单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-05-25	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了蛋白质精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在内皮细胞（ECs）中的作用，特别是在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的影响	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞（ECs）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
742	2025-05-25	Targeting KIT With Antibody-Drug Conjugates in Chromophobe Renal Cell Carcinoma 2025-Apr-15, Clinical genitourinary cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1016/j.clgc.2025.102359 PMID:40408838	research paper	该研究探讨了在嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）中靶向KIT的抗体-药物偶联物（ADC）的治疗潜力	首次在ChRCC中测试了靶向KIT的ADC，并证实其有效性	研究未涉及临床患者试验，仅限于体外和数据库分析	探索KIT作为ChRCC治疗靶点的可行性	嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）及其细胞系	肿瘤学	肾细胞癌	抗体-药物偶联物（ADC）、单细胞RNA测序、Western blot分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据	15例转移性ChRCC标本、5个ChRCC细胞系
743	2025-05-25	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40036846	research paper	该研究构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类，基于单细胞RNA测序数据	通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了首个全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性及其在免疫调节和肿瘤微环境中的作用	数据库的覆盖范围可能受限于现有的单细胞RNA测序数据，且技术限制可能影响EV分析的准确性	构建一个全面的数据库以探索TcEV的表达和聚类，促进基于EV的诊断和治疗研究	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	包含277,265个EV液滴，来自51种T细胞类型，覆盖221个样本和21个项目，涉及9种组织来源和23种疾病状态
744	2025-05-25	Pro-Fibrotic Macrophage Subtypes: SPP1+ Macrophages as a Key Player and Therapeutic Target in Cardiac Fibrosis? 2025-02-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14050345 PMID:40072075	research paper	本文探讨了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用，并探索了针对这些细胞的新型治疗策略	研究主要基于动物模型，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	研究心脏纤维化的发病机制并探索新的治疗靶点	SPP1+巨噬细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	动物模型（具体数量未提及）
745	2025-05-25	A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.636192 PMID:40027755	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个发育中的抑制性神经元转录组图谱，揭示了多样化的扩展和收缩模式	开发了一种计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并构建了包含超过51,000个SST+神经元的Dev-SST-Atlas资源	稀有抑制性神经元类型在单细胞RNA测序数据集中代表性不足，可能影响发育轨迹的深入理解	探究大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制	小鼠和人类胎儿皮层中的SST+抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	超过51,000个小鼠SST+神经元
746	2025-05-25	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓系来源抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞的相互作用机制	首次在IDH野生型胶质母细胞瘤中发现两种功能不同的MDSC亚群（E-MDSC和M-MDSC），并阐明其空间分布特征及与肿瘤干细胞的互作网络	样本量相对有限（33例胶质瘤），且仅关注了IDH野生型与突变型之间的差异	探究胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用机制	人类胶质瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	33例胶质瘤样本
747	2025-05-25	Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6 PMID:39240518	研究论文	本文描述了从斑马鱼胚胎视网膜中分离和制备单细胞用于单细胞RNA测序的方法	提供了一种可重复生成高质量单细胞悬浮液的方法，适用于斑马鱼眼睛及其他发育或再生组织的scRNA-Seq实验	方法主要针对斑马鱼胚胎视网膜细胞，可能不直接适用于其他物种或组织类型	开发适用于斑马鱼眼睛单细胞RNA测序的高质量单细胞悬浮液制备方法	斑马鱼胚胎视网膜细胞	单细胞测序	NA	scRNA-Seq, 10× Genomics v3.1系统	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎视网膜细胞（具体数量未提及）
748	2025-05-25	Insights into early acne pathogenesis: Exploring intercellular dynamics and key dysregulated genes 2025, Cell signaling DOI:10.46439/signaling.3.053 PMID:40401196	评论	探讨早期痤疮发病机制中的细胞间动态和关键失调基因	利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据集分析痤疮患者的细胞通讯，识别与炎症反应和角化过度相关的失调基因	NA	探索早期痤疮的发病机制和潜在治疗靶点	痤疮患者的主要皮肤细胞类型，包括内皮细胞、成纤维细胞、淋巴细胞、髓系细胞、角质形成细胞和平滑肌细胞	生物医学研究	痤疮	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
749	2025-05-25	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	该研究探讨了致癌性钙网蛋白（CALRdel52）通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制	发现了CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴在骨髓增殖性肿瘤中诱导免疫抑制的新机制，并提出了靶向该轴作为免疫治疗策略的潜在方法	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本分析仅限于观察性研究	探究致癌性CALRdel52在骨髓增殖性肿瘤中诱导免疫逃逸的分子机制	骨髓微环境中的TGFβ1产生性红系祖细胞和FoxP3+调节性T细胞	肿瘤免疫学	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠MPN模型	基因表达数据	四个独立患者队列的骨髓样本
750	2025-05-25	Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50877-x PMID:39095390	research paper	研究亨廷顿病（HD）细胞表型在镶嵌端脑类器官中通过健康细胞的非细胞自主机制得到挽救	揭示了健康细胞通过非细胞自主机制改善HD细胞表型，强调了细胞间通讯在疾病进展和治疗中的潜在作用	研究局限于端脑类器官模型，未涉及体内环境或其他脑区	探究HD细胞与健康细胞间的非细胞自主机制及其对疾病表型的影响	亨廷顿病（HD）细胞和健康细胞在端脑类器官中的相互作用	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	端脑类器官模型	转录组数据	健康或HD细胞单独培养或混合培养的端脑类器官
751	2025-05-24	Response of astrocytes and their interaction with surrounding brain cells after acute ischemia-reperfusion analyzed by single-cell transcriptome sequencing 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111355 PMID:40286940	研究论文	通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用	揭示了星形胶质细胞在缺血再灌注后12小时的异质性，并鉴定了9个潜在的治疗靶点基因和6个特异性抵抗缺血再灌注损伤的基因	研究仅关注缺血再灌注后12小时的时间点，未涉及其他时间段的动态变化	揭示星形胶质细胞在缺血性中风中的抗损伤反应机制	小鼠星形胶质细胞及其与周围脑细胞的相互作用	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠星形胶质细胞
752	2025-05-24	The janus face of astrocytes in multiple sclerosis: Balancing protection and pathology 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111356 PMID:40288545	review	本文综述了星形胶质细胞在多发性硬化症（MS）中的双重作用及其治疗潜力	揭示了人类星形胶质细胞状态的连续性，超越了传统的A1/A2二分法，并探讨了星形胶质细胞-小胶质细胞串扰和代谢重编程在MS病理中的关键作用	将小鼠A1/A2概念转化到人类MS研究中存在挑战，人类星形胶质细胞表现出异质性、依赖于区域微环境和疾病阶段的反应	探讨星形胶质细胞在MS中的双重作用及其作为治疗靶点的潜力	多发性硬化症（MS）中的星形胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组学、空间转录组学、空间多组学	NA	转录组数据	NA
753	2025-05-24	Single-cell analysis reveals fibroblast heterogeneity and myofibroblast conversion in ligamentum flavum hypertrophy 2025-Jun, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.001 PMID:39653186	研究论文	通过单细胞分析揭示韧带黄韧带肥大中的成纤维细胞异质性和肌成纤维细胞转化	识别了成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化过程，以及新的信号通路如GAS和GRN在黄韧带肥大中的作用	样本量较小，仅来自3名患者	研究黄韧带肥大中的细胞比例和信号通路	黄韧带组织	单细胞分析	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3名患者的黄韧带组织
754	2025-05-24	Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb 2025-Jun, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-025-03086-4 PMID:40358700	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重成像技术，揭示了小鼠肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性	首次发现ROMK蛋白在厚升支细胞中的分布与分子不同的细胞类型一致，揭示了ROMK的功能异质性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探究肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性及其功能意义	小鼠肾脏厚升支细胞	肾脏生理学	NA	单细胞RNA测序、RNAscope原位杂交、迭代间接免疫荧光成像(4i多重成像)、机器学习	NA	RNA测序数据、图像数据	NA
