单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-07-17	Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659348 PMID:40667206	研究论文	通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，研究了非人灵长类动物早期结核病模型中巨噬细胞在肺组织和肉芽肿中的表型和功能多样性	首次在非人灵长类动物模型中揭示了结核病肉芽肿中巨噬细胞的空间分布和功能多样性，并发现胚胎来源的组织驻留肺泡巨噬细胞和经历上皮-间质转化的亚群是结核分枝杆菌感染的主要细胞	研究仅针对早期结核病模型，未涵盖疾病进展的后期阶段	探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其在结核病发病机制中的作用	非人灵长类动物早期结核病模型中的巨噬细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA-seq数据, 图像数据	非人灵长类动物早期结核病模型的肺组织和肉芽肿样本
742	2025-07-17	CrebA regulation of secretory capacity: Genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659381 PMID:40667345	研究论文	本研究通过DNA结合实验、表达分析和结合位点突变揭示了果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌途径组分基因（SPCGs）来增强胚胎唾液腺的分泌能力	发现CrebA及其哺乳动物同源物Creb3L家族在增强分泌能力中的高度保守作用，并通过单细胞RNA测序技术探索了CrebA结合与基因调控的关系	尚不清楚是什么区分了功能性结合，以及CrebA是否是驱动所有果蝇胚胎组织中SPCG基因表达的主要因子，或是否还调控其他组织特异性功能	探究CrebA转录因子在增强分泌能力中的作用及其调控机制	果蝇胚胎唾液腺及其分泌途径组分基因（SPCGs）	分子生物学	NA	DNA结合实验、表达分析、结合位点突变、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型和CrebA缺失型果蝇胚胎
743	2025-07-17	Single-Cell Profiling of Lichen Planus Reveals Type I IFN Response Triggering the Interface Dermatitis Reaction 2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043 PMID:40499747	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了扁平苔藓（LP）皮肤病变中I型干扰素（IFN）反应在界面皮炎反应中的关键作用	首次在LP病变皮肤中鉴定出I型IFN富集环境，并揭示了IFN对炎症性角质形成细胞和成纤维细胞的独特影响，以及IFN-β在角质形成细胞与CD8 T细胞相互作用中的功能效应	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究LP的免疫发病机制及驱动界面皮炎反应的潜在机制	扁平苔藓患者病变皮肤与健康对照皮肤	免疫学	皮肤病	单细胞RNA测序	体外共培养模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（LP患者与健康对照皮肤样本）
744	2025-07-17	OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212 PMID:40577399	研究论文	提出了一种基于正交图自编码器的方法OrgaCCC，用于在空间转录组数据上构建细胞间通讯网络	使用两个正交耦合的变分图自编码器在细胞/点和基因维度上捕获特征，并通过最大化重建特征之间的相似性来结合它们	依赖于基因表达谱、空间位置和配体-受体关系的信息，可能受限于这些数据的质量和覆盖范围	提高细胞间通讯推断的准确性和可靠性	空间转录组数据中的细胞间通讯	生物信息学	NA	空间转录组学	变分图自编码器	基因表达数据、空间位置数据	五个空间转录组数据集
745	2025-07-17	Mechanisms of Sepsis from a Metabolic Immunology Perspective: A Bidirectional Mendelian Randomization and Single-Cell Sequencing Study of CD39+ Cells 2025-May-27, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002633 PMID:40663487	研究论文	该研究通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，探讨了CD39+细胞在脓毒症发病机制中的代谢免疫学作用	首次整合双向孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了CD39+CD8+T细胞通过代谢中间体如硫酸雄酮促进脓毒症进展的新机制	研究样本量相对有限，且仅分析了特定数据库的单细胞数据	阐明免疫表型与代谢物在脓毒症发病中的相互作用机制	脓毒症患者和对照组的免疫细胞及代谢物	代谢免疫学	脓毒症	双向孟德尔随机化(MR), 单细胞转录组测序	NA	基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据	11,643例脓毒症病例, GSE167363数据库的脓毒症与对照样本
746	2025-07-17	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652873 PMID:40463189	研究论文	本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次对中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化进行了全面研究	研究仅局限于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和中老年小鼠群体
747	2025-07-17	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	本文介绍了一种名为lr-kallisto的方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析	开发了lr-kallisto方法，将kallisto的RNA-seq定量方法适配于长读长测序技术，提高了定量分析的准确性和速度	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	解决长读长测序数据中转录本异构体定量分析的生物信息学挑战	长读长测序数据中的转录本异构体	生物信息学	NA	ONT长读长测序	kallisto	RNA-seq数据	NA
