单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7481	2024-10-08	Chromatin accessibility profiling of targeted cell populations with laser capture microdissection coupled to ATAC-seq 2023-10-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100598 PMID:37776856	研究论文	本研究报告了激光捕获显微切割与ATAC-seq结合（LCM-ATAC-seq）用于新鲜冷冻样本的空间染色质可及性特征分析	首次将激光捕获显微切割与ATAC-seq结合，用于空间染色质可及性分析	研究仅限于新鲜冷冻样本，未涉及其他类型的样本	探索空间表观基因组学领域，提供基因调控的进一步见解	染色质可及性在健康和疾病中的作用	表观基因组学	NA	激光捕获显微切割（LCM），ATAC-seq	NA	染色质可及性数据	新鲜冷冻样本
7482	2024-10-08	Diverse clonal fates emerge upon drug treatment of homogeneous cancer cells 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06342-8 PMID:37468627	研究论文	本文开发并应用了FateMap框架，结合DNA条形码和单细胞RNA测序，揭示了数以十万计的克隆在接受抗癌治疗后的命运	本文首次展示了单细胞来源的癌症细胞在接受治疗后产生的分子、形态和功能上不同的抗性类型，并发现这些抗性类型主要由药物添加前的细胞分子差异决定，而非外在因素	本文主要集中在实验室环境下的研究，尚未充分探讨这些抗性类型在临床环境中的实际应用和影响	揭示抗癌治疗后癌症细胞的抗性多样性及其分子机制	单细胞来源的癌症细胞及其在接受不同抗癌药物治疗后的抗性类型	NA	NA	DNA条形码和单细胞RNA测序	NA	RNA	数以十万计的克隆
7483	2024-10-08	Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia 2023-Jul-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.04.547740 PMID:37461736	研究论文	构建跨物种的DRG和TG细胞图谱，描述了6个物种和19项研究中的18种神经元和11种非神经元细胞类型	首次构建了跨物种的DRG和TG细胞图谱，并展示了其在注释新测序的DRG细胞中的应用	跨物种的转录组定义细胞类型比较仍然具有挑战性	研究外周感觉神经元的多样性及其在不同物种中的转录组特征	背根神经节（DRG）和三叉神经节（TG）中的感觉神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及6个物种和19项研究的细胞样本
7484	2024-10-08	Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data 2023-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.17.541250 PMID:37292934	综述	本文综述了单细胞基因组学数据在细胞系统生物学中的应用，并提出了一种统一的数学框架来处理单分子生物随机性和基因组学技术变异	提出了一个统一的数学框架，通过生成函数的方法整合单细胞RNA测序中的各种现象	NA	探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用，并提出一个数学框架来处理生物随机性和技术变异	单细胞RNA测序中的RNA转录过程和微流控技术中的封装和文库构建步骤	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	生成函数	基因组数据	NA
7485	2024-10-08	Spatial genomic, biochemical, and cellular mechanisms drive meningioma heterogeneity and evolution 2023-May-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2921804/v1 PMID:37292686	研究论文	本文整合了空间转录组学和空间蛋白质组学方法，研究了高级别脑膜瘤的基因组、生化和细胞机制，揭示了肿瘤内异质性与分子、时间和空间演化的关系	通过空间转录组学和蛋白质组学方法，揭示了高级别脑膜瘤的基因和蛋白质表达差异，并发现了治疗抵抗性的空间扩展亚克隆拷贝数变异	NA	研究脑膜瘤的肿瘤内异质性和演化机制，为个性化医疗治疗提供基础	高级别脑膜瘤	数字病理学	脑膜瘤	空间转录组学、空间蛋白质组学、多重顺序免疫荧光（seqIF）、空间解卷积	NA	基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据	NA
7486	2024-10-07	Serial single-cell RNA sequencing unveils drug resistance and metastatic traits in stage IV breast cancer 2024-Oct-03, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00723-6 PMID:39363009	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了IV期乳腺癌患者的肿瘤细胞在化疗抵抗和转移过程中的转录组、基因组和表观基因组变化	首次在单个患者样本中系统分析了化疗抵抗和转移前细胞的特征，揭示了化疗抵抗细胞的克隆扩增和转移前细胞的表达谱变化	研究仅基于单个患者样本，结果的普适性有待进一步验证	探讨IV期乳腺癌患者肿瘤细胞在化疗抵抗和转移过程中的分子机制	IV期乳腺癌患者的原发肿瘤和远处转移瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个IV期乳腺癌患者样本
7487	2024-10-07	Multi-scale transcriptomics reveals that specific tumor cells promote lung adenocarcinoma metastasis through crosstalk with the microenvironment 2024-Oct-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01306-4 PMID:39363121	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序、空间RNA测序和批量RNA测序，揭示了特定肿瘤细胞通过与微环境的相互作用促进肺腺癌转移的机制	建立了肺腺癌转移风险评分模型（LMRS），并识别出42个转移驱动基因和两种肿瘤上皮细胞亚型	NA	揭示肺腺癌转移的机制	肺腺癌的转移驱动基因、细胞间相互作用和细胞与配体-受体对的共定位关系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间RNA测序（stRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA	NA
7488	2024-10-07	Single-cell transcriptome analysis reveals immune microenvironment changes and insights into the transition from DCIS to IDC with associated prognostic genes 2024-Oct-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05706-6 PMID:39363164	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了从导管原位癌（DCIS）到浸润性导管癌（IDC）的免疫微环境变化，并发现了与预后相关的关键基因	本文首次通过单细胞转录组分析揭示了DCIS到IDC转变过程中免疫细胞的动态变化，并识别出五个可能作为乳腺癌预后标志物的关键基因	本文主要基于单细胞转录组数据进行分析，未涉及其他类型的数据或实验验证	研究DCIS向IDC转变的生物学机制，并寻找潜在的预后标志物	乳腺癌中的导管原位癌（DCIS）和浸润性导管癌（IDC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及DCIS和IDC的多个样本
7489	2024-10-07	Identification and evaluation of candidate COVID-19 critical genes and medicinal drugs related to plasma cells 2024-Oct-03, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-10000-3 PMID:39363208	研究论文	本研究利用DESeq2和xCell算法分析COVID-19患者与对照组的差异表达基因和免疫浸润情况，识别与COVID-19相关的浆细胞模块基因，并构建蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别关键基因和潜在药物	首次系统探索了浆细胞在COVID-19中的作用，识别了关键基因和潜在治疗药物	NA	探索COVID-19中浆细胞的作用，识别关键基因和潜在治疗药物	COVID-19患者和对照组的差异表达基因、免疫浸润情况、关键基因和潜在药物	生物信息学	COVID-19	DESeq2, xCell, WGCNA, 单细胞RNA测序, Cytoscape, cMAP, AutoDock	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	使用GSE157103、GSE152641、GSE171524、GSE152418和GSE179627数据集
7490	2024-10-07	Tracking changes in functionality and morphology of repopulated microglia in young and old mice 2024-Oct-03, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03242-0 PMID:39363245	研究论文	研究了年轻和老年小鼠中再生的微胶质细胞的功能和形态变化	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫荧光和共聚焦成像技术，研究了再生的微胶质细胞的功能和形态变化	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类的情况	探讨再生的微胶质细胞在年轻和老年小鼠中的功能和形态变化	年轻和老年小鼠的微胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫荧光、共聚焦成像	NA	RNA	年轻和老年小鼠的微胶质细胞样本
7491	2024-10-07	A combined analysis of bulk RNA-seq and scRNA-seq was performed to investigate the molecular mechanisms associated with the occurrence of myocardial infarction 2024-Oct-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10813-1 PMID:39363266	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了心肌梗死（MI）相关的分子机制	本研究首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了心肌梗死中细胞类型的转录变化，特别是内皮细胞的减少和巨噬细胞的增加	本研究仅使用了公开的RNA-seq数据，未进行实验验证，可能影响结果的可靠性	探讨心肌梗死相关的分子机制	心肌梗死模型中的心脏细胞	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	RNA序列	使用了来自小鼠心肌梗死模型的公开scRNA-seq（GSE136088）和bulk RNA-seq（GSE153485）数据
7492	2024-10-07	Yeast9: a consensus genome-scale metabolic model for S. cerevisiae curated by the community 2024-Oct, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00060-7 PMID:39134886	研究论文	本文介绍了由社区维护的S. cerevisiae的共识基因组规模代谢模型Yeast9，并评估了其在不同条件下的预测性能	Yeast9是基于社区持续更新和改进的代谢模型，结合了单细胞转录组学和蛋白质组学数据，能够更好地预测酵母在不同条件下的代谢重构	NA	评估和展示Yeast9在不同条件下的预测性能，并探讨其在系统生物学研究中的应用潜力	S. cerevisiae的基因组规模代谢模型Yeast9及其在不同条件下的代谢行为	代谢组学	NA	单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	代谢模型	163个条件特定的GEMs，1229个突变株的ssGEMs
7493	2024-10-07	Full-length nanopore sequencing of circular RNA landscape in peripheral blood cells following sequential BNT162b2 mRNA vaccination 2024-Sep-27, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148971 PMID:39343185	研究论文	本研究评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中内源性circRNA的响应	通过纳米孔全长测序技术，识别了4217种在疫苗接种期间特异性表达的新circRNA，并发现这些circRNA富集在应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的结合基序中	样本量较小，仅包括五名无SARS-CoV-2感染或既往疫苗接种史的医护人员	研究BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中circRNA的表达变化	circRNA在疫苗接种后的表达变化及其与应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的关系	数字病理学	NA	纳米孔全长测序	NA	RNA	15个样本，包括接种前、第一次和第二次接种后的外周血样本
