本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
7501 | 2025-10-06 |
Mucinous breast cancer organoids: an in vitro research model
2025-May-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02586-0
PMID:40388071
|
研究论文 | 首次建立黏液性乳腺癌患者来源类器官模型并验证其生物学特性 | 首次报道黏液性乳腺癌类器官模型,填补了该亚型体外研究模型的空白 | 仅基于单例患者样本,样本量有限 | 建立可靠的黏液性乳腺癌体外研究模型 | 黏液性乳腺癌患者来源的类器官 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,组织化学染色,免疫组织化学,药物敏感性测试 | 患者来源类器官模型 | 单细胞RNA测序数据,组织图像数据 | 1例64岁中国女性黏液性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7502 | 2025-10-06 |
Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment
2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011548
PMID:40389372
|
研究论文 | 本研究揭示脑肿瘤通过引流淋巴结中的树突状细胞诱导免疫抑制,并发现OX40激动剂可靶向治疗 | 首次系统比较脑部与皮下肿瘤引流淋巴结中树突状细胞的免疫调节功能差异,并发现OX40信号通路的关键作用 | 研究基于小鼠模型,人类临床适用性需进一步验证 | 探究脑肿瘤微环境中树突状细胞的免疫调节机制及治疗靶点 | 胶质瘤和淋巴瘤小鼠模型的引流淋巴结树突状细胞 | 免疫学 | 脑肿瘤 | 高分辨率流式细胞术,单细胞RNA测序,体外和体内功能验证 | 小鼠肿瘤模型 | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 未明确样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7503 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-sequencing reveals early mitochondrial dysfunction unique to motor neurons shared across FUS- and TARDBP-ALS
2025-May-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59679-1
PMID:40389397
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示FUS和TARDBP基因突变导致的ALS中运动神经元特有的早期线粒体功能障碍 | 首次在单细胞水平证明FUS和TARDBP突变ALS共享运动神经元特异性线粒体功能障碍,且与蛋白质错误定位无关 | 研究基于诱导多能干细胞衍生的神经元模型,可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究FUS和TARDBP基因突变导致ALS的选择性运动神经元退化的共同机制 | 等基因诱导多能干细胞衍生的运动神经元和中间神经元 | 单细胞基因组学 | 肌萎缩侧索硬化症(ALS) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 四种基因型(FUS P525L, FUS R495X, TARDBP M337V, FUS敲除)的神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7504 | 2025-10-06 |
A CRISPR/Cas9-based enhancement of high-throughput single-cell transcriptomics
2025-May-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59880-2
PMID:40389438
|
研究论文 | 开发了一种基于CRISPR/Cas9的单细胞转录组测序增强方法scCLEAN,通过重新分配测序reads提高低丰度转录本的检测能力 | 利用CRISPR/Cas9的可编程性靶向去除少量转录组,同时重新分配约一半的测序reads,将测序重点转向低丰度转录本 | 在某些生物环境中应用可能不适宜,具体适用场景需要进一步明确 | 解决单细胞RNA测序中高丰度转录本掩盖低丰度转录本检测的问题 | 异质性免疫细胞和同质性血管平滑肌细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9,第三代测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种人类组织和细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞MAS-Seq | NA | NA |
7505 | 2025-10-06 |
Focusing on DC cells to optimize the prediction of prognosis and innovative treatment strategies for colon cancer
2025-May-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01792-8
PMID:40389562
|
研究论文 | 本研究通过识别树突状细胞相关基因构建风险评分系统,用于预测结肠癌预后和免疫治疗反应 | 首次开发基于树突状细胞相关基因的预后指数(DCRI),并发现PPP2CB作为结肠癌保护性因子 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性临床试验验证 | 优化结肠癌预后预测和创新治疗策略 | 结肠腺癌(COAD)患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO-Cox分析 | 风险评分模型 | 转录组数据, 临床数据 | TCGA和GEO数据库的结肠癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7506 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic landscape reveals complex cellular heterogeneity and dysregulated signaling pathways in nasopharyngeal carcinoma
2025-May-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02506-2
PMID:40389670
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学系统分析鼻咽癌肿瘤微环境中不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用 | 首次在单细胞分辨率层面全面揭示鼻咽癌肿瘤微环境的细胞异质性和信号通路失调 | NA | 系统分析鼻咽癌不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用 | 鼻咽癌组织和正常组织样本 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7507 | 2025-10-06 |
Novel marker genes and small molecule drugs for radiotherapy resistance in cervical cancer identified based on single-cell multi-omics analysis
2025-May-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02532-0
PMID:40389794
|
