单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7501	2024-10-20	Unravelling the Complexity of HNSCC Using Single-Cell Transcriptomics 2024-Sep-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16193265 PMID:39409886	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）研究中的应用	scRNAseq技术能够详细描述肿瘤微环境（TME）中的细胞水平特征，为HNSCC的病因、诊断、预后和治疗提供了新的见解	NA	评估scRNAseq在解决HNSCC管理挑战中的效用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
7502	2024-10-20	SELF-Former: multi-scale gene filtration transformer for single-cell spatial reconstruction 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae523 PMID:39413798	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的框架SELF-Former，用于单细胞空间重构任务	引入了基因过滤模块，显著提升了空间重构任务的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据到空间转录组数据的空间重构问题	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	Transformer	Transformer	基因表达数据	四个基准数据集
7503	2024-10-20	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文介绍了一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑了体细胞超突变和类别转换重组	TRIBAL算法能够同时考虑体细胞超突变和类别转换重组，相较于现有方法，能够更全面和准确地重建B细胞系谱树	NA	开发一种新的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑体细胞超突变和类别转换重组	B细胞克隆系谱树的推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
7504	2024-10-20	An isoform-resolution transcriptomic atlas of colorectal cancer from long-read single-cell sequencing 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100641 PMID:39216476	研究论文	本研究通过整合短读和长读单细胞RNA测序数据，构建了结直肠癌的isoform分辨率转录组图谱	首次整合短读和长读单细胞RNA测序数据，揭示了结直肠癌中394个失调的转录结构，并开发了一种算法来识别可能用于癌症疫苗开发的复发性新抗原	NA	揭示结直肠癌中的转录异质性和潜在的治疗靶点	结直肠癌样本中的肿瘤上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
7505	2024-10-20	Cardiac and perivascular myofibroblasts, matrifibrocytes, and immune fibrocytes in hypertension; commonalities and differences with other cardiovascular diseases 2024-May-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae044 PMID:38395029	研究论文	本文探讨了高血压中不同类型纤维化的分子机制及其在心血管病理生理学中的潜在作用	本文提出了新的纤维母细胞亚群（如matrifibrocytes和immune fibrocytes）在心血管纤维化中的作用，并探讨了其潜在的治疗应用	本文主要基于实验证据和单细胞RNA测序研究，缺乏临床验证	研究高血压和其他心血管疾病中纤维化的分子机制及其潜在治疗策略	高血压、压力超负荷、心肌梗死、动脉粥样硬化、主动脉瘤和肾硬化等心血管疾病中的纤维母细胞亚群	心血管疾病	高血压	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7506	2024-10-20	SSR1 and CKAP4 as potential biomarkers for intervertebral disc degeneration based on integrated bioinformatics analysis 2024-Mar, JOR spine IF:3.4Q1 DOI:10.1002/jsp2.1309 PMID:38222802	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析，鉴定了SSR1和CKAP4作为椎间盘退变潜在的生物标志物，并在体外进行了验证	本研究首次通过综合生物信息学方法鉴定了SSR1和CKAP4作为椎间盘退变的潜在生物标志物，并在体外实验中验证了其诊断价值	本研究的样本量较小，且仅限于人类椎间盘组织，未来需要更大规模和多样本的验证	鉴定椎间盘退变的潜在生物标志物并验证其诊断价值	椎间盘退变相关的关键基因和潜在生物标志物	生物信息学	脊柱疾病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、MCODE、LASSO算法、ROC曲线、免疫浸润分析、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	30个人类椎间盘样本
7507	2024-10-20	Single-cell sequencing reveals increased LAMB3-positive basal keratinocytes and ZNF90-positive fibroblasts in autologous cultured epithelium 2024-01-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05747-5 PMID:38200141	研究论文	研究在无血清和无饲养层条件下培养的自体表皮移植的安全性和有效性，并与传统条件进行比较	发现无血清和无饲养层培养的表皮中LAMB3阳性基底角质形成细胞和ZNF90阳性成纤维细胞数量增加，这些细胞在色素再生中起关键作用	研究仅限于稳定期的白癜风患者，未涉及其他疾病或更广泛的患者群体	探讨无血清和无饲养层条件下自体表皮移植的安全性和有效性	自体表皮移植在无血清和无饲养层条件下的细胞组成和功能	数字病理学	白癜风	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	稳定期白癜风患者
