单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7621	2024-10-05	Exploring the potential mechanism of Radix Bupleuri in the treatment of sepsis: a study based on network pharmacology and molecular docking 2024-Oct-01, BMC complementary medicine and therapies IF:3.3Q1 DOI:10.1186/s12906-024-04637-5 PMID:39354431	研究论文	本研究利用网络药理学和分子对接技术探讨柴胡治疗脓毒症的潜在机制	首次结合网络药理学和RNA-seq技术，系统分析了柴胡在脓毒症治疗中的活性成分和潜在靶点，并通过分子对接和分子动力学模拟验证了关键靶点的结合能力	样本量较小，且仅基于公共数据库的数据进行分析，缺乏临床试验验证	探讨柴胡治疗脓毒症的潜在机制	柴胡的活性成分及其在脓毒症治疗中的潜在靶点	网络药理学	脓毒症	RNA-seq	分子对接	基因表达数据	23名脓毒症患者和10名健康参与者
7622	2024-10-05	Superior antitumor immune response achieved with proton over photon immunoradiotherapy is amplified by the nanoradioenhancer NBTXR3 2024-Oct-01, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02855-0 PMID:39354474	研究论文	比较了光子放疗（XRT）和质子放疗（PRT）结合免疫检查点阻断（αPD1）在免疫放疗（IRT）中的疗效，并评估了纳米颗粒放射增敏剂NBTXR3的影响	发现质子放疗结合NBTXR3在治疗αPD1耐药肺癌中表现出优于光子放疗的效果，并能增强记忆性抗肿瘤免疫反应	研究仅限于小鼠模型，需要进一步在临床试验中验证	探讨质子放疗与光子放疗在免疫放疗中的相对疗效，并评估NBTXR3的增效作用	αPD1耐药的肺癌（344SQR）小鼠模型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	涉及多个小鼠模型和三种不同的肺癌细胞系
7623	2024-10-05	Expression, DNA methylation pattern and transcription factor EPB41L3 in gastric cancer: a study of 262 cases 2024-Oct-01, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01849-7 PMID:39354571	研究论文	研究胃癌中EPB41L3基因的表达、DNA甲基化模式及转录因子调控	揭示了EPB41L3基因非CpG甲基化与胃癌进展的关联，并识别了关键的转录因子和下游分子	NA	阐明EPB41L3在胃癌中的表达和甲基化，识别调控转录因子及受影响的下游通路	胃癌组织中的EPB41L3基因及其甲基化模式	数字病理学	胃癌	免疫组化、高吞吐量亚硫酸氢盐测序、染色质免疫沉淀-定量PCR、荧光素酶报告基因检测、RNA测序	NA	组织样本	262例胃癌患者
7624	2024-10-05	Application of a single-cell-RNA-based biological-inspired graph neural network in diagnosis of primary liver tumors 2024-Oct-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05670-1 PMID:39354613	研究论文	本文提出了一种基于单细胞RNA测序数据的生物启发图神经网络框架，用于原发性肝肿瘤的分子诊断	该框架利用细胞间通信网络的生物合理性，通过整合细胞簇内的通路激活特征和建模单向细胞间通信，实现了对恶性肿瘤和良性肿瘤的稳健区分	NA	开发一种新的诊断方法，利用单细胞RNA测序数据进行原发性肝肿瘤的分子诊断	原发性肝肿瘤，包括肝细胞癌（HCC）、肝内胆管癌（iCCA）和局灶性结节性增生（FNH）	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络	单细胞RNA测序数据	NA
7625	2024-10-05	Novel FABP4+C1q+ macrophages enhance antitumor immunity and associated with response to neoadjuvant pembrolizumab and chemotherapy in NSCLC via AMPK/JAK/STAT axis 2024-Oct-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07074-x PMID:39353883	研究论文	研究了新型FABP4+C1q+巨噬细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）患者中增强抗肿瘤免疫的作用及其与新辅助派姆单抗和化疗（NAPC）疗效的关系	发现了与新辅助化疗免疫疗法疗效相关的新型FABP4C1q巨噬细胞亚型，并揭示了其通过AMPK/JAK/STAT轴增强抗炎和吞噬能力的机制	NA	探讨新辅助派姆单抗和化疗在非小细胞肺癌中的疗效机制及预测标志物	非小细胞肺癌患者及其肿瘤组织和淋巴结中的巨噬细胞亚型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
7626	2024-10-05	SAE-Impute: imputation for single-cell data via subspace regression and auto-encoders 2024-Oct-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05944-x PMID:39354334	研究论文	本文介绍了一种名为SAE-Impute的新计算方法，通过结合子空间回归和自动编码器来提高单细胞数据插补的准确性和可靠性	SAE-Impute通过子空间回归评估样本相关性，并在自动编码器框架内利用这些预测进行插值，从而解决了现有方法忽略样本间相关性的问题	NA	解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高数据分析的准确性和可靠性	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	基因表达数据	模拟和真实单细胞RNA测序数据集
