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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 741 | 2026-05-19 |
Spatial Multi-Omics Defines Cancer-associated fibroblasts Subtype Gradients Driving Metabolic Support and Immune Remodeling in Pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-May-16, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218585
PMID:42144098
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研究论文 | 整合空间转录组学和空间代谢组学,定义胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞亚型梯度,驱动代谢支持和免疫重塑 | 首次整合空间多组学与最优传输模型,揭示了CAF亚型在代谢支持与免疫重塑中的差异功能 | 未提及技术验证的样本量差异或潜在混杂因素 | 阐明CAF的代谢和空间异质性及其临床相关性 | 胰腺导管腺癌组织中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 胰腺癌 | 空间转录组学, 空间代谢组学, 多重免疫荧光 | CNN, 最优传输模型 | 图像, 文本 | PDAC组织样本(未具体说明数量)及独立空间代谢组学队列 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 742 | 2026-05-19 |
Single-Cell RNA Sequencing Unveils CD8+ T Cell Heterogeneity in the Diffuse Large B-cell Lymphoma Microenvironment: A Systematic Review
2026-May-16, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2026.105381
PMID:42144172
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综述 | 系统性综述单细胞RNA测序揭示弥漫大B细胞淋巴瘤微环境中CD8+ T细胞的异质性 | 构建了CD8+ T细胞动态耗竭轨迹图谱,揭示了多个功能不同的亚群层次连续性,并识别了与预后及治疗反应相关的生物标志物 | 未进行荟萃分析,未来需要多中心研究验证靶点并标准化单细胞RNA测序分析框架 | 系统综合单细胞RNA测序证据,绘制CD8+ T细胞异质性图谱并探讨其对弥漫大B细胞淋巴瘤的临床意义 | 弥漫大B细胞淋巴瘤肿瘤微环境中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18项符合条件的单细胞RNA测序研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 743 | 2026-05-19 |
Islet inflammatory macrophages drive MSC loss and multiple interactions involved in β-cell adaptation during diabetes
2026-May-16, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2026.156636
PMID:42144182
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示2型糖尿病进展中胰岛炎症巨噬细胞导致间充质干细胞丢失及β细胞适应过程中的多重相互作用 | 首次在糖尿病小鼠模型中揭示巨噬细胞与间充质干细胞之间的旁分泌串扰共同调控β细胞适应,并阐明了TNF-α介导的Wntless下调在其中的关键作用 | 研究基于小鼠模型,结论在人类中的适用性尚需验证 | 探究2型糖尿病进展中非β胰岛细胞(尤其是巨噬细胞和间充质干细胞)在β细胞功能适应中的作用 | 糖尿病小鼠胰岛中的巨噬细胞、间充质干细胞和β细胞 | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 糖尿病小鼠胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 744 | 2026-05-19 |
Predicting gene-specific regulation with transcriptomic and epigenetic single-cell data
2026-May-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag299
PMID:42143610
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研究论文 | 提出MetaFR方法,利用单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据学习基因特异性调控模型 | 提出MetaFR方法,通过高效回归树在单细胞或元细胞水平建立基因表达预测模型,运行时间和预测性能优于现有方法SCARlink | 单细胞数据固有的稀疏性使分析具有挑战性 | 研究基因特异性调控机制,利用转录组和表观遗传组单细胞数据预测基因表达 | 基因表达预测模型及调控区域 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC-seq、单细胞RNA-seq | 回归树 | 表观遗传数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 745 | 2026-05-19 |
A CSF disease-associated macrophage signature defines progressive multiple sclerosis
2026-May-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03861-9
PMID:42129775
|
研究论文 | 本研究结合流式细胞术和单细胞转录组学,揭示了进行性多发性硬化症患者脑脊液中CD14+单核细胞增多,这些细胞呈现边界相关巨噬细胞样特征并与疾病进展相关 | 首次在脑脊液中定义与进行性多发性硬化症相关的疾病相关巨噬细胞特征,并发现这些细胞与神经退行性病变中发现的疾病相关小胶质细胞/巨噬细胞共享部分特性 | 研究为回顾性与前瞻性结合设计,样本量相对有限,且未探讨脑脊液细胞变化的因果关系 | 探究进行性多发性硬化症患者脑脊液中的细胞变化及其作为生物标志物的潜力 | 多发性硬化症患者(包括复发-缓解型和进行性型)及非炎症性对照的脑脊液细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 流式细胞术、单细胞转录组学、ELISA | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、ELISA数据 | 回顾性流式细胞术:299例(169例RRMS,56例PMS,74例对照);前瞻性单细胞转录组学:35人(11例对照,12例RRMS,12例PMS);额外阿尔茨海默病对照数据来自公开数据集 | NA | 单细胞RNA-seq、流式细胞术 | NA | NA |
| 746 | 2026-05-19 |
A Spatial Atlas of Muscle-Invasive Bladder Cancer Reveals Lineage-Specific Vulnerabilities and Immune Architecture
2026-May-13, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-26-0099
PMID:42126225
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研究论文 | 通过整合空间转录组学、批量RNA和全外显子测序数据,构建了肌层浸润性膀胱癌的空间图谱,揭示了肿瘤内部的管腔-基底轴、谱系特异性脆弱性和免疫结构 | 首次通过空间转录组学揭示MIBC肿瘤内连续有序的管腔-基底轴及其与染色体不稳定性、转录可塑性和治疗敏感性的关联 | 未提及,可能包括样本量限制和空间转录组技术的分辨率局限性 | 构建肌层浸润性膀胱癌的空间图谱,以理解其谱系状态、免疫结构和治疗脆弱性 | 22个肌层浸润性膀胱癌肿瘤样本 | 计算病理学 | 膀胱癌 | 空间转录组学、批量RNA测序、全外显子测序 | NA | 空间基因表达数据、RNA测序数据、全外显子测序数据 | 22个肿瘤样本(空间转录组学),超过3000个肿瘤样本(泛队列分析) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 747 | 2026-05-19 |
Maternal immune activation perturbs the brain epitranscriptome
2026-May-12, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2026.106804
PMID:42128069
|
研究论文 | 本研究揭示了母体免疫激活如何扰动大脑表观转录组,并鉴定出脱甲基酶FTO可作为改善MIA后代行为表型的治疗靶点 | 首次通过空间转录组学和直接RNA测序技术,系统地描述了发育中小鼠大脑中表观转录组调控因子的细胞类型和脑区特异性分布,并阐明了MIA如何改变大脑表观转录组图谱 | 未明确提及研究限制 | 阐明母体免疫激活导致的RNA代谢紊乱的精确机制,并寻找潜在治疗靶点 | 母体免疫激活小鼠模型及其后代 | 机器学习, 数字病理学 | 神经发育障碍 | 空间转录组学, 直接RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 直接RNA测序数据 | 使用MIA小鼠模型及其后代,具体样本量未说明 | NA | 空间转录组学, 直接RNA测序 | NA | NA |
| 748 | 2026-05-19 |
A Perturb-seq screen guided by species divergence uncovers pathways for collateral artery formation
2026-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.29.721711
PMID:42146601
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研究论文 | 通过物种分化引导的 Perturb-seq 筛选,揭示侧支动脉形成的通路 | 结合豚鼠和小鼠的单细胞 RNA 测序数据,开发 Perturb-seq 平台以发现调控动脉内皮细胞特化的基因,并识别出抑制侧支动脉形成的通路 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,结果在人类中的适用性尚需验证 | 探索侧支动脉形成的发育机制,鉴定能够促进其生长的治疗靶点 | 豚鼠和小鼠的组织内皮细胞,特别是与侧支动脉发育相关的基因表达模式 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞 RNA 测序, Perturb-seq | NA | 基因表达数据 | 来自豚鼠和小鼠组织的内皮细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞 RNA 测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞 3' 测序平台 |
