本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
7521 | 2025-10-06 |
Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury
2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202401475R
PMID:40270323
|
研究论文 | 本研究探讨脂氧素A4通过FPR2受体激活NRF2通路抑制肺泡上皮细胞铁死亡,从而减轻肺缺血再灌注损伤的机制 | 首次揭示脂氧素A4/FPR2信号通路通过NRF2依赖性途径调控肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人体中的直接验证尚需进一步研究 | 探究铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用及脂氧素A4的保护机制 | 肺移植患者样本、C57BL/6野生型小鼠、Fpr2和Nrf2基因敲除小鼠、肺泡II型上皮细胞 | 生物医学研究 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序、小鼠肺门结扎模型、小鼠原位肺移植模型、体外细胞实验 | 基因敲除动物模型、细胞模型 | 基因表达数据、生理指标数据、生化指标数据 | 未明确样本数量,包含患者组织样本、多种基因型小鼠和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7522 | 2025-10-06 |
Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond
2025-Apr, Comprehensive Physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1002/cph4.70010
PMID:40229922
|
综述 | 本文挑战了迷走神经仅传递饱腹信号的传统观点,系统阐述了迷走神经作为整合餐食信息的复杂感觉系统 | 揭示了迷走神经传入神经元具有专门亚群和多样感觉模式,能够主动编码餐食相关信息的多个方面 | 作为综述文章,未进行原始实验研究,主要基于现有文献整合分析 | 探讨迷走神经感觉通路在肠脑通讯中的多重功能 | 迷走神经传入神经元及其下游脑回路 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、神经回路映射、功能成像 | NA | 文献证据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7523 | 2025-10-06 |
Single-cell omics technologies - Fundamentals on how to create single-cell looking glasses for reproductive health
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.041
PMID:40253074
|
综述 | 本文综述单细胞组学技术在生殖健康研究中的应用进展 | 系统整合单细胞测序、空间转录组学和高维蛋白质组成像等多种技术,为生殖医学提供多维视角 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述 | 探讨单细胞技术在生殖健康领域的临床应用前景 | 生殖道组织、胎儿发育、妊娠过程和妇科疾病 | 单细胞组学 | 妇科疾病、妊娠并发症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组成像 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
7524 | 2025-10-06 |
Contribution of germline and somatic mutations to risk of neuromyelitis optica spectrum disorder
2025-Mar-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100776
PMID:39986280
|
研究论文 | 本研究通过基因组关联分析和单细胞RNA测序,揭示了种系和体细胞突变在视神经脊髓炎谱系障碍发病机制中的作用 | 首次整合种系变异和体细胞嵌合染色体变异分析,发现CCR6风险变异和21q缺失在NMOSD中的致病机制 | 样本量相对有限(240例患者),主要基于日本人群,可能限制结果的普适性 | 探索视神经脊髓炎谱系障碍的遗传背景和发病机制 | 日本人群中的NMOSD患者和健康对照 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 基因组分析:240例患者和50,578例对照;单细胞RNA测序:25例患者和101例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7525 | 2025-10-06 |
EfficientNet-resDDSC: A Hybrid Deep Learning Model Integrating Residual Blocks and Dilated Convolutions for Inferring Gene Causality in Single-Cell Data
2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00667-2
PMID:39578307
|
研究论文 | 提出一种结合残差块和空洞卷积的混合深度学习模型EfficientNet-resDDSC,用于从单细胞数据推断基因因果关系 | 在EfficientNet-B0基础上引入残差块增强低层特征提取能力,结合深度可分离卷积和空洞卷积扩大感受野而不增加计算量 | NA | 构建基因调控网络以揭示基因间的因果关系 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控关系 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | EfficientNet, 残差网络, 空洞卷积, 深度可分离卷积 | 单细胞基因表达数据 | 四个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7526 | 2025-10-06 |
Association of 5α-reductase inhibitor prescription with immunotherapy efficacy in metastatic renal cell carcinoma: a multicenter retrospective analysis
2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011154
PMID:40010773
|
研究论文 | 本研究探讨5α-还原酶抑制剂使用史对转移性肾细胞癌患者免疫检查点抑制剂疗效的影响 | 首次在临床回顾性研究中证实5α-还原酶抑制剂可通过调节CD8+ T细胞功能增强免疫治疗效果 | 回顾性研究设计存在选择偏倚,样本量相对有限(185例患者) | 评估5α-还原酶抑制剂使用史对转移性肾细胞癌免疫治疗疗效的影响 | 185例接受免疫检查点抑制剂治疗的转移性肾细胞癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序,Cox比例风险模型 | Cox回归模型 | 临床回顾性数据,单细胞RNA测序数据 | 185例转移性肾细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7527 | 2025-10-06 |
Brain-wide cell-type-specific transcriptomic signatures of healthy ageing in mice
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08350-8
PMID:39743592