7627	2024-10-05	ScRNAbox: empowering single-cell RNA sequencing on high performance computing systems 2024-Oct-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05935-y PMID:39354372	研究论文	介绍了一种名为scRNAbox的创新性单细胞RNA测序分析管道，专为高性能计算系统设计	scRNAbox是一个端到端的解决方案，通过SLURM工作负载管理器高效处理标准和Hashtag样本的原始数据，并集成了质量控制过滤、样本整合、聚类、聚类注释工具以及细胞类型特异性差异基因表达分析	NA	开发一个用户友好且适用于高性能计算系统的单细胞RNA测序数据处理和分析管道	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个公开数据集
7628	2024-10-05	Comprehensive analysis of bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics revealed IER3 for predicting malignant progression and immunotherapy efficacy in glioma 2024-Oct-01, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03511-1 PMID:39354533	研究论文	本研究通过综合分析批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了IER3在预测胶质瘤恶性进展和免疫治疗效果中的作用	首次全面分析了IER3在胶质瘤中的表达及其与预后、免疫治疗效果的关系	NA	探讨IER3在胶质瘤病理中的作用及其作为生物标志物的潜力	IER3在胶质瘤中的表达及其与预后、免疫治疗效果的关系	数字病理学	脑肿瘤	免疫组化、免疫荧光、Cox回归分析、Kaplan-Meier曲线	NA	RNA测序数据	公开的胶质瘤数据集
7629	2024-10-05	Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C 2024-Sep-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51995-2 PMID:39341835	研究论文	研究探讨了缺氧诱导的ROS抗性记忆在再氧合过程中的作用及其通过MUC1-C促进转移的机制	首次揭示了缺氧后细胞在再氧合过程中保留缺氧诱导基因表达的现象，并证明了MUC1-C在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探讨缺氧如何通过MUC1-C促进肿瘤转移	乳腺癌细胞及其在缺氧和再氧合条件下的基因表达和转移能力	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	涉及动物模型和患者来源的异种移植模型
7630	2024-10-05	Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of dendritic-like "hybrid" neutrophils from skull bone marrow 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.008 PMID:39255776	研究论文	研究揭示了胶质母细胞瘤如何诱导颅骨骨髓中的中性粒细胞招募和分化为具有树突状特征的“混合”中性粒细胞，并探讨了这些细胞在肿瘤微环境中的作用	首次发现胶质母细胞瘤诱导颅骨骨髓中的中性粒细胞分化为具有树突状特征的“混合”中性粒细胞，并揭示了这些细胞在抑制肿瘤生长中的作用	NA	探讨肿瘤相关中性粒细胞在胶质母细胞瘤生物学中的作用	胶质母细胞瘤、肿瘤相关中性粒细胞、颅骨骨髓	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	患者和鼠类胶质母细胞瘤样本
7631	2024-10-05	Immunobiology of primary sclerosing cholangitis 2024-Sep-02, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001080 PMID:39226402	综述	本文综述了原发性硬化性胆管炎（PSC）的免疫生物学最新进展	重点介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在PSC研究中的应用	NA	全面概述PSC的免疫生物学机制	PSC相关的免疫细胞类型及其在疾病中的作用	NA	肝胆疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
7632	2024-10-05	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of MYH11+ tumour-associated fibroblasts between left-sided and right-sided colorectal cancer 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70102 PMID:39294858	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了左半结肠癌和右半结肠癌中MYH11+肿瘤相关成纤维细胞的异质性	首次全面注释了左半结肠癌和右半结肠癌的特征和差异，并发现了一种新的MYH11+癌症相关成纤维细胞亚群	样本量较小，仅包括12例左半结肠癌和10例右半结肠癌患者	探讨左半结肠癌和右半结肠癌的异质性及其潜在机制	左半结肠癌和右半结肠癌患者的免疫和基质细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12例左半结肠癌和10例右半结肠癌患者
7633	2024-10-05	Identification of functional heterogeneity of immune cells and tubular-immune cellular interplay action in diabetic kidney disease 2024-Sep, Journal of translational internal medicine IF:4.7Q1 DOI:10.2478/jtim-2023-0130 PMID:39360161	研究论文	研究探讨了糖尿病肾病中免疫细胞的功能异质性和肾小管-免疫细胞相互作用	首次揭示了dapagliflozin治疗对M2巨噬细胞抗炎功能的代谢转变，并识别了新的分子特征和信号通路	研究主要基于数据库分析和免疫组化验证，缺乏体内实验验证	探讨糖尿病肾病中免疫细胞的异质性和治疗机制	糖尿病肾病中的免疫细胞和肾小管细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	58760个细胞
