单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7601	2024-10-04	A sexually dimorphic hepatic cycle of periportal VLDL generation and subsequent pericentral VLDLR-mediated re-uptake 2024-Sep-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52751-2 PMID:39341814	研究论文	研究揭示了性别差异对肝脏功能时空逻辑的影响，特别是VLDL的生成和再摄取过程	首次通过单细胞RNA测序揭示了性别、空间和时间对肝脏解毒和脂蛋白代谢的显著影响	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限，且未涵盖所有年龄段和性别	探讨性别差异如何影响肝脏功能的时空逻辑	小鼠和人类的肝脏功能，特别是VLDL的生成和再摄取	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类样本，具体数量未明确提及
7602	2024-10-04	Combination of bulk RNA and single-cell sequencing unveils PANoptosis-related immunological ecology hallmarks and classification for clinical decision-making in hepatocellular carcinoma 2024-09-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73847-1 PMID:39342037	研究论文	本文通过结合bulk RNA和单细胞测序技术，揭示了肝细胞癌中PANoptosis相关的免疫生态特征，并提出了用于临床决策的分类系统	本文首次结合bulk RNA和单细胞测序技术，系统解析了PANoptosis在肝细胞癌中的分子和免疫生态特征，并开发了基于机器学习的PANoptosis评分系统，为个性化治疗提供了新思路	本文主要基于RNA测序数据，未涉及其他类型的数据如蛋白质组学数据，可能影响结果的全面性	研究PANoptosis在肝细胞癌中的免疫生态特征及其对临床决策的影响	肝细胞癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	肝癌	RNA测序	机器学习	RNA	101个样本
7603	2024-10-04	Pharmacological targets and validation of remdesivir for the treatment of COVID-19-associated pulmonary fibrosis: A network-based pharmacology and bioinformatics study 2024-Sep-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039062 PMID:39331891	研究论文	本研究利用生物信息学和网络药理学方法，探讨瑞德西韦在治疗COVID-19相关肺纤维化中的靶点和分子机制	本研究首次通过网络药理学和生物信息学方法，系统分析了瑞德西韦在COVID-19相关肺纤维化治疗中的潜在机制，并验证了其关键靶点	研究主要基于公开数据库和模拟分析，缺乏体内外实验验证	探讨瑞德西韦在治疗COVID-19相关肺纤维化中的靶点和分子机制	瑞德西韦在COVID-19相关肺纤维化治疗中的靶点和分子机制	生物信息学	肺纤维化	网络药理学、分子对接	NA	基因组数据、蛋白质相互作用数据	利用公开的组织学和单细胞测序数据库进行验证
7604	2024-10-04	Adaptive circuits for action and value information in rodent operant learning 2024-Sep-26, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2024.09.003 PMID:39341460	综述	本文综述了啮齿动物操作性学习中支持行为和价值信息适应的神经回路	探讨了中脑多巴胺神经元在整合动作启动和奖励反馈中的复杂作用，并讨论了单细胞RNA测序等转录组分析技术在操作性学习中的应用	NA	深入理解啮齿动物操作性学习中的神经回路机制	啮齿动物操作性学习中的神经回路、突触可塑性和基因表达变化	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7605	2024-10-04	Immunosuppressive tumor microenvironment in gastric signet-ring cell carcinoma 2024-Sep-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v15.i9.1126 PMID:39351457	研究论文	研究胃印戒细胞癌（GSRCC）的免疫抑制性肿瘤微环境（TME）及其与预后的关系	通过单细胞RNA测序和时间飞行质谱流式细胞术技术，揭示了GSRCC中独特的免疫抑制性TME，并探讨了其与预后的关联	NA	探讨胃印戒细胞癌的免疫抑制性肿瘤微环境及其与预后的关系，以期开发更有效的免疫治疗策略	胃印戒细胞癌（GSRCC）的肿瘤微环境及其免疫抑制性特征	NA	胃癌	单细胞RNA测序、时间飞行质谱流式细胞术	NA	RNA	NA
7606	2024-10-04	Uncovering the Bronchoalveolar Single-Cell Landscape of Patients With Pulmonary Tuberculosis With Human Immunodeficiency Virus Type 1 Coinfection 2024-Sep-23, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae042 PMID:38412342	研究论文	研究了HIV-1和肺结核共感染患者的支气管肺泡灌洗液中的单细胞转录组景观	首次使用单细胞RNA测序技术分析了HIV-1和肺结核共感染患者的肺部免疫细胞组成和功能变化	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨HIV-1感染对肺结核患者肺部免疫反应的影响	HIV-1和肺结核共感染患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	数字病理学	肺结核	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	19名患者，其中9名HIV-1和肺结核共感染，10名仅肺结核
7607	2024-10-04	Single-cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes that Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-Sep-23, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857 PMID:39312185	研究论文	研究揭示了乳腺癌骨转移中衰老的成骨细胞通过分泌衰老相关分泌表型（SASP）促进骨破坏的机制	首次发现乳腺癌骨转移中的成骨细胞会提前衰老并表现出SASP，从而促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探讨乳腺癌骨转移中骨微环境的重新编程机制，寻找治疗骨转移的新方法	乳腺癌骨转移中的成骨细胞及其衰老状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和乳腺癌患者的成骨细胞样本
