单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-05-29	Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 2025-May-28, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002506 PMID:40434736	研究论文	本研究通过生物信息学和实验分析探讨了SPHK1在结直肠癌（CRC）进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估了SPHK1在CRC中的表达模式、分子机制及其与免疫浸润和肿瘤微环境的关联	样本量相对较小（90对CRC和正常组织），且主要依赖公共数据库数据	探究SPHK1在CRC进展中的分子机制及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	结直肠癌组织和细胞系	生物信息学与肿瘤学	结直肠癌	多组学分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）、多重荧光免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	90对CRC和正常组织样本
742	2025-05-29	Polyamine acetylation mediates crosstalk between cancer cells and myeloid cells to promote mesenchymal/plurimetabolic states in glioblastoma 2025-May-27, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf128 PMID:40424600	研究论文	本研究探讨了多胺乙酰化在胶质母细胞瘤(GBM)中介导癌细胞与髓系细胞间的代谢串扰，促进间充质/多代谢状态的作用	首次揭示了SAT1及其产物N1-乙酰精胺在连接肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞/髓系细胞(TAMs)代谢活动中的新作用	研究主要基于体外实验和动物模型，人类临床样本验证仍需进一步研究	探究多胺代谢重编程如何影响GBM亚型分类的恶性细胞内在和微环境依赖的生物学过程	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系	肿瘤代谢	胶质母细胞瘤	液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系(具体数量未明确说明)
743	2025-05-29	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-May-27, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的工具STCase，用于在单细胞/斑点水平推断细胞间通讯事件，并探索细胞亚型	开发了STCase工具，利用可解释的多视图图神经网络通过CCC感知注意力识别细胞类型的生态位，并揭示生态位特异性CCC事件	NA	推断细胞间通讯事件并探索细胞亚型	细胞间通讯(CCC)	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学(ST)	多视图图神经网络	空间转录组数据	NA
744	2025-05-29	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-May-26, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在靶点	研究创新性地结合了多组学分析和深度学习驱动的QSAR建模，预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的潜在治疗靶点，并发现了具有调节TRAILR1作用的FDA批准药物和天然化合物	研究结果需要在进一步的实验和临床研究中验证	探讨TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境	数字病理学	胰腺癌	多组学分析、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析、QSAR建模	SELFormer (基于transformer的深度学习模型)	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
745	2025-05-29	Epithelial cell dynamics: Key drivers of type 2 inflammation in eosinophilic chronic rhinosinusitis 2025-May-26, Auris, nasus, larynx DOI:10.1016/j.anl.2025.05.009 PMID:40424830	research paper	本文探讨了鼻窦黏膜上皮细胞在嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）中作为2型炎症关键驱动因素的作用	强调了上皮细胞在ECRS发病机制中的关键作用，而非传统认为的免疫细胞，并探讨了针对IL-4/IL-13和IL-5信号通路的新型生物制剂的潜力	ECRS的发病机制在患者群体中存在异质性，这使得开发通用疗法变得复杂	探索上皮细胞亚群在维持组织修复和慢性炎症平衡中的作用，以开发针对性干预措施	嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）患者的上皮细胞和免疫细胞	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞转录组学和空间转录组学技术	NA	NA	NA
746	2025-05-29	[New technologies serve as accelerators for breakthroughs in modern acupuncture research] 2025-May-25, Zhen ci yan jiu = Acupuncture research DOI:10.13702/j.1000-0607.20250380 PMID:40390610	综述	本文系统回顾了现代针灸研究的历史，强调了早期电生理和生化技术对针灸客观效应的验证，以及自20世纪50年代以来研究对针灸镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式的阐明	强调了当代技术从系统、有机方法到细胞、分子和遗传方法在推动现代针灸研究中的作用，并展望了单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能和医工交叉等新兴技术在针灸研究中的潜在应用	未具体说明当前研究的局限性	探讨现代针灸研究的发展历程及未来技术应用方向	针灸-艾灸的客观效应、镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式	医学工程交叉	NA	电生理、生化技术、单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能	NA	NA	NA