7508	2024-10-20	Profiling the heterogeneity of colorectal cancer consensus molecular subtypes using spatial transcriptomics 2024-Jan-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-023-00488-4 PMID:38200223	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，解析了结直肠癌共识分子亚型的空间细胞和分子组成	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了结直肠癌共识分子亚型的空间异质性和肿瘤微环境中的细胞通讯事件	NA	进一步阐明结直肠癌的组成和结构，以推进个性化治疗	结直肠癌共识分子亚型的空间异质性和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7509	2024-10-20	Single-cell transcriptomic analysis reveals tumor cell heterogeneity and immune microenvironment features of pituitary neuroendocrine tumors 2024-01-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01267-3 PMID:38167466	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析了垂体神经内分泌肿瘤的细胞异质性和免疫微环境特征	揭示了垂体神经内分泌肿瘤的内在细胞异质性和肿瘤微环境特征，发现了一种新的具有侵袭性特征的皮质激素瘤亚型	NA	研究垂体神经内分泌肿瘤的细胞特征和免疫微环境	垂体神经内分泌肿瘤及其免疫微环境	数字病理学	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	4个正常样本和24个垂体神经内分泌肿瘤样本
7510	2024-10-20	ZNF689 deficiency promotes intratumor heterogeneity and immunotherapy resistance in triple-negative breast cancer 2024-01, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-023-00909-w PMID:38168642	研究论文	研究探讨了ZNF689缺乏如何促进三阴性乳腺癌中的肿瘤内异质性和免疫治疗抵抗	首次揭示了ZNF689缺乏通过激活LINE-1逆转录转座子加剧基因组不稳定性，从而促进肿瘤内异质性和免疫治疗抵抗	NA	探讨三阴性乳腺癌中肿瘤内异质性与免疫治疗抵抗的关系及其关键决定因素	三阴性乳腺癌患者的多组学数据和免疫治疗数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、空间分辨转录组学、流式细胞术	NA	多组学数据	260例来自本中心的患者、134例来自TCGA的患者和109例接受免疫治疗的患者
7511	2024-10-20	scRNA+TCR-seq reveals the pivotal role of dual receptor T lymphocytes in the pathogenesis of Kawasaki disease and during IVIG treatment 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1457687 PMID:39421738	研究论文	本研究通过scRNA-seq和TCR-seq技术，分析了健康对照组和川崎病（KD）患者在接受IVIG治疗前后的外周血单个核细胞，探讨了双受体T细胞在KD发病机制和IVIG治疗中的作用	首次揭示了双受体T细胞在川崎病发病机制和IVIG治疗中的关键作用	样本量较小，仅包括3名健康对照和6名KD患者	探讨双受体T细胞在川崎病发病机制和IVIG治疗中的作用	健康对照组和川崎病（KD）患者在接受IVIG治疗前后的外周血单个核细胞	免疫学	川崎病	scRNA-seq和TCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据和T细胞受体测序数据	3名健康对照和6名KD患者
7512	2024-10-20	The role of lactylation in plasma cells and its impact on rheumatoid arthritis pathogenesis: insights from single-cell RNA sequencing and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1453587 PMID:39421742	研究论文	研究探讨了乳酸化在浆细胞中的作用及其对类风湿性关节炎发病机制的影响	通过单细胞RNA测序和机器学习技术，首次揭示了乳酸化在浆细胞中的重要作用，并识别出七个核心乳酸化促进基因	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证	探索乳酸化在浆细胞中的作用及其对类风湿性关节炎发病机制的影响	浆细胞和类风湿性关节炎患者	机器学习	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA	10,163个细胞
7513	2024-10-20	Insect Insights at the Single-Cell Level: Technologies and Applications 2023-12-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13010091 PMID:38201295	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在昆虫研究中的应用，重点介绍了其在生物学应用中的进展、当前挑战及未来机遇	scRNA-seq技术在昆虫研究中揭示了细胞类型的复杂性和异质性，发现了新的细胞类型及其相互关系	当前挑战包括技术复杂性和数据分析的难度	探讨单细胞RNA测序技术在昆虫研究中的应用及其未来发展	昆虫细胞类型及其功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
7514	2024-10-20	Cephalopod-omics: Emerging Fields and Technologies in Cephalopod Biology 2023-Dec-29, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icad087 PMID:37370232	研究论文	本文总结了头足类生物学新兴领域和技术的最新见解，强调了跨学科合作的重要性	利用最新的测序、成像和基因操作技术，推动了头足类生物学的研究进展	头足类生物学仍有许多未探索的领域，如大脑、养殖条件和复杂基因组等	探讨头足类生物学中的关键问题，并总结新兴领域的最新进展	头足类生物的比较基因组学、调控基因组学、基因操作、单细胞转录组学、宏基因组学和微生物相互作用	基因组学	NA	测序、成像、基因操作	NA	基因组数据	超过40名来自世界各地的研究人员参与了讨论
7515	2024-10-20	Interpretable trajectory inference with single-cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) testing 2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.19.572477 PMID:38187622	研究论文	提出了一种名为scLANE的单细胞线性自适应负二项表达测试方法，用于解释性轨迹推断	scLANE测试基于可解释的广义线性模型，并通过经验选择的基样条处理非线性变化，同时扩展到估计方程和混合模型以适应复杂的实验设计	NA	解决现有轨迹差异表达技术在解释性和生物学结论上的主观性问题	单细胞RNA-seq数据的基因表达动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	多个生物数据集
7516	2024-10-20	Human disease-specific cell signatures in non-lesional tissue in Multiple Sclerosis detected by single-cell and spatial transcriptomics 2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.20.572491 PMID:38187779	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，分析多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化	首次在多发性硬化症患者的非病变组织中检测到细胞类型特异性变化，并验证了这些变化与疾病病理过程的相关性	样本量相对较小，且仅限于特定脑区的研究	探讨多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化及其与疾病病理过程的关系	多发性硬化症患者的非病变脑组织	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据	共78个样本，包括15个对照个体、8个多发性硬化症患者和5个其他伴有脱髓鞘病理的个体
7517	2024-10-20	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572214 PMID:38187768	研究论文	本文开发了一种名为Escort的框架，用于评估单细胞RNA测序数据对轨迹推断的适用性，并量化分析决策对轨迹属性的影响	Escort框架通过数据驱动的评估方法，减少了轨迹推断中的不确定性，并减轻了研究人员在选择适当方法和参数时的负担	NA	解决单细胞RNA测序轨迹推断中选择适当方法和参数的不确定性问题	单细胞RNA测序数据及其在轨迹推断中的适用性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7518	2024-10-20	Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570603 PMID:38106230	研究论文	本文对三种商业化的成像空间转录组学平台在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的表现进行了系统性基准测试	首次对三种商业化iST平台在FFPE组织中的相对技术性能和生物学性能进行了全面比较	不同平台在细胞分割错误频率和下游生物分析的子聚类程度方面存在差异	评估和比较不同成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能	三种商业化iST平台在23种肿瘤和正常组织类型中的表现	数字病理学	NA	成像空间转录组学（iST）	NA	基因数据	23种肿瘤和正常组织类型的组织微阵列（TMAs）
7519	2024-10-20	SpaceWalker enables interactive gradient exploration for spatial transcriptomics data 2023-12-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100645 PMID:37972590	研究论文	介绍了一种名为SpaceWalker的视觉分析工具，用于探索空间转录组学数据的局部梯度结构	SpaceWalker能够实时识别转录组学相似的细胞，并通过空间投影突出组织结构特征，支持多种空间转录组学协议	NA	开发一种工具，帮助研究人员在空间转录组学数据中发现生物学相关的特征	空间转录组学数据的局部梯度结构	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	多切片3D全脑数据
7520	2024-10-20	Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina 2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.11.570629 PMID:38168320	研究论文	研究了蛋白磷酸酶在鸡视网膜中调节Müller胶质细胞向Müller胶质细胞来源的前体细胞转化的作用	首次探讨了蛋白磷酸酶在Müller胶质细胞转化过程中的作用，并发现DUSP1/6和PP2C磷酸酶的抑制促进了前体细胞的形成，而PP2B磷酸酶的抑制则抑制了这一过程	研究主要集中在鸡视网膜，未涉及其他物种或组织	探讨蛋白磷酸酶在视网膜中Müller胶质细胞向前体细胞转化过程中的作用	鸡视网膜中的Müller胶质细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鸡视网膜样本