本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
7581 | 2025-10-06 |
Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse
2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000979
PMID:38900411
|
研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组学分析揭示肝细胞癌原发与复发肿瘤的免疫逃逸特征 | 首次利用成像质谱流式技术系统描绘肝细胞癌原发与复发肿瘤的空间蛋白质组景观,发现PDL1+CD103+树突状细胞新亚群与早期复发相关 | 样本量相对有限,需要更大规模队列验证研究结果 | 探索肝细胞癌术后复发的空间分子机制 | 46例肝细胞癌患者的92个手术标本(原发和复发肿瘤) | 数字病理 | 肝细胞癌 | 成像质谱流式技术,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质表达数据,空间定位数据,单细胞RNA测序数据 | 46例患者的92个标本,共358,729个单细胞 | NA | 成像质谱流式,单细胞RNA测序 | NA | NA |
7582 | 2025-10-06 |
Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization
2025-May, Diabetes & metabolism journal
IF:6.8Q1
DOI:10.4093/dmj.2024.0233
PMID:39849979
|
研究论文 | 通过机器学习、单细胞转录组和孟德尔随机化方法识别VCAN作为糖尿病肾病的潜在共同诊断生物标志物 | 首次结合机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法,揭示VCAN在肾小球和肾小管病变中的共同诊断价值 | 未明确说明样本规模和具体验证方法 | 寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物 | 糖尿病肾病患者的肾小球壁层上皮细胞和近曲小管细胞 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | 单细胞转录组测序, 孟德尔随机化分析 | 机器学习 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7583 | 2025-10-06 |
Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus
2025-Mar-28, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009
PMID:40175292
|
研究论文 | 本研究通过整合X射线荧光显微镜元素成像与空间转录组学,揭示小鼠海马区金属离子含量与金属相关基因表达的相关性 | 首次建立多模态模板将元素映射与空间转录组学相结合,揭示海马亚区金属组异质性的分子基础 | 研究仅限于小鼠海马区,未验证其他脑区或物种 | 探究大脑金属稳态的生理需求及其富集机制 | 小鼠海马区及其亚区 | 空间生物学 | 神经系统疾病 | X射线荧光显微镜,空间转录组学 | NA | 元素成像数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7584 | 2025-10-06 |
CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization
2025-Mar-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf251
PMID:40167331
|
研究论文 | 提出了一种基于联合非负矩阵分解的空间转录组学因子发现方法CellPie | 通过联合分析空间RNA转录本和组织学图像特征,采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间 | NA | 开发高效的空间转录组学因子发现方法 | 三种不同空间分辨率的人类癌症类型 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 非负矩阵分解 | 空间RNA转录数据, 组织学图像特征 | 三种人类癌症类型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 高分辨率Visium HD数据集 |
7585 | 2025-10-06 |
An analysis of single-cell data reveals therapeutic effects of AMG487 in experimental autoimmune uveitis
2025-02, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2024.116671
PMID:39615601
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示AMG487在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的治疗作用机制 | 首次在单细胞水平系统分析CXCR3拮抗剂AMG487对葡萄膜炎免疫细胞的调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化需要进一步验证 | 探究AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗作用和分子机制 | Vogt-小柳-原田综合征患者外周血和实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠淋巴结免疫细胞 | 单细胞组学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞ATAC测序, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | single-cell ATAC-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
7586 | 2025-10-06 |
CMAP prediction and experimental validation of Forskolin as a podocyte protective and anti-proteinuric drug for nephrotoxic serum-treated mice
2025-02, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2024.116727
PMID:39716644
|
研究论文 | 通过结合肾脏单细胞RNA测序数据库和CMAP数据库预测并验证毛喉素对肾毒性血清诱导的足细胞损伤的保护作用 | 首次将肾脏单细胞RNA测序与CMAP数据库结合预测足细胞损伤治疗药物 | 研究主要聚焦于肾毒性血清诱导的足细胞损伤模型 | 开发针对特定足细胞损伤机制的治疗策略 | 小鼠足细胞和肾毒性血清处理的小鼠模型 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, GO和KEGG富集分析, CMAP分析 | NA | 基因表达数据 | 肾毒性血清处理和对照组小鼠的肾小球单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7587 | 2025-10-06 |
Mapping Human Uterine Disorders Through Single-Cell Transcriptomics
2025-01-21, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14030156
PMID:39936948
|
综述 | 通过单细胞转录组学技术绘制人类子宫疾病图谱 | 系统整合单细胞RNA测序和空间转录组学在子宫疾病研究中的最新进展,揭示细胞异质性和分子机制 | 存在可扩展性和可重复性方面的挑战 | 探索单细胞转录组学在子宫疾病研究中的应用价值 | 子宫内膜异位症、子宫腺肌症、子宫内膜癌和子宫肌瘤等子宫疾病 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
