单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-04-19	uHAF: a unified hierarchical annotation framework for cell type standardization and harmonization 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf149 PMID:40172934	研究论文	开发了一个统一的层次注释框架uHAF，用于标准化和协调单细胞转录组学中的细胞类型注释	提出了一个包含器官特异性层次细胞类型树和基于大型语言模型的映射工具的统一框架，以解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题	NA	解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题，促进数据整合和机器学习应用	单细胞转录组学中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞转录组学，大型语言模型	GPT-4	单细胞转录组数据	涵盖38个器官的标准化层次参考
742	2025-04-19	Single-cell sequencing analysis reveals the essential role of the m 6A reader YTHDF1 in retinal visual function by regulating TULP1 and DHX38 translation 2025-Mar-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.399 PMID:40116022	研究论文	本文通过单细胞测序分析揭示了m6A阅读器YTHDF1通过调控TULP1和DHX38翻译在视网膜视觉功能中的关键作用	发现了YTHDF1在成熟视网膜功能维持中的新作用，揭示了m6A阅读器蛋白在视网膜变性中的新调控机制	研究主要基于基因敲除模型，人类视网膜中的具体作用机制尚需进一步验证	探究m6A阅读器YTHDF1在视网膜功能维持中的作用机制	视网膜细胞（特别是视杆细胞）	分子生物学	视网膜变性	单细胞RNA测序、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、RIP测序	基因敲除模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（使用基因敲除模型视网膜组织）
743	2025-04-19	Integrated single-cell transcriptomic map of pig kidney cells across various periods and anatomical sites 2025-Mar-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.335 PMID:40116025	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的细胞进行了转录组分析，鉴定了29种细胞类型，并揭示了近端小管细胞、厚升支细胞和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性	首次构建了猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的单细胞转录组图谱，揭示了近端小管细胞代谢相关转录因子的表达特征，以及厚升支细胞和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性	研究样本量相对较小（12个样本），且仅针对猪肾脏，人类肾脏的验证需要进一步研究	探索猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的细胞类型和功能异质性，为人类肾脏生理学研究提供参考	猪肾脏细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	12个猪肾脏样本，共138,469个细胞
744	2025-04-19	Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC 2025-Mar-13, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001302 PMID:40080840	研究论文	本研究探讨了Pre-B-cell白血病转录因子1（PBX1）在肝纤维化中的作用及其通过IL-7信号通路激活肝星状细胞（HSC）的机制	揭示了PBX1在HSC激活中的新作用，并提出了靶向IL-7信号通路干预肝纤维化的概念验证	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本相关性研究较少	探究PBX1在肝纤维化中的作用及其分子机制	肝星状细胞（HSC）和小鼠模型	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA-seq、Ingenuity通路分析、报告基因检测、染色质免疫沉淀检测	NA	基因表达数据	小鼠模型和肝硬化患者样本
745	2025-04-19	Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy 2025-03-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14060393 PMID:40136642	研究论文	本研究探讨了半乳糖神经酰胺（GalCer）在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中对卫星胶质细胞（SGCs）功能障碍及神经元-胶质细胞相互作用的影响	首次揭示了GalCer代谢在SGC功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的核心作用，并指出GalCer代谢作为潜在治疗靶点	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究GalCer在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中的作用机制	糖尿病周围神经病变（PDPN）大鼠模型中的卫星胶质细胞（SGCs）和神经元	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、靶向质谱分析、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、质谱数据、图像数据	NA
746	2025-04-19	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-Mar-06, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探讨了阿尔茨海默病（AD）患者中主动和被动Aβ免疫对大脑的影响，揭示了与Aβ清除相关的特定小胶质细胞状态	发现了空间上不同的小胶质细胞反应，揭示了TREM2和APOE在小胶质细胞中的上调与抗体反应和Aβ清除的正相关性，以及补体信号在Aβ清除中的作用	研究样本量有限，且仅针对特定免疫疗法（如lecanemab治疗）的效果进行了分析	探索Aβ免疫疗法在AD患者中清除Aβ的分子机制	AD患者（包括免疫和非免疫）及神经健康对照者	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	免疫和非免疫AD患者及健康对照者（具体数量未明确说明）
747	2025-04-19	Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells 2025-Mar-06, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029 PMID:40056978	研究论文	该研究探讨了通过选择性耗竭CCR8+Treg细胞增强细胞毒性T细胞在肺癌中的抗肿瘤免疫效果	研究发现抗CCR8疗法与PD1抑制剂联合使用能显著减少肿瘤生长，并通过重塑肿瘤微环境增强CD8+ T细胞的细胞毒性活性	研究主要基于小鼠模型，临床患者数据有限	评估抗CCR8单药及其与PD1抑制剂联合治疗在非小细胞肺癌(NSCLC)中的疗效和安全性	NSCLC小鼠模型及临床晚期NSCLC患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序分析、流式细胞术、多色免疫荧光、Luminex检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	四个NSCLC小鼠模型及临床患者数据
748	2025-04-19	Mechanistic elucidation of human pancreatic acinar development using single-cell transcriptome analysis on a human iPSC differentiation model 2025-02-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88690-1 PMID:39920294	研究论文	通过单细胞转录组分析人类iPSC分化模型，阐明人类胰腺腺泡细胞的发育机制	利用hiPSC分化模型和单细胞RNA-seq技术，发现REG4作为胰腺腺泡祖细胞的候选标记物，并揭示cAMP相关信号通路在分化过程中的作用	研究依赖于小鼠模型，可能不完全反映人类体内的真实情况	阐明胰腺外分泌腺泡细胞系的发育机制，建立从hiPSC定向分化胰腺腺泡细胞的方法	人类诱导多能干细胞（hiPSC）分化的胰腺腺泡细胞	细胞生物学	胰腺外分泌障碍	单细胞RNA-seq	hiPSC分化模型	转录组数据	NA
749	2025-04-19	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Circadian Rhythm Disruption-Related Genes Associated with Prognosis and Drug Resistance in Colorectal Cancer Patients 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S499806 PMID:40241740	研究论文	本研究通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据，揭示了结直肠癌中昼夜节律紊乱相关基因与预后及药物耐药性的关联	首次系统揭示了CRDGs在结直肠癌中的表达特征及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	研究结果需要更多数据集进行验证	探索昼夜节律相关基因在结直肠癌中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	scRNA-Seq, Bulk RNA-Seq, WGCNA, GSEA	预后模型	RNA测序数据	GSE178318数据集中的样本
750	2025-04-19	An Integrative Analysis of Transcriptome Combined with Machine Learning and Single-Cell RNA-Seq for the Common Biomarkers in Crohn's Disease and Kidney Stone Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S502513 PMID:40242727	research paper	该研究通过整合转录组分析、机器学习和单细胞RNA测序技术，寻找克罗恩病和肾结石病的共同生物标志物	结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别克罗恩病与肾结石病的共同生物标志物，并构建诊断模型	研究样本量有限，仅使用了GEO数据库中的三个克罗恩病和一个肾结石病数据集	寻找能够预测克罗恩病伴随肾结石病的生物标志物	克罗恩病(CD)和肾结石病(KSD)患者	生物信息学	克罗恩病, 肾结石病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习算法(未指定具体模型), 列线图(nomogram)	基因表达数据	四个GEO数据集(三个CD数据集和一个KSD数据集)
751	2025-04-19	Cross one single body 49 tissues single-cell transcriptome reveals detailed macrophage heterogeneity during pig pregnancy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1574120 PMID:40242774	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究了健康怀孕猪49个组织中巨噬细胞的异质性	首次在单个健康怀孕猪的49个组织中构建了巨噬细胞的单细胞转录组图谱，揭示了巨噬细胞在组织和物种间的分子差异和共性	研究仅基于单个怀孕猪的样本，可能限制了结果的普遍性	理解怀孕期间巨噬细胞的多样性和组织特异性适应	健康怀孕猪的49个组织中的巨噬细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	114,881个巨噬细胞来自49个组织/器官的一个健康怀孕猪
752	2025-04-19	PPARγ-dependent remodeling of translational machinery in adipose progenitors is impaired in obesity 2024-Dec-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114945 PMID:39579770	研究论文	研究肥胖小鼠中PPARγ激动剂治疗对脂肪组织前体细胞翻译机制的影响	揭示了PPARγ激动剂通过调控核糖体因子表达和翻译选择性促进脂肪组织可塑性的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究PPARγ激动剂如何改善肥胖状态下脂肪组织的适应性	肥胖小鼠的脂肪组织基质血管部分(SVF)细胞	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序，多核糖体分析	小鼠模型	RNA测序数据	肥胖小鼠的腹股沟和附睾脂肪组织SVF
753	2025-04-19	PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance 2024-11-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj7615 PMID:39607940	research paper	本研究探讨了PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞（ISC）微环境中的作用及其对干细胞命运决定和维持的影响	揭示了PIEZO通道如何感知细胞外机械刺激以调节ISC功能，阐明了PIEZO激活协调ISC命运决定和维持的机制级联	研究主要基于小鼠模型和体外器官培养系统，可能不完全反映人类ISC的机械传感机制	探究PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞微环境中的作用机制	肠道干细胞（ISC）及其微环境	细胞生物学	NA	小鼠遗传学、单细胞RNA测序分析、3D和2D器官培养系统、生物工程基质和拉伸装置	NA	基因表达数据、机械性能测量数据	NA
754	2025-04-19	Epigenetic dysregulation in Alzheimer's disease peripheral immunity 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.013 PMID:38340719	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探索阿尔茨海默病（AD）外周免疫系统的表观遗传和转录变化	揭示了AD外周免疫细胞中开放染色质的显著数量，发现了CD8 T细胞中的顺式调控DNA元件和单核细胞中AD特异性的RELA转录因子结合位点，以及载脂蛋白E基因型依赖的表观遗传变化	研究仅关注外周免疫系统，未涉及中枢神经系统	探究阿尔茨海默病外周免疫系统的表观遗传和转录变化	阿尔茨海默病患者的外周免疫细胞	表观遗传学	阿尔茨海默病	单细胞测序，转座酶可及染色质测定（ATAC-seq），RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	未明确提及样本数量
755	2025-04-19	Mechanisms of sex differences in Alzheimer's disease 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.024 PMID:38402606	review	探讨阿尔茨海默病（AD）性别差异的潜在生物学机制	综述了性别激素和性染色体如何与衰老过程中的多种疾病机制相互作用，导致男女在疾病进展中的独特特征	NA	理解阿尔茨海默病性别差异的生物学机制	阿尔茨海默病（AD）	NA	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, metabolomics, multi-omics analyses	NA	NA	NA
756	2025-04-18	Mutation S139N on Zika virus prM protein shifts immune response from Asian to contemporary strain 2025-May, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.02.012 PMID:39986659	研究论文	研究Zika病毒prM蛋白上的S139N突变如何将免疫反应从亚洲株转变为当代株	首次使用单细胞测序技术系统评估三种ZIKV株（亚洲祖先株FSS13025/2010、S139N突变株FSS13025-S139N和当代株GZ01/2016）诱导的免疫反应，并发现S139N突变株的免疫谱与当代株相似	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究Zika病毒prM蛋白S139N突变对免疫反应模式的影响及其与神经损伤的关系	Zika病毒株（FSS13025/2010、FSS13025-S139N、GZ01/2016）和1日龄小鼠	病毒学	神经系统疾病	单细胞测序技术	小鼠模型	基因表达数据	三种ZIKV株感染的1日龄小鼠
757	2025-04-18	CD44+ cells enhance pro-tumor stroma in the spatial landscape of colorectal cancer leading edge 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02968-9 PMID:40069574	研究论文	本研究通过空间转录组和单细胞RNA测序技术，揭示了CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿通过PTN信号重塑肿瘤微环境的机制	首次发现CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿形成独特的环状结构，并通过PTN信号诱导CAFs表型转变	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，人类结直肠癌的普适性需要进一步验证	探究肿瘤异质性如何影响结直肠癌的空间结构并促进疾病进展	AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型和临床样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组分析(ST)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型和未明确数量的临床样本
758	2025-04-18	Single-cell profiling reveals monocyte heterogeneity and association with liver fibrosis in patients with chronic HBV 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000672 PMID:40227083	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性乙型肝炎患者中单核细胞的异质性及其与肝纤维化的关联	首次在慢性乙型肝炎患者中发现单核细胞中LMO2的高表达可能与单核细胞扩增有关，并识别了一个新的单核细胞-血小板聚集体(MPA)亚群，该亚群在肝纤维化早期可能发挥重要作用	研究样本量有限，且未探讨MPA在肝纤维化后期的潜在作用	探究慢性乙型肝炎患者中单核细胞异质性及其在肝纤维化中的作用机制	慢性乙型肝炎患者和健康对照者的循环单核细胞	单细胞组学	慢性乙型肝炎和肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	慢性乙型肝炎患者组和健康对照组(具体数量未明确)
759	2025-04-18	Identification of Novel Protein Biomarkers for Intrahepatic Cholangiocarcinoma by Integrating Human Plasma Proteome with Genome 2025-Apr-17, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01226-8 PMID:40240670	研究论文	本研究通过整合人类血浆蛋白质组与基因组数据，识别出与肝内胆管癌(ICC)潜在相关的蛋白质生物标志物	首次对ICC进行蛋白质组-MR分析，揭示了其复杂的遗传结构，并鉴定出5种与疾病有潜在因果关联的新型血液蛋白	研究主要基于欧洲人群数据，可能在其他人群中的普适性有待验证	发现ICC的潜在治疗和诊断靶点	肝内胆管癌(ICC)相关蛋白质生物标志物	生物信息学	肝内胆管癌	蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、ELISA、scRNA-seq	孟德尔随机化模型	基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据	来自deCODE血浆蛋白质组GWAS和欧洲meta分析的遗传数据，TCGA和GTEx数据库样本
760	2025-04-18	Single-cell hdWGCNA reveals a novel diagnostic model and signature genes of macrophages associated with chronic obstructive pulmonary disease 2025-Apr-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02025-4 PMID:40244418	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析，揭示了慢性阻塞性肺病（COPD）中巨噬细胞亚群的诊断模型和特征基因	首次使用hdWGCNA方法识别与COPD相关的巨噬细胞亚群及其特征基因，并构建了基于机器学习的临床诊断模型	研究样本量未明确说明，且仅基于RNA测序数据，缺乏实验验证	探索COPD的免疫机制并开发临床诊断模型	慢性阻塞性肺病（COPD）患者和正常个体的巨噬细胞亚群	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	随机森林（RF），卷积神经网络（CNN）	RNA测序数据	NA