755	2025-05-24	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: Insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-May-23, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性和组织特异性标记	首次对整个B diegensis群体进行单细胞转录组测序，识别了29个主要细胞簇，并发现了胃上皮特定区域的独特标记基因	NA	解析B diegensis的细胞异质性、组织特化和芽殖过程	Botrylloides diegensis群体的所有细胞(包括个体、芽体和血管被膜)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交	NA	单细胞转录组数据	整个B diegensis群体(包含多种组织类型)
756	2025-05-24	Comprehensive single-cell RNA atlas of human laryngeal normal, preneoplastic and tumorigenic states 2025-May-23, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679 PMID:40407728	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类喉部正常、癌前和肿瘤状态的全面单细胞图谱	首次生成了声带息肉(VCP)和声带白斑(VCL)的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌(LSCC)的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良恶性过渡病变的混合微环境特征	样本量相对有限(36例患者)，且仅基于手术组织样本，可能无法完全反映疾病发展的全过程	阐明声带白斑(VCL)向喉鳞状细胞癌(LSCC)进展的分子机制，为早期诊断和靶向治疗提供依据	36例诊断为声带息肉(VCP)、声带白斑(VCL)和喉鳞状细胞癌(LSCC)患者的手术组织标本	单细胞组学	喉癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	36例患者(318,907个细胞和12,679个空间转录组位点)
757	2025-05-24	GCNLA: Inferring Cell-Cell Interactions From Spatial Transcriptomics With Long Short-Term Memory and Graph Convolutional Networks 2025-May-22, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3572383 PMID:40402695	research paper	提出了一种基于图卷积网络和长短期记忆注意力模块的网络架构GCNLA，用于从空间转录组数据推断细胞间相互作用	GCNLA不仅学习细胞的空间结构，还捕获远端细胞间的相互作用信息，注意力模块进一步提取和增强与细胞间相互作用相关的特征	现有方法仅考虑邻近细胞的基因表达信息和空间位置信息，存在一定局限性	推断细胞间相互作用，理解细胞活动	细胞间相互作用	digital pathology	NA	空间转录组分析	GCN, LSTM	空间转录组数据	seqFISH和MERFISH数据集
758	2025-05-24	Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration 2025-May-22, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01955-w PMID:40404995	研究论文	该研究探讨了小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进衰老相关的白质退化	揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞导致白质退化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究衰老过程中小胶质细胞功能失调与白质退化的关系	衰老小鼠的白质组织和小胶质细胞	神经退行性疾病研究	神经退行性疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
759	2025-05-24	stDGAC: A novel identifying spatial domains method via graph attention contrastive network for spatial transcriptomics data 2025-May-21, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110280 PMID:40403639	研究论文	提出了一种名为stDGAC的新方法，通过结合去噪自编码器和图注意力对比网络，更准确地识别空间转录组数据中的空间域	结合去噪自编码器和图注意力对比网络，有效利用高维和噪声空间转录组数据，提高空间域识别的准确性	NA	提高空间转录组数据中空间域识别的准确性	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学	去噪自编码器, 图注意力对比网络	空间转录组数据	NA
760	2025-05-24	Single-cell RNA sequencing identifies cellular heterogeneity in endothelial and epithelial cells associated with nitrogen dioxide-induced acute lung injury 2025-May-21, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118385 PMID:40403690	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究二氧化氮诱导的急性肺损伤中内皮细胞和上皮细胞的异质性	首次使用scRNA-seq技术揭示了NO-ALI中内皮细胞和上皮细胞的异质性变化，并发现Lrg1和Ucp2在内皮细胞中的上调以及Ly6a肺泡细胞的新亚群	研究仅关注了内皮细胞和上皮细胞，未涉及其他可能参与NO-ALI的细胞类型	探究二氧化氮诱导的急性肺损伤的分子机制	内皮细胞和上皮细胞	生物医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量