单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-07-25	A Dual Approach with Organoid and CRISPR Screening Reveals ERCC6 as a Determinant of Cisplatin Resistance in Osteosarcoma 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500632 PMID:40476445	研究论文	本研究通过结合类器官和CRISPR筛选技术，揭示了ERCC6作为骨肉瘤顺铂耐药的关键调控因子	首次利用患者来源的骨肉瘤类器官(OSOs)和CRISPR筛选技术，系统研究了顺铂耐药机制，并鉴定出ERCC6和HNRNPM作为潜在治疗靶点	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床验证	探究骨肉瘤对顺铂化疗产生耐药的分子机制	骨肉瘤患者来源的类器官和骨肉瘤细胞系	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、CRISPR筛选、组织病理学分析	患者来源类器官模型(PDO)、CRISPR筛选模型	基因组数据、转录组数据、病理图像数据	患者来源的骨肉瘤类器官和骨肉瘤细胞系(具体数量未明确说明)
742	2025-07-25	Identification of an immunomodulatory lncRNA signature associated with immune cell reprogramming in high-grade glioma 2025-Jul, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00919-3 PMID:40527978	研究论文	本研究通过分析两种小鼠模型，探讨了长链非编码RNA（lncRNA）在高级别胶质瘤免疫微环境中的作用	首次识别了与高级别胶质瘤免疫细胞重编程相关的免疫调节lncRNA特征，并揭示了它们在肿瘤微环境中的空间分布	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证这些发现	探索lncRNA在高级别胶质瘤免疫微环境中的作用机制	高级别胶质瘤（HGGs）及其肿瘤免疫微环境（TIME）	肿瘤免疫学	高级别胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	RCAS-PDGFb和RCAS-BRAF V600E小鼠模型	转录组数据	两种小鼠模型及GBM患者样本
743	2025-07-25	Bidirectional mendelian randomization and single-cell sequencing reveal T cell-mediated causal links between COPD and lung adenocarcinoma 2025-Jul-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002448 PMID:40676822	研究论文	通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，研究T细胞介导的慢性阻塞性肺病（COPD）与肺腺癌（LA）之间的因果关系	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示CXCR4基因在CD4+T细胞中对肺腺癌的保护作用及其与免疫细胞的相互作用	研究样本量有限，且仅关注了CD4+T细胞亚群，未全面考察其他免疫细胞类型	探索COPD与肺腺癌之间的潜在机制联系	COPD和肺腺癌患者的CD4+T细胞	生物医学研究	肺腺癌, 慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 孟德尔随机化（MR）, 表达数量性状位点（eQTL）, 全基因组关联研究（GWAS）	NA	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	COPD和肺腺癌患者的外周血单细胞RNA测序数据
744	2025-07-25	Mapping Genetic Associations With Functional Brain Area Alterations in Schizophrenia and Implications for Cortical Development 2025-Jul, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70688 PMID:40685676	研究论文	本研究通过识别精神分裂症患者中受影响的Brodmann区域（BAs），探索相关遗传变异及其在皮质发育中的潜在作用	首次将精神分裂症的灰质体积变化与特定脑功能区域及遗传因素联系起来，并通过单细胞RNA测序和原位杂交分析揭示相关基因在皮质发育中的表达模式	样本量相对较小（194名精神分裂症患者和330名健康对照），且主要来自台湾老龄化精神疾病队列，可能限制结果的普遍性	探索精神分裂症患者灰质体积变化的遗传基础及其在皮质发育中的作用	194名精神分裂症患者和330名健康对照	神经科学	精神分裂症	GWAS、单细胞RNA测序、原位杂交	NA	MRI图像、遗传数据	524人（194名患者和330名对照）
745	2025-07-25	Dissecting Sex-Specific Pathology in K18-hACE2 Transgenic Mice Infected With Different SARS-CoV-2 Variants 2025-Jul, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70506 PMID:40686017	research paper	该研究通过K18-hACE2转基因小鼠模型，探究了不同SARS-CoV-2变体感染后性别特异性的病理差异	揭示了不同SARS-CoV-2变体感染后性别特异性病理反应的差异，特别是Delta变体在雄性小鼠中引起的更严重炎症反应	研究仅使用了转基因小鼠模型，结果可能无法完全反映人类感染情况	理解COVID-19结局中性别偏见的差异与不同SARS-CoV-2变体的关系	K18-hACE2转基因小鼠的肺和鼻腔组织	病理学	COVID-19	空间转录组学	K18-hACE2转基因小鼠模型	组织病理学数据和转录组数据	年龄匹配的雌性和雄性K18-hACE2转基因小鼠
746	2025-07-25	Genetic Associations of Clonal Hematopoiesis With Cardioembolic Stroke: Insights From Genome-Wide Mendelian Randomization, Bulk RNA, Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70515 PMID:40702735	研究论文	本研究通过基因组范围的孟德尔随机化、批量RNA和单细胞RNA测序，探索了克隆造血与心源性栓塞性中风的遗传关联	首次通过多组学整合方法揭示了CHIP与心源性栓塞性中风的因果关系，并鉴定了关键治疗靶点PARP1和CD3G	样本量相对有限，且机制研究主要基于生物信息学分析	阐明克隆造血与缺血性中风之间的机制联系	克隆造血(CHIP)患者与心源性栓塞性中风(CES)患者	基因组学	心血管疾病	GWAS, RNA-seq, scRNA-seq, 孟德尔随机化	机器学习	基因组数据	GWAS队列数据(具体数量未明确说明)
