单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-07-20	GLP-1 receptor signaling increases PCSK1 and β cell features in human α cells 2021-02-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.141851 PMID:33554958	研究论文	研究GLP-1受体信号如何增加人类α细胞中PCSK1的表达及β细胞特征	发现GLP-1受体激动剂liraglutide通过β细胞GLP-1R依赖的方式增加α细胞GLP-1表达，并应用新型scRNA-seq技术DART-Seq在人类胰岛中验证了这一效应的翻译相关性	研究机制尚未完全明确，且部分结果仅在老鼠模型中验证	揭示α细胞PC1/3表达激活的机制，为糖尿病治疗提供新靶点	人类α细胞及β细胞	分子生物学	糖尿病	scRNA-seq (DART-Seq), IHC	NA	基因表达数据	人类胰岛样本及老鼠模型
742	2025-07-20	Transcriptional profiling of pediatric cholestatic livers identifies three distinct macrophage populations 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0244743 PMID:33411796	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，鉴定了小儿胆汁淤积性肝脏中的三种不同的巨噬细胞亚群	首次对人类小儿胆汁淤积性肝脏进行单细胞RNA测序，并鉴定了三种与健康肝脏巨噬细胞转录特征不同的巨噬细胞亚群	研究样本量较小（BA和ALGS患者各6例），且需要进一步分析这些巨噬细胞亚群在不同胆汁淤积性肝病病因中的异同	进一步表征小儿胆汁淤积性肝病中巨噬细胞的转录谱	小儿胆汁淤积性肝病（胆道闭锁和Alagille综合征）患者及非胆汁淤积性小儿肝脏	数字病理	胆汁淤积性肝病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 图像数据	胆道闭锁患者6例，Alagille综合征患者6例，及非胆汁淤积性小儿肝脏样本
743	2025-07-20	Single-cell transcriptomics of human islet ontogeny defines the molecular basis of β-cell dedifferentiation in T2D 2020-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2020.101057 PMID:32739450	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了人类胰岛细胞在发育过程中的成熟程序，以及2型糖尿病中β细胞去分化的分子基础	首次详细描述了人类α和β细胞在个体发育过程中的成熟程序，并揭示了2型糖尿病中胰岛细胞转录组成熟度丧失的分子机制	研究样本可能有限，且仅关注了转录组层面的变化，未涉及蛋白质或功能层面的验证	探究人类胰岛细胞成熟程序和2型糖尿病中β细胞去分化的分子机制	人类胰岛α和β细胞	单细胞转录组学	2型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	非糖尿病和2型糖尿病捐赠者的胰岛样本
744	2025-07-20	Multimodal Mapping of the Tumor and Peripheral Blood Immune Landscape in Human Pancreatic Cancer 2020-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-020-00121-4 PMID:34296197	研究论文	通过多模态分析方法揭示胰腺导管腺癌（PDA）的免疫景观	结合CyTOF、单细胞RNA测序和多重免疫组化技术，揭示了PDA中免疫抑制性细胞相互作用的复杂网络	研究样本可能不足以代表所有PDA患者的免疫特征	阐明PDA的免疫微环境特征及其对免疫治疗的影响	胰腺导管腺癌患者肿瘤组织、匹配血液样本和非恶性样本	数字病理学	胰腺癌	CyTOF, 单细胞RNA测序, 多重免疫组化	NA	蛋白质组数据, 转录组数据, 图像数据	患者肿瘤组织、匹配血液和非恶性样本（具体数量未提及）
745	2025-07-20	Analysis of Dual Class I Histone Deacetylase and Lysine Demethylase Inhibitor Domatinostat (4SC-202) on Growth and Cellular and Genomic Landscape of Atypical Teratoid/Rhabdoid 2020-Mar-23, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12030756 PMID:32210076	研究论文	研究探讨了双重I类组蛋白去乙酰化酶和赖氨酸去甲基化酶抑制剂Domatinostat (4SC-202)对非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤(ATRT)生长、细胞和基因组景观的影响	首次研究了Domatinostat (4SC-202)这种同时抑制I类HDAC和LSD1的小分子表观遗传调节剂对ATRT的作用，并发现其对癌症干细胞有靶向作用	研究主要基于体外细胞模型，尚未进行体内实验验证	探索新型表观遗传药物对罕见且侵袭性强的非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤的治疗潜力	非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤(ATRT)细胞	肿瘤学	非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、多组学富集分析	2D和3D支架细胞培养模型	基因组数据、转录组数据	ATRT-06球状体细胞模型