| 749 | 2026-05-19 |
BART-spatial unravels biologically significant transcriptional regulators from spatial omics data
2026-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.05.723027
PMID:42146333
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研究论文 | 提出BART-spatial方法,从空间组学数据中推断有生物学意义的转录调控因子 | 首次整合空间变异性和伪时间信息与公开的转录调控因子结合图谱,从空间组学数据中推断功能性转录调控因子,而传统方法主要针对非空间单细胞数据且忽略空间异质性 | 对转录调控因子低表达的处理仍有限制,且依赖公开的结合图谱可能覆盖不全 | 开发一种计算方法用于从空间组学数据中识别活性转录调控因子 | 空间转录组和空间表观基因组数据中的转录调控因子 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、空间表观基因组学 | BART(结合分析预测调控) | 空间组学数据 | 多个空间数据集,来自不同平台 | 10x Genomics, Atera | 空间转录组学, 空间表观基因组学 | 10x Visium, Visium HD, Atera, spatial RNA-ATAC-seq | 10x Visium, Visium HD, Atera平台和空间RNA-ATAC-seq技术 |
| 750 | 2026-05-19 |
LongAllele: a joint inference framework for allele-specific analysis on long-read bulk and single-cell RNA sequencing
2026-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.05.722992
PMID:42146353
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研究论文 | 提出一种基于期望最大化算法的联合推断框架LongAllele,用于长读段批量与单细胞RNA测序的等位基因特异性分析 | 首次将杂合变异检测、单倍型推断与读段-单倍型分配整合为统一统计框架,并引入可相位感知的检验方法处理非相位读段,避免假阳性错误 | 未提及具体局限性,可能包括计算复杂度高或对长读段数据质量依赖较强 | 开发能全面表征基因、异构体和局部事件水平等位基因调控效应的统计框架 | GTEx多组织批量、外周血单核细胞(单细胞)和人海马体(单细胞核)长读段RNA-seq数据集 | 自然语言处理 | NA | 长读段RNA测序 | 期望最大化算法 | RNA测序数据(长读段) | GTEx多组织样本(批量)、外周血单核细胞(单细胞)、人海马体(单细胞核) | NA | NA | NA | NA |
| 751 | 2026-05-19 |
CDCP1 Deletion Protects Against Pressure Overload-Induced Cardiac Dysfunction and Fibrosis in Mice
2026-May-08, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9236741/v1
PMID:42147194
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研究论文 | 通过基因敲除小鼠模型和空间转录组学揭示CDCP1缺失可减轻压力超负荷引起的心脏功能障碍和纤维化 | 首次在体内证明CDCP1缺失通过抑制心脏成纤维细胞激活和促纤维化基因表达,并减少压力超负荷诱导的特定成纤维细胞亚群(FB5)和促炎性心肌细胞亚群(CM4)来保护心脏功能 | 需要进一步阐明CDCP1在心脏纤维化中的具体分子机制,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究CDCP1在心脏纤维化中的体内功能及其作为治疗靶点的可能性 | 小鼠心脏组织和人心室成纤维细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 基因敲除、空间转录组学、组织学分析 | NA | 空间转录组数据 | CDCP1基因敲除小鼠(数量未具体说明) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台用于分析压力超负荷诱导的心脏组织 |
| 752 | 2026-05-19 |
CXCL13-CXCR5 Signaling in CD8⁺ T Cell Recruitment and Lymphoid Immune Organization in Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722710
PMID:42146336
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研究论文 | 本研究探讨CXCL13-CXCR5信号在透明细胞肾细胞癌中CD8⁺ T细胞募集和淋巴免疫组织中的作用 | 首次揭示CXCL13-CXCR5轴在ccRCC中调控CD8⁺ T细胞募集、分化和免疫组织结构,并发现其与患者预后相关 | 未明确说明 | 探索CXCL13-CXCR5信号在高危非转移性ccRCC中对CD8⁺ T细胞募集和免疫组织的调节机制 | 人类ccRCC肿瘤组织、血浆和匹配的邻近肾标本,以及同源小鼠模型 | 计算机视觉 | 肾细胞癌 | ELISA, 定量PCR, 迁移实验, 多重免疫荧光, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 同源小鼠模型 | NA | 文本 | 人类ccRCC肿瘤组织、血浆和匹配的邻近肾标本;同源小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 753 | 2026-05-19 |
The abscopal effect of IRE combined with anti-PD-1 achieves local ablation and systemic control of PDAC
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722535
PMID:42146443
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研究论文 | 探讨不可逆电穿孔(IRE)联合抗PD-1疗法对胰腺导管腺癌(PDAC)的局部消融及全身性控制效果 | 首次证明IRE联合抗PD-1抗体可在转移性PDAC临床前模型中诱导远隔效应,并揭示B细胞在IRE介导的全身抗肿瘤免疫中发挥重要作用 | NA | 研究IRE联合抗PD-1疗法能否诱导远隔效应以实现局部消融和全身性控制PDAC | 转移性胰腺导管腺癌(PDAC)临床前模型 | 机器学习 | 胰腺导管腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间免疫荧光 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据、空间成像数据 | 多个小鼠模型,包含原位PDAC肿瘤和B细胞敲除小鼠 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, Illumina NovaSeq测序平台 |
| 754 | 2026-05-19 |
Genetic suppression of myeloid receptor Clec7a attenuates microglia neuroinflammation and promotes microglial phagocytosis to delay disease progression in ALS models
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722437
PMID:42146463
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研究论文 | 研究了Clec7a基因在肌萎缩侧索硬化症(ALS)模型中对小胶质细胞神经炎症和吞噬功能的调节作用 | 首次发现Clec7a(Dectin-1)是ALS中疾病相关小胶质细胞的核心标志基因,其敲除可特异性减弱小胶质细胞的神经免疫基因表达并促进病理性hTDP43的吞噬 | 未提及具体局限性 | 阐明Clec7a调节小胶质细胞激活和ALS疾病进展的作用机制 | SOD1G93A小鼠模型和人类ALS样本 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序、双光子成像 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 涉及SOD1G93A小鼠和人类ALS样本,具体数量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 脊髓单细胞RNA测序 |
| 755 | 2026-05-19 |
Macrophage metabolism directs regenerative versus fibrotic healing through BMP signaling in the mouse digit tip
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722661
PMID:42146602
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研究论文 | 利用小鼠指尖截肢模型,发现一依赖于脂肪酸氧化和糖酵解代谢转换的巨噬细胞亚群通过BMP信号驱动再生性愈合,而该亚群在纤维化愈合中缺失 | 首次整合单细胞RNA-seq、空间转录组学和代谢组学分析,发现再生特异性巨噬细胞通过BMP信号促进骨再生,并揭示其由脂肪酸氧化增强和糖酵解活性降低的代谢开关调控 | 未明确解释再生指尖独特的微环境条件如何诱导该巨噬细胞亚群出现,以及其在人类再生中的适用性 | 探究巨噬细胞如何通过不同信号通路决定愈合结局为再生或纤维化 | 小鼠指尖截肢模型中再生性(P3截肢)和纤维化(P2截肢)愈合的巨噬细胞及其微环境 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学分析 | NA | 转录组数据、空间转录组数据、代谢组数据 | 小鼠指尖截肢模型(P3和P2截肢组) | 10x Genomics、Illumina | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium、Illumina NovaSeq | 10x Chromium用于单细胞RNA-seq捕获,10x Visium用于空间转录组分析,Illumina NovaSeq用于测序 |
| 756 | 2026-05-19 |
Gene-Modulated Network Diffusion for Improved Modeling of Amyloid- β Spread in Alzheimer's Disease
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722725
PMID:42146687
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研究论文 | 通过基因调制网络扩散模型改善阿尔茨海默病中淀粉样蛋白-β传播的建模 | 引入基因表达式调控的区域易感性到网络扩散模型中,显著提高模型性能 | 基线网络扩散模型在机制可解释性方面存在缺陷 | 改善阿尔茨海默病中淀粉样蛋白-β病理传播的建模和预测 | 阿尔茨海默病神经影像学队列和阿尔茨海默病测序计划的外部队列 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | NA | 网络扩散模型(NDM)和扩展网络扩散模型(eNDM) | NA | 阿尔茨海默病神经影像学队列和阿尔茨海默病测序计划的外部队列 | NA | NA | NA | NA |