748	2025-07-17	Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea 2025, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties DOI:10.1159/000545134 PMID:40058359	研究论文	探讨CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的作用	首次揭示CX3CL1在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是激活老年性听力损失局部炎症微环境的触发点	需要进一步的体内干预实验验证	研究CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的角色	年轻和老年小鼠的耳蜗	生物医学	老年性听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、实时定量PCR、Western blot、迁移实验	NA	基因表达数据、蛋白质数据	年轻和老年小鼠的耳蜗样本
749	2025-07-17	Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S530987 PMID:40655119	研究论文	本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）对增强抗肿瘤免疫力的影响	揭示了ASPH抑制与DNA疫苗接种联合治疗可显著增强CD8+ T细胞的抗肿瘤反应，并激活NK细胞、巨噬细胞和树突状细胞	研究仅在小鼠TC-1/A9模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究ASPH抑制对诱导抗肿瘤免疫力的影响及参与的免疫细胞	小鼠TC-1/A9模型中的肿瘤细胞和免疫细胞	肿瘤免疫学	癌症	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISPOT检测	小鼠模型	实验数据	NA
750	2025-07-17	The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970 PMID:40655140	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用	首次发现ATF3在BAVM发病机制中的关键作用，为BAVM的精准治疗提供了新的可能性	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在动物模型和临床样本中验证	探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略	脑动静脉畸形(BAVM)内皮细胞	精准医学	脑动静脉畸形	scRNA-seq, 多组学分析, 细胞实验(CCK-8, RT-qPCR, Transwell等)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
751	2025-07-17	Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf123 PMID:40655197	研究论文	利用单细胞RNA测序数据的伪时间导数识别细胞周期调控基因	开发了一种通过单细胞RNA测序研究细胞周期的方法，避免了传统的细胞周期同步或选择实验	NA	研究细胞周期及其调控组件	细胞周期调控基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	伪时间方法	RNA测序数据	NA
752	2025-07-17	Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1579121 PMID:40655943	研究论文	通过单细胞分析揭示了长期电磁场暴露对肝脏的时空影响	首次系统性评估长期电磁场暴露对肝脏的影响，并利用单细胞RNA测序和时空分辨分析揭示不同肝细胞对电磁辐射的敏感性和反应模式	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	评估长期电磁场暴露对肝脏的影响	小鼠肝脏	生物医学	NA	单细胞RNA测序、脂质组学分析、组织学分析	NA	RNA测序数据、脂质组数据、组织学图像	小鼠暴露于2.45 GHz电磁场长达5个月
753	2025-07-17	Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.114505 PMID:40657372	研究论文	通过多组学分析揭示了转化生长因子-β信号驱动的多细胞相互作用在宫颈癌进展中的预后相关性	首次在单细胞分辨率下系统描绘了宫颈癌进展阶段肿瘤微环境（TME）的重塑过程，并发现了一个新的转移相关上皮亚群（Epi0_AGR2）以及TGF-β驱动的细胞协同作用作为转移开关	样本量相对较小（scRNA-seq n=11），需要在更大规模的队列中进行验证	解析宫颈癌进展中肿瘤微环境异质性的时空演变及其预后意义	宫颈癌患者的原发灶（局部n=3、区域n=4、转移n=4）和TCGA-CESC队列（n=304）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）	计算模型（基于TME转移生态位特征）	单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据	scRNA-seq样本11例（局部3例/区域4例/转移4例），TCGA队列304例
754	2025-07-17	Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.113580 PMID:40657391	研究论文	本研究通过多尺度分析和机器学习，揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞（eCAFs）在肺腺癌（LUAD）中的预后作用	首次将eCAFs与SPP1+巨噬细胞的相互作用机制作为肺腺癌进展和预后的关键因素，并开发了一个包含28个eCAFs相关基因的预后模型	需要进一步的实验验证	探索肺腺癌的新型治疗靶点和预后策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，机器学习	机器学习算法	转录组数据	15个LUAD肿瘤样本，整合了TCGA、GSE31210、GSE72094等多队列数据
755	2025-07-17	DISSyphilis and the risk of HIV infection: A Mendelian randomization study 2024-Jul-31, AIDS research and human retroviruses IF:1.5Q4 DOI:10.1089/AID.2024.0005 PMID:39086230	研究论文	通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应	揭示了梅毒与HIV感染之间的直接因果关系，并发现RPAIN基因上调可能是促进HIV感染进展的关键因素	研究依赖于基因组关联研究的数据，可能存在未测量的混杂因素	评估梅毒对HIV感染的因果效应	梅毒和HIV感染	遗传流行病学	HIV感染	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	加权中位数、MR Egger、逆方差加权	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	NA
756	2025-07-17	CRISPR-Cas9 Genome Editing Allows Generation of the Mouse Lung in a Rat 2024-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0964OC PMID:38507610	研究论文	利用CRISPR-Cas9基因组编辑技术在大鼠体内生成小鼠肺组织	首次通过CRISPR-Cas9基因组编辑和囊胚互补技术在大鼠体内生成小鼠肺组织，实现了供体胚胎干细胞对肺组织近99%的贡献	研究仅在小鼠和大鼠之间进行，尚未在更大动物或人类中验证	探索利用大型动物作为生物反应器生成人类肺组织的可能性	小鼠胚胎干细胞和大鼠胚胎	生物工程	NA	CRISPR-Cas9基因组编辑、囊胚互补技术、免疫染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞图像数据	小鼠-大鼠嵌合体
757	2025-07-17	Immune Response following FLASH and Conventional Radiation in Diffuse Midline Glioma 2024-Jul-15, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.01.219 PMID:38364947	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，比较了FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤免疫微环境的影响	首次以单细胞分辨率绘制了常规和FLASH放射治疗对DMG免疫微环境的改变，揭示了免疫反应的时间依赖性差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤肿瘤免疫微环境的影响差异	脑干弥漫性中线胶质瘤的免疫细胞	肿瘤免疫学	弥漫性中线胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	使用原位同基因小鼠脑干DMG模型
758	2025-07-17	Single-cell transcriptomic analysis reveals the landscape of epithelial-mesenchymal transition molecular heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2024-04-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216723 PMID:38342234	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了食管鳞状细胞癌中上皮-间质转化分子异质性的全景	首次在单细胞水平上描绘了ESCC中EMT的分子异质性，并鉴定了87个EMT相关分子及潜在标志物SERPINH1	样本量相对有限（44名患者），且未涵盖所有ESCC亚型	阐明食管鳞癌EMT分子异质性及其在肿瘤进展中的作用	39个肿瘤样本和16个癌旁样本中的209,231个ESCC细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq, TCGA数据分析	NA	单细胞转录组数据	44名患者的55个样本（39肿瘤+16癌旁）
759	2025-07-17	Up-regulation of RAN by MYBL2 maintains osteosarcoma cancer stem-like cells population during heterogeneous tumor generation 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216708 PMID:38336287	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了骨肉瘤癌症干细胞样细胞（CSCs）在异质性肿瘤生成中的分子特征，并发现MYBL2-RAN通路在维持CSCs自我更新中的关键作用	首次揭示了MYBL2-RAN通路在骨肉瘤CSCs自我更新中的调控机制，并证明阻断该通路可增强CSCs对顺铂治疗的敏感性	研究主要基于体外实验和临床组织分析，缺乏体内动物模型的验证	探索骨肉瘤异质性肿瘤生成过程中癌症干细胞样细胞的调控机制	骨肉瘤癌症干细胞样细胞及其衍生的异质性肿瘤细胞	癌症生物学	骨肉瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床骨肉瘤组织样本（数量未明确说明）
760	2025-07-17	Inhibition of ATM promotes PD-L1 expression by activating JNK/c-Jun/TNF-α signaling axis in triple-negative breast cancer 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216642 PMID:38278470	研究论文	本研究揭示了ATM通过下调JNK/c-Jun/TNF-α信号轴在三阴性乳腺癌中负调控PD-L1表达的新机制	发现ATM通过抑制JNK/c-Jun/TNF-α信号轴负调控PD-L1表达的新机制，为免疫检查点阻断疗法在多线耐药TNBC中的广泛应用提供了新思路	样本量相对有限（86例TNBC临床标本），且机制研究主要在细胞和动物模型中进行	探究ATM在TNBC中调控PD-L1表达的分子机制	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系、动物模型和临床标本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、细胞因子阵列分析、Western blot、荧光素酶报告基因检测	ATM敲低TNBC稳定细胞系	RNA测序数据、蛋白质表达数据、临床标本数据	86例TNBC临床标本和4例TNBC临床标本的scRNA-seq数据