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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7581 | 2025-10-06 |
Single-cell and multi-omics integration reveals cholesterol biosynthesis as a synergistic target with HER2 in aggressive breast cancer
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.030
PMID:40391299
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研究论文 | 通过单细胞和多组学整合分析发现胆固醇生物合成与HER2在侵袭性乳腺癌中的协同治疗靶点 | 开发了整合单细胞RNA测序和多组学分析的计算框架,首次揭示胆固醇生物合成与HER2表达在乳腺癌中的显著相关性,并验证了联合靶向治疗的协同效应 | 研究主要基于计算分析和体外实验验证,缺乏体内动物模型和临床试验数据支持 | 通过系统计算方法解码乳腺癌分子机制并识别新的治疗靶点 | 乳腺癌患者的恶性细胞亚群 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析,蛋白质组学,基因表达谱分析 | 整合计算框架 | 单细胞RNA测序数据,多组学数据,蛋白质组数据,药物处理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | NA |
7582 | 2025-10-06 |
Divergent WNT signaling and drug sensitivity profiles within hepatoblastoma tumors and organoids
2024-11-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52757-w
PMID:39567475
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肝母细胞瘤的分子异质性和药物敏感性特征 | 首次在肝母细胞瘤中识别出两种具有不同WNT信号模式的肿瘤上皮亚型,并发现它们对特定靶向药物的敏感性差异 | 研究样本量有限,需要更大规模的验证研究 | 表征肝母细胞瘤的分子异质性并识别新的靶向治疗策略 | 肝母细胞瘤组织和肿瘤来源的类器官 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 高通量药物筛选 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据, 药物反应数据 | 肝母细胞瘤组织和肿瘤类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7583 | 2025-10-06 |
Molecular profiles, sources and lineage restrictions of stem cells in an annelid regeneration model
2024-11-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54041-3
PMID:39557833
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和嵌合转基因技术研究海洋环节动物后部再生过程中的细胞谱系和分子机制 | 首次结合单细胞RNA测序和新型嵌合转基因技术揭示环节动物再生过程中多种细胞群重新出现干细胞特征 | 研究仅限于海洋环节动物模型,结论在其他动物门类的普适性仍需验证 | 探索动物再生能力的分子和细胞机制 | 海洋环节动物Platynereis dumerilii的后部再生过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 嵌合转基因技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7584 | 2025-10-06 |
Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer
2024-11-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54364-1
PMID:39550375
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了前列腺癌中club-like细胞与免疫抑制性髓系细胞的相互作用机制 | 首次在前列腺癌中发现club-like细胞作为上皮细胞亚型在肿瘤微环境中的关键作用,并揭示其与髓源性抑制细胞的关联 | 研究样本量相对有限,机制研究仍需进一步功能验证 | 探索前列腺癌治疗抵抗的肿瘤微环境机制 | 前列腺癌患者肿瘤微环境中的细胞亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,空间定位数据 | 120名患者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
7585 | 2025-10-06 |
GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma
2024-11-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54251-9
PMID:39550386
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现GPRC5A通过调控YAP1信号通路促进食管鳞癌肺转移 | 首次揭示早期播散癌细胞具有滋养层样'肿瘤植入'表型,并发现GPRC5A/WWP1/LATS1/YAP1这一新的转移调控通路 | 机制研究仍需进一步验证,临床样本量有限 | 探索食管鳞癌肺转移的分子机制 | 食管鳞癌细胞和148例ESCC患者 | 癌症生物学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 148例ESCC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7586 | 2025-10-06 |
Defective germinal center selection results in persistence of self-reactive B cells from the primary to the secondary repertoire in Primary Antiphospholipid Syndrome
2024-11-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54228-8
PMID:39548093
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术解析原发性抗磷脂综合征中自身反应性B细胞的起源和存活机制 | 首次在人类PAPS中系统追踪自身反应性B细胞从初始到记忆和长寿命浆细胞阶段的全过程,揭示其通过缺陷的生发中心选择而持续存在 | 样本来源仅限于外周血和骨髓,未涉及其他淋巴器官;研究人群为三重阳性PAPS患者,结果可能不适用于所有PAPS亚型 | 阐明原发性抗磷脂综合征中自身反应性B细胞的起源和存活机制 | 原发性抗磷脂综合征患者的B细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, B细胞受体谱分析, CITEseq, 单细胞永生化 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, BCR序列数据 | 三重阳性PAPS患者的外周血和骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
7587 | 2025-10-06 |
Multi-omics with dynamic network biomarker algorithm prefigures organ-specific metastasis of lung adenocarcinoma
2024-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53849-3
PMID:39543109