研究论文 | 通过单细胞多组学和机器学习方法识别宫颈癌放疗抵抗的分子标志物和潜在治疗药物 | 整合单细胞多组学数据构建稳健的预后模型,识别与放疗抵抗相关的关键细胞类型和分子标记 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证和前瞻性研究确认 | 探索宫颈癌放疗抵抗的分子机制并开发预后预测模型 | 宫颈癌患者 | 机器学习 | 宫颈癌 | 单细胞测序, 转录组测序, 甲基化测序 | Cox回归 | 基因表达数据, 甲基化数据, 单细胞数据 | 43,475个细胞 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
7508 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell and bulk RNA profiles to uncover glutamine metabolism's role in prognosis and immune dynamics in multiple myeloma
2025-May-19, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14239-0
PMID:40389878
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,揭示了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤预后和免疫动态中的作用 | 首次系统性地整合单细胞和bulk RNA测序数据,识别谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后价值和治疗意义 | 基于公共多组学队列数据,需要进一步实验验证 | 识别谷氨酰胺代谢相关基因驱动的肿瘤特征,并建立其作为预后生物标志物和治疗靶点的临床效用 | 多发性骨髓瘤患者样本 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序, bulk RNA测序, 转录组分析, shRNA敲低 | 加权共表达网络分析, Cox比例风险模型 | RNA测序数据 | 多个独立多发性骨髓瘤队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
7509 | 2025-10-06 |
The gene regulatory mechanisms shaping the heterogeneity of venom production in the Cape coral snake
2025-May-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03602-w
PMID:40390047
|
研究论文 | 本研究通过基因组测序和单细胞RNA-seq分析揭示了开普珊瑚蛇毒腺中毒素产生的异质性调控机制 | 结合高质量基因组草案和毒腺单细胞RNA-seq数据,首次揭示了毒素表达的精细调控模块和细胞群体内的进一步特化 | 研究仅针对单一物种,结论在其他蛇类中的普适性需要进一步验证 | 探索蛇毒产生的异质性及其调控机制 | 开普珊瑚蛇(Aspidelaps lubricus)及其毒腺组织 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组测序, 原位杂交 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据, 空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7510 | 2025-10-06 |
A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01432-0
PMID:39690246
|
研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和单细胞RNA测序分析发现GMPS通过调控PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸 | 首次揭示GMPS作为连接Sec61通道复合物和STT3A的附加模块,增强PD-L1与STT3A结合,调控其糖基化修饰的新机制 | 研究主要基于肝细胞癌组织,未涉及其他癌症类型验证 | 探索肝细胞癌中肿瘤快速生长和转移的调控机制 | 晚期肝细胞癌组织 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 蛋白质组学分析, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7511 | 2025-10-06 |
Optimized inner ear organoids for efficient hair cell generation and ototoxicity response modeling
2025-May, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2803-1
PMID:39862345
|
研究论文 | 开发了一种优化的小分子诱导内耳类器官系统,用于高效生成毛细胞并模拟耳毒性反应 | 首创一步法自组织内耳类器官系统,无需多步扩增和强制分化程序 | 未提及具体样本量或实验规模限制 | 建立高效的内耳毛细胞生成模型并研究耳毒性保护机制 | 哺乳动物内耳毛细胞和支持细胞 | 器官芯片技术 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7512 | 2025-10-06 |
Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver
2025-May, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00857-7
PMID:40325195
|
研究论文 | 开发基于组织物理特性的单细胞转录组方法研究肝脏早期衰老相关微环境 | 提出基于组织酶消化抗性的纤维化微环境富集测序方法,实现准空间单细胞分析 | 方法依赖于组织物理特性,可能不适用于所有组织类型;研究仅使用雄性小鼠 | 研究衰老组织中衰老细胞的特征及其对组织微环境的影响 | 年轻和年老雄性小鼠的肝脏组织 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,单核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | 年轻和年老雄性小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | 纤维化微环境富集测序 |
7513 | 2025-10-06 |
Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01441-z
PMID:39779909
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了GSK3β通过Ser389位点磷酸化失活调控胸腺细胞在V(D)J重组期间存活的新机制 | 发现GSK3β通过Ser389磷酸化失活可防止胸腺细胞坏死性凋亡,并鉴定出除G1检查点外的G2/M细胞周期检查点 | 研究仅针对小鼠DN3和DN4胸腺细胞,尚未在人类细胞或其他发育阶段验证 | 探究胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因V(D)J重组期间的细胞周期检查点和存活机制 | 小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | 单细胞生物学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 单个分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7514 | 2025-10-06 |
Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma
2025-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70591
PMID:40391581