746	2025-07-20	scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis 2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz830 PMID:31697351	research paper	介绍了一个名为scGEAToolbox的Matlab工具箱，用于单细胞RNA测序数据分析	提供了一个全面的Matlab工具箱，支持单细胞RNA测序数据的多种分析功能，包括数据标准化、特征选择、批次校正等，并配备了图形用户界面	未提及具体的数据处理速度或与其他工具的性能比较	开发一个易于使用的Matlab工具箱，以支持单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
747	2025-07-19	Evaluation of PANoptosis activation in irreversible pulpitis: An in vitro study based on human tissue samples 2025-Sep, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106305 PMID:40451096	研究论文	本研究通过分析RNA-seq和scRNA-seq数据，探讨了不可逆性牙髓炎中PANoptosis的激活情况	首次在人类牙髓炎组织中研究了PANoptosis的激活机制，并揭示了凋亡和焦亡途径的独立存在	未检测到caspase-8和PYCARD的相互作用，且样本来源有限	研究牙髓炎中PANoptosis的激活机制	人类健康及炎症牙髓组织	分子生物学	牙髓炎	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, 免疫印迹, 共免疫沉淀	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEO数据库中的数据集
748	2025-07-19	siHIF-1α-loaded micellar nanoparticles inhibit M1 macrophage activation to ameliorate chronic rhinosinusitis 2025-Sep, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.433 PMID:40456494	研究论文	研究负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒通过调控巨噬细胞极化和铁死亡来改善慢性鼻窦炎的分子机制	首次提出使用负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒靶向HIF-1α/TFRC-ROS轴，抑制M1巨噬细胞活化和铁死亡，为慢性鼻窦炎提供新型精准治疗策略	需进一步验证长期安全性和临床转化潜力	探究纳米颗粒介导的基因疗法对慢性鼻窦炎免疫调控的作用机制	慢性鼻窦炎小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞系	纳米医学	慢性鼻窦炎	scRNA-seq, ChIP, 双荧光素酶报告实验, 流式细胞术	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	小鼠模型（具体数量未明确）和Raw264.7细胞系
749	2025-07-19	Specificity protein 1 suppresses prohibitin 1 to induce macrophage M1 polarization and impair phagocytosis, exacerbating sepsis-associated acute lung injury 2025-Sep, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.434 PMID:40482976	研究论文	本研究探讨了特异性蛋白1(SP1)/抑制蛋白1(PHB1)轴在脓毒症相关急性肺损伤(ALI)中调控巨噬细胞极化和功能的作用	首次揭示了SP1通过转录抑制PHB1表达促进巨噬细胞M1极化并损害吞噬功能，从而加剧脓毒症诱导的ALI	未来研究需要探索针对调节巨噬细胞极化和改善脓毒症相关ALI免疫稳态的靶向治疗	阐明脓毒症诱导ALI的分子机制并探索潜在治疗靶点	巨噬细胞极化与功能	分子生物学与免疫学	脓毒症相关急性肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量测序(HTS)、机器学习(ML)算法、免疫荧光、ELISA、RT-qPCR、Western blot	ML算法	基因表达数据、蛋白质数据	CLP诱导的小鼠模型
750	2025-07-19	Novel NLRP3 inhibitors mitigate acute radiation-induced lung injury by suppressing pyroptosis in alveolar epithelial cells 2025-Sep, Toxicology and applied pharmacology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.taap.2025.117458 PMID:40618790	研究论文	本研究设计并合成了一系列新型NLRP3抑制剂，通过抑制肺泡上皮细胞的焦亡来减轻辐射诱导的肺损伤	开发了针对NLRP3 NACHT结构域的新型喹喔啉酮衍生物抑制剂(QK-3D和QK-3E)，并证实其通过抑制NLRP3/GSDMD通路减轻辐射诱导的肺损伤	研究主要聚焦于早期辐射诱导肺损伤，对长期效果和临床转化潜力需进一步验证	开发靶向NLRP3的新型抑制剂以减轻辐射诱导的肺损伤	肺泡上皮细胞(A549和MLE-12细胞系)和C57BL/6小鼠模型	分子药理学	肺损伤	高通量筛选、分子对接、单细胞测序分析、Western blot、免疫荧光	动物模型(C57BL/6小鼠)	分子生物学数据、组织病理学数据	细胞实验(具体数量未明确)和动物模型(具体数量未明确)