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研究论文 | 本研究通过动态网络生物标志物算法和多组学数据预测肺腺癌器官特异性转移 | 首次结合动态网络生物标志物算法、单细胞RNA测序和血清蛋白质组学数据定位肺腺癌转移前状态 | 研究仅基于两个临床队列,需要更大样本验证 | 早期检测肺腺癌器官特异性转移 | 肺腺癌患者原发性病灶和血清样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 液相色谱-质谱联用 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据, 质谱数据 | 两个临床队列,包含四种主要肺腺癌远处转移类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7588 | 2025-10-06 |
Dyna-vivo-seq unveils cellular RNA dynamics during acute kidney injury via in vivo metabolic RNA labeling-based scRNA-seq
2024-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54202-4
PMID:39543112
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研究论文 | 本研究开发了一种名为Dyna-vivo-seq的新策略,通过体内代谢RNA标记的单细胞RNA测序技术揭示急性肾损伤过程中的细胞RNA动态变化 | 首次实现了在活体动物中进行基于代谢RNA标记的时间分辨动态转录分析,突破了该技术仅限于体外模型的限制 | 研究仅在雌性小鼠中进行,未涉及其他性别或物种 | 开发能够在活体生物单细胞水平表征动态转录组的方法 | 雌性小鼠急性肾损伤模型中的近端肾小管细胞 | 单细胞基因组学 | 急性肾损伤 | 代谢RNA标记,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7589 | 2025-10-06 |
Identification of signaling pathways that specify a subset of migrating enteric neural crest cells at the wavefront in mouse embryos
2024-07-08, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.034
PMID:38636517
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了小鼠胚胎中前沿迁移肠神经嵴细胞的分子机制和信号通路 | 首次系统描绘了前沿ENCCs在迁移过程中的时空动态变化,并鉴定了调控其特化的关键信号通路 | 研究主要基于小鼠胚胎模型,人类组织验证相对有限 | 探索肠神经系统发育过程中前沿迁移神经嵴细胞的分子调控机制 | 小鼠胚胎中的前沿迁移肠神经嵴细胞及其周围肠道组织 | 发育生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7590 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics across 2,534 microbial species reveals functional heterogeneity in the rumen microbiome
2024-Jul, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-024-01723-9
PMID:38866938
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研究论文 | 通过单细胞转录组学技术揭示了瘤胃微生物组中2,534种微生物物种的功能异质性 | 开发了微生物组单细胞转录组学方法,结合液滴单细胞RNA测序和泛基因组计算分析,首次在单细胞水平解析复杂微生物群落功能 | 研究聚焦于瘤胃微生物组,方法在其他微生物生态系统中的适用性有待验证 | 解析复杂微生物群落中单个微生物的功能异质性和生态位适应性 | 瘤胃微生物组中的微生物细胞和物种 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,泛基因组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 174,531个微生物细胞,2,534个物种 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴单细胞RNA测序 |
7591 | 2025-10-06 |
Villus myofibroblasts are developmental and adult progenitors of mammalian gut lymphatic musculature
2024-05-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.005
PMID:38537630
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和定量谱系追踪揭示了小鼠肠道绒毛平滑肌的发育起源和维持机制 | 首次发现绒毛肌成纤维细胞作为肠道淋巴管肌层在发育期和成年期的祖细胞,并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在平滑肌纤维组装和脂肪吸收中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类肠道中验证 | 探究肠道绒毛平滑肌的形成、组装和维持机制 | 小鼠肠道绒毛平滑肌细胞和淋巴管乳糜管 | 发育生物学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序,定量谱系追踪 | NA | 基因表达数据,谱系追踪数据 | 小鼠肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7592 | 2025-10-06 |
Metaplastic regeneration in the mouse stomach requires a reactive oxygen species pathway
2024-05-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.002
PMID:38521055
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠胃部损伤后胃主细胞通过活性氧途径进行化生再生的机制 | 首次在单细胞分辨率下阐明了活性氧和线粒体调控在胃部化生再生中的关键作用,并发现该机制同样适用于胰腺腺泡细胞 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究胃部损伤后化生再生的分子机制 | 小鼠胃部细胞和胰腺腺泡细胞 | 单细胞生物学 | 胃部疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7593 | 2025-10-06 |
Single-cell assessment of primary and stem cell-derived human trophoblast organoids as placenta-modeling platforms
2024-03-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.023
PMID:38359834
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研究论文 | 通过单细胞转录组学评估源自原代滋养层细胞和滋养层干细胞的类器官作为胎盘建模平台的准确性 | 首次系统比较原代滋养层细胞和干细胞来源的滋养层类器官在重现体内发育轨迹方面的差异,发现干细胞来源类器官中存在体内几乎不存在的扩展祖细胞状态 | 发现当前滋养层类器官平台在细胞组成、分化和转录调控方面存在一定程度的不匹配 | 评估不同来源的滋养层类器官作为胎盘研究模型的准确性 | 人类滋养层干细胞和原代滋养层细胞来源的类器官 | 单细胞生物学 | 胎盘发育相关疾病 | 单细胞转录组学 | 类器官模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7594 | 2025-10-06 |
Construction of single-cell cross-species chromatin accessibility landscapes with combinatorial-hybridization-based ATAC-seq