7588 | 2025-10-06 |
Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis
2025-Jan, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08247-6
PMID:39567700
|
研究论文 | 本研究揭示了肝X受体(LXR)在肠道损伤修复中作为调控开关,既能促进组织再生又能抑制肿瘤发生 | 首次发现LXR通路在肠道损伤适应中的双重作用机制,通过调控amphiregulin协调再生与肿瘤发生的平衡 | NA | 探索肠道再生与肿瘤发生之间的解偶联机制 | 肠道上皮细胞、肠道类器官、结直肠癌模型 | 分子生物学 | 结直肠癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、药理学干预、转录组学分析、基因敲除实验 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7589 | 2025-10-06 |
A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure
2025, Frontiers in public health
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182
PMID:40161022
|
研究论文 | 评估聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者的疗效和安全性 | 填补慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者治疗策略的研究空白,首次探讨MAFLD对HBsAg清除的影响 | 干扰素治疗常伴随副作用可能影响患者依从性,MAFLD人群异质性可能对治疗效果产生不同影响 | 阐明MAFLD对聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎患者实现临床治愈的影响 | 优势慢性乙型肝炎患者和慢性乙型肝炎合并MAFLD患者 | 数字病理 | 慢性乙型肝炎, 代谢相关脂肪性肝病 | 单细胞转录组测序 | NA | 临床数据, 转录组数据 | 多中心研究,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7590 | 2025-10-06 |
TNFRSF12A expression in stomach adenocarcinoma and its preliminary role in predicting immunotherapy response
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1578068
PMID:40391219
|
研究论文 | 本研究探讨TNFRSF12A在胃腺癌中的表达模式及其在预测免疫治疗反应中的潜在作用 | 首次系统分析TNFRSF12A在胃腺癌中的表达特征,发现其与免疫细胞浸润和免疫治疗反应的相关性,并验证其对癌细胞迁移和侵袭能力的影响 | TNFRSF12A表达与临床特征无显著差异,需要更大样本验证其临床价值 | 研究TNFRSF12A在胃腺癌中的表达模式及其在免疫治疗预测中的作用 | 胃腺癌细胞和组织样本 | 生物信息学 | 胃腺癌 | scRNA-seq, 体外功能实验, 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 体外实验数据 | 来自TCGA、GEO和GEPIA数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
7591 | 2025-10-06 |
Single-cell and multi-omics integration reveals cholesterol biosynthesis as a synergistic target with HER2 in aggressive breast cancer
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.030
PMID:40391299
|
研究论文 | 通过单细胞和多组学整合分析发现胆固醇生物合成与HER2在侵袭性乳腺癌中的协同治疗靶点 | 开发了整合单细胞RNA测序和多组学分析的计算框架,首次揭示胆固醇生物合成与HER2表达在乳腺癌中的显著相关性,并验证了联合靶向治疗的协同效应 | 研究主要基于计算分析和体外实验验证,缺乏体内动物模型和临床试验数据支持 | 通过系统计算方法解码乳腺癌分子机制并识别新的治疗靶点 | 乳腺癌患者的恶性细胞亚群 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析,蛋白质组学,基因表达谱分析 | 整合计算框架 | 单细胞RNA测序数据,多组学数据,蛋白质组数据,药物处理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | NA |
7592 | 2025-10-06 |
Divergent WNT signaling and drug sensitivity profiles within hepatoblastoma tumors and organoids
2024-11-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52757-w
PMID:39567475
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肝母细胞瘤的分子异质性和药物敏感性特征 | 首次在肝母细胞瘤中识别出两种具有不同WNT信号模式的肿瘤上皮亚型,并发现它们对特定靶向药物的敏感性差异 | 研究样本量有限,需要更大规模的验证研究 | 表征肝母细胞瘤的分子异质性并识别新的靶向治疗策略 | 肝母细胞瘤组织和肿瘤来源的类器官 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 高通量药物筛选 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据, 药物反应数据 | 肝母细胞瘤组织和肿瘤类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7593 | 2025-10-06 |
Molecular profiles, sources and lineage restrictions of stem cells in an annelid regeneration model
2024-11-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54041-3
PMID:39557833
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和嵌合转基因技术研究海洋环节动物后部再生过程中的细胞谱系和分子机制 | 首次结合单细胞RNA测序和新型嵌合转基因技术揭示环节动物再生过程中多种细胞群重新出现干细胞特征 | 研究仅限于海洋环节动物模型,结论在其他动物门类的普适性仍需验证 | 探索动物再生能力的分子和细胞机制 | 海洋环节动物Platynereis dumerilii的后部再生过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 嵌合转基因技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7594 | 2025-10-06 |
Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer
2024-11-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54364-1
PMID:39550375
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了前列腺癌中club-like细胞与免疫抑制性髓系细胞的相互作用机制 | 首次在前列腺癌中发现club-like细胞作为上皮细胞亚型在肿瘤微环境中的关键作用,并揭示其与髓源性抑制细胞的关联 | 研究样本量相对有限,机制研究仍需进一步功能验证 | 探索前列腺癌治疗抵抗的肿瘤微环境机制 | 前列腺癌患者肿瘤微环境中的细胞亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,空间定位数据 | 120名患者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
7595 | 2025-10-06 |
GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma
2024-11-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54251-9
PMID:39550386
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现GPRC5A通过调控YAP1信号通路促进食管鳞癌肺转移 | 首次揭示早期播散癌细胞具有滋养层样'肿瘤植入'表型,并发现GPRC5A/WWP1/LATS1/YAP1这一新的转移调控通路 | 机制研究仍需进一步验证,临床样本量有限 | 探索食管鳞癌肺转移的分子机制 | 食管鳞癌细胞和148例ESCC患者 | 癌症生物学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 148例ESCC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7596 | 2025-10-06 |
Defective germinal center selection results in persistence of self-reactive B cells from the primary to the secondary repertoire in Primary Antiphospholipid Syndrome
2024-11-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54228-8
PMID:39548093
|
研究论文 | 通过单细胞多组学技术解析原发性抗磷脂综合征中自身反应性B细胞的起源和存活机制 | 首次在人类PAPS中系统追踪自身反应性B细胞从初始到记忆和长寿命浆细胞阶段的全过程,揭示其通过缺陷的生发中心选择而持续存在 | 样本来源仅限于外周血和骨髓,未涉及其他淋巴器官;研究人群为三重阳性PAPS患者,结果可能不适用于所有PAPS亚型 | 阐明原发性抗磷脂综合征中自身反应性B细胞的起源和存活机制 | 原发性抗磷脂综合征患者的B细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, B细胞受体谱分析, CITEseq, 单细胞永生化 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, BCR序列数据 | 三重阳性PAPS患者的外周血和骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
7597 | 2025-10-06 |
Multi-omics with dynamic network biomarker algorithm prefigures organ-specific metastasis of lung adenocarcinoma
2024-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53849-3
PMID:39543109
|
研究论文 | 本研究通过动态网络生物标志物算法和多组学数据预测肺腺癌器官特异性转移 | 首次结合动态网络生物标志物算法、单细胞RNA测序和血清蛋白质组学数据定位肺腺癌转移前状态 | 研究仅基于两个临床队列,需要更大样本验证 | 早期检测肺腺癌器官特异性转移 | 肺腺癌患者原发性病灶和血清样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 液相色谱-质谱联用 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据, 质谱数据 | 两个临床队列,包含四种主要肺腺癌远处转移类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7598 | 2025-10-06 |
Dyna-vivo-seq unveils cellular RNA dynamics during acute kidney injury via in vivo metabolic RNA labeling-based scRNA-seq
2024-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54202-4
PMID:39543112
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为Dyna-vivo-seq的新策略,通过体内代谢RNA标记的单细胞RNA测序技术揭示急性肾损伤过程中的细胞RNA动态变化 | 首次实现了在活体动物中进行基于代谢RNA标记的时间分辨动态转录分析,突破了该技术仅限于体外模型的限制 | 研究仅在雌性小鼠中进行,未涉及其他性别或物种 | 开发能够在活体生物单细胞水平表征动态转录组的方法 | 雌性小鼠急性肾损伤模型中的近端肾小管细胞 | 单细胞基因组学 | 急性肾损伤 | 代谢RNA标记,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7599 | 2025-10-06 |
Identification of signaling pathways that specify a subset of migrating enteric neural crest cells at the wavefront in mouse embryos
2024-07-08, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.034
PMID:38636517
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了小鼠胚胎中前沿迁移肠神经嵴细胞的分子机制和信号通路 | 首次系统描绘了前沿ENCCs在迁移过程中的时空动态变化,并鉴定了调控其特化的关键信号通路 | 研究主要基于小鼠胚胎模型,人类组织验证相对有限 | 探索肠神经系统发育过程中前沿迁移神经嵴细胞的分子调控机制 | 小鼠胚胎中的前沿迁移肠神经嵴细胞及其周围肠道组织 | 发育生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7600 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics across 2,534 microbial species reveals functional heterogeneity in the rumen microbiome
2024-Jul, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-024-01723-9
PMID:38866938
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学技术揭示了瘤胃微生物组中2,534种微生物物种的功能异质性 | 开发了微生物组单细胞转录组学方法,结合液滴单细胞RNA测序和泛基因组计算分析,首次在单细胞水平解析复杂微生物群落功能 | 研究聚焦于瘤胃微生物组,方法在其他微生物生态系统中的适用性有待验证 | 解析复杂微生物群落中单个微生物的功能异质性和生态位适应性 | 瘤胃微生物组中的微生物细胞和物种 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,泛基因组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 174,531个微生物细胞,2,534个物种 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴单细胞RNA测序 |