751	2025-07-19	A multimorphic variant in ThPOK causes an inborn error of immunity with T cell defects and fibrosis 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241174 PMID:40392549	研究论文	本文报告了首例由ThPOK基因变异引起的人类疾病，该变异导致CD4+ T细胞缺陷和纤维化	首次发现ThPOK基因的致病变异导致人类免疫缺陷疾病，并揭示了ThPOK在T细胞受体激活和纤维化通路调控中的新作用	仅报告了一例患者，样本量较小	研究ThPOK基因变异对人类免疫系统的影响	一名携带ThPOKK360N变异的患者及其细胞模型	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序，慢病毒转导	NA	基因序列数据，转录组数据	1名患者及其细胞模型
752	2025-07-19	Multiomic analysis uncovers a continuous spectrum of differentiation and Wnt-MDK-driven immune evasion in hepatoblastoma 2025-Aug, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.01.031 PMID:39900120	研究论文	通过多组学分析揭示肝母细胞瘤中连续的分化谱和Wnt-MDK驱动的免疫逃逸机制	揭示了肝母细胞瘤细胞存在连续的分化谱，并发现Wnt信号通过上调midkine表达改变巨噬细胞表型，从而驱动免疫逃逸	需要进一步的机制和实际验证以实现临床转化	全面分析肝母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示其空间结构和关键信号机制	肝母细胞瘤样本、非肿瘤和胎儿肝脏样本、健康免疫细胞	肿瘤微环境研究	肝母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光染色、Western blotting	NA	RNA-seq数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	单细胞/核RNA测序样本15例，空间转录组样本22例，免疫荧光染色样本7例，RNA-seq验证队列110例
753	2025-07-19	A review of spatial transcriptomics in psoriasis: new insights into cellular contributions 2025-Aug, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2025.102585 PMID:40505496	review	综述了空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对细胞贡献的新见解	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了银屑病中特定细胞群、失调通路及组织微环境的新见解	NA	探讨空间转录组学如何帮助更好地理解银屑病及其相关细胞类型	银屑病中的细胞群和组织微环境	digital pathology	psoriasis	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	gene expression data	NA
754	2025-07-19	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury 2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025 PMID:40602784	研究论文	本文研究了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）在小鼠急性肾损伤（AKI）模型中的保护作用及其潜在治疗靶点	首次揭示了MTAP抑制在AKI中的保护作用，并通过转录组学和单细胞RNA测序数据验证了其在损伤反应中的调节作用	研究仅基于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未进行临床试验验证	探索MTAP在急性肾损伤中的潜在治疗作用	小鼠模型和人类肾脏细胞	生物医学	急性肾损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类肾脏活检样本
755	2025-07-19	Kidney organoids demonstrate that PTH1R drives a cystogenic cAMP-pPKA-pCREB axis in developmental polycystic kidney disease 2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00056.2025 PMID:40602764	研究论文	利用人类多能干细胞衍生的肾脏类器官研究发育性多囊肾病的致病机制，并发现PTH1R作为潜在治疗靶点	首次揭示PTH1R作为G蛋白偶联受体在发育性多囊肾病中驱动囊肿形成的信号级联机制	研究主要基于体外类器官模型，尚未在完整生物体内验证	探索发育性多囊肾病的致病机制并寻找新的治疗靶点	人类诱导多能干细胞衍生的ARPKD类器官、野生型类器官、人类ARPKD组织	干细胞与疾病建模	多囊肾病	单细胞RNA测序、靶向机制研究	肾脏类器官模型	基因表达数据、组织学数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种样本类型（类器官、人类组织）