2024-03-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.015
PMID:38330939
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研究论文 | 开发了一种基于组合杂交的单细胞ATAC测序方法,构建了跨物种染色质可及性图谱 | 开发了名为CH-ATAC-seq的新型单细胞ATAC测序方法,首次实现了斑马鱼、果蝇和蚯蚓等非哺乳动物物种的单细胞染色质可及性图谱构建 | NA | 探索脊椎动物和无脊椎动物间保守的调控程序 | 斑马鱼、果蝇、蚯蚓、人类、猴子和小鼠的细胞 | 表观基因组学 | NA | 单细胞ATAC测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组测序数据 | 约80万个细胞类型特异性cCREs,152种主要细胞类型 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 组合杂交单细胞ATAC测序(CH-ATAC-seq) |
7595 | 2025-10-06 |
Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm
2024-03-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019
PMID:38354738
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研究论文 | 本研究通过Wnt信号剂量梯度实验结合单细胞RNA测序,发现曲尼司特可协同激活Wnt信号促进心脏谱系分化 | 建立整合实验数据集、预测模型和小分子数据库的工作流程,首次发现曲尼司特对心脏中胚层分化的调控作用 | 仅使用hiPSC和鹌鹑胚胎验证,尚未在更复杂的哺乳动物模型中进行测试 | 探索Wnt信号在干细胞分化过程中的分子调控机制 | 人诱导多能干细胞(hiPSC)和鹌鹑胚胎 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 多元回归模型, 体外分化分析, 体内胚胎分析 | 多元回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7596 | 2025-10-06 |
Characterization of the human fetal gonad and reproductive tract by single-cell transcriptomics
2024-02-26, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.006
PMID:38295793
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析人类胎儿性腺及生殖道的细胞组成和分子特征 | 首次对妊娠早期和中期人类胎儿性腺及相邻生殖道进行单细胞转录组分析,揭示了性别分化过程中的形态和分子变化 | NA | 研究人类胎儿性别特异性性腺发生和生殖道发育过程 | 人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 妊娠早期和中期男女性胎儿样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7597 | 2025-10-06 |
The soil emergence-related transcription factor PIF3 controls root penetration by interacting with the receptor kinase FER
2024-02-26, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.001
PMID:38295794
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子PIF3通过与受体激酶FER相互作用调控植物根系穿透土壤的机制 | 首次发现FER-PIF3信号通路在根系土壤穿透中的关键作用,并阐明其通过调控机械敏感离子通道PIEZO和外根冠细胞脱落的分子机制 | 研究主要基于拟南芥和少量大豆突变体,在其他作物中的普适性需要进一步验证 | 探究植物根系穿透土壤的分子调控机制 | 拟南芥和大豆的根系组织 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 生化实验, 成像技术, 遗传学实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 细胞成像数据 | 拟南芥和大豆突变体根系样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7598 | 2025-10-06 |
Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention
2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.28.560068
PMID:37808782
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研究论文 | 开发了一种基于分组视觉注意力的Transformer模型,从组织学图像预测癌症转录组 | 首次将Transformer架构应用于组织学图像进行全转录组预测,并展示了在空间基因表达预测和临床预后中的应用 | 模型在组织水平训练,空间基因表达预测能力仍需进一步验证 | 从组织学图像中预测癌症转录组特征 | 9种癌症类型的肿瘤样本 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习,转录组分析 | Transformer | 组织学图像,基因表达数据 | 预训练:1,802个正常组织样本;训练评估:4,331个肿瘤样本;验证:1,305个肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7599 | 2025-10-06 |
Origin and adult renewal of the gut lacteal musculature from villus myofibroblasts
2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.19.523242
PMID:36712064
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研究论文 | 本研究揭示了肠道绒毛平滑肌细胞的起源和成年更新机制 | 发现绒毛上皮下成纤维细胞前体通过中间收缩性肌成纤维细胞样表型成熟为平滑肌纤维的连续谱系,并鉴定NOTCH3-DLL4信号轴调控绒毛平滑肌与乳糜管组装 | 研究主要基于小鼠模型,人类肠道中的适用性需进一步验证 | 探究肠道绒毛平滑肌细胞的形成、分化和修复机制 | 小鼠肠道组织 | 发育生物学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序,定量谱系追踪 | NA | 基因表达数据,谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7600 | 2025-10-06 |
Schlafen4+-MDSC in Helicobacter-induced gastric metaplasia reveals role for GTPases
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1139391
PMID:37334372
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研究论文 | 本研究揭示了幽门螺杆菌感染胃部中SLFN4+髓源性抑制细胞通过GTPase通路调控免疫抑制功能的新机制 | 首次发现SLFN4在MDSC中调控GTPase通路活性,并阐明其通过抑制ROS产生维持MDSC功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明SLFN4+MDSC在幽门螺杆菌诱导的胃黏膜肠化生中的身份特征和功能作用 | 幽门螺杆菌感染小鼠的免疫细胞和胃组织 | 单细胞生物学 | 胃癌前病变 | 单细胞RNA测序, siRNA敲低, GTPase活性检测, ROS定量, 凋亡检测 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质活性数据, 细胞功能数据 | 未感染和6个月幽门螺杆菌感染小鼠的免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |