单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 741 - 760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 741 | 2025-10-05 |
ZipAEr: A compressive convolutional autoencoder for high-dimensional spatial omics data at subcellular resolution
2025-Sep-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7541289/v1
PMID:41001552
|
研究论文 | 提出一种名为ZipAEr的压缩卷积自编码器，用于处理高维空间组学数据并提取有意义的潜在特征 | 在转录水平而非细胞水平处理数据，保留亚细胞和细胞外空间背景；通过卷积层同时减少空间维度和通道数；在损失函数中引入通道加权以平衡低表达基因的表示 | NA | 解决空间转录组学数据分析复杂性的挑战，开发高效的数据压缩和特征提取方法 | 高维空间组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 卷积自编码器 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 742 | 2025-10-05 |
Human Cytomegalovirus Infection of Primary Human Oral Keratinocytes Induces Intermediate Keratinocyte Differentiation and an Altered Innate Immune Response
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676604
PMID:41000686
|
研究论文 | 本研究利用原代人类口腔角质形成细胞模型，探究人巨细胞病毒在口腔黏膜感染过程中如何调控宿主细胞分化和先天免疫反应 | 首次在原发性人类口腔角质形成细胞中通过单细胞RNA测序揭示HCMV感染诱导中间角质形成细胞分化表型并改变先天免疫反应 | 研究仅限于体外细胞培养模型，未涉及完整的口腔黏膜组织环境 | 探究人巨细胞病毒在口腔黏膜中的初始感染机制及对宿主细胞的影响 | 原代人类口腔角质形成细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 743 | 2025-10-05 |
Endothelial Type I Interferon signaling modulates the vascular response to ischemic brain injury
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675258
PMID:41000728
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞I型干扰素信号在调节缺血性脑损伤后血管反应中的关键作用 | 首次发现脑内皮细胞I型干扰素特征信号，并证明其通过促进连接稳定和抑制VEGF信号来增强血脑屏障功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究免疫和发育信号通路如何协调缺血性脑卒中后的血管正常化过程 | 人类和小鼠缺血性脑卒中组织中的脑内皮细胞 | 数字病理学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 744 | 2025-10-05 |
Characterizing intra- and inter-tumor heterogeneity in Ovarian high-grade serous carcinoma subtypes using single-cell and spatial transcriptomics
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.676244
PMID:41000843
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术探索卵巢高级别浆液性癌的肿瘤内和肿瘤间异质性 | 首次将分子亚型与空间基因表达域联系起来，揭示了免疫通路和血管发育的空间表达模式差异，并识别了分子亚型特异性的空间抗共定位模式 | 研究指出每个患者可能需要多个组织切片才能全面表征HGSC空间转录组，暗示当前采样可能不够全面 | 探索卵巢高级别浆液性癌分子亚型与空间表达域之间的联系及其在患者间的变异性 | 卵巢高级别浆液性癌(HGSC)肿瘤微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 745 | 2025-10-05 |
Autophagy Upregulation in Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1) Glioma Uncovers a Novel Therapeutic Target
2025-Sep-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7483444/v1
PMID:40964044
|
研究论文 | 本研究揭示mIDH1胶质瘤通过上调自噬途径维持生存，并证明抑制自噬可增强放射敏感性 | 首次发现mIDH1胶质瘤中自噬通路的关键作用，并开发了靶向Atg7的纳米颗粒联合放疗的新疗法 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床验证 | 探索mIDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗策略 | 人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及小鼠模型 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质纳米颗粒技术 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据 | 人类和小鼠mIDH1胶质瘤细胞系及动物模型 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 746 | 2025-10-05 |
S3R: Spatially Smooth and Sparse Regression Reveals High-Dimensional Regulatory Networks in Spatial Transcriptomics
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.06.674629
PMID:40964272
|
研究论文 | 提出一种名为S3R的空间平滑稀疏回归框架，用于分析空间转录组数据中的高维调控网络 | 结合结构化稀疏性和最小生成树引导的平滑惩罚，能够在保持邻域内连贯性的同时允许锐利边界 | NA | 开发能够分析空间转录组数据中分子和细胞特征关联变化的计算方法 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 回归模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 747 | 2025-10-05 |
Efficacious suppression of primary and metastasized liver tumors by polyIC-loaded lipid nanoparticles
2025-Sep-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001514
PMID:40928035
|