7608	2024-10-04	mosna reveals different types of cellular interactions predictive of response to immunotherapies and survival in cancer 2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.16.532947 PMID:36993595	研究论文	开发了一个名为mosna的Python包，用于分析空间组学数据并整合临床或生物学数据，以揭示细胞相互作用模式或组织架构	mosna包整合了多种算法和条件，如临床数据，使得空间组学数据的分析更加便捷和全面	NA	开发一种工具，使空间组学数据的分析更加便捷，并能整合临床数据以揭示细胞相互作用和组织架构	空间组学数据和临床数据	生物信息学	癌症	空间组学	机器学习模型	蛋白质组学数据	两个空间解析的蛋白质组学数据集
7609	2024-10-04	DrugReSC: targeting disease-critical cell subpopulations with single-cell transcriptomic data for drug repurposing in cancer 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae490 PMID:39350337	研究论文	本文提出了一种利用单细胞转录组数据进行药物再利用的新方法DrugReSC	DrugReSC利用单细胞RNA测序数据，针对疾病病理关键的细胞亚群进行药物再利用，构建了药物与细胞的转录关系矩阵，并使用基于排列的方法评估药物对细胞表型变化的贡献	NA	开发一种利用单细胞转录组数据进行药物再利用的新方法，以推进癌症精准医学	癌症中的关键细胞亚群	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个癌症案例
7610	2024-10-04	scPanel: a tool for automatic identification of sparse gene panels for generalizable patient classification using scRNA-seq datasets 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae482 PMID:39350339	研究论文	介绍了一种名为scPanel的计算框架，用于从scRNA-seq数据中自动识别稀疏基因面板，以实现患者分类	scPanel通过数据驱动的方式自动确定最小数量的信息性生物标志物基因，并在多个疾病数据集上展示了高分类准确性	NA	开发一种计算工具，用于从scRNA-seq数据中识别稀疏基因面板，以实现患者分类并降低测序成本	scRNA-seq数据中的稀疏基因面板	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及硬皮病、结直肠癌和COVID-19的数据集
7611	2024-10-04	Decoding the genetic landscape of autism: A comprehensive review 2024-Sep-09, World journal of clinical pediatrics DOI:10.5409/wjcp.v13.i3.98468 PMID:39350903	综述	本文综述了自闭症谱系障碍（ASD）的遗传和表观遗传机制，探讨了基因突变和基因-环境相互作用对ASD的影响	本文整合了基因变异、表观遗传机制（如DNA甲基化和组蛋白修饰）以及新兴技术（如CRISPR-Cas9和单细胞RNA测序）的研究成果，提供了对ASD遗传景观的全面理解	尽管识别了许多与ASD相关的风险基因和突变，但仍有许多病例无法通过已知因素解释，表明存在未发现的遗传成分	探索ASD的遗传结构，阐明基因突变的机制，并研究基因-环境相互作用	自闭症谱系障碍（ASD）的遗传和表观遗传机制	NA	自闭症	CRISPR-Cas9、单细胞RNA测序、DNA甲基化、组蛋白修饰	NA	基因组数据	NA
7612	2024-10-04	Single-cell transcriptomic analysis of radiation-induced lung injury in rat 2024-Sep-06, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2024.10357 PMID:38552230	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了放射线诱导的肺损伤在大鼠中的细胞机制	揭示了放射线暴露后肺组织中细胞间通讯增加以及不同细胞类型的亚群特征	仅限于大鼠模型，且样本量较小	探究放射线诱导肺损伤的细胞机制	大鼠肺组织中的单细胞	数字病理学	肺损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠肺组织样本
7613	2024-10-04	Inactivated cGAS-STING Signaling Facilitates Endocrine Resistance by Forming a Positive Feedback Loop with AKT Kinase in ER+HER2- Breast Cancer 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403592 PMID:39023171	研究论文	本文研究了cGAS-STING信号通路在ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗中的作用及其与AKT激酶的正反馈机制	首次揭示了cGAS-STING信号通路在ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗中的作用，并发现其与AKT1激酶形成正反馈循环	研究主要基于RNA测序数据和空间转录组学分析，缺乏直接的细胞和动物实验验证	探讨ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗的分子机制及潜在治疗策略	ER+HER2-乳腺癌细胞及其内分泌抵抗机制	NA	乳腺癌	RNA测序	NA	基因表达数据	ER+HER2-乳腺癌患者样本
7614	2024-10-04	Single-Cell RNA Sequencing Deconstructs the Distribution of Immune Cells Within Abdominal Aortic Aneurysms in Mice 2024-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321129 PMID:39051127	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠腹主动脉瘤中CD45+细胞的分布和相互作用	首次在单细胞水平上解析了腹主动脉瘤中免疫细胞的分布和相互作用，并发现了AAA组织中特有的常规树突状细胞类型1	研究仅限于小鼠模型，尚未完全验证在人类AAA中的适用性	探讨腹主动脉瘤发展过程中免疫细胞的作用及其相互作用	小鼠腹主动脉瘤组织中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个时间点的小鼠腹主动脉瘤组织样本