747	2025-05-29	Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 2025-May-25, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814 PMID:40425139	research paper	本文探讨了转录因子如何定义小胶质细胞的表观基因组结构和转录组	识别了PU.1、IRF8、SALL1和SMAD4等关键转录因子作为小胶质细胞的决定性因素，并揭示了它们在调控小胶质细胞特性中的作用	NA	研究小胶质细胞中转录因子的作用及其在神经炎症和神经退行性疾病中的角色	小胶质细胞	表观遗传学	神经退行性疾病	ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, single-cell RNA-seq	NA	基因组数据	NA
748	2025-05-29	Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment 2025-May-22, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030 PMID:40425012	研究论文	通过增强子驱动的基因调控网络揭示转录因子在肿瘤微环境中调控T细胞适应和分化的机制	利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的多组学数据，揭示了KLF2和BATF转录因子在调控Trm样TIL形成中的关键作用	研究基于模型和小样本数据，可能无法完全反映人类肿瘤微环境的复杂性	探究肿瘤微环境中T细胞适应和分化的调控机制	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的CD8 T细胞	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据	模型中的T细胞受体（TCR）匹配的CD8 T细胞
749	2025-05-29	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-05-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:40401698	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进肾小球巨噬细胞中IL-1β的产生和狼疮相关基因的表达，加速肾小球肾炎的进展	研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未在人类患者中验证	探究巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎中的作用机制	NZBWF1小鼠的肾小球巨噬细胞	免疫学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NZBWF1小鼠模型
750	2025-05-29	Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes 2025-May-20, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723 PMID:40404118	研究论文	通过比较人类肝脏转录组，全面研究小鼠MASH模型的适用性	首次详细比较多种小鼠MASH模型的转录组特征，并提出结合CDA-HFD与HFD或WD模型的实用策略	研究仅基于转录组数据，未考虑其他分子层面的差异	评估不同小鼠MASH模型在模拟人类MASH疾病特征方面的适用性	小鼠MASH模型（HFD、MCD、CDA-HFD）和人类MASH数据集	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三种小鼠MASH模型及人类MASH数据集
751	2025-05-29	Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-May-08, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	研究论文	本研究探讨了CTNNB1外显子3突变在子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)中β-连环蛋白(β-catenin)蛋白不同定位对下游基因表达的影响	首次揭示了β-连环蛋白在细胞核内或膜/细胞质中的不同定位会导致EECs中产生不同的转录谱，并发现了一个新的治疗靶点TROP2	研究仅关注CTNNB1外显子3突变的EECs，未涉及其他突变类型或其他类型子宫内膜癌	探究β-连环蛋白不同亚细胞定位对EECs转录谱的影响	携带CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)	肿瘤分子生物学	子宫内膜癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但研究了肿瘤内具有核和非核β-连环蛋白定位的不同区域
752	2025-05-29	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	research paper	该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达（DGE）分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据，提升了AD相关表型的空间信息和细胞类型特异性DGE分析能力，并识别出多个新的AD风险基因	ST数据样本量较小可能限制了分析能力，且研究仅关注了大脑背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织	增强AD相关表型的空间信息和细胞类型特异性DGE分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关表型，包括β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	线性混合模型	基因表达数据	436个死后大脑的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织中的约150万个细胞
753	2025-05-29	A regulatory variant rs9379874 in T1D risk region 6p22.2 affects BTN3A1 expression regulating T cell function 2025-May, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-024-02389-9 PMID:39417845	research paper	本研究揭示了6p22.2区域与中国汉族人群1型糖尿病(T1D)风险的关系，并确定了该区域内的因果变异及靶基因	发现了功能性变异rs9379874通过调节BTN3A1表达影响T细胞功能，为T1D的基因组风险图谱提供了新见解	未发现rs4320356变异与胰岛功能或自身免疫显著相关	揭示6p22.2风险区域与T1D亚群及相关临床特征的关联，并确定该区域的因果变异和靶基因	中国汉族人群中的T1D患者和健康对照	基因组学	1型糖尿病	GWAS、双荧光素酶报告基因检测、eQTL分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、临床数据	2608例T1D患者和4814例健康对照