7634	2024-10-05	Spatial Transcriptomics Analysis: Maternal Obesity Impairs Myogenic Cell Migration and Differentiation during Embryonic Limb Development 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179488 PMID:39273445	研究论文	研究母体肥胖对胚胎肢体发育过程中肌细胞迁移和分化的影响	首次探讨了母体肥胖对肌细胞迁移相关生物过程的抑制作用	仅使用了C57BL/6小鼠模型，样本量较小	探讨母体肥胖对胚胎肢体发育过程中肌细胞迁移和分化的影响	C57BL/6小鼠胚胎的肌细胞迁移和分化	数字病理学	肥胖症	GeoMx DSP平台	NA	基因表达数据	C57BL/6小鼠胚胎，E13.5期，样本量未明确提及
7635	2024-10-05	Role of Neutrophils in the Development of Steatotic Liver Disease 2024-Aug, Seminars in liver disease IF:4.3Q1 DOI:10.1055/s-0044-1789207 PMID:39117322	综述	本文综述了中性粒细胞在脂肪肝疾病发展中的生物学作用及其作为治疗靶点的潜力	本文介绍了中性粒细胞在无菌性炎症中的作用，这是脂肪肝疾病发病机制的关键组成部分	尽管技术进步如单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞亚群的存在，但这些不同亚群如何不同地参与脂肪肝疾病的发展仍不清楚	探讨中性粒细胞在脂肪肝疾病发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	中性粒细胞及其在脂肪肝疾病中的作用	NA	脂肪肝疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
7636	2024-10-05	The dynamic behavior of chromatophores marks the transition from bands to spots in leopard geckos 2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400486121 PMID:38976731	研究论文	研究豹纹守宫皮肤颜色从带状到斑点的转变过程	首次揭示了豹纹守宫皮肤颜色从带状到斑点的转变机制，并通过遗传分析和单细胞转录组学分析确定了关键基因的作用	研究主要集中在豹纹守宫的特定基因型，可能不适用于其他物种或基因型	探讨爬行动物皮肤颜色形成的发育过程和分子信号通路	豹纹守宫的带状和斑点皮肤模式	NA	NA	单细胞转录组学分析	NA	基因序列	豹纹守宫的胚胎皮肤样本
7637	2024-10-05	Single-cell analysis reveals an antiviral network that controls Zika virus infection in human dendritic cells 2024-May-14, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00194-24 PMID:38567950	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了人类树突状细胞对寨卡病毒感染的抗病毒反应	首次在单细胞水平上揭示了寨卡病毒感染时抗病毒网络的组成和功能	研究仅限于人类树突状细胞，未涉及其他细胞类型	深入理解宿主对寨卡病毒感染的反应机制	人类树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	一批人类单核细胞衍生的树突状细胞
7638	2024-10-05	Stimulation of fracture mineralization by salt-inducible kinase inhibitors 2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2024.1450611 PMID:39359266	研究论文	研究盐诱导激酶抑制剂对骨折矿化的刺激作用	首次测试了盐诱导激酶抑制剂YKL-05-099对骨折愈合的加速作用，并开发了基于水凝胶的siRNA递送系统	NA	研究盐诱导激酶抑制剂对骨折愈合的影响	骨折愈合过程中的矿化和组织结构	NA	NA	RT-qPCR, 单细胞RNA测序, μCT成像	NA	RNA, 图像	126只雌性小鼠
7639	2024-10-05	Recent progress and applications of single-cell sequencing technology in breast cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1417415 PMID:39359479	综述	本文综述了单细胞测序技术在乳腺癌研究中的最新进展和应用	单细胞RNA测序和单细胞DNA测序技术结合多组学技术，显著增强了我们对肿瘤微环境中细胞多样性的理解	NA	探讨单细胞测序技术在乳腺癌研究中的潜力，特别是其在解码驱动疾病进展、治疗抵抗和转移的复杂基因组景观中的作用	乳腺癌及其肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞DNA测序	NA	基因组数据	NA
7640	2024-10-05	Food antigens suppress small intestinal tumorigenesis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1373766 PMID:39359724	研究论文	研究食物抗原在小肠肿瘤发生中的抑制作用	首次报道食物抗原通过Peyer's patches（PPs）在小肠肿瘤发生中起到抑制作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨食物抗原在小肠肿瘤发生中的作用	小肠肿瘤、Peyer's patches（PPs）、食物抗原	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠模型中的免疫细胞