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定结肠腺癌中铜代谢相关分子亚型并建立预后风险分层模型 | 首次系统构建结肠腺癌铜代谢相关基因风险模型,结合单细胞测序揭示其在肿瘤微环境中的分布特征,并通过实验验证COX19基因功能 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仅针对单个基因COX19 | 探索铜代谢在结肠腺癌进展中的作用并开发预后预测模型 | 结肠腺癌患者组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞测序, western blot, PCR, siRNA, 集落形成实验, Transwell实验 | 风险预测模型 | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
7515 | 2025-10-06 |
Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury
2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202401475R
PMID:40270323
|
研究论文 | 本研究探讨脂氧素A4通过FPR2受体激活NRF2通路抑制肺泡上皮细胞铁死亡,从而减轻肺缺血再灌注损伤的机制 | 首次揭示脂氧素A4/FPR2信号通路通过NRF2依赖性途径调控肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人体中的直接验证尚需进一步研究 | 探究铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用及脂氧素A4的保护机制 | 肺移植患者样本、C57BL/6野生型小鼠、Fpr2和Nrf2基因敲除小鼠、肺泡II型上皮细胞 | 生物医学研究 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序、小鼠肺门结扎模型、小鼠原位肺移植模型、体外细胞实验 | 基因敲除动物模型、细胞模型 | 基因表达数据、生理指标数据、生化指标数据 | 未明确样本数量,包含患者组织样本、多种基因型小鼠和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7516 | 2025-10-06 |
Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond
2025-Apr, Comprehensive Physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1002/cph4.70010
PMID:40229922
|
综述 | 本文挑战了迷走神经仅传递饱腹信号的传统观点,系统阐述了迷走神经作为整合餐食信息的复杂感觉系统 | 揭示了迷走神经传入神经元具有专门亚群和多样感觉模式,能够主动编码餐食相关信息的多个方面 | 作为综述文章,未进行原始实验研究,主要基于现有文献整合分析 | 探讨迷走神经感觉通路在肠脑通讯中的多重功能 | 迷走神经传入神经元及其下游脑回路 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、神经回路映射、功能成像 | NA | 文献证据 | NA | NA | NA | NA | NA |
7517 | 2025-10-06 |
Single-cell omics technologies - Fundamentals on how to create single-cell looking glasses for reproductive health
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.041
PMID:40253074
|
综述 | 本文综述单细胞组学技术在生殖健康研究中的应用进展 | 系统整合单细胞测序、空间转录组学和高维蛋白质组成像等多种技术,为生殖医学提供多维视角 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述 | 探讨单细胞技术在生殖健康领域的临床应用前景 | 生殖道组织、胎儿发育、妊娠过程和妇科疾病 | 单细胞组学 | 妇科疾病、妊娠并发症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组成像 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
7518 | 2025-10-06 |
Contribution of germline and somatic mutations to risk of neuromyelitis optica spectrum disorder
2025-Mar-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100776
PMID:39986280
|
研究论文 | 本研究通过基因组关联分析和单细胞RNA测序,揭示了种系和体细胞突变在视神经脊髓炎谱系障碍发病机制中的作用 | 首次整合种系变异和体细胞嵌合染色体变异分析,发现CCR6风险变异和21q缺失在NMOSD中的致病机制 | 样本量相对有限(240例患者),主要基于日本人群,可能限制结果的普适性 | 探索视神经脊髓炎谱系障碍的遗传背景和发病机制 | 日本人群中的NMOSD患者和健康对照 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 基因组分析:240例患者和50,578例对照;单细胞RNA测序:25例患者和101例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7519 | 2025-10-06 |
EfficientNet-resDDSC: A Hybrid Deep Learning Model Integrating Residual Blocks and Dilated Convolutions for Inferring Gene Causality in Single-Cell Data
2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00667-2
PMID:39578307
|
研究论文 | 提出一种结合残差块和空洞卷积的混合深度学习模型EfficientNet-resDDSC,用于从单细胞数据推断基因因果关系 | 在EfficientNet-B0基础上引入残差块增强低层特征提取能力,结合深度可分离卷积和空洞卷积扩大感受野而不增加计算量 | NA | 构建基因调控网络以揭示基因间的因果关系 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控关系 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | EfficientNet, 残差网络, 空洞卷积, 深度可分离卷积 | 单细胞基因表达数据 | 四个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7520 | 2025-10-06 |
Association of 5α-reductase inhibitor prescription with immunotherapy efficacy in metastatic renal cell carcinoma: a multicenter retrospective analysis
2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011154
PMID:40010773
|
研究论文 | 本研究探讨5α-还原酶抑制剂使用史对转移性肾细胞癌患者免疫检查点抑制剂疗效的影响 | 首次在临床回顾性研究中证实5α-还原酶抑制剂可通过调节CD8+ T细胞功能增强免疫治疗效果 | 回顾性研究设计存在选择偏倚,样本量相对有限(185例患者) | 评估5α-还原酶抑制剂使用史对转移性肾细胞癌免疫治疗疗效的影响 | 185例接受免疫检查点抑制剂治疗的转移性肾细胞癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序,Cox比例风险模型 | Cox回归模型 | 临床回顾性数据,单细胞RNA测序数据 | 185例转移性肾细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |