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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7601 | 2025-10-06 |
Villus myofibroblasts are developmental and adult progenitors of mammalian gut lymphatic musculature
2024-05-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.005
PMID:38537630
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和定量谱系追踪揭示了小鼠肠道绒毛平滑肌的发育起源和维持机制 | 首次发现绒毛肌成纤维细胞作为肠道淋巴管肌层在发育期和成年期的祖细胞,并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在平滑肌纤维组装和脂肪吸收中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类肠道中验证 | 探究肠道绒毛平滑肌的形成、组装和维持机制 | 小鼠肠道绒毛平滑肌细胞和淋巴管乳糜管 | 发育生物学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序,定量谱系追踪 | NA | 基因表达数据,谱系追踪数据 | 小鼠肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7602 | 2025-10-06 |
Metaplastic regeneration in the mouse stomach requires a reactive oxygen species pathway
2024-05-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.002
PMID:38521055
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠胃部损伤后胃主细胞通过活性氧途径进行化生再生的机制 | 首次在单细胞分辨率下阐明了活性氧和线粒体调控在胃部化生再生中的关键作用,并发现该机制同样适用于胰腺腺泡细胞 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究胃部损伤后化生再生的分子机制 | 小鼠胃部细胞和胰腺腺泡细胞 | 单细胞生物学 | 胃部疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7603 | 2025-10-06 |
Single-cell assessment of primary and stem cell-derived human trophoblast organoids as placenta-modeling platforms
2024-03-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.023
PMID:38359834
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研究论文 | 通过单细胞转录组学评估源自原代滋养层细胞和滋养层干细胞的类器官作为胎盘建模平台的准确性 | 首次系统比较原代滋养层细胞和干细胞来源的滋养层类器官在重现体内发育轨迹方面的差异,发现干细胞来源类器官中存在体内几乎不存在的扩展祖细胞状态 | 发现当前滋养层类器官平台在细胞组成、分化和转录调控方面存在一定程度的不匹配 | 评估不同来源的滋养层类器官作为胎盘研究模型的准确性 | 人类滋养层干细胞和原代滋养层细胞来源的类器官 | 单细胞生物学 | 胎盘发育相关疾病 | 单细胞转录组学 | 类器官模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7604 | 2025-10-06 |
Construction of single-cell cross-species chromatin accessibility landscapes with combinatorial-hybridization-based ATAC-seq
2024-03-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.015
PMID:38330939
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研究论文 | 开发了一种基于组合杂交的单细胞ATAC测序方法,构建了跨物种染色质可及性图谱 | 开发了名为CH-ATAC-seq的新型单细胞ATAC测序方法,首次实现了斑马鱼、果蝇和蚯蚓等非哺乳动物物种的单细胞染色质可及性图谱构建 | NA | 探索脊椎动物和无脊椎动物间保守的调控程序 | 斑马鱼、果蝇、蚯蚓、人类、猴子和小鼠的细胞 | 表观基因组学 | NA | 单细胞ATAC测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组测序数据 | 约80万个细胞类型特异性cCREs,152种主要细胞类型 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 组合杂交单细胞ATAC测序(CH-ATAC-seq) |
7605 | 2025-10-06 |
Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm
2024-03-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019
PMID:38354738
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研究论文 | 本研究通过Wnt信号剂量梯度实验结合单细胞RNA测序,发现曲尼司特可协同激活Wnt信号促进心脏谱系分化 | 建立整合实验数据集、预测模型和小分子数据库的工作流程,首次发现曲尼司特对心脏中胚层分化的调控作用 | 仅使用hiPSC和鹌鹑胚胎验证,尚未在更复杂的哺乳动物模型中进行测试 | 探索Wnt信号在干细胞分化过程中的分子调控机制 | 人诱导多能干细胞(hiPSC)和鹌鹑胚胎 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 多元回归模型, 体外分化分析, 体内胚胎分析 | 多元回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7606 | 2025-10-06 |
Characterization of the human fetal gonad and reproductive tract by single-cell transcriptomics
2024-02-26, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.006
PMID:38295793
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析人类胎儿性腺及生殖道的细胞组成和分子特征 | 首次对妊娠早期和中期人类胎儿性腺及相邻生殖道进行单细胞转录组分析,揭示了性别分化过程中的形态和分子变化 | NA | 研究人类胎儿性别特异性性腺发生和生殖道发育过程 | 人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 妊娠早期和中期男女性胎儿样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7607 | 2025-10-06 |
The soil emergence-related transcription factor PIF3 controls root penetration by interacting with the receptor kinase FER
2024-02-26, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.001
PMID:38295794
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子PIF3通过与受体激酶FER相互作用调控植物根系穿透土壤的机制 | 首次发现FER-PIF3信号通路在根系土壤穿透中的关键作用,并阐明其通过调控机械敏感离子通道PIEZO和外根冠细胞脱落的分子机制 | 研究主要基于拟南芥和少量大豆突变体,在其他作物中的普适性需要进一步验证 | 探究植物根系穿透土壤的分子调控机制 | 拟南芥和大豆的根系组织 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 生化实验, 成像技术, 遗传学实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 细胞成像数据 | 拟南芥和大豆突变体根系样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7608 | 2025-10-06 |
Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention
2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.28.560068
PMID:37808782
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研究论文 | 开发了一种基于分组视觉注意力的Transformer模型,从组织学图像预测癌症转录组 | 首次将Transformer架构应用于组织学图像进行全转录组预测,并展示了在空间基因表达预测和临床预后中的应用 | 模型在组织水平训练,空间基因表达预测能力仍需进一步验证 | 从组织学图像中预测癌症转录组特征 | 9种癌症类型的肿瘤样本 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习,转录组分析 | Transformer | 组织学图像,基因表达数据 | 预训练:1,802个正常组织样本;训练评估:4,331个肿瘤样本;验证:1,305个肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7609 | 2025-10-06 |
Origin and adult renewal of the gut lacteal musculature from villus myofibroblasts
2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.19.523242
PMID:36712064
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研究论文 | 本研究揭示了肠道绒毛平滑肌细胞的起源和成年更新机制 | 发现绒毛上皮下成纤维细胞前体通过中间收缩性肌成纤维细胞样表型成熟为平滑肌纤维的连续谱系,并鉴定NOTCH3-DLL4信号轴调控绒毛平滑肌与乳糜管组装 | 研究主要基于小鼠模型,人类肠道中的适用性需进一步验证 | 探究肠道绒毛平滑肌细胞的形成、分化和修复机制 | 小鼠肠道组织 | 发育生物学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序,定量谱系追踪 | NA | 基因表达数据,谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7610 | 2025-10-06 |
Schlafen4+-MDSC in Helicobacter-induced gastric metaplasia reveals role for GTPases
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1139391
PMID:37334372
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研究论文 | 本研究揭示了幽门螺杆菌感染胃部中SLFN4+髓源性抑制细胞通过GTPase通路调控免疫抑制功能的新机制 | 首次发现SLFN4在MDSC中调控GTPase通路活性,并阐明其通过抑制ROS产生维持MDSC功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明SLFN4+MDSC在幽门螺杆菌诱导的胃黏膜肠化生中的身份特征和功能作用 | 幽门螺杆菌感染小鼠的免疫细胞和胃组织 | 单细胞生物学 | 胃癌前病变 | 单细胞RNA测序, siRNA敲低, GTPase活性检测, ROS定量, 凋亡检测 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质活性数据, 细胞功能数据 | 未感染和6个月幽门螺杆菌感染小鼠的免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7611 | 2025-10-06 |
Exploring Sex Differences in Type 2 Diabetes via a Male-Dominant Beta-Cell Cluster from Single-Cell Pancreatic Sequencing of Public Datasets
2025-May-19, Endocrinology and metabolism (Seoul, Korea)
DOI:10.3803/EnM.2025.2297
PMID:40389209
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研究论文 | 通过分析公共单细胞数据集发现男性主导的β细胞簇,揭示2型糖尿病性别差异的分子机制 | 首次在2型糖尿病患者中鉴定出男性主导的β细胞亚群,并系统分析其基因表达特征和细胞间通讯模式 | 基于公共数据集进行二次分析,样本来源和数量受原始研究限制 | 探索2型糖尿病性别差异的分子基础 | 2型糖尿病患者的胰腺β细胞 | 单细胞基因组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序,轨迹推断,差异基因表达分析,基因集富集分析,细胞间通讯分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | 四个公共数据集整合分析 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
7612 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets
2025-May-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02636-7
PMID:40381082
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研究论文 | 通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和孟德尔随机化分析,识别结直肠癌的潜在治疗靶点 | 首次将单细胞转录组学与转录组-蛋白质组孟德尔随机化相结合,解析结直肠癌发病机制中的细胞类型特异性驱动基因 | 依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 识别结直肠癌发病机制中的关键因果基因 | 结直肠癌相关基因和细胞类型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, GWAS, eQTL分析, pQTL分析, 孟德尔随机化 | 孟德尔随机化模型, SMR分析 | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
7613 | 2025-10-06 |
Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis
2025-May-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02649-2
PMID:40381129
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研究论文 | 通过综合分析内质网自噬调控基因对肝细胞癌微环境的影响 | 首次结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析,系统研究ER-phagy基因在肝癌微环境中的作用 | 研究为初步探索,需要进一步实验验证ER-phagy基因的具体作用机制 | 阐明内质网自噬调控基因在肝细胞癌微环境中的作用及其临床意义 | 肝细胞癌患者样本及相关的免疫细胞(T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 孟德尔随机化, 生物信息学分析 | 预后预测模型 | 单细胞测序数据, 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7614 | 2025-10-06 |
Machine learning and single-cell analysis uncover distinctive characteristics of CD300LG within the TNBC immune microenvironment: experimental validation
