关的大脑区域	东亚自闭症队列在全基因组遗传研究中仍代表性不足	识别中国自闭症谱系障碍队列中的新生突变，并研究其与大脑区域的关系	369个中国自闭症三联体（包括患者及其未受影响的父母）	基因组学	自闭症谱系障碍	全外显子测序	NA	基因组数据、单细胞测序数据、脑成像数据	369个自闭症三联体
7638	2024-10-04	Transcriptomic Profiling Identifies Ferroptosis-Related Gene Signatures in Ischemic Muscle Satellite Cells Affected by Peripheral Artery Disease-Brief Report 2023-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319518 PMID:37675635	研究论文	研究通过转录组分析识别出外周动脉疾病影响下的缺血肌肉卫星细胞中与铁死亡相关的基因特征	首次发现铁死亡相关基因在外周动脉疾病影响的人类骨骼肌中差异表达	样本量较小，仅基于8个捐赠者的样本	探讨外周动脉疾病对肌肉卫星细胞转录组的影响，识别与肌肉病变相关的损伤途径	外周动脉疾病患者的肌肉卫星细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8个捐赠者的25000多个细胞
7639	2024-10-04	Transforming Growth Factor-β Blockade in Pancreatic Cancer Enhances Sensitivity to Combination Chemotherapy 2023-10, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2023.05.038 PMID:37263309	研究论文	研究探讨了在胰腺癌中阻断TGFβ与化疗联合使用的效果	首次证明了TGFβ阻断在胰腺癌模型中增强化疗敏感性的作用，并提供了在临床环境中评估NIS793与FOLFIRINOX或吉西他滨/纳米颗粒（白蛋白结合）紫杉醇联合化疗的理论基础	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究TGFβ阻断在胰腺癌中与化疗联合使用的效果	胰腺癌细胞及其微环境	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序和免疫荧光	NA	RNA序列和免疫荧光图像	使用了正位胰腺癌模型中的小鼠样本
7640	2024-10-04	Divergent Actions of Renal Tubular and Endothelial Type 1 IL-1 Receptor Signaling in Toxin-Induced AKI 2023-10-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000191 PMID:37545036	研究论文	研究IL-1受体1在肾小管和内皮细胞中的不同信号传导对毒素诱导的急性肾损伤的影响	发现IL-1R1在肾小管和内皮细胞中的激活对急性肾损伤有相反的影响，肾小管中的激活加剧损伤，而内皮细胞中的激活减轻损伤	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证结果	探讨IL-1R1在不同肾脏细胞类型中的信号传导对急性肾损伤的影响	IL-1R1在肾小管和内皮细胞中的信号传导	NA	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的肾脏组织样本