756	2025-07-19	Tryptamine Metabolism and Functionalization in Gut Commensal Bacteria Expand Human Tryptamine Signaling Responses 2025-Jul-18, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.5c00313 PMID:40577169	研究论文	研究肠道共生细菌中色胺代谢和功能化对人类色胺信号反应的影响	发现了两种以前未表征的代谢物，并揭示了它们在激活人类GPCRs和抑制炎症酶方面的功能	研究仅基于体外和小鼠模型，未涉及人体临床试验	探索肠道微生物分泌的小分子对人类生理的影响	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织	微生物学	NA	生物活性辅助分离、单细胞RNA测序	NA	化学分析数据、RNA测序数据	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织
757	2025-07-19	Single-cell RNA sequencing reveals hemocyte heterogeneity, differentiation trajectories, and viral tropism in shrimp (Macrobrachium rosenbergii) infected with decapodiridovirus litopenaeus1 2025-Jul-18, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00790-25 PMID:40679295	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了罗氏沼虾在感染十足目虹彩病毒1（DIV1）后血细胞的异质性、分化轨迹和病毒趋向性	首次在单细胞分辨率下构建了DIV1感染下虾血细胞的转录图谱，揭示了血细胞的转录异质性、分化轨迹和免疫应答	NA	研究虾在DIV1病毒感染下的免疫反应机制	罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）的血细胞	基因组学	十足目虹彩病毒1（DIV1）感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
758	2025-07-19	Multi-omic spatial profiling reveals the unique SARS-CoV-2 lung microenvironment and collagen VI as a predictive biomarker in severe COVID-19 2025-Jul-17, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01699-2023 PMID:40473310	研究论文	通过多组学空间分析揭示SARS-CoV-2肺部微环境的独特性及胶原VI作为重症COVID-19预测生物标志物的作用	首次采用多组学方法综合分析了COVID-19肺部组织的免疫反应和细胞外基质的作用，发现胶原VI的上调与疾病严重程度相关	研究主要基于死后肺组织样本，可能无法完全反映疾病早期动态变化	理解COVID-19肺部微环境相互作用及细胞外基质的致病作用	COVID-19患者和非呼吸系统疾病对照者的死后肺组织及血清样本	数字病理学	COVID-19	Quantseq Bulk RNA测序、Nanostring GeoMX空间转录组学、RNAscope、多重免疫荧光、免疫组化、ELISA	NA	组织样本、血清样本	215名COVID-19患者和54名健康志愿者的血清样本，以及未明确数量的死后肺组织样本
759	2025-07-19	Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation 2025-Jul-17, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70095 PMID:40674254	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（MCs）的转录组特征，揭示了其在肿瘤不同区域的异质性功能变化	首次揭示了胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（MCs）的空间转录异质性及其与免疫细胞相互作用的动态变化	研究主要基于小鼠和人类样本的体外分析，需要进一步体内实验验证	探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（MCs）的功能变化及其与免疫细胞的相互作用	胶质母细胞瘤微环境中的壁细胞（MCs）和免疫细胞	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠和人类胶质母细胞瘤样本
760	2025-07-19	A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications 2025-Jul-17, JBRA assisted reproduction DOI:10.5935/1518-0557.20250031 PMID:40674570	研究论文	通过多组学分析研究循环蛋白与自然流产风险之间的因果关系及其潜在影响	利用孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，识别与自然流产风险相关的遗传变异及其分子机制	排除了性别间表达差异的蛋白，可能遗漏部分相关蛋白	探究自然流产的遗传基础和潜在治疗靶点	循环蛋白和自然流产风险	生物信息学	自然流产	孟德尔随机化、KEGG通路富集、单细胞转录组学	NA	蛋白质组学数据、单细胞转录组数据	NA