754	2025-05-29	The Lung Is Not a Primary Site of Platelet Biogenesis 2025-Apr-30, Physiological research IF:1.9Q3 PMID:40432441	research paper	该研究探讨了肺部是否是血小板生成的主要部位，通过比较人类、大鼠和兔子的血小板参数及巨核细胞特征	研究首次通过多种实验方法（包括单细胞RNA测序）系统比较了不同物种肺部与骨髓中巨核细胞和血小板的生成能力	研究样本量相对有限（人类n=24-93，动物n=19-20），且仅比较了四种哺乳动物	验证肺部是否为血小板生物发生的主要场所	人类、小鼠、大鼠和兔子的血小板及巨核细胞	NA	NA	自动血液分析仪检测、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序	NA	血液参数数据、组织切片图像、单细胞基因表达数据	人类93例（静脉血对比）、24例（心房对比）；大鼠20例；兔子19例
755	2025-05-29	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Apr-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	该研究通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱，揭示了前脑神经发生的持续性与脑室区祖细胞代谢差异的关系	首次提供了单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱，并鉴定了线粒体蛋白FAM210B作为调控祖细胞自我复制分裂的关键因子	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚需进一步验证	探索哺乳动物前脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑发育过程中的祖细胞	神经发育生物学	NA	单细胞RNA测序，功能获得与缺失实验	NA	单细胞转录组数据	NA
756	2025-05-29	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	研究论文	使用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	开发了基于AI的FibroNest算法，首次全面表征了MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变，并发现FibroPC4与HCC发生的基因特征相关	样本量相对较小(94例)，且仅针对MASLD患者	揭示MASLD中肝纤维形态表型与分子改变的关系	代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)患者的肝活检样本	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	多层组学分析、空间单细胞转录组(CosMx)	FibroNest算法	图像、转录组数据	94例MASLD肝活检样本(其中12例并发HCC)
757	2025-05-29	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Apr-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎(RA)患者中抗肽基精氨酸脱亚胺酶4(PAD4)自身抗体的致病机制，通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎	揭示了抗PAD4抗体通过结合单核细胞触发炎症级联反应，促进免疫细胞募集至关节和T细胞激活，最终导致滑膜成纤维细胞激活和更严重的关节炎	研究主要基于胶原诱导的关节炎小鼠模型和体外培养的人类单核细胞，可能不完全反映人类RA的复杂病理过程	阐明抗PAD4抗体在RA发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和小鼠模型	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养	胶原诱导的关节炎(CIA)小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但使用了人类外周血单核细胞和RA患者的单细胞RNA测序数据集
758	2025-05-29	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	research paper	该研究揭示了RUNX2在肺纤维化中通过肺泡到病理成纤维细胞的转变促进纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是病理成纤维细胞的主要来源，并确定RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索肺纤维化中病理成纤维细胞的来源及其调控机制	小鼠模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	两种小鼠模型
759	2025-05-29	Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024 PMID:40107247	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析了22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本，探讨了肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	首次揭示了免疫化疗应答者中SELP高内皮小静脉和APOD肌成纤维癌相关成纤维细胞的显著上调，以及STMN1毛细血管内皮细胞的下降，这些变化特异于免疫化疗组	样本量较小（仅22名患者），且仅针对口腔鳞状细胞癌	探讨肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	22名口腔鳞状细胞癌患者的配对肿瘤样本
760	2025-05-29	Neuroinflammatory pathways and potential therapeutic targets in neonatal post-hemorrhagic hydrocephalus 2025-Mar, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-024-03733-z PMID:39725707	review	本文综述了新生儿出血后脑积水（PHH）的分子病理生理学及新兴治疗方法	探讨了神经炎症通路、免疫介质及调控基因在PHH中的作用，并评估了基因组学、表观基因组学和蛋白质组学技术在识别关键分子靶点中的应用	新兴疗法如间充质干细胞干预在新生儿群体中的安全性及其对大脑发育的潜在影响尚未解决	研究PHH的病理生理学机制并探索针对性治疗方法	新生儿出血后脑积水（PHH）及其相关分子机制	神经科学	新生儿疾病	全基因组/外显子测序、蛋白质组学、表观遗传学、单细胞转录组学	NA	分子数据	NA