2025-May-17, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01690-3
PMID:40382513
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研究论文 | 通过机器学习和单细胞分析揭示CD300LG在三阴性乳腺癌免疫微环境中的独特特征并进行实验验证 | 首次将四种机器学习算法与单细胞测序数据相结合,系统鉴定CD300LG作为TNBC的新型预后生物标志物 | NA | 研究CD300LG在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的关键功能 | 三阴性乳腺癌患者的转录组和单细胞数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, CIBERSORT, ssGSEA, TIDE, TCGA分析 | 四种机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7615 | 2025-10-06 |
Mendelian randomization analysis reveals potential association between allergic rhinitis and nasopharyngeal carcinoma
2025-May-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02658-1
PMID:40382519
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研究论文 | 通过孟德尔随机化分析探索过敏性鼻炎与鼻咽癌之间的潜在关联,并利用单细胞测序解析鼻咽癌肿瘤微环境的免疫特征 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞测序技术系统揭示鼻咽癌与过敏性鼻炎的潜在关联,并识别出三个独特的B细胞亚群及其时空动态变化 | 未明确说明样本来源和具体样本量,研究结果需要进一步实验验证 | 探索鼻咽癌的免疫微环境特征及其与并发症的关联机制 | 鼻咽癌肿瘤微环境中的免疫细胞和基因表达 | 生物信息学 | 鼻咽癌 | 孟德尔随机化分析, 单细胞测序, 基因表达谱分析, 时空分析 | NA | 基因组数据, 单细胞测序数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7616 | 2025-10-06 |
BAX-mediated ammonia-driven cell death: a novel prognostic and therapeutic target in clear cell renal cell carcinoma
2025-May-17, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00764-3
PMID:40382614
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研究论文 | 本研究构建了透明细胞肾细胞癌的氨相关特征模型,发现BAX介导的氨驱动细胞死亡通路可作为预后标志物和治疗靶点 | 首次在ccRCC中系统研究氨相关细胞死亡机制,鉴定BAX为关键基因并揭示其与免疫抑制细胞的相互作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,需要更多体内实验验证 | 探索氨相关细胞死亡在透明细胞肾细胞癌中的预后和治疗价值 | 透明细胞肾细胞癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序,细胞增殖实验,克隆形成实验,迁移和侵袭实验 | 预后模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 多个独立队列包括TCGA、PMID 35,440,542队列、E-MTAB-1980和GSE29609 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7617 | 2025-10-06 |
Navigating single-cell RNA-sequencing: protocols, tools, databases, and applications
2025-May-17, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00044-5
PMID:40382658
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综述 | 本文全面探讨了单细胞RNA测序技术的协议、工具、数据库和应用领域 | 系统性地总结了单细胞RNA测序数据分析的挑战与优化方法,强调了增强单细胞水平分辨率和准确性的创新技术 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据和研究 | 探讨单细胞RNA测序技术的发展现状、挑战和应用前景 | 单细胞RNA测序技术及其在生物医学研究中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7618 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptomic atlas of immune cells in Wilson disease identifies copper-specific immune regulation
2025-May-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112450
PMID:40384935
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序构建威尔逊病免疫细胞图谱,揭示铜特异性免疫调控机制 | 首次在威尔逊病中建立单细胞水平的免疫细胞图谱,发现铜浓度异常对HLA分子表达和抗原处理通路的影响 | 样本量有限,主要关注外周血单个核细胞,未涉及其他组织类型 | 研究铜代谢异常对免疫调控和造血发育的影响机制 | 威尔逊病患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 威尔逊病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 威尔逊病患者和健康供者的PBMCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7619 | 2025-10-06 |
Overcoming myeloid-driven resistance to CAR T therapy by targeting SPP1
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646202
PMID:40236117
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现SPP1+巨噬细胞在胶质瘤CAR T细胞治疗耐药性中的关键作用,并证实抗SPP1抗体可逆转免疫抑制微环境 | 首次通过单细胞RNA测序揭示SPP1+巨噬细胞在CAR T治疗耐药中的核心机制,并证明靶向SPP1可有效克服耐药性 | 研究主要聚焦胶质瘤模型,在其他实体瘤中的普适性需要进一步验证 | 探索实体瘤对CAR T细胞治疗产生耐药性的机制并开发克服策略 | 胶质瘤患者样本和干扰素信号缺陷的同源小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 41例胶质瘤患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7620 | 2025-10-06 |
Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON
2025-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59801-3
PMID:40368943
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PHOTON的高分辨率空间转录组学方法,能够在亚细胞水平分析RNA的空间分布 | 开发了结合高分辨率成像与高通量测序的PHOTON方法,首次实现亚细胞分辨率的空间转录组分析 | NA | 开发能够分析RNA亚细胞空间分布的新技术方法 | 卵巢颗粒细胞、核仁、线粒体、应激颗粒等亚细胞结构 | 空间转录组学 | NA | 高分辨率成像、高通量测序 | NA | 空间转录组数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | PHOTON | 结合高分辨率成像与高通量测序的空间转录组平台,具有亚细胞分辨率 |