单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-09-06	ST-deconv: an accurate deconvolution approach for spatial transcriptome data utilizing self-encoding and contrastive learning 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf109 PMID:40896262	研究论文	提出一种基于深度学习的空间转录组数据反卷积方法ST-deconv，整合空间信息以提升细胞类型解析精度	结合自编码器和对比学习增强相邻点空间表征，采用域对抗网络提升跨数据集泛化能力	NA	解决空间转录组数据缺乏单细胞分辨率的问题，实现高精度细胞类型反卷积	空间转录组数据（ST data）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq）	生物信息学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	自编码器，对比学习，域对抗网络	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据	小鼠嗅球（MOB）和人类胰腺导管腺癌（PDAC）组织样本
742	2025-09-06	Pan-cancer analysis implicates novel insights of cholesterol biosynthesis into immunotherapy response prediction and survival prognostication 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110859 PMID:40816003	研究论文	通过泛癌分析揭示胆固醇生物合成与免疫治疗反应预测及生存预后的新关联	首次构建并验证了胆固醇生物合成相关特征（CB.SIG），并发现TNFRSF10B作为预测免疫治疗反应的泛癌生物标志物	基于公开数据集的分析，需进一步实验验证	探究胆固醇生物合成与免疫检查点抑制剂反应性的关系并开发预测模型	泛癌患者样本（包括非小细胞肺癌和乳腺癌细胞系）	计算生物学	泛癌（多种癌症类型）	scRNA-seq, CRISPR筛选, 空间转录组学, 免疫组化	机器学习模型	转录组数据	40个scRNA-seq数据集、30个TCGA泛癌队列、9个ICI转录组队列、17个CRISPR数据集
743	2025-09-06	SynchDP: A correlation based sequence alignment algorithm for synchronizing longitudinal clinical data 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110853 PMID:40825256	研究论文	提出一种基于相关性的动态规划算法SynchDP，用于对齐和同步不规则采样的临床时间序列数据	开发了能够处理不同长度和采样率的临床时间序列的新型对齐算法，并能从头组装代表性模式	NA	解决临床时间序列数据的对齐问题，以量化疾病进展相似性并发现生物标志物	COVID-19患者的纵向严重程度数据	生物信息学	COVID-19	动态规划算法，单细胞转录组分析	动态规划	临床时间序列数据，基因表达数据	NA
744	2025-09-06	Applications and prospects of spatial transcriptomics in prostate cancer research: A narrative review 2025-Sep, Current urology IF:0.9Q4 DOI:10.1097/CU9.0000000000000288 PMID:40894285	综述	本文综述了空间转录组学在前列腺癌研究中的应用与前景，重点探讨其在肿瘤微环境、异质性和临床意义方面的价值	系统总结了空间转录组学在前列腺癌这一相对研究较少领域的应用潜力，并提出了未来研究方向	现有研究仍较为有限，需要更多实证数据支持	概述空间转录组学技术原理及其在前列腺癌研究中的应用现状和发展前景	前列腺癌肿瘤组织	数字病理	前列腺癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
745	2025-09-06	PDPN+ cancer-associated fibroblasts correlate with the neoadjuvant immunotherapy response in gastric cancer 2025-Sep, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250475 PMID:40895767	研究论文	本研究探讨PDPN+癌症相关成纤维细胞（CAFs）与胃癌新辅助免疫治疗反应的相关性	首次鉴定PDPN作为CAFs亚群的标志物，并验证其与免疫治疗疗效的负相关性	样本来源限于特定临床试验和公共数据库，需进一步扩大验证	预测胃癌患者对新辅助免疫治疗的反应	胃癌患者组织样本和类器官模型	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, Western blot, 多重免疫组化/免疫荧光	GC-PDOs（胃癌患者来源类器官）	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	多个公共数据库（TCGA-STAD等）及临床试验NCT04208347的胃癌患者样本
746	2025-09-06	The Pdgfd-Pdgfrb axis orchestrates tumor-nerve crosstalk in pancreatic cancer 2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672505 PMID:40909696	研究论文	本研究揭示了Pdgfd-Pdgfrb信号轴在胰腺癌中介导肿瘤-神经交互作用并促进神经周围侵袭的机制	首次发现Pdgfd信号通过协调癌细胞、神经元和胶质细胞的多方面相互作用促进神经侵袭，并证明该轴可作为治疗靶点	NA	探究胰腺导管腺癌中肿瘤-神经相互作用的分子机制及其对神经周围侵袭的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤细胞、神经及胶质细胞	肿瘤微环境研究	胰腺癌	全转录组测序、单细胞空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
747	2025-09-06	Multi-omics reveals changes in astrocyte fatty acid metabolism during early stages of Alzheimer's disease 2025-Aug-30, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2025.106049 PMID:40889558	研究论文	通过多组学分析揭示阿尔茨海默病早期星形胶质细胞脂肪酸代谢异常	首次结合转录组、蛋白质组和空间代谢组学动态追踪AD模型星形胶质细胞代谢变化，并验证人类早期AD样本的保守性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证需进一步扩展	探究阿尔茨海默病早期星形胶质细胞的分子动态变化	APP/PS1转基因小鼠和野生型小鼠的星形胶质细胞，以及人类脑组织样本	多组学分析	阿尔茨海默病	转录组学、蛋白质组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据、代谢物空间分布数据	5个时间点（2/4/6/9/12月龄）的小鼠模型，人类早期AD与对照脑样本
748	2025-09-06	Leveraging Single-Cell Transcriptomics of Developing Rat Ocular Outflow Tissues for Prioritization of Congenital Glaucoma Candidate Genes 2025-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672439 PMID:40909638	研究论文	利用单细胞转录组技术分析发育期大鼠眼房水流出通路的基因表达，以优先筛选先天性青光眼候选基因	首次对发育关键期的大鼠眼房水流出组织进行单细胞RNA测序，识别出TM/SC细胞特异性高表达的395个基因，并提出先天性青光眼基因优先筛选策略	研究基于大鼠模型，需进一步验证人类组织的适用性	识别与眼房水流出通路发育相关的关键基因，为先天性青光眼的遗传机制研究提供依据	发育期大鼠的眼房水流出通路组织（小梁网和Schlemm管）	单细胞转录组学	先天性青光眼	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	86,653个角膜缘细胞，包含10,037个TM细胞和546个SC细胞
749	2025-09-06	Cross-species analysis identifies genotype-driven vulnerabilities in lung adenocarcinoma 2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.24.671070 PMID:40909610	研究论文	通过跨物种单细胞分析揭示肺腺癌基因型驱动的肿瘤微环境特征和代谢依赖性	首次通过人鼠跨物种保守性分析揭示致癌基因突变对肿瘤微环境的特异性免疫印记	样本量有限（57例人类和18例小鼠样本），需进一步验证	解析肺腺癌主要基因突变亚型对肿瘤细胞和微环境的特异性影响	人类和小鼠肺腺癌样本	计算生物学	肺腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	跨物种比较分析	单细胞转录组数据	57例人类样本和18例小鼠样本
750	2025-09-06	Prognostic Value and Immune Characterization of Genes Associated with Childhood Acute Leukemia applying Single-Cell RNA Sequencing 2025-Aug-27, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303420113250818064855 PMID:40910197	研究论文	本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别儿童急性淋巴细胞白血病中关键的B细胞亚群和相关分子作为生物标志物	首次应用单细胞RNA测序技术结合多组学分析构建儿童急性白血病的预后风险模型并探索其免疫调控机制	样本量较小（仅2例患者和3例健康对照），需要更大规模验证	探究儿童急性淋巴细胞白血病的预后生物标志物和免疫特征	儿童急性淋巴细胞白血病患者和健康儿童骨髓样本	生物信息学	儿童急性白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 功能富集分析, 伪时间轨迹分析, 细胞通讯分析	Cox回归, LASSO回归	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	2例预B细胞高倍体ALL患者, 3例健康儿童骨髓样本, 511例cALL样本