7615	2024-10-04	IL-33 Facilitates Fibro-Adipogenic Progenitors to Establish the Pro-Regenerative Niche after Muscle Injury 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405299 PMID:39037903	研究论文	研究探讨了肌肉损伤后IL-33通过激活纤维脂肪祖细胞（FAPs）促进肌肉再生的机制	首次揭示了IL-33/IL1RL1信号通路在肌肉再生中的作用，为肌肉相关疾病和损伤的治疗提供了新的策略	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	探讨肌肉损伤后促进肌肉再生的机制	肌肉干细胞（MuSCs）、纤维脂肪祖细胞（FAPs）和巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	14种不同的肌肉细胞
7616	2024-10-04	Cross-modal integration of bulk RNA-seq and single-cell RNA sequencing data to reveal T-cell exhaustion in colorectal cancer 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70101 PMID:39344205	研究论文	本文提出了一种名为DeepTEX的多组学深度学习方法，通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA测序数据，研究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性	本文创新性地提出了DeepTEX方法，通过跨模态数据整合和知识蒸馏模型，预测T细胞耗竭的异质性，并识别关键功能通路和基因	NA	研究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性，并探索相关的治疗靶点	结直肠癌中的T细胞耗竭	机器学习	结直肠癌	RNA-seq	深度学习模型	RNA-seq数据	NA
7617	2024-10-04	Single-cell multiomic analysis identifies macrophage subpopulations in promoting cardiac repair 2024-Aug-27, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175297 PMID:39190625	研究论文	研究通过单细胞多组学分析，揭示了在心脏修复过程中巨噬细胞亚群的作用及其命运调控机制	首次通过时空单细胞表观基因组分析，揭示了再生和非再生心脏中特定巨噬细胞亚群的功能及其命运调控机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨心脏修复过程中巨噬细胞亚群的功能及其命运调控机制	再生和非再生心脏中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	再生（P1）和非再生（P10）小鼠心脏样本
7618	2024-10-04	High-resolution Inference of Multiplexed Anti-HIV Gene Editing using Single-Cell Targeted DNA Sequencing 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.24.576921 PMID:38328062	研究论文	本文介绍了一种用于评估抗HIV基因治疗策略的高分辨率单细胞靶向DNA测序平台	开发了一种单细胞DNA测序平台，能够同时分析HIV基因组和50个宿主依赖因子基因，以评估多重基因编辑的效果	研究结果显示，在单个细胞中观察到多个位点的抗病毒基因编辑的情况很少	评估抗HIV基因治疗策略的疗效和治疗潜力	HIV基因组和宿主依赖因子基因	基因编辑	HIV感染	单细胞靶向DNA测序	CRISPR-Cas9	DNA序列	涉及小胶质细胞和原代单核细胞衍生的巨噬细胞
7619	2024-10-04	Pediatric glioma immune profiling identifies TIM3 as a therapeutic target in BRAF fusion pilocytic astrocytoma 2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177413 PMID:39137048	研究论文	本文研究了儿童胶质瘤的免疫特征，并确定了TIM3作为BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤的治疗靶点	首次在BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤中发现了激活的微胶质细胞群MG-Act，并证明了TIM3在肿瘤微环境中的表达上调，以及抗TIM3治疗在MAPK驱动的低级别胶质瘤中的疗效	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行临床试验	探讨儿童胶质瘤的免疫特征，并寻找新的治疗靶点	儿童胶质瘤，特别是BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤	数字病理学	脑瘤	全转录组测序、单细胞测序、顺序多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	涉及人类和小鼠的胶质瘤样本
7620	2024-10-04	Molecular Changes Implicate Angiogenesis and Arterial Remodeling in Systemic Sclerosis-Associated and Idiopathic Pulmonary Hypertension 2024-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320005 PMID:38841857	研究论文	研究分析了系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者的肺组织中单细胞RNA测序数据，揭示了血管重塑和血管生成的分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者的肺血管内皮细胞和周围间充质细胞的转录组变化，揭示了新的血管生成和重塑机制	研究样本量较小，且仅限于特定类型的肺动脉高压患者，可能影响结果的普适性	探究系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压中血管重塑和血管生成的分子机制	系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者的肺组织中的血管内皮细胞和周围间充质细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA	系统性硬化症相关肺动脉高压患者16例，特发性肺动脉高压患者3例，健康对照15例