7494	2024-10-07	Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139 PMID:38878286	研究论文	本文介绍了一种用于研究同基因小鼠肿瘤模型免疫特征的实验方案	本文提供了一种系统的方法来表征肿瘤微环境中免疫细胞的特征	NA	研究肿瘤微环境中免疫细胞的特征	同基因小鼠肿瘤模型中的免疫细胞	NA	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
7495	2024-10-07	Integrating Multi-omics to Identify Age-Related Macular Degeneration Subtypes and Biomarkers 2024-Aug-07, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-024-02249-9 PMID:39107525	研究论文	本文结合转录组测序和单细胞测序数据，探讨线粒体相关基因在年龄相关性黄斑变性中的作用	提出了深度子空间非负矩阵分解算法，对基因表达谱进行多层非线性变换，并利用患者年龄作为先验信息改变数据分布	NA	识别年龄相关性黄斑变性的亚型和生物标志物	年龄相关性黄斑变性	生物信息学	眼科疾病	转录组测序 (RNA-seq), 单细胞测序 (scRNA-seq)	深度子空间非负矩阵分解 (DS-NMF)	基因表达数据	NA
7496	2024-10-07	RAS/RAF landscape in monoclonal plasma cell conditions 2024-Jul-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022295 PMID:38643494	研究论文	研究多发性骨髓瘤中RAS/RAF通路的突变情况	首次在大规模患者群体中分析了RAS/RAF通路的突变情况，并发现其在不同亚克隆中的分布	研究仅限于RAS/RAF通路的突变分析，未涉及其他可能的分子机制	探讨RAS/RAF通路在多发性骨髓瘤中的突变情况及其临床意义	多发性骨髓瘤患者及其RAS/RAF通路的突变	数字病理学	多发性骨髓瘤	下一代测序（NGS）和单细胞测序	NA	基因组数据	超过10,000名患者，其中29名患者进行了单细胞测序
7497	2024-10-07	Inferring single-cell spatial gene expression with tissue morphology via explainable deep learning 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.12.598686 PMID:38915550	研究论文	开发了一种基于视觉变换器（ViT）的框架SPiRiT，用于推断单细胞空间基因表达，并结合组织形态学信息	提出了SPiRiT框架，通过整合交叉验证和模型解释在超参数调优中，显著提高了预测准确性，并揭示了ViT模型用于预测基因表达的高分辨率高关注区域（HAR）	NA	探索利用组织形态学信息推断单细胞空间基因表达的可行性	人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片	数字病理学	乳腺癌	视觉变换器（ViT）	视觉变换器（ViT）	图像	人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片，评估数据来自Xenium（10x Genomics）数据集
7498	2024-10-07	Allele-specific expression reveals genetic drivers of tissue regeneration in mice 2023-10-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.08.010 PMID:37714154	研究论文	研究通过杂交MRL和非再生小鼠，利用等位基因特异性基因表达分析，揭示了与小鼠组织再生相关的顺式调控变异	首次通过等位基因特异性基因表达分析，识别出与小鼠耳部再生相关的顺式调控变异，并发现补体因子H在促进伤口修复和再生中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	揭示小鼠组织再生的分子机制，并探索其临床应用潜力	MRL小鼠和非再生小鼠的杂交后代，以及不同细胞类型的基因表达	分子生物学	NA	等位基因特异性基因表达分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	MRL和非再生小鼠的杂交后代，涉及免疫细胞、成纤维细胞和内皮细胞三种主要细胞类型
7499	2024-10-07	Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury 2023-Oct-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2023.07.024 PMID:37533253	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了间充质干细胞在缺血性急性肾损伤中的治疗机制	揭示了间充质干细胞通过抑制Zeb2表达和抑制成纤维化上皮细胞来介导治疗效果的新机制	NA	探讨间充质干细胞在急性肾损伤中的治疗机制	间充质干细胞、急性肾损伤、肾小管上皮细胞、免疫细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
7500	2024-10-07	TATA and paused promoters active in differentiated tissues have distinct expression characteristics 2021-02, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209866 PMID:33543829	研究论文	研究了在分化组织中活跃的TATA和暂停启动子的不同表达特征	首次探讨了RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响，并提出了组织特异性基因在不同组织中表达的两种不同策略	研究仅限于果蝇晚期胚胎，可能无法完全推广到其他物种或发育阶段	探讨RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响	TATA和暂停启动子在分化组织中的表达特征	基因组学	NA	ChIP-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	果蝇晚期胚胎