研究论文 | 本研究开发了装载polyIC的脂质纳米颗粒，可有效抑制原发性和转移性肝肿瘤 | 意外发现polyIC-LNPs可作为肝肿瘤的有效单药疗法，无需联合免疫检查点抑制剂 | 目前仅在动物模型中进行验证，尚未进行临床试验 | 开发肝靶向策略以降低polyIC的全身毒性并提高治疗效果 | 小鼠肝肿瘤模型 | 免疫治疗 | 肝癌 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 多个小鼠肝肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 748 | 2025-10-05 |
Impact of Data Quality on Deep Learning Prediction of Spatial Transcriptomics from Histology Images
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.04.674228
PMID:40964396
|
研究论文 | 研究数据质量对从组织学图像预测空间转录组学的深度学习模型性能的影响 | 首次系统评估分子数据和图像数据质量对空间转录组学预测模型的影响，而非仅关注模型架构改进 | 插补方法提供的改进有限且无法泛化到测试集之外 | 探索数据质量对基于深度学习的空间基因表达预测性能的影响 | 空间转录组学数据和H&E染色组织学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，深度学习 | 深度学习模型 | 图像，基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium, Visium | 成像技术(Xenium)与测序技术(Visium)的空间转录组学平台 |
| 749 | 2025-10-05 |
Spatial Transcriptomics to Study Virus-Host Interactions
2025-Sep, Annual review of virology
IF:8.1Q1
|
综述 | 探讨空间转录组学在研究病毒-宿主相互作用及其在病毒致病机制研究中的变革潜力 | 强调空间转录组技术对病毒致病机制研究的变革性潜力，解析相关技术细节与实施方法 | NA | 开发新型抗病毒疗法和诱导保护性免疫的策略 | 植物、动物和人类中的病毒性疾病 | 空间转录组学 | 病毒性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 750 | 2025-10-05 |
SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-01006-0
PMID:40781193
|
研究论文 | 开发了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于全面分析多发性骨髓瘤及其前体病变中循环肿瘤细胞的转录组特征 | 首次建立了基于测序的CTC计数策略和CTC分类器，能够推断细胞遗传学异常，并提出了循环动力学模型 | 样本量相对有限（101例患者和健康供者），BM活检技术限制可能导致部分结果不明确 | 开发非侵入性方法用于多发性骨髓瘤的诊断、监测和预后评估 | 多发性骨髓瘤患者和健康供者的骨髓和循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序，B细胞受体测序 | CTC分类器，循环动力学模型 | 单细胞转录组数据 | 101例患者和健康供者 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | SWIFT-seq工作流程 |
| 751 | 2025-10-05 |
Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00994-3
PMID:40550901
|
研究论文 | 本研究揭示先天免疫和NF-κB通路通过调控前列腺干细胞可塑性影响肿瘤起始机制 | 发现Pten缺失通过激活先天免疫通路诱导基底细胞重编程为hillock样状态，并首次证明NF-κB通路在此过程中的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类前列腺癌中的适用性需进一步验证 | 探索前列腺基底细胞可塑性和肿瘤起始的分子调控机制 | 前列腺基底细胞及其在Pten缺失后的命运变化 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 原位表征 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 组织学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | NA |
| 752 | 2025-10-05 |
Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109763
PMID:40914107
|
研究论文 | 本研究使用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质对肝脏健康的影响 | 首次在多细胞类型人类肝脏球体模型中系统比较不同PFAS化合物的性别特异性肝毒性机制 | 研究仅采用体外模型，浓度固定为20μM，暴露时间较短 | 阐明不同PFAS导致人类肝脏功能障碍的具体细胞和分子机制 | 多供体人类肝脏球体模型（包含多种细胞类型） | 毒理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序，脂质染色 | 肝脏球体模型 | 单细胞转录组数据，图像数据 | 多供体人类肝脏球体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 753 | 2025-10-05 |
Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011879
PMID:40971959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼视网膜神经节细胞在视神经损伤后的去分化现象 | 首次发现斑马鱼所有RGC亚型均对损伤具有抵抗力，并揭示其通过去分化为未成熟状态的独特生存机制 | 研究结果基于斑马鱼模型，与哺乳动物存在物种差异，临床应用前景需进一步验证 | 探索视网膜神经节细胞在视神经损伤后的分子响应机制和神经保护途径 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 视神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 754 | 2025-10-05 |
Stereo-cell: Advancing spatial single-cell biology towards clinical translation
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70480
PMID:40984816
|
研究论文 | 介绍新开发的空间单细胞测序平台Stereo-cell的技术创新及其在精准医学中的应用潜力 | 开发了整合形态学、转录组学和蛋白质组学的高分辨率空间单细胞测序平台，弥合先进组学与传统病理学之间的鸿沟 | 数据整合、监管合规性和数字建模方面存在重要挑战 | 推动空间单细胞生物学向临床转化发展 | 空间单细胞生物学平台 | 空间组学 | NA | 空间单细胞测序 | NA | 形态学、转录组学、蛋白质组学数据 | NA | NA | 空间单细胞测序 | Stereo-cell | 整合形态学、转录组学和蛋白质组学的高分辨率空间单细胞测序平台 |
| 755 | 2025-10-05 |