| 757 | 2026-05-19 |
Modeling human B cell development with pluripotent stem cells
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722674
PMID:42146710
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研究论文 | 建立一种从人类多能干细胞高效生成B细胞的方案,并验证其能准确再现成人骨髓B淋巴细胞生成过程 | 首次实现从不同人类多能干细胞系来源的定型造血祖细胞高效生成B细胞,并揭示IL-7对功能性IgH重排的抑制效应以及卵黄囊祖细胞与定型造血祖细胞均具有B细胞潜能 | 未提及临床转化验证或长期体内功能评估 | 开发基于人类多能干细胞的B细胞生成方案,用于研究早期B淋巴细胞生成及提供治疗性浆细胞来源 | 人类多能干细胞及其分化的B细胞(前B细胞、前体B细胞、幼稚B细胞、浆细胞) | 数字病理学 | NA | 多组学单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种人类多能干细胞系 | 10x Genomics, 其他未明确公司在文中未指定 | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 758 | 2026-05-19 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2026-May-05, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2026.101542
PMID:42090754
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析,发现白细胞介素-1β驱动致心律失常性心肌病的疾病进展 | 首次在人类ACM样本中结合单核RNA测序和空间转录组学,鉴定出与纤维化和炎症细胞类型共存的疾病相关空间生态位,并证明抗IL-1β中和抗体在Dsg2突变小鼠中可减轻纤维化、维持心脏功能并减少心律失常机制 | 研究主要基于有限的患者样本和动物模型,抗IL-1β治疗在人体中的安全性和有效性需要进一步临床试验验证 | 探索致心律失常性心肌病中疾病进展的分子机制及潜在治疗靶点 | 人类ACM患者的心肌样本和对照供体样本,以及Dsg2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | ACM患者和对照供体的心肌样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单核RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单核RNA测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 759 | 2026-05-19 |
A diagnostic plasma omics-biomarker for Alzheimer's disease informed by microglial single-cell transcriptomics: A pilot study
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.721959
PMID:42146366
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研究论文 | 利用小胶质细胞单细胞转录组学数据开发阿尔茨海默病血浆组学生物标志物 | 首次将单细胞转录组学数据与血浆组学结合,通过图优化传输方法将小胶质细胞基因表达特征转化为血液生物标志物 | 样本量较小(pilot study),300基因面板对认知正常患者预测准确性较低(53%) | 开发基于组学信息的血液诊断生物标志物用于阿尔茨海默病早期诊断 | 阿尔茨海默病患者与小胶质细胞基因表达相关的血液生物标志物 | 机器学习的应用 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序 | 图优化传输模型 | 转录组数据 | 小规模试点研究样本 | NA | 单核RNA测序, 血液转录组测序 | NA | NA |
| 760 | 2026-05-19 |
Spatially Resolved Microglial State Transitions Govern Strain-Specific Zika Neuropathogenesis
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.721456
PMID:42146367
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研究论文 | 整合高分辨率空间转录组学与感染感知细胞类型图谱,构建寨卡病毒感染小鼠脑的时空图谱,揭示小胶质细胞状态转变驱动病毒株特异性神经发病机制 | 首次建立空间分辨的病毒株特异性小胶质细胞状态转变与组织紊乱及神经功能损伤的关联框架,揭示亚洲株与非洲株寨卡病毒通过差异调控Apoe-Trem2信号通路影响疾病严重性的机制 | 未提及局限性 | 阐明不同病毒株的寨卡病毒感染如何通过空间和时间上的细胞状态转变导致神经病理差异 | 寨卡病毒感染的小鼠脑组织 | 数字病理学 | 寨卡病毒病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠脑组织样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 高分辨率空间转录组学 |