单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7561	2025-03-26	Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with Tumoroscope 2024-Oct-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53374-3 PMID:39472583	研究论文	提出了一种名为Tumoroscope的概率模型，通过整合病理图像、全外显子组测序和空间转录组数据，准确推断癌症克隆及其在接近单细胞分辨率下的定位	首个能够通过整合多模态数据在接近单细胞分辨率下推断癌症克隆及其空间定位的概率模型，并明确解决了空间转录组点中克隆比例的反卷积问题	未提及具体样本量限制或模型验证的广泛性	研究肿瘤的空间和基因组异质性及其对癌症进展、治疗和生存的影响	前列腺癌和乳腺癌数据集中的肿瘤组织	数字病理学	前列腺癌, 乳腺癌	全外显子组测序, 空间转录组学	概率模型	病理图像, 基因组数据, 空间转录组数据	一个参考前列腺癌数据集和一个新生成的乳腺癌数据集
7562	2025-03-26	GSK-3β in Dendritic Cells Exerts Opposite Functions in Regulating Cross-Priming and Memory CD8 T Cell Responses Independent of β-Catenin 2024-Sep-10, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines12091037 PMID:39340067	研究论文	本文研究了GSK-3β在树突状细胞中对CD8 T细胞免疫反应的调控作用，发现其独立于β-catenin信号通路	揭示了GSK-3β在树突状细胞中调控CD8 T细胞免疫反应的双重作用，且这一作用独立于β-catenin信号通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探究GSK-3β在树突状细胞中对CD8 T细胞免疫反应的调控机制	CD11c-GSK-3β条件性敲除小鼠及其树突状细胞	免疫学	肿瘤免疫	Western blot、流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CD11c-GSK-3β条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
7563	2025-03-26	scRNA-seq identifies unique macrophage population in murine model of ozone induced asthma exacerbation 2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.604740 PMID:39211080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究臭氧暴露在小鼠哮喘模型中诱导的独特巨噬细胞群体及其作用机制	首次使用scRNA-seq技术鉴定出臭氧和过敏原双重暴露下肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群的独特转录特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明臭氧暴露导致哮喘气道高反应性的免疫细胞机制	臭氧暴露的小鼠哮喘模型中的免疫细胞	单细胞组学	哮喘	scRNA-seq, 流式细胞术	小鼠哮喘模型	单细胞转录组数据	暴露于DRA、O3或DRA+O3的小鼠肺组织样本
7564	2025-03-26	Nociceptor-immune interactomes reveal insult-specific immune signatures of pain 2024-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01857-2 PMID:38806708	研究论文	该研究通过单细胞转录组学技术，揭示了三种小鼠皮肤炎症疼痛模型中与疼痛发展相关的免疫基因特征	发现了巨噬细胞和中性粒细胞的招募与疼痛发展动力学密切相关，并识别了与疼痛及其消退相关的细胞类型特异性转录程序	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	解析疼痛发展中的免疫机制	小鼠皮肤炎症疼痛模型（酵母聚糖注射、皮肤切口和紫外线烧伤）	神经免疫学	炎症性疼痛	单细胞转录组学	NA	转录组数据	三种小鼠皮肤炎症疼痛模型
7565	2025-03-26	Systematic dissection of tumor-normal single-cell ecosystems across a thousand tumors of 30 cancer types 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48310-4 PMID:38744958	研究论文	通过整合分析数百万个单细胞转录组数据，系统解析了30种癌症类型中肿瘤与正常组织的生态系统	首次在如此大规模的样本中（1070个肿瘤和493个正常样本）整合单细胞转录组、空间转录组和TCGA数据，定义了肿瘤-正常生态系统的多种细胞状态和标志性基因特征	研究虽然样本量大，但可能无法涵盖所有癌症亚型的异质性	全面研究肿瘤与正常组织的生态系统，以更好地理解肿瘤微环境的复杂性	1070个肿瘤样本和493个正常样本，涵盖30种癌症类型	数字病理学	多种癌症	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、TCGA数据	1070个肿瘤样本和493个正常样本，外加137个空间转录组样本、8887个TCGA样本和1261个接受检查点抑制剂治疗的肿瘤样本
7566	2025-03-26	β-Catenin in Dendritic Cells Negatively Regulates CD8 T Cell Immune Responses through the Immune Checkpoint Molecule Tim-3 2024-Apr-25, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines12050460 PMID:38793711	研究论文	本文揭示了β-连环蛋白在树突状细胞中通过上调Tim-3分子抑制CD8 T细胞免疫应答的新机制，并探索了联合免疫治疗的潜在效果	发现了β-连环蛋白通过Tim-3分子抑制CD8 T细胞免疫应答的新机制，并验证了抗Tim-3抗体与DC疫苗联合治疗的协同抗肿瘤效果	研究主要在小鼠模型中进行，人类临床应用的转化效果尚需进一步验证	探究β-连环蛋白在树突状细胞中调控CD8 T细胞免疫应答的分子机制及其在肿瘤免疫治疗中的应用	树突状细胞、CD8 T细胞、B16F10黑色素瘤小鼠模型	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、DC靶向疫苗模型	CD11c-β-catenin转基因小鼠模型	基因表达数据、免疫应答数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型和肿瘤模型