751	2025-09-06	Squidiff: Predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model 2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.16.623974 PMID:40909548	研究论文	提出基于扩散模型的生成框架Squidiff，用于预测细胞在不同环境变化下的转录组响应	首次将扩散模型应用于跨细胞类型的转录组变化预测，支持连续去噪和语义特征整合以捕捉瞬态细胞状态	未明确说明模型在处理极端罕见细胞类型或超高维数据时的局限性	预测细胞在环境刺激（如放疗、药物处理）下的转录组动态变化，加速疾病机制研究和药物发现	多种细胞类型（包括血管类器官）对环境刺激的响应	计算生物学	NA	单细胞测序，扩散模型	扩散模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及细胞分化、基因扰动和药物响应等多场景数据
752	2025-09-06	High-Resolution Spatial Transcriptomics Reveals Fibroblast and Neuroimmune Microenvironments in Endometriosis Lesions 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.20.671344 PMID:40909522	研究论文	本研究通过高分辨率空间转录组学揭示了子宫内膜异位症病灶中的成纤维细胞和神经免疫微环境	首次建立人类卵巢和腹膜病灶的精确空间转录组图谱，发现跨病灶类型的共享空间特征并验证上皮-神经元相互作用组	NA	探究子宫内膜异位症疼痛症状和疾病进展的机制	人类卵巢和腹膜子宫内膜异位症病灶	空间转录组学	子宫内膜异位症	空间转录组学，3D共培养模型	NA	空间转录组数据	NA
753	2025-09-06	Single-Cell Network Analysis Identifies CLEC4E as a Key Mediator of Proinflammatory mDC Responses in Influenza Infection 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.21.671587 PMID:40909530	研究论文	本研究通过单细胞网络分析发现CLEC4E是流感感染中促炎性mDC反应的关键介质	采用整合单细胞共表达网络方法，首次识别出CLEC4E作为调节病理性炎症反应的上游驱动因子	NA	揭示流感感染中特定免疫细胞内的关键分子驱动机制	髓样树突状细胞(mDCs)和流感感染模型	生物信息学	流感感染	单细胞RNA测序，网络分析	NA	单细胞转录组数据	流感感染患者的独立单细胞数据集和小鼠流感模型
754	2025-09-06	Interpretable machine learning coupled to spatial transcriptomics unveils mechanisms of macrophage-driven fibroblast activation in ischemic cardiomyopathy 2025-Aug-24, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.18.25333841 PMID:40894159	研究论文	本研究结合可解释机器学习和空间转录组学揭示缺血性心肌病中巨噬细胞驱动成纤维细胞活化的机制	开发了结合SLIDE可解释机器学习、调控网络推断和计算机扰动的新工作流程，发现了传统分析会遗漏的细胞程序和转录因子	NA	揭示心肌梗死后巨噬细胞微环境介导的成纤维细胞活化机制	缺血性心肌病患者心脏组织、小鼠模型、巨噬细胞和心脏成纤维细胞	机器学习	心血管疾病	空间转录组学、调控网络推断、计算机扰动、脂质体纳米颗粒技术	SLIDE (可解释机器学习)	空间转录组数据、基因表达数据	人类缺血性心肌病患者心脏样本和小鼠MI模型
755	2025-09-06	Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution 2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.20.671333 PMID:40894744	研究论文	本研究系统评估了整合单细胞和单核RNA测序数据以提升批量RNA-seq反卷积准确性的策略	首次系统比较多种跨模态整合方法（包括PCA偏移、条件/非条件变分自编码器和基因过滤），并证明通过过滤跨模态差异表达基因可达到甚至超越纯scRNA-seq参考的性能	在缺乏真实标签的实际脂肪样本中无法进行绝对准确性验证，且对于特征较少的系统依赖有限DEG信息	提升批量RNA-seq反卷积的准确性和鲁棒性	四种不同人体组织的单细胞和单核RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, bulk RNA-seq	PCA, conditional/non-conditional variational autoencoders (scVI)	基因表达数据	四种不同组织（具体样本量未明确说明）
756	2025-09-06	The spleen tyrosine kinase inhibitor entospletinib resolves inflammation to promote repair following acute kidney injury 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189601 PMID:40857403	研究论文	研究脾酪氨酸激酶抑制剂entospletinib在急性肾损伤后通过缓解炎症促进修复的作用机制	首次证明选择性SYK抑制剂entospletinib可靶向白细胞表达的SYK，阻断促炎巨噬细胞活化，从而解决肾炎症并促进修复	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果尚需进一步验证	探索entospletinib在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中的治疗潜力及机制	小鼠肾脏（单侧肾缺血再灌注损伤模型）	肾脏病学	急性肾损伤与慢性肾病	单细胞RNA测序、数字空间分析、活体显微镜、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据、影像数据	小鼠肾脏样本（14天内动态分析）
757	2025-09-06	Tryptophan metabolic dysregulation drives immune activation and cartilage degradation in osteoarthritis: Functional validation integrated with transcriptomic and single-cell RNA sequencing 2025-Aug-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152497 PMID:40907267	研究论文	本研究通过转录组和单细胞RNA测序分析，揭示色氨酸代谢紊乱在骨关节炎免疫激活和软骨降解中的驱动作用	首次系统验证色氨酸代谢异常（特别是犬尿氨酸途径）作为OA发病机制的核心代谢驱动因素，而非伴随现象	主要基于体外软骨细胞模型，需要更多体内实验和临床样本验证	探究色氨酸代谢异常在骨关节炎发病机制中的作用	骨关节炎软骨组织、IL-1β刺激的软骨细胞	生物医学研究	骨关节炎	转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	未明确具体样本数量，包含OA软骨转录组数据和单细胞测序数据
758	2025-09-06	SCAN-ACT: adoptive T cell therapy target discovery through single-cell transcriptomics 2025-Aug-14, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01514-9 PMID:40814001	研究论文	开发SCAN-ACT计算流程，利用单细胞转录组学数据发现和优先排序用于过继性T细胞疗法的靶点	提出首个整合单细胞RNA测序和多组学数据的综合性计算流程，支持单特异性CAR-T靶点、双特异性布尔逻辑门控CAR-T靶点对及肽-MHC TCR-T靶点的系统发现	NA	加速实体瘤过继性T细胞疗法（ACT）的靶点发现与开发	软组织肉瘤（STS）和胶质母细胞瘤的肿瘤相关靶点	计算生物学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多组学数据分析	计算流程（pipeline）	单细胞转录组数据，多组学数据	986,749个单细胞
759	2025-09-06	Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection 2025-Aug-11, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612 PMID:40803501	研究论文	本研究揭示慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞通过铁死亡机制导致功能失调，并探索靶向铁死亡恢复抗病毒能力的治疗策略	首次发现HBV特异性CD8+ T细胞发生铁死亡，并阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进铁死亡的分子机制	NA	探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞铁死亡现象及其与功能失调的关系，并开发干预策略	慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞，特别是HBV特异性CD8+ T细胞	免疫学	乙型肝炎	流式细胞术、电子显微镜、单细胞RNA测序、MHC I四聚体技术	NA	细胞实验数据、测序数据、临床样本数据	慢性乙型肝炎患者CD8+ T细胞样本（具体数量未明确说明）
760	2025-09-06	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1基因的关键作用	首次利用单细胞RNA测序绘制乳腺癌淋巴结转移的完整生态系统图谱，发现GLO1通过调控GSH/ROS平衡促进淋巴管生成和转移的新机制	样本量相对有限（23名患者的28个淋巴结样本），需要更大规模研究验证发现	探究乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结样本和肿瘤微环境中的各种细胞类型	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序，多组学分析	NA	单细胞转录组数据，多组学数据	23名乳腺癌患者的28个淋巴结样本