747	2025-07-25	S-Propargyl-Cysteine Attenuates Stroke Heterogeneity via Promoting Protective Autophagy Across Multiple Neural Cell Types: Insights From Single-Cell Sequencing 2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70399 PMID:40702904	research paper	本研究探讨了S-炔丙基半胱氨酸（SPRC）在缺血性中风中的神经保护作用及其机制，重点关注H2S与自噬在中风后脑微环境调控中的相互作用	首次揭示了SPRC在脑缺血再灌注损伤中以不依赖经典酶CBS/3-MST的方式提供神经保护，并发现其可能通过激活保护性自噬发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探究SPRC在缺血性中风中的神经保护机制	缺血性脑组织、神经元、大鼠和小鼠模型	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序、脑缺血再灌注损伤模型构建、基因敲除技术	动物模型（大鼠和小鼠）	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GSE174574数据集和大鼠/小鼠模型
748	2025-07-25	APOBEC3C-Mediated NF-κB Activation Promotes Malignant Progression of Gliomas 2025-Jul, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70224 PMID:40704619	研究论文	分析APOBEC3C在胶质瘤中的临床病理特征、免疫学特性及预后价值，并验证其介导胶质瘤恶性进展的具体机制	发现APOBEC3C是胶质瘤间质亚型的潜在生物标志物，并通过NF-κB信号通路抑制胶质瘤细胞的EMT过程	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索APOBEC3C在胶质瘤恶性进展中的作用及其潜在机制	胶质瘤患者及胶质瘤细胞	肿瘤学	胶质瘤	mRNA-seq、单细胞测序、Western blot、Transwell实验、细胞划痕实验	NA	测序数据、蛋白质数据、细胞实验数据	来自CGGA数据库的693例胶质瘤患者和TCGA数据库的697例胶质瘤患者，以及CGGA数据库的单细胞测序数据
749	2025-07-25	GPC2-targeted CAR T cells engineered with NFAT-inducible membrane-tethered IL-15/IL-21 exhibit enhanced activity against neuroblastoma 2025-Jun-26, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0975 PMID:40569285	研究论文	该研究评估了靶向GPC2的CAR T细胞在表达IL-15和IL-21时对高负荷神经母细胞瘤的疗效	通过NFAT诱导型膜锚定IL-15/IL-21的表达增强CAR T细胞功能，同时降低系统性毒性	需要在进一步研究中验证这些发现	优化CAR T细胞疗法以治疗高负荷神经母细胞瘤	神经母细胞瘤	免疫治疗	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	CAR T细胞	体外和体内实验数据	高负荷神经母细胞瘤异种移植模型
750	2025-07-25	Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.21.660851 PMID:40667360	研究论文	本研究通过整合高plex循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学方法，探讨了早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭的相关因素	揭示了早期黑色素瘤中肿瘤可塑性和空间异质性的早期出现及其与微环境局部特征的关联	早期疾病的详细空间分析仍然有限	揭示黑色素瘤起始、进展和免疫监视的基本机制	原发性皮肤黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	高plex循环免疫荧光成像(CyCIF)、空间转录组学、传统组织学	NA	图像、转录组数据	多个原发性癌症样本，每个癌症中的100-300细胞微区域
751	2025-07-25	Transcriptomic analysis reveals novel targets in benign schwannoma using machine learning 2025-Jun-21, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.048 PMID:40550384	研究论文	本研究通过机器学习辅助的转录组和单细胞分析，识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物，并构建疾病评估预测模型	识别了五个新的免疫相关生物标志物，并验证了它们在神经鞘瘤进展中的生物学意义	预测模型的AUC值为0.67，可能还需要进一步优化以提高准确性	识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物并构建预测模型	良性神经鞘瘤的转录组数据和单细胞数据	机器学习	神经鞘瘤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、LASSO、SVM、随机森林算法	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	GSE108524数据集中的样本，以及NF2敲除小鼠模型
752	2025-07-25	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Jun-19, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究探讨了胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤生长的机制	首次揭示了中脑胆碱能神经元活动通过特定神经环路调控弥漫性中线胶质瘤增殖的机制，并发现毒蕈碱受体M1/M3在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类患者的临床相关性需要进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫性中线胶质瘤(DMG)和少突胶质前体细胞(OPCs)	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	未明确说明具体样本数量，使用DMG小鼠模型和原代DMG样本
753	2025-07-25	Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions 2025-Jun-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060470 PMID:40699869	综述	本文探讨了人工智能（AI）与下一代测序（NGS）的协同关系，及其在基因组研究和临床应用中的变革性影响	AI驱动的工具（如机器学习和深度学习）优化了NGS工作流程的各个方面，从实验设计到生物信息学分析，并在变异检测、表观基因组分析等领域超越了传统方法	存在数据异质性、模型可解释性及伦理问题等挑战	探索AI在NGS中的应用及其对基因组学和精准医学的推动作用	基因组数据及其在癌症研究和药物发现中的应用	机器学习	癌症	NGS, TGS	CNN, RNN, 混合架构	基因组数据	NA
754	2025-07-25	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Jun-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	通过时空转录组学揭示R6/2亨廷顿病小鼠脑中的分子模式	整合了10× Genomics Visium空间转录组学和单核RNA测序（snRNA-seq）技术，提供了区域、时间和细胞类型特异性的调控通路信息	研究仅针对R6/2小鼠模型，可能无法完全反映人类亨廷顿病的复杂性	理解亨廷顿病的分子机制	R6/2亨廷顿病小鼠脑组织	生物信息学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑组织（出生后0天[P0]、4周和12周）
755	2025-07-25	Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions 2025-Jun, Best practice & research. Clinical haematology DOI:10.1016/j.beha.2025.101634 PMID:40701740	review	本文综述了异基因造血细胞移植（allo-HCT）和CAR-T疗法后免疫重建的动态过程、影响因素及优化策略	总结了当前关于免疫重建动力学的知识，并评估了不同移植和CAR-T设置的影响，讨论了优化免疫监测和治疗方法的个性化策略	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	探讨异基因造血细胞移植和CAR-T疗法后的免疫重建过程及其临床意义	接受异基因造血细胞移植和CAR-T疗法的患者	免疫学	白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
756	2025-07-25	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex-expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	通过高分辨率单细胞转录组学比较研究不同果蝇物种中表达doublesex基因的神经元，揭示性行为神经回路在进化中的保守性和多样性	首次系统性比较多个果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型，揭示了细胞类型在进化中的高度独立性以及神经调节信号通路的物种差异	研究仅关注表达doublesex基因的神经元，可能忽略了其他参与性行为调控的神经元群体	探究神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为多样性	多种果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个果蝇物种的雄性个体（具体数量未明确说明），并包括一个雌性果蝇数据集
757	2025-07-25	Mapping Small Extracellular Vesicle Secretion Potential in Healthy Human Gingiva Using Spatial Transcriptomics 2025-Apr-07, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47040256 PMID:40699655	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，对健康人类牙龈组织中小细胞外囊泡（sEVs）的分泌潜力进行了定位分析	首次在sEVs生物发生的特定背景下对牙龈转录组数据进行荟萃分析，揭示了牙龈组织中不同结构在sEVs生物发生中的作用	研究仅基于公开可用的转录组数据，未进行实验验证	探索健康人类牙龈组织中sEVs的生物发生机制	健康人类牙龈组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	公开可用的牙龈转录组数据
758	2025-07-25	Identification of podocyte molecular markers in diabetic kidney disease via single-cell RNA sequencing and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328352 PMID:40690456	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习识别糖尿病肾病中的足细胞分子标记	利用单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法，揭示了糖尿病肾病中足细胞的异质性和功能差异，并鉴定了ARHGEF26作为潜在的诊断生物标志物	研究主要关注早期糖尿病肾病，可能不适用于晚期病例	阐明糖尿病肾病中足细胞的功能及其分子标记	糖尿病肾病患者的足细胞	数字病理学	糖尿病肾病	scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot	机器学习算法	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的单细胞RNA测序数据
759	2025-07-25	3D visualization of uterus and ovary: tissue clearing techniques and biomedical applications 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1610539 PMID:40692613	综述	本文综述了组织透明化和三维可视化技术在子宫和卵巢研究中的最新进展及其生物医学应用	整合了组织透明化技术与空间转录组学和AI分析工具，实现了全面的三维分子图谱	未提及具体实验数据或样本量的详细信息	促进对女性生殖系统功能的理解，并探索早期诊断子宫和卵巢病理的潜在策略	子宫和卵巢组织	数字病理学	妇科疾病	组织透明化技术（有机溶剂基、水凝胶基和水凝胶包埋方法）、光片显微镜、多光子显微镜	NA	三维图像数据	NA
760	2025-07-25	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585446 PMID:40692782	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现一种与年龄相关的T细胞亚群与症状性良性前列腺增生（BPH）相关	首次将年龄相关的CD8+ T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并揭示了Granzyme K在促进前列腺基质成纤维细胞炎症反应中的作用	研究样本量较小，且主要关注老年男性，可能限制了结果的普遍性	探讨年龄相关免疫细胞变化对BPH症状的贡献	老年男性（>50岁）的前列腺组织及BPH患者来源的成纤维细胞	免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	老年男性前列腺组织（小≤40g和大≥90g）及3例年轻器官捐赠者的前列腺组织