7567	2025-03-26	Dissection of Cellular Communication between Human Primary Osteoblasts and Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells in Osteoarthritis at Single-Cell Resolution 2023-Aug-30, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc22101 PMID:37105556	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞间通讯	发现了一种新的前成骨细胞亚型，并揭示了成熟成骨细胞可能通过WIF1和sFRP4抑制骨髓间充质干细胞的成骨分化	研究仅基于单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞之间的细胞通讯机制	人类原发性成骨细胞和骨髓间充质干细胞	单细胞生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
7568	2025-03-26	A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution 2023-Aug-28, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02514-2 PMID:37635251	研究论文	比较研究体外气液界面培养模型在人类气道上皮细胞异质性和单细胞分辨率基因表达方面的表现	首次在单细胞水平上全面比较了BCi-NS1.1来源和原代来源的气道上皮培养模型在基因表达和先天免疫功能方面的差异	研究仅使用了3个独立分化的BCi-NS1.1样本和3个不同供体的原代样本，样本量相对有限	评估工程化基底细胞系BCi-NS1.1作为气道上皮研究模型的适用性	BCi-NS1.1来源和原代来源的人类气道上皮培养物	细胞生物学	呼吸道感染	免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	体外气液界面培养模型	基因表达数据、图像数据	3个独立分化的BCi-NS1.1样本和3个不同供体的原代样本
7569	2025-03-26	Potential Molecular Mechanisms of Alzheimer's Disease from Genetic Studies 2023-04-15, Biology DOI:10.3390/biology12040602 PMID:37106802	综述	本文综述了阿尔茨海默病（AD）的潜在分子机制，特别关注了遗传学研究中的发现	通过单细胞测序（scRNA-seq）和空间基因组学技术，将AD的分子机制差异归纳为四个关键类别，并探讨了与先前研究结果的对比	研究基于已有文献的叙述性综合，未进行新的实验验证	识别AD中分子失衡的共同原因及其潜在机制，为后续研究提供方向	阿尔茨海默病（AD）的分子机制	遗传学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, 空间基因组学	NA	基因组数据	NA
7570	2025-03-26	Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma 2023-03-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37211-7 PMID:36973268	research paper	该研究通过单核RNA测序和单核ATAC测序技术，结合大量蛋白质组学数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制	通过多组学分层方法鉴定了20个肿瘤特异性标志物，揭示了铜蓝蛋白（CP）表达与生存率降低的关联，并探讨了CP在调节透明细胞肾细胞癌间质和肿瘤-间质相互作用中的角色	样本量相对较小（34例snRNA-seq和28例snATAC-seq样本），可能限制了结果的普遍性	揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制，以增进对该癌症发病机理的理解	人类透明细胞肾细胞癌（ccRCC）标本	digital pathology	renal cell carcinoma	snRNA-seq, snATAC-seq, bulk proteogenomics, spatial transcriptomics	NA	genomic, transcriptomic, proteomic, epigenomic data	34例snRNA-seq和28例snATAC-seq的人类ccRCC标本
7571	2025-03-26	Single-cell RNA-seq identified novel genes involved in primordial follicle formation 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1285667 PMID:38149096	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别了参与原始卵泡形成的新基因和新配体-受体相互作用	发现了ANXA7和GTF2F1在生殖细胞中促进原始卵泡形成的新功能，以及配体Mdk与受体Sdc1在原始卵泡形成中的关键作用	研究主要基于小鼠和人类卵巢的公共单细胞RNA测序数据，样本量有限	探索原始卵泡形成的分子机制及其与早发性卵巢功能不全的关系	小鼠和人类卵巢中的生殖细胞和颗粒细胞	生殖生物学	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全外显子测序(WES)、全基因组测序(WGS)	NA	基因表达数据、测序数据	93例POI患者和465例对照的测序数据，25周人类胎儿卵巢样本
7572	2024-08-08	Using advanced spatial and single-cell transcriptomics to characterize the human endometrium 2021-12, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00982-0 PMID:34857955	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7573	2025-03-25	Lysozyme modulates inflammatory responses to exacerbate the severity of rheumatoid arthritis 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114427 PMID:40056513	研究论文	该研究探讨了溶菌酶（LYZ）在类风湿性关节炎（RA）中的作用及其作为早期RA诊断生物标志物或治疗靶点的潜力	首次揭示了LYZ在早期RA患者血浆和滑膜巨噬细胞中的高表达，并通过基因敲除和沉默实验验证了LYZ在RA炎症调控中的作用	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在更大规模的人类临床样本中验证LYZ的临床应用价值	探索RA的新治疗靶点或生物标志物以改善治疗效果	早期RA患者、CAIA小鼠模型和MH7A细胞	NA	类风湿性关节炎	血浆蛋白质组学、滑膜液单细胞测序分析、RNA-Seq	CAIA小鼠模型	蛋白质表达数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及早期RA患者、CAIA小鼠和MH7A细胞
7574	2025-03-25	Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics 2025-Mar-22, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04057-3 PMID:40119898	review	本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用及其在精准医学中的潜力	利用空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤微环境异质性，识别空间生物标志物，并预测免疫治疗反应	需要进一步发展空间转录组学技术、计算工具和多中心合作以促进其临床应用	探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用及其对精准医学的贡献	三阴性乳腺癌的肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	AI-based spatial analysis	transcriptomic data	NA
7575	2025-03-25	SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639516 PMID:40093081	research paper	本文介绍了一种名为SensX的模型无关可解释AI框架，用于解释深度学习模型的内部机制	SensX在准确性和计算时间上优于当前最先进的XAI方法，并能扩展到解释具有超过150,000个特征的视觉变换器模型	NA	开发一种可扩展的模型无关解释方法，以揭示深度学习模型从数据中学到的机制关系	深度学习模型（特别是视觉变换器模型和用于单细胞RNA-seq数据注释的DNNs）	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	DNNs, ViT	gene expression data, facial images	NA
7576	2025-03-25	Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.641548 PMID:40093183	研究论文	通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调节免疫基因表达促进肿瘤进展	首次揭示了PRDM6在促进肿瘤细胞增殖中的新作用，并发现HPV病毒致癌蛋白上调PRDM6表达	研究样本量有限，未进行大规模临床验证	探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用	头颈鳞状细胞癌患者样本	生物信息学	头颈癌	scRNA-seq	IRIS3	单细胞RNA测序数据	NA
7577	2025-03-25	Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.02.641101 PMID:40093102	研究论文	本研究探讨了小鼠嗅觉上皮中细胞分裂模式和组蛋白遗传模式，揭示了不对称组蛋白遗传在成年干细胞谱系中的生物学意义	首次在哺乳动物成年干细胞谱系中发现不对称组蛋白遗传现象，并阐明其与组织再生和动物行为的关联	研究仅聚焦于小鼠嗅觉水平基底细胞，其他干细胞系统的适用性尚待验证	探索哺乳动物中表观遗传的机制及其在细胞命运决定中的作用	小鼠嗅觉上皮的水平基底细胞(HBCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠嗅觉上皮组织
7578	2025-03-25	CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.15.638331 PMID:40027773	研究论文	介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据	CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案	未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量	开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法	空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析	数字病理学	乳腺癌	抗体捕获技术，空间转录组学	数学优化模型	空间转录组数据	模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本
7579	2025-03-25	Twin study identifies early immunological and metabolic dysregulation of CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-09-27, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8094 PMID:39331727	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体分析，比较了多发性硬化症（MS）患者及其同卵双胞胎的CD8+ T细胞克隆，揭示了MS早期免疫和代谢失调的特征	首次在MS患者及其同卵双胞胎中，通过单细胞分析揭示了CD8+ T细胞的免疫和代谢异常，为MS的早期诊断和治疗提供了新靶点	研究样本量有限，且主要基于同卵双胞胎，可能无法完全代表更广泛的人群	探讨CD8+ T细胞在多发性硬化症（MS）病理中的作用及其早期免疫和代谢变化	同卵双胞胎中的CD8+ T细胞克隆，包括血液和脑脊液样本	免疫学	多发性硬化症	高通量单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体分析	NA	单细胞RNA测序数据，T细胞受体数据	同卵双胞胎对及独立的MS患者验证队列
7580	2025-03-25	Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation 2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.12.544372 PMID:37398026	研究论文	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并通过3D球体模型和空间转录组学提出了治疗创新	使用空间转录组学技术识别了与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇，并验证了多激酶抑制剂sorafenib在减少LAMF-LEC球体侵袭中的效果优于Rapamycin	研究主要基于体外3D球体模型，尚未进行体内实验验证	探索LAM发病机制中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的分子机制并寻找潜在治疗靶点	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者的肺组织、原代LAM相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs）	分子病理学	淋巴管平滑肌瘤病	空间转录组学、3D共培养球体模型、激酶阵列分析	3D球体共培养模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量（使用原代LAMFs和LECs）