单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-05-06	Development of a hypoxia-responsive macrophage prognostic model using single-cell and bulk RNA sequencing in pancreatic cancer 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322618 PMID:40315225	research paper	开发了一种基于单细胞和批量RNA测序的低氧响应性巨噬细胞预后模型，用于胰腺癌	整合了单细胞RNA测序数据和TCGA-PAAD数据库，构建了一个包含13个关键基因的低氧相关预后模型，该模型在预测化疗反应和不良预后方面优于传统临床病理特征	未明确说明样本量的具体数量，且模型的泛化能力需进一步验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）中低氧肿瘤微环境的复杂动态，构建低氧相关预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	Cox regression, Lasso regression	RNA sequencing data	NA
742	2025-05-06	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing identifies and validates T cell-related prognostic model in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322706 PMID:40315269	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与T细胞相关的肝细胞癌预后模型	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别T细胞相关基因并构建预后模型，模型包含PTTG1、LMNB1、SLC38A1和BATF等基因	样本量相对较小，单细胞数据仅来自10名患者，外部验证数据集有限	开发肝细胞癌患者的预后风险模型，以改善个性化治疗策略	肝细胞癌患者及其T细胞相关基因	数字病理学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC	LASSO回归	RNA测序数据	10名患者的scRNA-seq数据，TCGA数据库的批量RNA-seq数据，25名患者的IHC验证数据
743	2025-05-04	Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the prognostic features and immune landscape of exosome-related genes in breast cancer metastasis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2447917 PMID:39847423	research paper	通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据，探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的预后特征和免疫景观	开发了一个基于外泌体相关基因的新型风险评分模型，并通过RNA-seq和scRNA-seq数据的综合分析验证了其预测准确性	模型的预测性能AUC值在0.602至0.654之间，仍有提升空间	探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的作用，并开发可靠的预后模型	乳腺癌（BRCA）样本	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, scRNA-seq	Lasso-Cox regression	RNA-seq数据, scRNA-seq数据	TCGA数据库中的BRCA队列样本
744	2025-05-04	Revealing the role of natural killer cells in ankylosing spondylitis: identifying diagnostic biomarkers and therapeutic targets 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2457523 PMID:39853176	研究论文	本研究通过生物信息学方法和实验验证探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）在强直性脊柱炎（AS）中的作用	揭示了NK细胞在AS发病机制中的潜在作用，并鉴定出与NK细胞相关的关键基因作为AS的诊断生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公共数据集，样本量可能有限，且实验验证部分仅进行了RT-PCR验证	探索NK细胞在AS发病机制中的作用，并寻找诊断生物标志物和治疗靶点	强直性脊柱炎（AS）患者和对照组的NK细胞	生物信息学	强直性脊柱炎	微阵列数据分析、scRNA-seq、WGCNA、RT-PCR	NA	基因表达数据	来自公共数据集GSE25101、GSE73754、GSE194315和Liu的研究的样本
745	2025-05-04	Unraveling diabetic kidney disease: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04362-z PMID:39799255	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病肾病的发病机制和诊断方法	采用单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液中的基因表达，揭示组织功能、细胞相互作用和疾病进展	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高对糖尿病肾病（DKD）的理解，改善早期筛查和个性化管理	糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq	NA	gene expression data	NA
746	2025-05-04	Role of aberrant activated fibro/adipogenic progenitors and suppressed ferroptosis in disused skeletal muscle atrophy and fatty infiltration 2025-May-03, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-025-02548-7 PMID:40316864	research paper	研究探讨了在废用性骨骼肌萎缩中异常激活的纤维/脂肪祖细胞（FAPs）及其抑制的铁死亡对肌肉脂肪浸润（MFI）的影响	首次在废用性骨骼肌萎缩中通过单细胞RNA测序发现FAPs的异常增殖及铁死亡抑制基因的高表达，并验证了铁死亡抑制对FAPs脂肪/纤维化能力的增强作用	研究初步探讨了铁死亡对FAPs脂肪分化的潜在影响，但具体分子机制仍需进一步研究	探究废用性骨骼肌萎缩中FAPs的异常激活及其与MFI的关系，以及铁死亡在此过程中的作用	废用性骨骼肌中的纤维/脂肪祖细胞（FAPs）	细胞生物学	骨骼肌萎缩	单细胞RNA测序，免疫荧光染色	NA	RNA测序数据，图像数据	NA
747	2025-05-04	A Bifunctional Antibody Targeting PD-1 and TGF-β Signaling Has Antitumor Activity in Combination with Radiotherapy and Attenuates Radiation-Induced Lung Injury 2025-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0903 PMID:39878763	研究论文	研究双功能抗体JS-201联合放疗的抗肿瘤效果及其对放射性肺损伤的缓解作用	首次研究双功能抗体JS-201（靶向PD-1和TGF-β信号）联合放疗的抗肿瘤效果及其对放射性肺损伤的缓解作用	研究仅限于动物模型，尚未进行临床试验	探索JS-201联合放疗在抗肿瘤和减轻放射性肺损伤方面的效果	肿瘤模型和放射性肺损伤模型	肿瘤免疫治疗	肺癌	转录组测序和单细胞测序	Lewis肺癌荧光素酶阳性模型	测序数据	多种肿瘤模型和放射性肺损伤模型
748	2025-05-04	Mosaic loss of Y chromosome and mortality after coronary angiography 2025-May-02, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf035 PMID:39935193	研究论文	研究Y染色体嵌合缺失（LOY）与接受冠状动脉造影男性患者心血管死亡率之间的关联	首次在人类研究中证实LOY与心血管死亡率显著相关，并揭示了LOY通过促纤维化和促炎症机制影响心血管健康的分子途径	研究仅针对接受冠状动脉造影的男性患者，结果可能不适用于其他人群	探究LOY与心血管疾病预后的关系	1698名接受冠状动脉造影的男性患者	心血管疾病研究	心血管疾病	全基因组甲基化分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质表达数据	1698名男性患者
749	2025-05-04	TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data 2025-May-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279955.124 PMID:40210438	research paper	开发了一种名为TFcomb的计算方法，利用单细胞多组学数据识别重编程转录因子及其组合	TFcomb通过将寻找重编程转录因子及其组合的任务建模为一个逆问题，并使用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，设计了图注意力网络来增强基于单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据构建的基因调控网络	未明确提及	识别能够指导所需状态转变的重编程转录因子及其组合，为细胞工程和再生治疗提供潜力	人类胚胎干细胞和小鼠毛囊发育数据	计算生物学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	图注意力网络	单细胞多组学数据	未明确提及
750	2025-05-04	Inhibition of DKK-1 by WAY262611 Inhibits Osteosarcoma Metastasis 2025-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0744 PMID:39781890	research paper	该研究探讨了通过抑制DKK-1来阻止骨肉瘤转移的效果	首次展示了小分子抑制剂WAY262611在体外和体内对DKK-1的抑制作用及其对骨肉瘤转移的预防效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索DKK-1作为骨肉瘤治疗靶点的潜力	骨肉瘤细胞系和小鼠模型	癌症研究	骨肉瘤	单细胞RNA测序	小鼠原位植入/截肢模型	体外和体内实验数据	骨肉瘤细胞系和患者来源的异种移植模型
751	2025-05-04	A 3D Self-Assembly Platform Integrating Decellularized Matrix Recapitulates In Vivo Tumor Phenotypes and Heterogeneity 2025-May-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1954 PMID:39888317	research paper	开发了一种无水凝胶的自组装平台，用于建立富含细胞外基质（ECM）的3D 'MatriSpheres'，以解析癌细胞与ECM的相互作用	使用去细胞化的小肠黏膜下层ECM，蛋白组学上模拟了结直肠癌肿瘤ECM，相比传统配方如Matrigel更具创新性	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	研究肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）对肿瘤生物学的影响	小鼠和人类结直肠癌细胞	digital pathology	colorectal cancer	单细胞RNA测序	3D细胞培养模型	RNA测序数据、细胞形态数据	未明确提及具体样本数量
752	2025-05-04	Single-cell transcriptomic analysis reveals alterations to cellular dynamics and paracrine signalling in radiation-induced muscle pathology 2025-May-02, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00115.2025 PMID:40316295	research paper	通过单细胞转录组分析揭示了辐射诱导肌肉病理中细胞动力学和旁分泌信号的变化	首次使用scRNA-seq技术在小鼠模型中详细描述了辐射治疗后肌肉细胞的动态变化和细胞间通讯	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类情况	探究辐射治疗导致肌肉萎缩和纤维化的潜在机制	辐射治疗后的小鼠肌肉组织	digital pathology	muscle pathology	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	小鼠模型在辐射后24小时和56天的样本
753	2025-05-04	Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279771.124 PMID:40316422	research paper	介绍了一种基于代理的模型CellAgentChat，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中解析细胞间相互作用	提出了一种基于代理的模型(ABM)来模拟细胞间相互作用，能够捕捉个体细胞行为的细微差别，并支持动态可视化和规则修改	NA	解析细胞间相互作用(CCIs)的复杂动态	单细胞RNA测序和空间转录组数据	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	agent-based model (ABM)	single-cell and spatial transcriptomics data	validated across eight diverse single-cell datasets
754	2025-05-04	Systematic evaluation of single-cell RNA-seq analyses performance based on long-read sequencing platforms 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.020 PMID:38782298	研究论文	本文系统地评估了基于长读长测序平台的单细胞RNA-seq分析性能	首次系统地比较了ONT和PacBio在单细胞RNA-seq分析中的性能，包括细胞类型识别、新异构体鉴定和等位基因特异性表达分析的可靠性	研究仅基于特定数量的单细胞cDNA文库，可能无法完全代表所有情况	评估长读长测序技术在单细胞转录组研究中的性能表现	单细胞cDNA文库	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq, ONT, PacBio, NGS	NA	RNA测序数据	不同细胞数量的单细胞cDNA文库
755	2025-05-04	GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data 2025-May, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753 PMID:38896510	研究论文	本文介绍了一种名为GRACE的新型图因果自编码器框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	结合结构因果模型和图神经网络，明确建模基因间的因果关系，提高了基因调控网络和基因因果推理的准确性	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	基因调控网络和基因因果关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图神经网络(GNN)和因果自编码器	基因表达数据	七个基准数据集和人类外周血单个核细胞(PBMC)样本
756	2025-05-04	Sympathetic hyperinnervation drives abdominal aortic aneurysm development by promoting vascular smooth muscle cell phenotypic switching 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.028 PMID:38821358	research paper	本研究探讨了交感神经过度支配在腹主动脉瘤（AAA）发展中的作用及其机制	揭示了交感神经过度支配通过释放eATP激活eATP-P2rx4-p38信号通路促进VSMC表型转换的新机制，并发现破骨样细胞分泌的Sema4D诱导交感神经扩散和过度支配	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究交感神经过度支配在AAA发展中的作用及潜在机制	小鼠AAA模型和AAA患者	心血管疾病研究	腹主动脉瘤	Western blotting, 免疫化学染色, 转录组分析, 单细胞RNA测序	小鼠模型	分子生物学数据, 组织学数据	小鼠模型和AAA患者样本
757	2025-05-04	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Squamous Cell Carcinoma Arising From Ovarian Mature Teratoma 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70022 PMID:39948701	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，分析了卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）的分子病理学特征，并探索了潜在的治疗靶点	首次应用单核RNA测序和空间转录组学技术全面解析SCC-MT的分子特征，并发现KLF5基因在肿瘤发展中的关键作用	研究样本量有限，且功能验证仅在一个细胞系中进行	阐明SCC-MT的分子病理学特征并探索新的治疗靶点	卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）	数字病理学	卵巢癌	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	临床SCC-MT样本和一个细胞系（NOSCC-1）
758	2025-05-04	Comprehensive single-cell analysis deciphered the immunoregulatory mechanism of TPPU in alleviating sepsis-related acute liver injury 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.018 PMID:39956402	研究论文	本研究通过全面的单细胞分析揭示了TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	首次在单细胞分辨率下揭示了TPPU通过调节肝脏巨噬细胞和中性粒细胞发挥免疫调节作用的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究TPPU对脓毒症相关急性肝损伤的免疫调节作用	脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序和蛋白质组学分析	小鼠盲肠结扎穿孔模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型
759	2025-05-04	Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States 2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529 PMID:39969959	研究论文	通过空间转录组学研究导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN），揭示了惰性和恶性状态的分化	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次在IPMN中定义了三种不同的上皮转录组状态，并与癌症风险相关联	样本量较小（10个IPMN标本），可能影响结果的广泛适用性	提高对IPMN恶性转化风险的预测能力，改善风险分层	导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）标本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA），全转录组分析	NA	RNA表达数据	10个IPMN标本，涵盖从正常导管到癌症的发育不良变化谱
760	2025-05-04	Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70028 PMID:39989140	research paper	该研究通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境	首次提出CHI3L1相关血管表型分类，并构建了血管相关风险(VR)评分，为胶质瘤的治疗策略优化提供了新见解	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用	胶质瘤及其微环境	digital pathology	glioma	bulk and single-cell transcriptome, genomics, digital pathology	machine learning algorithms	transcriptome, genomics, digital pathology, clinical data	多个数据集（具体样本量未明确说明）