CD103+CD8+ tissue-resident memory T lymphocytes of melanoma boost anti-tumour immunity and predict immunotherapy outcomes
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70464
PMID:40985995
|
研究论文 | 本研究揭示了CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤中的抗肿瘤作用及其作为免疫治疗疗效预测标志物的价值 | 首次系统阐明CD103作为黑色素瘤中CD8+组织驻留记忆T细胞的标志物，并揭示其通过整合素依赖的PI3K/AKT信号通路增强抗肿瘤免疫的机制 | NA | 探究CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤抗肿瘤免疫中的作用及其作为免疫治疗预测标志物的潜力 | 黑色素瘤患者样本、CD8+组织驻留记忆T细胞、小鼠模型 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 多重免疫组织化学、单细胞RNA测序、空间转录组学、体内/体外实验 | NA | 基因表达数据、空间分布数据、临床数据 | 多个独立队列的黑色素瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 756 | 2025-10-05 |
Multi-Omics Integrated Analysis of the Protective Effect of Tertiary Lymphoid Structures and Associated Key Regulatory Genes in Human Gallbladder Cancer
2025-Sep, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.70037
PMID:40997892
|
研究论文 | 本研究通过多组学整合分析探讨三级淋巴结构及其关键调控基因在人类胆囊癌中的保护作用 | 首次在胆囊癌中系统研究三级淋巴结构的预后价值，并通过单细胞RNA测序、批量RNA测序和深度学习筛选出6个TLS相关关键基因 | 样本量相对较小（85例患者），需要更大规模研究验证 | 探究三级淋巴结构在胆囊癌中的预后关联及其相关基因的调控机制 | 85例胆囊癌患者组织样本 | 生物信息学 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 深度学习, 细胞实验验证 | 深度学习 | 基因表达数据, 临床数据 | 85例胆囊癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 757 | 2025-10-05 |
CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis
2025-Aug-12, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606
PMID:40812683
|
研究论文 | 本研究探讨CREB在酒精性胰腺炎模型中驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制 | 首次揭示CREB与致癌Kras在慢性炎症环境下协同促进胰腺癌进展的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明CREB在酒精性胰腺炎促进胰腺癌发展中的作用机制 | 遗传修饰小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）和腺泡细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 磷酸激酶阵列, 定量PCR, 谱系追踪 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像, 蛋白质印迹数据 | 多种遗传背景的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 758 | 2025-10-05 |
Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis
2025-Aug-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09477-y
PMID:40769205
|
研究论文 | 本研究揭示了小胶质细胞通过Hex-GM2-MGL2通路与神经元进行双向通讯的新机制，维持大脑稳态 | 发现了一种先前未知的小胶质细胞与神经元相互作用模式，即小胶质细胞向神经元递送β-己糖胺酶以降解GM2神经节苷脂 | NA | 探究小胶质细胞与神经元之间维持大脑稳态的通讯机制 | 小鼠和神经退行性Sandhoff病患者 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 无偏脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析、细胞类型特异性突变体 | NA | 脂质组学数据、空间成像数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 759 | 2025-10-05 |
Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice
2025-Aug, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-025-02051-2
PMID:40629110
|
研究论文 | 本研究揭示了贾第鞭毛虫通过诱导2型黏膜免疫反应减轻肠道炎症的机制 | 首次证明贾第鞭毛虫感染通过STAT6依赖性IL-10产生型Th2细胞扩增，在促进寄生虫持续感染的同时提供抗炎保护 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究贾第鞭毛虫感染如何调节黏膜免疫并影响肠道炎症 | 尼日利亚学龄儿童和小鼠模型 | 免疫学 | 肠道感染性疾病 | 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 尼日利亚学龄儿童群体和小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 760 | 2025-10-05 |
A multi-omics approach reveals dysregulated TNF-related signaling pathways in circulating NK and T cell subsets of young children with autism
2025-Jul-30, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00349-z
PMID:40739030
|
研究论文 | 通过多组学方法揭示自闭症幼儿外周血NK和T细胞亚群中TNF相关信号通路的失调 | 首次在阿拉伯幼儿自闭症队列中整合转录组、蛋白质组和单细胞RNA-seq数据，发现JAK3、CUL2和CARD11基因与症状严重度负相关，并鉴定出TRAIL、RANKL和TWEAK信号通路在特定免疫细胞中的失调 | 研究样本仅限于2-4岁阿拉伯儿童，结果可能受种族和年龄因素影响 | 探索自闭症谱系障碍中外周免疫失调的分子机制 | 自闭症幼儿（2-4岁）和匹配对照的外周血单个核细胞（PBMCs）及血浆样本 | 多组学分析 | 自闭症谱系障碍 | 转录组分析, 蛋白质组分析, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 | 年轻阿拉伯自闭症儿童队列（2-4岁）及匹配对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析, 蛋白质组分析 | NA | NA |