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序系统描绘小鼠大脑在健康衰老过程中细胞类型特异性转录组变化 | 提供了首个涵盖全脑区域、包含约120万个高质量单细胞转录组的衰老数据集,识别了847个细胞簇和14个年龄偏向性胶质细胞簇 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本;主要关注转录组水平变化,缺乏功能验证 | 系统解析健康衰老过程中大脑细胞类型特异性转录组变化 | 年轻和年老雌雄小鼠的大脑细胞,涵盖前脑、中脑和后脑区域 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约120万个高质量单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7528 | 2025-10-06 |
Single-cell analyses of intestinal epithelium reveal the dysregulation of gut immune microenvironment in systemic lupus erythematosus
2025-Jan-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06147-5
PMID:39871323
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示系统性红斑狼疮中肠道上皮免疫微环境的失调机制 | 首次在狼疮背景下构建肠道上皮的高分辨率单细胞图谱,发现CD8αα+ IELs减少、CD8αβ+ IELs增加以及γδT细胞减少与氧化应激和铁死亡的关联 | 研究主要基于MRL/Lpr小鼠模型,人类样本验证尚需进一步研究 | 探究系统性红斑狼疮中肠道免疫微环境的失调机制 | MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞 | 单细胞组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序,qPCR,流式细胞术,体内实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 狼疮小鼠和对照小鼠的肠道上皮样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7529 | 2025-05-23 |
Author Correction: Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS
2025-Jan-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55730-9
PMID:39774948
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
7530 | 2025-10-06 |
Self and parasite-derived peptides selected upon DERAA-bearing HLA-DRB1 alleles activate CD4+ T cells from Chagas cardiomyopathy patients and are associated with ventricular dysfunction
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1527115
PMID:40391216
|
研究论文 | 本研究揭示了携带DERAA基序的HLA-DRB1等位基因在查加斯心肌病患者中通过呈递宿主和寄生虫来源的肽段激活CD4+ T细胞,并与心室功能障碍相关 | 首次发现特定HLA-DRB1等位基因通过交叉反应性肽段激活致病性CD4+ T细胞,并建立其与心肌纤维化和心室功能障碍的直接关联 | 样本量有限,需要更大规模研究验证;机制研究尚未完全阐明T细胞活化的具体信号通路 | 探究HLA-DRB1等位基因在查加斯心肌病发病机制中的作用 | 查加斯病患者(包括无症状期和心肌病期患者)的CD4+ T细胞和心脏组织 | 免疫学 | 查加斯心肌病 | 计算分析、体外功能实验、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、功能实验数据、临床数据 | 查加斯病患者(包括IND和CCC两组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7531 | 2025-10-06 |
Comprehensive Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Cervical Cancer: Insights Into Tumor Microenvironment and Gene Expression Dynamics
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5027347
PMID:40395456
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析宫颈癌的肿瘤微环境和基因表达动态 | 首次在宫颈癌中应用大规模单细胞RNA测序技术揭示细胞异质性和基因表达动态 | NA | 探索宫颈癌的肿瘤微环境特征和基因表达动态 | 宫颈癌样本 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | 细胞聚类分析、伪时间分析、基因共表达网络分析 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7532 | 2025-10-06 |
Pan-cancer analysis of phagocytosis regulators in female-specific cancers: a focus on HMGB2
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565924
PMID:40396172
|
研究论文 | 通过对女性特有癌症中吞噬作用调节因子的泛癌分析,重点关注HMGB2的功能机制 | 首次系统分析女性特有癌症中吞噬作用调节因子的表达特征,并验证HMGB2在调控肿瘤细胞增殖、迁移和巨噬细胞吞噬功能中的关键作用 | 基于公共数据库的分析可能存在数据异质性,体外实验需要进一步体内验证 | 探索吞噬作用调节因子在女性特有癌症中的分子机制和临床意义 | 女性特有癌症(乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌) | 生物信息学 | 女性特有癌症 | 单细胞测序、DNA甲基化分析、体外功能验证 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 公共数据库中的多癌种样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7533 | 2025-10-06 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals MDK-NCL pathway's role in shaping the immunosuppressive environment of lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1546382
PMID:40396179
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学分析揭示MDK-NCL通路在肺腺癌免疫抑制微环境形成中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据,系统揭示了MDK-NCL信号轴在肺腺癌免疫抑制微环境形成中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证样本量有限,需要进一步的功能实验验证机制 | 研究肺腺癌肿瘤微环境的细胞组成及MDK-NCL信号通路的作用 | 肺腺癌组织样本及配对癌旁正常组织 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,实时PCR,Western blotting | Seurat,inferCNV,MCPcounter,Niches | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,批量转录组数据 | TCGA-LUAD队列和内部队列的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
7534 | 2025-10-06 |
Application of Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing (CITE-Seq) to Precisely Dissect the Brain Tumor Immune Microenvironment
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_3
PMID:40402445
|
研究论文 | 应用CITE-Seq技术精确解析脑肿瘤免疫微环境 | 将CITE-Seq技术应用于脑肿瘤研究,同时获取单细胞转录组和表面蛋白信息 | NA | 精确解析脑肿瘤免疫微环境的细胞组成和功能 | 脑肿瘤微环境中的恶性细胞、免疫细胞、星形胶质细胞和其他基质细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | CITE-Seq, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表位数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
7535 | 2025-10-06 |
Immune Single-Cell Annotation by Molecular Signature-Based Deconvolution with MIXTURE
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_13
PMID:40402455
|
研究论文 | 提出基于MIXTURE算法的单细胞RNA测序注释协议,用于改善肿瘤免疫微环境中细胞类型的识别 | 使用v-SVR反卷积算法MIXTURE解决无监督注释方法的局限性,提供更精确的细胞类型注释和组成分析 | NA | 优化单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别,以解析肿瘤免疫微环境和改进免疫治疗策略 | 黑色素瘤单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | v-SVR反卷积算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7536 | 2025-10-06 |
The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial
2024-11-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54290-2
PMID:39537648
|
研究论文 | 评估IL-1β抑制剂canakinumab在既往治疗过的低危骨髓增生异常综合征患者中的安全性和疗效 | 首次在人体临床试验中证明IL-1β抑制剂canakinumab可通过抑制TNF介导的炎症信号通路影响造血分化 | 仅针对遗传复杂性较低的患者有效,样本量较小(25例患者) | 评估靶向IL-1β信号通路是否能挽救MDS患者的无效红细胞生成 | 25例既往治疗过的低危MDS患者(中位年龄74岁,60%男性) | 临床医学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,基因表达数据 | 25例MDS患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7537 | 2025-10-06 |
Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers
2024-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53954-3
PMID:39516198
|
研究论文 | 开发了一种名为scregclust的计算方法,用于从单细胞RNA测序数据重建细胞调控程序 | 提出单细胞调控驱动聚类方法,能高效划分基因模块并预测关键转录因子和激酶 | 对细胞状态调控机制的理解仍有限 | 研究神经系统癌症的表型可塑性调控程序 | 成人和儿童脑癌肿瘤样本及发育组织 | 生物信息学 | 神经系统癌症 | 单细胞RNA测序 | scregclust算法 | 单细胞RNA测序数据 | 15种肿瘤类型的数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7538 | 2025-10-06 |
Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS
2024-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54005-7
PMID:39521797
|
研究论文 | 开发名为ELATUS的计算框架,通过单细胞RNA测序数据增强功能性长链非编码RNA的检测能力 | 结合伪比对工具Kallisto和选择性功能过滤,创建专门针对lncRNAs的单细胞RNA测序分析流程,在参考注释不准确的情况下表现更优 | 未提及具体样本数量和研究规模,主要关注方法学比较 | 开发优化单细胞RNA测序数据分析方法,提高功能性长链非编码RNA的检测准确性 | 长链非编码RNA(lncRNAs)在单细胞水平的表达分析 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞多组学测序(single-cell multiome),ATAC-seq | 计算框架ELATUS,基于Kallisto伪比对工具 | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学测序 | NA | NA |
7539 | 2025-10-06 |
STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics
2024-Jun-20, ArXiv
PMID:38947920
|
研究论文 | 介绍了一个结合组织病理学图像和基因表达数据的空间转录组学数据集STimage-1K4M | 首次提供亚图块级别图像与高维基因表达数据的配对,填补了现有医学图像-文本数据集中缺乏局部区域详细描述的空白 | 数据集仅包含1,149张原始图像,可能覆盖的疾病类型和组织类型有限 | 开发用于计算病理学的多模态数据分析资源 | 空间转录组学数据中的组织病理学图像和基因表达信息 | 计算病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像, 基因表达数据 | 1,149张图像,4,293,195个亚图块-基因表达对 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7540 | 2025-10-06 |
Bioengineered vascular grafts with a pathogenic TGFBR1 variant model aneurysm formation in vivo and reveal underlying collagen defects
2024-05-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg6298
PMID:38718134
|
研究论文 | 本研究通过结合hiPSC、生物工程血管移植物和基因编辑技术,在动物体内建立了功能性人类胸主动脉瘤模型 | 首次将hiPSC来源的血管平滑肌细胞与基因编辑技术结合,在动物体内构建了模拟人类胸主动脉瘤形成的生物工程血管移植物模型 | 研究样本量有限,仅针对特定TGFBR1变异,需要在更大多样性样本中验证 | 建立更好的人类胸主动脉瘤疾病模型并研究其发病机制 | 人类诱导多能干细胞来源的血管平滑肌细胞和生物工程血管移植物 | 组织工程 | 胸主动脉瘤 | 基因编辑,空间转录组学,组织学分析,蛋白质测定 | 生物工程血管移植物模型 | 转录组数据,组织学图像,蛋白质数据 | 使用isogenic对照hiPSC、基因编辑突变细胞和LDS患者来源细胞构建的多种生物工程血管移植物 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |